迫使君王不得不公然撒謊掩飾的臣民，永遠不可能得到他真誠和徹底的諒解。君士坦斯的不幸命運，馬上使阿塔納修斯失去實力強大和慷慨真誠的保護者。在弒君者（指馬格嫩提烏斯）和君士坦斯唯一倖存的兄弟（指君士坦提烏斯）之間進行的內戰，使整個帝國有三年多的時間陷入災難之中，卻給正統基督教會帶來一段喘息時間。交戰的雙方現在都急於想得到這位主教的好感，因為他個人的威望，可能會對尚未做出最後決定的重要行省而後的傾向產生重大的影響。阿塔納修斯曾見過馬格嫩提烏斯派來的使臣，因而後來他被指控曾與僭主秘密通信。 君士坦提烏斯皇帝多次向最親愛的教父阿塔納修斯表示，不管他們共同的敵人曾散布多麼惡毒的謠言，他確實已經繼承死去弟兄的信仰和皇位。感激和仁德之心都會使這位埃及大主教不能不為君士坦斯的不幸感到悲傷，對馬格嫩提烏斯的罪行深惡痛絕。但是，阿塔納修斯非常清楚，君士坦提烏斯心存顧慮是他唯一的安全保證，因而他為正義事業獲勝而祈禱的熱誠還是稍微降低一些為好。少數頑固而濫用君王信任的憤怒的主教，已不再存有惡毒的企圖，非要置阿塔納修斯於死地。但這位君王自己宣布了一個積壓胸中多年的決心，要為自己曾受到的傷害報仇雪恥。 君士坦提烏斯取得勝利後在阿爾勒度過的第一個冬天，便全部用來對付比已失敗的高盧僭主更為可惡的敵人。
如果皇帝率性而為，下令處死國內一位表現傑出和品德高尚的公民，公開使用暴力或濫用法律的大臣對這項殘酷的命令，會毫不猶豫地加以執行。但是他想控告和懲處那位受人愛戴的主教，下達命令卻不得不十分小心，必然遇到種種困難，因此才會一再向後拖延。這便向全世界表明，教會的特權已經使尊重秩序和自由的意識在羅馬帝國的政府中開始復活。提爾會議宣布的判決一直未被撤銷，上面有東部絕大多數主教的簽名，既然阿塔納修斯曾一度被同教的弟兄宣判，免去崇高的教職，那麼他後來的一切行動都可以看成不合法，甚至有犯罪的意圖。但是埃及大主教過去曾經受西部教會堅定和強力的支持，基於這樣的事實，君士坦提烏斯在沒有得到拉丁主教的認可之前，不得不延緩執行判決的命令，而且教會內部的談判竟費去兩年的時間。皇帝和臣民之間的訴訟案，先在阿爾勒宗教會議、後來在有300多名主教參加的米蘭會議 都進行過嚴肅的爭論。這些主教原本對教派的忠貞也逐漸受到破壞，主要是由於阿里烏斯派的判決理由、宦官運用的各種花招以及一位皇帝的懇切請求。他不惜犧牲自己的榮譽以尋求報復，濫用自己的權勢以影響主教的情緒。賄選這最讓人詬病的違憲行為，毫無疑問已經開始大為流行。榮譽、財物、免除賦稅的許諾都私相授受作為交換宗教選票的條件， 對這位亞歷山大里亞主教的判罪，卻非常巧妙地被說成是能使正統基督教會恢複和平的唯一辦法。
然而，阿塔納修斯的朋友並沒有拋棄他們的領袖和理想。他們依仗神聖地位所能給予的保護，拿出勇往直前的氣概，在公開的辯論和私下與皇帝的商談中，始終堅持維護宗教和法律尊嚴的立場。他們宣稱，不論是接受皇帝給予的恩寵，還是觸怒皇帝所帶來的恐懼，都絕不可能促使他們參加譴責一位不在場教友的活動，何況他全然無辜而且令人敬佩。他們相當有理地宣稱，提爾會議做出違法和過時的判決，早已完全被皇帝的詔書、亞歷山大里亞主教的復職、到處抗議的敵人保持沉默或改變信仰這些事實所完全推翻。他們再三強調，他的清白無辜得到參加埃及會議的主教一致證實，在羅馬會議和撒爾底迦會議 上得到拉丁教會公正的裁定。他們為阿塔納修斯的艱難處境深表痛心，他在應有的地位、榮譽以及君王的表面信任之中，剛剛安享幾年寧靜的生活，如今卻又再次被傳喚去為毫無根據和誇大其詞的指控辯解。雖然他們立論充分而且態度極為誠懇，但是在這場相持不下的辯論中，帝國所有人的注意力都集中到主教身上，論戰的兩派都準備犧牲真理和正義，以求達到對自己更為有利的目標，那就是保全或者除去捍衛尼西亞信念無所畏懼的勇士。阿里烏斯派仍然認為，用含糊的語言掩蓋自己的真實思想和意圖是明智的做法。但是獲得人民的愛戴和以全國性宗教大會的信條作為後盾的正統教會，他們的主教在各種場合，特別是在這次米蘭會議上，堅持要敵對派先為自己洗掉散播異端邪說的嫌疑，然後再考慮控訴偉大的阿塔納修斯。
但是，理性的聲音（如果理性確實是在阿塔納修斯這一邊）卻被多數人的喧囂給壓下去，其中多數是在派別鬥爭中受到收買的人。阿爾勒和米蘭會議繼續開下去，直到西部教會和東部教會的法庭都宣判亞歷山大里亞主教有罪，將他免職以後才宣布散會。那些曾持反對意見的正統教會主教，現在都要在判決書上簽字，從此在共同的宗教信仰之中，要和阿里烏斯派居心可疑的領袖團結起來。帝國的信使將一份表示同意的文書送給不曾到會的主教。凡不肯放棄自己的觀點，立意與阿爾勒和米蘭會議公開的、受到神靈啟示的英明裁定相抗衡的人，立即會被皇帝下令放逐，因為他們並沒有認真執行正統基督教會會議的決議。
在那些因為堅持信仰而被流放的隊伍中，有許多是身為高級教士的領導人，其中特別值得一提的有羅馬的利貝里烏斯、科爾多瓦的奧修斯、特里夫的保利努斯、米蘭的狄奧尼西烏斯、韋爾切利的歐西比烏斯、卡利亞里的魯西菲以及普瓦提埃的奚拉里。利貝里烏斯曾管理過帝國的首都，擔任過顯要職位；奧修斯功績卓著、經驗豐富，一直被認為是君士坦丁的親信而受人尊敬，並且是尼西亞信條的創始人。這些高級教士處於拉丁教會的領導地位，無論是在順從皇權還是在據理力爭方面，都可能成為會眾學習的榜樣。然而，皇帝多次威脅羅馬和科爾多瓦的主教，逼使他們就範的企圖，在一定時間內並沒有奏效。那位西班牙人公開宣布他已做好準備，要在君士坦提烏斯的統治下忍受苦難；想當年皇帝的外公馬克西米安在位時，老主教已經受過60年的折磨。那位羅馬人在覲見君主時，則堅持阿塔納修斯的清白無辜和他自己的自由權利。等到利貝里烏斯被放逐到色雷斯的貝里亞後，就把一大筆作為旅費的錢寄回來，並且出言不遜，侮辱米蘭的朝廷，說皇帝和他的宦官需要這筆錢付給士兵和主教。流放和監禁的艱苦終於磨損了利貝里烏斯和奧修斯的意志。羅馬主教靠承認有罪的讓步，而獲得釋放返回，後來及時悔過而消除了身負的罪行。科爾多瓦已衰老的主教奧修斯被逼迫簽字，除了說服之外，中間更使用了暴力，他已年近百歲，這時非但精力不濟，何況神志也有些不清醒。而阿里烏斯派的目空一切的勝利，使得有些正統教會的基督徒把責任推到不幸的老人身上，雖然他對基督教有過很大的貢獻，但仍然引起眾人不遺餘力的抨擊，在他死後都沒有放過。