這場後世史家稱之為「宮之焚」的大火，整整燒了一天一夜還多。子末丑初，第一個火頭自「御車寄」冒起；直到次日卯初，整個「御所」的大火才完全熄滅。
精美恢弘的「御所」一片焦黑，到處殘垣斷壁，再也找不到一間完好的房屋。
士兵們一邊搬開斷梁殘瓦，搜尋屍體和可能的生還者，一邊往廢墟上澆水，防止死火復燃。「御所」中，處處余煙裊裊，時時水汽瀰漫，和刺鼻的焦臭一起，共同構成了一副詭異的「有味道」的畫面。
太陽升起來了，光柱在煙霧和水汽中穿行，人影晃動，卻沒有人高聲說話，火災現場籠罩著一種令人不安的寂靜，使得這幅畫面顯得愈加鬼魅。
一具具屍體被擺在已經變黑了的「白沙地」上。這些屍體，有的已經焦爛扭曲，面目全不可辨；也有的是死於濃煙窒息，形狀尚算完整。
情形愈來愈不對勁。
尋找屍體和生還者的工作已經進行了大半，但不論是死是活，迄今沒有找到一個宮內的真正重要的人物：
今上天皇；孝明天皇的異母妹妹敏宮；孝明天皇的遺孀們，「女御」——皇后九條御子，「典侍」——妃嬪，包括今上天皇的生母中山慶子，還有兩位在「和宮下嫁」中發揮重要作用、曾經名列「四奸二嬪」的堀河紀子、金城重子——前者的另一個身份是岩倉具視的姐姐，後者的另一個身份是千種有父的妹妹。
這些人，統統不知下落。
不能完全排除有人燒得面目形狀不能辨認——但這種可能性很低。因為火頭是從西邊的「御車寄」燒起的，由西而東，再而北，這才燒到天皇居住的「常御殿」，最後才燒到先帝的皇后、妃嬪們居住的地方。以上人士，應該有足夠的時間逃生，一個都沒逃出來。絕無是理。
當然，也可能全部都逃了出去。火頭既然由西而東，再而北，如果要逃生，自然是向東、向北，而薩摩藩守衛的乾門，就在東北方向。
薩摩藩一口咬定：這些大人物。俺們一個也沒有看見。
更加不對勁的是，倒幕派那幾位最重要的公卿，如中御門經之、中山忠能、岩倉具視、千種有父，迄今不見蹤影。
幕府派人上門查問，幾家人都是相同的說法：前天傍晚，宮裡來人將老爺傳走了。
最有意思的是：同時傳進宮去的。還有幾位大人的世子。
情形愈來愈清楚了：這是「火遁」啊。
乾門雖說由薩摩藩掌握，但幕府的探子和新選組一樣在暗處施以嚴密監視。正常情況下，不管白天黑夜，幾十至百來號人，加上必不可少的輜重，從容出宮而不被發現，沒有任何可能。
但「御所」大火。幕府和會津藩的注意力被火勢吸引，精力完全放在滅火上面，加上其時的局面混亂無比，此時在夜幕掩護之下，趁亂出宮，最是神不知、鬼不覺。
而且，大火繼續燃燒，整整又燒了一天一夜。於是。在被發現「人不見了」之前，逃亡者們就有了足足一天一夜的寶貴時間，消除蹤跡，遠離追兵。
「清君側」的口號嚷得太凶了，居然把「瓮中之鱉」嚇跑了！
「瓮中之鱉」？唉，想當然耳！人家其實原本就不在自己的「瓮中」啊。
薩摩藩和倒幕派勾起手來搞鬼無疑，說什麼「第三次請辭若還不獲准。就自行撤離乾門」，還假惺惺地和會津藩約定「交接防務」，戲演得真好！
想到被人擺弄於股掌之上，松平容保氣炸了肺。可又能夠怎樣？撲上去咬人家？
薩摩藩聲稱。天皇陛下下落不明，「御所」又變成了這副樣子，俺們在京都也沒啥事可幹了，這就「自行撤離」——不過晚了一天而已，可別說俺們食言啊。
幕府顧不上薩摩藩了，現在的當務之急，是要把天皇追回來，不然，還不天下大亂？
現在的京都，已經開始亂了。
流言四起，人們暗地裡都說，薩摩藩請辭乾門守衛之職，朝廷一再慰留；幕府眼見爭乾門而不得，慶喜大人便指使京都守護職松平會津守在「御所」里放火，以此威逼朝廷就範，沒想到火借風勢，把整個「御所」都燒了！
這個說法，頗有市場。因為火頭是從「御車寄」燒起來的，而「御車寄」靠近會津藩負責守衛的蛤御門。
也有人說，幕府不喜歡今上天皇，這把火，就是要謀弒！
奇怪的是，沒人說天皇陛下「崩於大火」，而是都認為天皇陛下已經在「忠義之士的扈從下」，及時出了「御所」，「巡幸地方」去了。
幕府現在沒有心思「鎮壓反動言論」，現在的首要任務是搞清楚：天皇一行人，到底去了哪裡？
就在這時，軒軍「東進支隊」終於抵達京都。
京都人從來沒有見過這麼多外國人。
中國人雖然同文同種，但也是外國人——這也罷了，真正扎眼的，是軒軍「東進支隊」中，還有一個白人營和一個黑人營。數千名外國人進入京都，特別是裡邊還有上千名西洋人，對於京都乃至全日本來說，都是天翻地覆的大事。
其時日本雖說已經「開國」，但根據相關條約，洋人們主要集中在長崎、神戶、大阪、橫濱、江戶這些地方，京都幾乎是一個洋人都沒有的。
之所以出現這種情況，主要是孝明天皇堅定不移的「攘夷」的態度。
孝明天皇大概是全日本最厭惡和害怕洋人的人了。他稱洋人為「醜夷」，視之為不潔之物、洪水猛獸。做為天皇，他的一切思想和行為都以「攘夷」為出發點和中心點。京都之所以成為「尊王攘夷」的大本營，倒幕派之所以能夠利用「攘夷」向幕府叫板，孝明天皇對洋人的這種幾乎算是生理上的反感，是很關鍵的原因。
幸好孝明天皇已經掛掉了，不然，天皇陛下單是看一眼這一千名「醜夷」，就足以背過氣去。
嚴整的軍容，雪亮的刺刀，拖過街道時隆隆作響的大炮，加上馬關豪商被屠戮凈盡、長州藩兵全軍覆沒的傳聞——京都人看著一隊隊走過的藍色洋裝的士兵，整個城市突然間變得安靜起來。人們見面說話的時候，不由自主壓低了聲音：哪怕在私底下，也很少有人再傳播「幕府火燒御所」、「天皇巡狩」之類的話頭了。
京都人——或者說日本人——心中的某一塊地方塌陷了。