第二道敕命，是解除岩倉具視的「蟄居」——完全在關卓凡料中。
上述兩道敕命尚屬於「皇室內部事務」，雖然「違規」，但幕府勉強還能忍受；可第三道敕命出來，卻真正是踩到了尾巴，不跳起來都不行了。
這道敕命是：松平容保升任權大納言，不再兼任京都守護職，「麾下會津壯士皆賜金返鄉」，皇宮守衛之責移交給駐紮在京都的薩摩藩兵。
「權」是「權且」之意，就是代理的意思。不過，署理也好，真除也好，這都是再明顯不過的「明升暗降」。
最關鍵的是，倒幕派意圖從幕府手裡奪取皇宮的控制權——也即天皇的控制權，這是繼去年「禁門之變」後，倒幕派又一次向幕府發難。
只不過，薩摩藩在其中的角色完全翻轉了過來。昔日之敵成為今日之友，昔日之友成為今日之敵。
一直態度曖昧的薩摩人終於露出了利齒，準備咬向一直努力向他們示好的幕府。
幕府方面大嘩。
德川慶喜不能再裝傻了。他指示松平容保，「此乃偽敕，不能奉命」，然後命令會津、桑名二藩的兵馬，以及在京都的新選組、見回組，提高警惕，全神戒備。
薩摩藩方面開始動作了。
作為「駐京機構」，各藩在京都都設有藩府，大藩的藩府還不止一處。新選組早就注意到，薩摩藩府近來人員進出頻繁，其中頗有幾個是有倒幕的嫌疑的。但薩摩藩是幕府著力籠絡的對象，同時薩藩在京都駐有很強的兵力，因此，懷疑歸懷疑，新選組只能在相關人員後面跟蹤一番，並不敢直接上前訊問或干涉。
薩摩藩府前面的道路禁絕交通，路兩頭都築起了街壘。守衛藩府的藩兵穿著西式軍裝，荷槍實彈，在街壘後嚴陣以待。
駐屯在京都郊外的薩摩藩兵大隊，離開駐地，向皇宮進發。
幕府一直以來的情報，是薩摩藩駐京的兵力為一千人，然而。這批正向皇宮挺近的薩摩藩兵，卻至少有一千五百人——另外五百人是什麼時候多出來的？！
德川慶喜接報大吃一驚。
他緊張地計算著敵我力量對比：
會津、桑名二藩，加上幕府親軍，還有新選組、見回組，幕府在京都的總兵力為三千五百人左右，數量上遠遠超過薩摩人。但薩摩藩軍素以兇悍聞名。且全以西法訓練——德川慶喜明白，人家是真正的「西法訓練」，不是幕府掛羊頭賣狗肉的「西法訓練」。而幕府這邊，真正有戰鬥力的，只有會津藩和新選組，桑名藩、幕府親軍以及由旗本子弟組成的見回組，都不足為恃。
如果薩摩兵只有一千人。還有取勝把握；但對方現在多出來五百人，勝負之機，就難說的很了！
如果一戰而敗，後果不堪設想——特別是在自己正準備接任將軍的緊要關頭，絕不可以承擔敗棄皇宮甚至京都的責任！
本來，薩摩藩是守衛京都的得力幫手，一旦翻臉，卻立即成為最可怕的敵人。
德川慶喜的額頭上冒出汗來。
最後。他決定，不能開戰。
那麼咋辦？
談判。
薩摩藩的代表是大久保利通——幕府不曉得這個傢伙是什麼時候到京都的；皇室方面的代表是岩倉具視；幕府方面的代表是勝海舟。
對於幕府方來說，這是一個非常艱難的談判，因為對方握有「聖旨」，而談判的時候，你不能梗著脖子硬說這是「偽敕」——那樣還談個屁，打就是了。
德川慶喜找來找去。找不出一位合適的使者出來——他的手下，實在是廢物比較多，能用的比較少。最後，沒有法子。只好啟用已經被免了職的勝海舟。
勝海舟是幕末的一朵奇葩。他不但是幕府內部、也是全日本範圍內，最早認識到「幕藩體制」將無以為繼的人。他並沒有走上倒幕的道路，卻總是在有意無意地挖幕府的牆角。比如，他開辦的神戶軍艦操練所和海軍塾——這兩者是「一套班子，兩塊牌子」的關係，基本就是一個倒幕人才的培訓學校，最著名的學生，就是坂本龍馬。
用現在的話來說，他是「幕藩體制」中最大的一個「公知」。
相對德川家茂，德川慶喜對勝海舟的「底子」摸得更清，因此一掌權就免了勝海舟的軍艦奉行的職務，替之以小栗忠順。但德川慶喜也承認，勝海舟才華出眾，加上他特殊的政治取向，倒幕派多少要給他些面子。在目前這種情形下，幕府方面，找不出比勝海舟更合適的談判代表了。
談判的結果是，雙方各退一步，幕府讓出皇宮的乾門給薩摩藩，皇宮由會津、薩摩二藩「共同警戒」。
這個方案，德川慶喜雖然不滿意，但勉強能夠接受：可是松平容保不幹，他破口大罵勝海舟「賣國」，聲稱「要打便打，寸土不讓」。
德川慶喜不好勸松平容保「委曲求全」，更不能直接下令會津藩「撤防」——那樣的話，「賣國」的帽子隨時會飛到他自己的頭上。再說，下令了松平容保也不見得會聽。
薩摩藩和皇室對會津藩的「毀約」頗為意外，不過，二者的反應並不一樣。
倒幕派公卿大為興奮，認為可算找到了開戰的理由，攛掇大久保利通立即向皇宮發起進攻，「討逆除惡」。
但是大久保利通可沒那麼高興。他其實並不想和幕府在京都大打出手，不是怕打不過幕府這班蝦兵蟹將，而是怕事情鬧大了，引起山口城的中國人的干涉。
這個時候，他們還不知道軒軍「東進支隊」已經上路了。
怎麼辦呢？
雙方在乾門前對峙了一段時間，薩摩藩軍一部前隊做後隊，悄悄地撤退了。
這部分五百人左右，說是「悄悄地」，但並沒有瞞住會津藩和新選組的耳目。松平容保得報，大為得意：看吧，我的強硬對策生效了，賊子頂不住了！
繼續堅持，再接再厲，以期全勝。
沒過多久，部下來報，氣急敗壞：「薩摩人攻入了金戒光明寺！」
松平容保大吃一驚。
金戒光明寺是日本佛教凈土宗的「大本山」，因為位於京都黑谷町，因此又叫「黑谷堂」——這都罷了，問題是金戒光明寺同時還是京都守護職的「本陣」，即大本營，會津藩在京都的器械錢糧都存在那兒！
被人端了老巢了！
本來，金戒光明寺位處紫雲山上，頗具地利；另高牆深壘，守衛森嚴，設防之固，不在皇宮之下。但是，因為預備著和薩摩藩在皇宮這兒大打出手，松平容保把絕大部分的兵力都調到了乾門附近，金戒光明寺的守備就變得非常空虛。再說，也實在是沒想到薩摩人會出此損招！
不提防挨了這一悶棍，松平容保的冷汗流了下來。
沒有錢糧器械補充，這個仗，還怎麼打？
不久，薩摩藩送來口信：乾門換金戒光明寺。
松平容保只好屈服。
和薩摩藩交接了皇宮乾門的防務，松平容保趕回金戒光明寺，點算損失。咦，薩摩人居然什麼東西都沒搬走！
松平容保一口氣懈下來，銳氣大失，暫時也不想「反攻」的事情了。
這一番你來我往，後世史家稱為「乾門之變」。
就在這時，小栗忠順趕到了京都。
小栗忠順是先到大阪的，但他一入大阪，馬上意識到，局勢混亂至此，呆在此地於事無補。表明了自己在將軍繼承人選上的立場後，小栗忠順立即動身，前往京都。
還沒進京，在京都門戶伏見打尖的時候，小栗忠順便曉得薩摩、會津二藩，正於皇宮乾門外劍拔弩張，隨時可能大打出手。
小栗忠順飯也不吃了，立即翻身上馬，催騎急進。
但終究是晚了一步。小栗忠順到了東本願寺，見到德川慶喜的時候，會津藩已經將乾門交給了薩摩藩。