二次長州征伐，長州藩軍隊脫胎換骨，將幕府軍隊斬瓜切菜，除了各路主將的出色指揮外，大村益次郎實施的軍制改革是最重要的原因。
說到指揮，高杉晉作和大村益次郎同為軍事天才，但兩人的風格完全不同。
高杉晉作是「出奇謀、用妙計」型的，是將傳統的兵法，在近現代戰爭中做最大限度的發揮，本質是一種「抖機靈」。這種打法，成功了是多少有一點偶然性的，也非常依賴於指揮官個人的「狀態」：如果腦子一時僵住了，沒有「機靈」可抖了；又或者敵人防備嚴密，無懈可擊——該怎麼辦呢？
而大村益次郎指揮作戰，卻是真正深諳近現代軍事之道：戰前，做細緻、深入的情報收集和資料分析工作，完備後勤保障，精確計算我、敵力量對比、分布，尋找敵人的薄弱點，制定有主有次、節奏分明的作戰計畫，原則上不行險，並在每個環節上留下一點「冗餘度」，但一旦行動，就要保證百分百執行到位。
通俗點說，在指揮作戰上，高杉晉作是一個「詩人」，大村益次郎是一個「工程師」。
好吧，讓我們來看看，這位「工程師」，是怎樣完成他的「工程」的。
這一路幕府的主力是濱田藩。濱田藩是幕府的「親藩」，領地和戰國時期的石見國大部重疊，石見國又稱石州，因此這一路叫做「石州口」。
藩內有著名的石見銀山，這是日本最重要的產銀地，幕府將之劃為「天領」——即幕府直轄地，和大阪一樣，派「代官」管理。不過，幕末這個時候，因為世代過度開採，石見銀山的產銀量已經大大降低。重要性比不得早年了。因此，石見銀山的「代官」的級別，比大坂「城代」就差得遠了，比長崎奉行也差著一截。
濱田藩藩主松平武聰調兵遣將，並未耽誤事先約定的進攻日期，可是先動手的，還是長州藩。
松平武聰有兩個沒想到。
一沒想到。大村益次郎為加快進軍速度，走得是海路——當然，是長州北部的日本海。兩千長州軍在藩廳荻城下海，在靠近邊境的須佐上岸。
補充兩句，長州藩的「藩治」是山口城，但「藩廳」——即行政中心。是荻城。長州傳統的「藩治」一直是山口城，但毛利輝元被德川家康減封之後，就把「藩廳」搬到了海邊的小城荻城，算是韜晦之意。近年來，長州藩腰桿漸硬，開始偷偷地往回搬。和幕府破臉後，「藩廳」就完全搬回了山口城。公然重新以山口城為「藩治」了。
下船的時候，大村益次郎穿著件皺巴巴的灰色「浴衣」——和式常服，在一眾黑壓壓緊衣窄袖的士兵中，非常扎眼。
嗯，腰間還懸了一把短刀。不過，大村益次郎承認，這把刀，別說用了。他拔都沒有拔出來過——拔出來，也不知道怎麼用。
又不是做手術。
許多人都注意到，大村先生面色慘白，胸口的衣襟上還有點點穢跡。呃，這是暈船鬧的。
松平武聰第二個沒想到的是，長州軍神不知鬼不覺地通過了津和野藩。
津和野藩在長州藩和濱田藩之間，也就是說。津和野藩本來應該是石州口的前線。
但津和野藩是小藩，只有四萬三千石高，根本不敢得罪長州藩，更不願自己的領地變成戰場。整成個玉石俱焚。因此早就和長州軍互通款曲，達成了默契：你們過去吧，我就當啥都沒看見。
松平武聰本來也沒指望津和野藩幫什麼大忙，可你總不能把長逆放過來了，卻連招呼都不和我打一個吧？
待得濱田藩驚覺，長州軍已經進入濱田藩境了。
當時濱田藩內，除了本藩的兵馬外，還有過來助陣的紀州藩、備後藩的人馬，加起來共有八千餘人，「軍監」是幕府派過來的三枝刑部。
幕府諸部人馬都駐紮在益田町，夜幕降臨之後，正當松平武聰和三枝刑部手忙腳亂的時候，一個農民打扮的人來到了益田町。
這個人是大村益次郎，他扮成農民的模樣，孤身一人進入益田町，沒有引起幕府方面任何人的注意。大村益次郎身材矮小，相貌醜陋，平時說話舉止也是平和溫順，毫無威勢，扮起農民來，那是相當之像。
大村益次郎詳細調查了幕府各部兵力配屬的情況後，安然返回本陣。
次日凌晨卯正一刻，長州軍兵分三路，突入益田町。
幕府方面雖已「嚴加戒備」，可還是沒想到敵人昨天向晚才到，今天一早就開打，亂作一團。
益田町只是幕府軍的「前進基地」，原先根本沒有想過戰鬥會首先在這裡打響，因此只有「營地」，沒有「陣地」，幾乎不存在任何像樣的防禦設施。而益田町並不大，幕府方既沒預料在此開戰，各部之間，就不是一個合理的防守的格局，八千人擠成一團，阻手礙腳，一片混亂。
長州軍武器精良，射程既遠，命中率也高。而且，經過大村益次郎的調教訓練，長州軍衝鋒的時候，並不排成密集隊形，而是分散開來前進；在進攻的時候，還會利用町內的各種掩體，保護自己。
幕府軍很快就撐不住了，備後藩先往後退，軍監三枝刑部大急，接連親手斬殺了幾個逃兵，然後躍馬陣前，來回馳騁，大聲吼叫，鼓舞士氣。
陣腳剛剛重新略略穩定下來，突然，一顆子彈飛來，三枝刑部正正眉心中彈，一頭栽下馬來，幕府方面立即大亂。
濱田藩大將岸近江見不是事，提槍上馬，領著一隊死士，向長州軍呼嘯殺去。
岸近江是寶藏院流的槍術名家，號稱「濱田藩第一勇士」，此時駿馬奔騰，長槍揮舞，紅纓晃動，頗見威勢。
密集的子彈向這一小隊人馬射來，騎士們一個接著一個倒下馬來，最後只剩下了岸近江一人。
因為距離很近，岸近江一鼓作氣，衝進了長州軍陣，左搠右刺，放倒了兩個長州兵。可是他的戰績也僅限於此了，槍聲接連響起，岸近江前胸後背同時中彈，連人帶馬，摔倒在地。
幕府軍的右路首先失守，接著中路、左路也不支，撐到午末末初，終於全線崩潰，亂鬨哄地向濱田城方向撤去。
敗退的幕府軍一直撤到濱田城西南的大麻山、雲雀山、鳶巢山一帶，希望可以憑據天險，擋住長州軍向濱田城挺進的步伐。
幕府軍立足未穩，長州軍已經殺到。而大麻山、雲雀山、鳶巢山雖然險峻，但並無像樣的防禦工事，加上幕府軍新敗，建制混亂，將不知兵，兵不知將，軍無戰心，根本無法阻擋長州軍向上的進攻。大麻山、雲雀山先後陷落，鳶巢山上的守軍，見黑壓壓的長州兵爬了上來，一槍未放，便一鬨而散。
大村益次郎乃指揮長州藩軍，進抵濱田城下。
松平武聰急以「幕府征長北路總督」的名義，札調因州藩、備前藩來援。因州藩藩主是池田慶德，備前藩藩主是池田茂政，這哥倆本來就反對征長，當然是不肯出兵的，回信中反而假惺惺地勸松平武聰和長州藩議和，「訂定睦鄰之盟，銷兵解怨，以慰聖心」，氣得松平武聰發昏章第十一。
正在彷徨無計，長州軍開始攻城了。
松平武聰料定自己守不住，像小倉藩的小笠原忠干一樣，在城中放了一把火，然後舉藩下海，乘船逃往松江藩。
大村益次郎率軍進入濱田城，在城中各處豎起「長州支配」的木牌。
接著，大村益次郎分兵北進，進佔石見銀山。石見銀山的代官未做任何抵抗，便棄城而去。
石州口一路，幕府不但喪師，而且失地，真正是一敗塗地。