■滅亡步驟
綾波零No.卡特爾雖然開炮攻擊真嗣，卻沒殘留任何物質、能量或足跡，帶著0·0EVA一起在霧裡消失無蹤。
以精神鏡像連結控制她的，則是眾綾波靈魂的主人，零No.特洛瓦。
因此無論這次卡特爾的叛亂是過失或故意，特洛瓦都有主導嫌疑，而遭到監察室與情報部嚴加審問。
但是對於零No.特洛瓦而言，他們的聲音宛如隔著一道牆般遙遠。
別說No.特洛瓦，連No.珊克、希絲的聲音也聽不到。
與其說失去姐妹，倒不如說自己的身體縮得很小很小，而且失去手足動彈不得。內心這麼想的她，選擇封閉自我。
零No.特洛瓦被關起來，最先來探訪的人是明日香，房門隨著一陣騷動與怒喝開啟。
明日香粗魯地甩開監察室人員的制止登場，帶著嗚咽質問她。
「為什麼……！」
到了這時，零No.特洛瓦才曉得監察官說她的分身零No.卡特爾殺害真嗣一事不假。
儘管能解讀綾波平淡表情的人很少，不過明日香能夠從零No.特洛瓦臉上看出卡特爾的失控並非出於綾波的意志。
然而，即使明白這點，已經發生的結果也不會有任何改變。
氣急敗壞的明日香，揪住綾波的制服衣領把她拉起來。
「我不會輕易認定他已死，因為我還沒償還三年前欠他的債。」
初號機被貳號機拖回去後，並非放在主要使用的第一整備室，而是先前長期封鎖的第二整備室。第二整備室儘管是備用，卻是目前總部設施里最舊的部分。這個位於舊Geofront外緣北部地下深處的地點，同樣在三年前總部戰時被打穿了天花板，量產型EVA就是在此解體。
為了確認真嗣的生死而掃描F型初號機內部後，不只技術部的人，就連科學部的人也不知所措。
——不明白究竟是怎麼回事。
別說找到插入拴與真嗣的影子了，就連EVA的巨大骨骼構造、內臟、肌肉、體內器官等等的物理性境界都不再明確，開始模糊混淆。
在老舊整備室的控制室里，工程師擦掉螢幕上薄薄的積灰，可是眼中所見的異常現象並未改變。
初號機拘束裝甲遭到貫穿，上頭就像投入大石的水面一般，有處融化飛濺的痕迹。0·0EVA的特強伽瑪射線燒穿裝甲，於是內部產生的瞬間汽化——也就是大爆炸，把體內攪得一塌糊塗。可是單單以此解釋還不夠。各種邊界全都逐漸消失，骨骼也不例外……在三千六百噸的身軀遭到自身體重壓垮前，整備室里緊急灌滿了LCL。
初號機由F型拘束裝甲所裹住的巨大人型部分，處處都逐漸變得一致，彷彿EVA的身體忘記了自己曾是EVA似的。只有一個部位除外——
步向死亡的身體內有個與眾不同的地方，往外釋放的能量多到有危險。
2S機關。
過去捕食使徒塞路爾的組織，在初號機體內與核心融合而產生的動力源。不僅是讓初號機擺脫供電纜線的動力爐，更是存在的發動根源。
與暴走時相當的力量，目前就在該處不規則地出現又消失，顯得極為不穩定，還發出有如遠方地鳴的聲音。
真嗣此刻別說生死，就連存在有無都不清楚，緊急排出不得不暫緩。因為無論做什麼，都得先停下處於暴走狀態的2S機關。
理由只有一個，避免能量解放造成第三次衝擊。
人們必須想辦法控制住有如沸騰大油鍋般的2S機關，順利讓失去主人的力量散掉，讓初號機迎接安靜的死亡。
然而事與願違，情況更顯惡化。
「2S機關的半徑正在改變……漸漸掉到『另一邊』了——」
在深夜敲定的全市民避難，等到天亮後氣溫上升才實施。包括第三新東京市在內，在箱根山火山臼範圍內生活的民眾開始往外避難。
由於無法確定初號機會在哪個時間點暴走，因此聯合國拒絕提供EVA運輸機。即使有讓0·0EVA升空用的推進器，此刻無法隨意張開絕對領域的初號機依舊無法使用，丟到遠方這條路行不通。
——只能在箱根解決。
目前人潮塞滿了交通工具。對民眾的說法是，發現都市結構受到嚴重而需要緊急處理的損傷，而且影響範圍廣大，為了儘快且順利地復原而請大家暫時離開。
儘管復原作業確實有在進行，不過全都會中途放棄。等到民眾避難完畢後，作業人員和NERV職員就會放棄剩餘作業逃離此地。
日本國政府則是以答應NERV JPN要求的形式，在聯合國租界箱根山火山臼通往外頭「日本」的幹道與鐵路車站部署戰略自衛隊。大部隊將以保護避難民眾的名義設下檢查哨，盤查第三新東京市民並將他們送往外界。
青葉茂混在等待巴士的隊伍之中，他事先以人工皮膚與假資料隱形眼鏡變裝，還拿著集情報部偽造技術大成的ID卡。如果要問現在的他有什麼可疑之處，就是穿著風格還留在上個世紀。戰自的閘門主官雖然一臉狐疑，不過對方聲稱是個人喜好也無可奈何，於是閘門亮起綠燈放他通行。
背著吉他的青葉，目的是請大學時代的恩師提供協助。
如果搭聯合國的直升機出來就不用如此麻煩，但在那種情況下，頂多就是令提防專業知識與人才外流——尤其是外流到NERV——的日本國政府，安排一個會讓他與目標擦身而過的舞台。
「雖然過去想要什麼都徵調得到，以我個人來說其實挺同情他們就是嘍～」
即使心裡這麼想，他依舊沒有空手而回的打算。
2S機關——這個來歷不明的動力源，以前人們認為能夠用人類的技術複製，若是碳60那種足以抵抗部分潮汐力的材料應該行得通。
若能做到，應該會帶來能源革命吧。
然而一段時間後，人們的認知有所改變。
因為2S機關在這個世界展現的樣貌，不過是整體的一半。
這種近似科幻的理論物理學者言論，起先同為科學部的人也沒幾個願意聽，可是在唯一的證明方法——數學推導出「反面」的存在後，大多數人發現這樣想反而方便。
一半在另一邊，聽到這種話依舊無法想像。以穿透掃描觀察到的2S機關，是一堆長寬高几乎完全相同的雙股螺旋。
將這堆在三次元宇宙顯得一團亂的東西，置換成膜宇宙理論的數學性二次元之後，就像把一團布料攤開似的，樣貌明顯有所改變。
它在膜宇宙上形成放射狀的八根天線。
膜宇宙理論告訴大家，假設宇宙為二次元時，唯有重力不會受到二次元平面所困，能夠偏向高度軸——也就是宇宙之外。而且逸散的能量畢竟是全方位散播，所以遠比面上的能量來得大。
——2S機關會汲取這些逸散能量，送回這個宇宙加以利用。
根據推論，那八根天線實際上應該遠比所見的更長，天線之間還像雨傘一樣張起了膜，構成廣大的八邊形——這就是人類看不見的反面。
此刻，2S機關在「這一邊」的份量逐漸減少。
因為它正落向「另一邊」。
「這種現象，以前從沒發生過。」
第二整備室里，摩耶脫口說出一句她身為科學家實在不願講的話。
另一邊是高次元宇宙，照理說2S機關愈往那邊沉，能夠取出的能量就愈為龐大。
——但是人們現在想滅掉那把火。
根據計算，理論上沉得愈深，這邊的座標就愈不安定；一如預期，無處可去的能量開始劇烈振蕩。
「討人厭的計算結果總是會命中。」
「哈哈，一點也不錯！」點頭附和摩耶抱怨的工作人員開始考慮要做決定了。也就是該以性命為重去避難，或是坦然面對與其說是職務不如說是興趣的慾望，對那個有機會觸及宇宙另一邊的誘惑以身相殉。
兩者都難以割捨。
陷入這種自我陶醉式掙扎的數人，被摩耶的聲音拉回現實。
「更換初號機的拘束裝甲！快點準備，我立刻去徵求上頭同意，所以開始拆……！」
「咦？」
因為初號機熱量而開始變溫的LCL接觸從外面流入的寒冷空氣後，室內煙霧瀰漫。在一切物體都結露滴落的老舊解體整備室之中，初號機靜待那一刻到來。
明日香受命支援清理倒塌建築與崩毀橋樑等物的大型復原工程。無線電通訊此起彼落，連日以來她都