最初幾月內，金庸便忙著招兵買馬，聘得幾位出色人才。其中有雷煒坡，當時在《晶報》當記者，被金庸拉來做採訪主任，他以柳鳴鶯為筆名寫的「伶星專欄」，專寫明星的愛情生活等花邊新聞，很受歡迎。另外《明報》早期的「招牌菜」還有簡而清以簡老八筆名寫的馬經，汪昆以「識途老狗」為筆名寫的澳門狗經。
不過在初期，金庸的武俠寫作，仍是報紙的主要支柱：後來倪匡說，「《明報》不倒閉，全靠金庸的武俠小說。」
《神鵰俠侶》是承接《射鵰英雄傳》的故事，其江湖世界也順理成章地繼承了上一部的設定；不過《射鵰英雄傳》的主角郭靖、黃蓉在這本書里已經年屆中年退居二線，書中主要寫的是前書中人物楊康之子楊過的成長，和他與小龍女感天動地的愛情故事。
《神鵰》最大的主題是「情」，強調個人的情愛的自由和個性的解放，因此我們可以發現，「情」在金庸作品中的分量較之以前加大了許多。這部書以失戀之李莫愁、武三通開始，引出層層人物，而到楊過、小龍女二人。楊過是其父母愛情悲劇的產物，而小龍女之師祖林朝英與王重陽，亦終生因愛情而痛苦。到了楊過、小龍女，由於師徒相戀，不為世俗所容，乃至重重曲折後方成眷屬。這個主題是《射鵰》的主題的反寫；強調的是一種個人的、自我的慾望，楊過最後放棄了「大俠」的功業而和愛人隱居，是遵從了小龍女的個性和願望，比起《射鵰》所堅持的「俠之大者，為國為民」，《神鵰》更突出一種屬於女性和弱者的聲音。
與此同時，《飛狐外傳》也在《明報》的附屬刊物《武俠與歷史》上連載。這份雜誌上兼顧武俠小說和歷史小說，也連載過很多不錯的作品，除金庸的《飛狐外傳》外，還有他的中篇《鴛鴦刀》、古龍的中期轉型代表作《絕代雙驕》等。由於種種原因，它後來停刊了，頗為可惜。
同時寫作兩本武俠小說，是金庸最艱難的時期。這兩本小說都與金庸早期作品有關，《神鵰俠侶》是「後續」，而《飛狐外傳》則是「補完」。在《飛狐外傳》中，金庸借用他早期作品《雪山飛狐》的情節，將在那本小說中退居次位的胡斐形象補充得更豐滿而完整，如果說郭靖是金庸筆下的「為國為民」的「俠」的理想的化身，胡斐則是金庸「鋤強扶弱」的理想的化身。他可以為素不相識的一家三口打抱不平，不為所愛之人的求懇所動。
《神鵰俠侶》告捷後，金庸開始寫他的另一部小說《倚天屠龍記》。《射鵰英雄傳》、《神鵰俠侶》和《倚天屠龍記》這三部小說按時間先後而下，有內容的延續性，因此後來被合稱為「射鵰三部曲」。前一部書中的人物和他們的後代在後一部書出現，而推動後一部書中主人公命運的發展，使金庸的武俠世界變得更完整而豐富。
《倚天屠龍記》的最大突破，是其中對於「正邪」的融合與思考。武俠世界中從來正邪不兩立，邪不壓正是武俠的根本原則。然而，金庸試圖從更加人性化和更加真實的層面上，來考察「正邪」的觀念和現實的矛盾，人性中善與惡的矛盾。這種正邪的辯難在他從前的作品中已經出現過，譬如亦正亦邪的人物夏雪宜、黃藥師等。但是，這些人都只是「個體」，把它放到群體和社會的範圍來考察，探討正邪與人性的關係和轉化，則是至《倚天》始大成。當時這樣的小說，對於許多人來說，是一個巨大的衝擊，殺人無數的金毛獅王竟與正派主角張無忌感情深厚，張無忌又當上了被認為是邪教的明教的教主，並與敵國的郡主趙敏發生戀愛，而正派的滅絕師太剛愎好殺，周芷若暗藏心機……金庸後來解釋說：「在《倚天屠龍記》中，我要寫的確是我對人生一種看法，想表達一個主題，說明這世界上所謂正的邪的，好的壞的，這些觀念有時很難區分。……人生其實很複雜，命運跟遭遇千變萬化，如果照一定的模式去描寫的話，就太將人生簡單化了。」
這種「正邪轉化」的觀念造成金庸筆下人物形象的豐富與複雜性，而在他寫的所有人物形象中，也多以正邪參半的形象最有魅力——在《倚天屠龍記》里，殷素素、楊逍、趙敏這樣的形象，遠比正派的張翠山、張無忌父子令人喜愛而印象深刻。也許，這類在性格上不失真誠性情，有「正」的一面，而又不受世俗約束，有任性放縱的「邪」的一面的人物，其實恰恰是武俠小說中最典型最具代表性的形象。他們身上，既體現了武俠小說放縱性情，超凡脫俗的魅力，又體現了武俠小說對抗法治，濫殺無制的危險。這種「危險的放縱」是武俠帶給我們的一個夢，也是武俠最常遇到的一個質疑；到底武俠能夠將這個夢發揮到什麼地步，又需要什麼底線為限制，事實上，也是武俠小說至今仍然面臨著的問題。
這部作品中的女主角趙敏和周芷若，金庸以為，都是心機太深而不討人喜歡的。不過，這部作品中描寫感情最美好的地方卻是男子之間的情義。張三丰的武當派成為金庸筆下最富有溫情和人性的門派，也為武俠小說世界裡所少見。
而後來金庸修訂的時候，仍然覺得自己當時的感受太過膚淺；經歷了更多年的風風雨雨後，他感傷地道：「真實人生中不是這樣的。因為那時我還不明白。」
從《神鵰》到《倚天》，說這幾部武俠小說為《明報》打穩了基礎，應不為過。但是《明報》權威性的建立，卻是依靠它的社評——之後，《明報》成為華文報紙中的著名大報，金庸和他的社評起著決定性的關鍵影響。
1962年，正是中國大陸三年自然災害時期。當時中國民眾面臨建國以來最大的生存困難，在飢餓的逼迫下，大批大陸人，特別是廣東一帶，採取了偷渡香港以求生的方式。當時香港居民已經有三百多萬，自然承受不住如此大批偷渡者帶來的壓力，為了緩和越發緊張的港內經濟矛盾，香港當局用強硬手段將大陸移民押運回深圳，但是仍然無法阻攔移民持續大批湧入。這便是香港歷史上的「逃亡潮」事件。
在事件早期，《明報》保持著平靜和觀望的態度。對於與政治關係密切的問題，金庸出於小心不希望介入。隨後，事情越來越大，《明報》也開始以比較客觀和淡漠的態度來做少量一般報道。但是，隨著事態的發展，采寫新聞的記者們深入底層看到移民的悲慘生活時，都異常激動，要求對移民給予更強烈的關注和幫助；金庸在深思熟慮後，做出了真實報道這樁事件一切真相，並爭取為移民提供幫助的決定。《明報》在這場移民潮中，為移民募捐到大批救援物資，對移民給予了大量同情與援助。
但是在態度上，《明報》則站在港府一邊，金庸認為，對於整個香港的實際利益來說，大批移民的湧入，無疑是一場災難，假如不予解決，便會給港民帶來極大災禍，因此，他支持港府的遣返政策，並批評大陸政府對移民潮的縱容。這便與《大公報》的左派立場產生了分歧，《大公報》也多次發表文章批評金庸與《明報》。由於這場爭論關係到香港市民的切身利益，《明報》的發行量直線上升，自移民潮和筆戰《大公報》之後，發行量從一萬幾千份上升到四萬份，報紙也由小報規模擴展為兩大張。
《明報》事業穩定下來，金庸的武俠小說創作事業也隨之並進。1963年，他在《明報》上連載《天龍八部》，這是他結構最龐大，人物關係最多樣而複雜的一部小說，非具有強大操控力不能為。
《天龍八部》連載期間，金庸受邀赴倫敦參加國際新聞協會主辦的會議，並預備順便在歐洲做一次長途旅行，而此時《天龍八部》尚在連載中，不可能長期停載，在這種情況下，金庸決定找人代筆，這個人便是著名武俠、推理、科幻小說家倪匡。倪匡對金庸推崇備至，曾經說過「沒有人可以代寫金庸小說」。於是，金庸找到倪匡，而當時在場的還有著名作家董千里先生。
金庸當時說得很技巧：「倪匡，請你代寫三四十天，不必照原來的情節，你可以去自由發展。」
倪匡自己說他當時的想法：「這等於是說：千萬不可損及原著，你自管去寫你自己的好了！換了別人，或許會生氣。但我不會，高興還來不及！若是連自己作品和金庸作品之間有好幾百萬光年距離這點都不明白，那是白痴了，幸好還算聰明，所以一點不生氣，連連點頭答應。」而金庸又說：「老董的文字，較洗鍊，簡潔而有力，文字的組織能力又高，你的稿子寫好之後，我想請老董看一遍，改過之後再見報！」而倪匡的想法是：「這等於說：倪匡你的文字不好，雖然任由發展，還是不放心，要找人在旁監督，以防萬一出毛病。換了別人，又可能會生氣，但我不會。因為金庸所說是實，董千里先生文字之簡煉有力，海內外共睹，能得到他的幫助，對我今後小說創作的文字運用方面，可以有很大的改進，所以欣然答應。」
於是「代寫」之事，終於敲定，倪匡雖得了這個「自由發揮」權，但是自言寫得也是戰戰兢兢，等金庸歐遊歸來，大概寫有六萬字左右，基本都控制在不影響原著進展的範圍內，後來修改時，金庸為保持他本