費爾米納確實是在半夜上船的，她走得十分隱秘，面戴守孝的黑紗，但登上的不是古納德公司開往巴拿馬的遠洋輪，而是開往沼澤地聖?胡安市的普通船。聖?胡安是她的出生地，她在那裡度過了青年時代。隨著歲月的流逝，她的還鄉之情越來越濃。她不顧丈夫的意見和當時的風俗習慣，除了一位十五歲的由她家的女僕照料長大的養女之外，沒有帶任何人。但是，她把自己的行程預先通知了各船船長及各個港口當局。當她作出那一輕率的決定時，她對兒女們說，要到伊爾德布蘭達姨媽那兒調整三個月，但內心已決定長期留在那兒。烏爾比諾大夫十分了解她倔強的脾氣， 他感到萬分難過，但還是低聲F氣地答應下來，將它視為上帝對自己沉重罪過的懲罰、可是，當輪船的燈光還沒有在他們眼前消失時，他們已在感到懊悔了。
他們雖然保持著形式上的通信，談談兒女們的情況及家中的其他事情，但是幾乎兩年過去了，誰也沒有找到一條回頭之路，每一條解決矛盾的道路都被他們的自尊心堵死了。孩子們第二年學校放假時到弗洛雷斯?德馬利亞鎮去，費爾米納儘力表現自己對新的生活很能適應，至少烏爾比諾醫生從孩子們的信中得出了這樣的結論。在那些日子裡，里約阿查的主教正騎著他那頭著名的披金綉邊馬農的白騾子在那一帶熱情地巡行。來自遠方的朝聖者、手風琴手、食品小販和賣護身符的人紛紛跟在主教後面。有三天的時間，莊園里雲集著殘疾人和各種患不治之症的人。這些人實際上並不是來聽主教博學的講道和請求赦罪的，而是來向騾子乞求賜福的，據說這匹騾子能背著主人做出種種奇蹟。主教過去是個普普通通的牧師，當年就是烏爾比諾家的熟人。一天中午，他從講道的地方逃到伊爾德布蘭達莊園來吃午飯。午飯中間，他們只談了些塵世的事。吃過午飯，他把費爾米納叫到一邊，想聽聽她的懺悔。但是她既客氣又堅定地拒絕了。理由很明確，她沒有什麼好反悔的。儘管那不是她的目的，但她起碼也意識到了，她的這一回答將會傳到應該傳到的地方去。
烏爾比諾大夫多少有點恬不知恥地說，那兩年的痛苦生活，不是他的過錯，而是由於妻子的一種壞習慣，她喜歡聞家人和自己脫下的衣服，以便憑氣味決定該不該送去洗，儘管粗看上去還很乾凈。這是她從小養成的習慣，直到丈夫在新婚之夜發現她這一行為之前，她從來沒有意識到這種動作會招人非議。丈夫還察覺她每天至少三次把自己關在盥洗室里吸煙，他對這一點倒並不在意，因為她這樣出身的女人，常常三三兩兩地關起門來談男人，吸煙，喝廉價燒酒，甚至喝得象泥瓦匠那樣醉醺醺地倒在地上。但是對她碰到什麼衣服就嗅的習慣，他不僅認為不合適，而且認為有害健康。她把丈夫的意見當做玩笑。對丈夫的意見，當她不屑爭論時，她都是這麼對待的。她說，上帝把勤快的黃鵬鳥的鼻子安到她臉上，不單是為了擺設。
一天早上，她上街買東西時，傭人們在家中嚷叫起來，鬧得四鄰不安，因為她三歲的兒子失蹤了，他們找遍了旮旮旯旯，哪裡也找不到。她回家時，全家都在惶惶不安。她象鷹犬似的轉了兩三圈，在誰也想不到的一個衣櫃里找到了他。丈夫驚得目瞪口呆，問她怎麼會到那兒去找，她回答說：「衣櫃里有股屎味。」
事實上，她不僅能用嗅覺來判斷衣服該不該洗，孩子到哪兒去了，而且還用嗅覺來判斷她一切生活領域中特別是社會生活領域中的方向。婚後，尤其在婚後初期，烏爾比諾一直在觀察她這一點，當時她處在一種業已存在了三百年但使她極端厭惡的環境中，她對一切都是門外漢，然而她在劍鎖縱橫的珊瑚叢中卻能遊刃有餘，不同任何人發生衝突，這表明她深請世情，有一種超然的本能。這種令人可怕的本領可能出自宿慧，也可能出自一副鐵石心腸。不管其來源如何，有時它也會帶來禍患。
一個倒霉的星期天，在去做彌撒前，費爾米鋼又純粹出於習慣，嗅了嗅丈夫頭一天下午穿過的衣服，她立刻惶惶不安起來，覺得同床共枕的丈夫彷彿變成了另一個人。
她先嗅外套和坎肩，一邊嗅一邊從扣眼上摘下短鏈懷錶，從兜里取出自動鉛筆、錢包和為數不多的零錢。她把這些東西逐一放在梳妝台上，然後嗅了沒卷邊的襯衣。
嗅襯衣時，她取下了領帶夾、袖口上的黃色的晶扣和假領上的金扣，接著她又嗅了褲子，同時取出了帶著十一把鑰匙的鑰匙圈、帶珍珠母外殼的折刀。最後，她嗅了內褲、襪子和綉著字的手絹。毫無疑問，每件衣物上都帶有一種他們那麼多年共同生活中從來沒有過的氣味，一股說不出的氣味。既不是花香，也不是人造香水味，而是人體本身的味道。當時她什麼也沒有說。此後，她不是每天都能嗅到這種味道的。她所以嗅丈夫的衣服，已不是出於想知道衣服是不是已經髒得該送出去洗了，而是出於一種無法忍耐的五內俱裂的焦慮。
費爾米納無法從丈夫的習慣來推斷他衣服上的氣味來自何方。問題不可能出在上午下課以後到午飯之間的那段時間裡。因為她想，任何一個頭腦健全的女人都不會在這種時刻匆匆忙忙地談情說愛，更不會接待客人，她們得清掃屋子，整理床鋪，上街買東西和做午飯。何況，在那種時候，她們的某個孩子說不定會被磚頭打破了腦袋提前從學校回家，如果讓孩子看到母親上午十一點鐘赤身裸體地躺在被褥狼藉的房間里，而且更糟糕的是，還和醫生在一起，那就不可收拾了。所以，衣服上的氣味只能是在出診時，或者是晚上下棋、看電影的時候染上的。這種情形就很難弄清了，因為費爾米納同她的許多女友相反，她過分自負，不願自己去監視丈夫的行蹤，也不會求別人替她這麼做。看來，出診是最適合干這種對妻子不忠的事情的時刻，但最易被人發現。烏爾比諾醫生對自己全部病人都有詳細的出診記錄，連酬金都有一本細帳，從初診一直到送他們離開這個世界，畫十字，寫上一句為他們靈魂祝福的話，一切都記得清清楚楚，絕無疏漏。
過了三個星期，費爾米納有幾天沒有從丈夫衣服上嗅到那種氣味。可是後來又突然出現了，而且一連幾天，那種氣味特別濃烈。其中有一天是星期日，他們舉行家庭舞會。他和她一刻也沒有分開，可那氣味依然從丈夫的衣服上刺鼻地散發出來。
一天下午，她違反她的習慣與願望，進了丈夫的書房，幹了一件她從來不會幹的事情。她用一個精緻的孟加拉放大鏡，查看他近幾個月出診的錯綜複雜的記錄。這是她第一次單獨走進那間充滿雜酚油香露的書房。 裡邊放滿了各式各樣的皮封面書（不知是什麼動物的皮），還有學校里各班級的模糊不清的畫片、榮譽證書以及多年收集的奇形怪狀的等高儀和匕首。那間書房在她眼裡一向是丈夫私生活的秘密聖殿，她難得進去，因為它與愛情無關。以前她也去過幾次，但都是跟丈夫在一起，那是為了處理幾件急事。她感到她無權單獨進去，更不用說是去進行自己都認為是不體面的搜查了。但她畢竟走了進去。她在搜查時，她的恐懼幾乎並不亞於她的焦急。她迫不及待地想發現真情，但又怕傷害她的尊嚴，傷害她天生的自尊心。天哪，那簡直是鬼使神差的自我折磨。
她什麼也沒查清楚。丈夫的病人除去他們兩人共同的朋友外，也是他個人秘密的一部分。病人沒有註明身分，認識他們不是憑著面孔，而是憑著病症，憑著眼睛的顏色或心臟診斷書，憑著肝的大小，舌苔的厚薄，尿液中的凝塊和夜間高燒時的幻覺。病人們信任她的丈夫。認為有了他，他們才能活著；而實際上，他們是為他而活著。這些人到頭來只不過在他開的醫生證明書的末尾得到他親筆寫的這麼一句話：請你放心，上帝正在門口等你。在徒勞無益地翻了兩小時之後，費爾米納快快地離開了書房，她感到自己受了不正派行為的誘惑。
在幻覺的驅使下，她開始發現丈夫的變化。她發現他說話躲躲閃閃，在桌上食欲不振，在床上無精打采，動輒發火，時不時地以譏諷的口吻訓人。他在家中已不象過去那樣平靜安詳，倒象一頭關在籠子里的獅子。結婚以來，她從來不注意他晚上什麼時候回家，現在卻連幾分幾秒都算得清清楚楚。為了套出真情，她不惜跟他耍花招，可事後又出於心理上的矛盾覺得自尊心受到了致命傷害。一天晚上，她在幻覺中驚醒過來，似乎丈夫正在黑暗中用憎惡的目光注視著她。她感到不寒而慄，正象年輕時發現阿里薩來到她的床邊時不寒而慄一樣，只不過阿里薩的出現與仇恨毫無關係，純粹出於愛情。再說，這一次，實際上並不是什麼幻覺：丈夫確實從凌晨兩點就醒來了，一直坐在床上看她睡覺。但當她問他為什麼時，他卻矢口否認，重新把頭放在枕頭上說：「該是你在做夢吧。」
經過這天晚上的事和在那段時間裡發生的其它一些類似的莫名其妙的事以後，費爾米納感到神思恍惚，簡直要發瘋了。她不太清楚事情要到什麼時候了結，也不知道夢幻從何處開始。最後，她發現丈夫沒有出席星期四的聖體節去領聖餐，而且最近幾個星期中每個禮拜日