在日本天皇裕仁發表詔書宣布接受波茨坦公告的時候，日本不得不承受了可恥的失敗。歷史再次證明，將國內矛盾轉嫁給他國的侵略戰爭註定了要失敗。日本問題專家賴肖爾寫道：「這個國家筋疲力盡的人民把最後一點力量和精力都用來進行戰爭，現在，這是一個完全失去了物質和精神的人民——一個飢餓的、驚愕的、失敗了的人民。」反法西斯戰爭剛剛取得偉大勝利，硝煙還沒有完全散去，中國和盟國隨即展開了對日本戰爭罪犯的審判工作。審判戰爭罪犯，既是一個法律問題，又是一個政治問題；既是一個現實問題，更是一個歷史問題。
審判戰犯的目的，不僅是清算一個又一個具體的戰爭罪犯，更是要剷除邪惡力量得以生根發芽、開花結果的土壤；不僅是慰藉無數的死難者，更是要讓燦爛的和平之光照耀人類的未來。審判是對大大小小的軍國主義分子們的嚴厲懲罰，審判也是全世界愛好和平的人民的心聲。
一九四四年十一月，同盟國戰爭罪行調查委員會遠東太平洋小委員會在重慶制定日本戰犯嫌疑人的名單。一九四四年二月二十三日，中國國民政府敵人罪行調查委員會在重慶歌樂山成立，調查的重點包括「謀殺、屠殺及有組織有計畫的恐怖行為」、「強姦婦女、擄掠婦女，或強迫婦女為娼」、「使用毒氣、散播毒菌及其他毒物」、「殺害戰俘或其他傷病軍人」等十三種罪行。
日本宣布投降以後，對戰犯的審判工作在兩個層面上展開。一個層面是中國國內的審判；另一個層面是同盟國共同參與的遠東國際軍事法庭的審判，也就是與紐倫堡審判齊名的東京審判。
一九四五年十二月五日，國民政府戰犯處理委員會在重慶成立。戰爭罪犯的案件由國防部統一分配給各軍事法庭審理。中國的軍事法庭一共受理戰犯案件一千五百二十三件，經過審判執行死刑的戰犯一百一十名，無罪遣送日本的九百三十三名，經過審判執行死刑的一百一十名，有期徒刑一百六十七名。
但是，戰後中國的司法機構對日本戰犯的審判，留下了諸多遺憾之處。
一九四五年八月十五日，蔣介石對全國軍民及世界人民作廣播講話說：「我想起了基督寶訓上所說的『待人如己』與『要愛敵人』兩句話，我們中國同胞須知『不念舊惡』及『與人為善』為我民族傳統至高至貴的德性；我們一慣聲言只認日本黷武的軍閥為敵，不以日本人民為敵，今天敵軍已被我們盟邦擊潰，我們並不要企圖報復，更不可對敵國人民加以污辱，我們只有對他們為他的軍閥所愚弄所驅使表示憐憫……」
蔣介石對日本侵略者採取「以德報怨」的方針，既有他個人的原因，也跟他對當時國際國內局勢的評估有關。蔣介石青年時代曾在日本軍校求學，對日本頗有感情。蔣介石既是一名基督徒，又是中國傳統文化的傳揚者，因此主張以寬恕的姿態對待戰敗的敵人。同時，他面對國內一觸即發的內戰以及全球即將成型的冷戰格局，也希望將日本問題轉化為在現實政治鬥爭中對自己有利的棋子。
在這個複雜的歷史背景下，才出現了侵華日軍最高司令官岡村寧次不僅逃脫了正義的審判，而且搖身一變成為蔣介石高級顧問的咄咄怪事。
根據中國國民政府「以德報怨」的政策，從一九四五年十一月第一批遣返船從塘沽港離岸開始，到第二年八月二十一最後一批日俘、日僑在日本登陸為止，共計有一百二十五萬五千多名日軍俘虜、七十八萬五千多名日本僑民從塘沽、青島、連雲港、上海、基隆等港口乘船回國。之後，還有日俘、日僑陸續回國，總計三百一十萬人。
當時中國內部並不安寧，運力極其緊張，但國民政府依然動員大量運輸工具和船隻，讓這些曾經傷害中國的日本人及時、安全地回到家園。考慮到日本已成一片廢墟，為了減少他們回國後的生活困難，中方還允許每人攜帶三十公斤行李。這樣的優待，是戰後在盟軍集體管理下的德國戰俘所不敢想像的，也是古往今來戰勝國對戰敗國從所未有的優待。
然而，中國政府的寬容政策，在以後的歲月里並未獲得日本方面的善意回應。
在戰爭賠償方面，據不完全統計，在十五年的抗戰中，中國政府和人民的財產直接損失為一千八百億美金，間接損失超過了六千億美金。這筆巨款未能追回，是中國在勝利條件下的巨大損失。這是冷戰格局下美蘇兩個超級大國對中國應有的權利的漠視，同時中國的決策者們對此也負有一定的責任。
戰後，中國僅僅從日本獲得了兩千五百萬美元的賠償。從一九四八年到一九四九年，中國賠償委員會派船隻到日本橫須賀接收日本的賠償物資，先後二十二次，運回賠償物資一萬五千餘箱，全部價值為兩千兩百五十萬美元。這個數字只有中國政府提出的賠償要求的萬分之三。
與之相比，亞洲其他受害國家得到了更多的賠償。以戰爭賠償的名義，印度尼西亞獲得八億美元，菲律賓獲得八億美元，緬甸獲得兩億美元，越南獲得三千九百萬美元。即便是中立國瑞士、瑞典、丹麥、西班牙等也得到了數量不等的財產損失賠償。
比中國國內審判日本戰犯稍晚，以審判日本甲級戰犯為主的遠東國際軍事法庭在東京開幕。
一九四六年一月九日，美軍駐日統帥麥克阿瑟發出設立遠東國際軍事法庭的命令。十天後，盟軍公布「遠東國際軍事法庭憲章」。憲章規定，遠東軍事法庭審理的犯罪包括「破壞和平罪」、「違反戰爭法規或慣例罪」、「對人道的犯罪」等。
一九四六年二月十八日，麥克阿瑟任命澳大利亞人韋伯為首席法官，另外還任命了來自中國、蘇聯、美國、英國、菲律賓、加拿大、紐西蘭、印度等國的十名法官。頗有諷刺意味
的是，法庭設在原日本陸軍省，庭長室則設在東條英機原來的辦公室里。
遠東國際軍事法庭共開庭八百一十八次，法官內部會議一百三十一次，四百一十九位證人出庭作證，七百七十九位證人提供供述書和宣誓口供，受理證據四千三百三十六份，審判記錄四萬八千四百一十二頁。審判持續了兩年之久。
參加東京審判的中國法官梅汝璈回憶說，在審判南京大屠殺元兇時，「我們花了差不多三個星期的工夫專事聽取來自中國、親歷目睹的中外證人的口頭證言及檢察官與被告辯護律師雙方的對質辨難，接受了一百件以上的書面證詞和有關的文件。」由此可見，東京審判既符合道義原則，也符合法律精神。戰後少數日本保守勢力對東京審判的質疑是毫無根據的。
另一方面，從整體上來看，東京審判遠遠沒有紐倫堡審判那麼全面和徹底。由於戰後的國際局勢迅速向冷戰方向發展，國際檢察團沒有充分的時間去發掘更多的證據，在量刑上存在著某些偏頗之處。
從一九四八年四月十一日開始，東京國際軍事法庭開始宣讀長達一千兩百三十一頁的判決書，八天之後才宣讀完畢。法庭對二十五名被告作出了判決，其中東條英機、土肥原賢二、松井石根等七人被處以死刑，梅津美治郎、鈴木貞一等十六人被處以無期徒刑，東鄉茂德、重光葵等二人被處以有期徒刑。日本軍國主義者中，對「九·一八事變」、「七·七事變」和太平洋戰爭承擔責任、被判處絞刑只有七人，量刑之輕讓人驚詫。
不久之後，盟軍方面陸續釋放了除二十八名甲級戰犯以外的全部戰犯嫌疑人。僅幾年後，盟軍還將被判處有期徒刑的十八名甲級戰犯予以提前釋放。
戰後逃避審判、但罪刑嚴重的戰犯有七三一部隊的締造者、陸軍中將石井四郎。像這樣一個對世界人民犯下滔天罪行的魔鬼，居然能安享晚年乃至獲得立碑紀念的榮譽，這一事實確實發人深省。
美國記者鮑威爾利用美國的「情報公開法」獲得了美軍最高機密情報，發現戰後麥克阿瑟的助手與七三一部隊殘餘人員進行幕後交易的經過：七三一部隊成員向美軍提供他們的研究成果，而盟軍則赦免他們。
雖然在日軍細菌戰部隊用來進行各種活體試驗的俘虜中有人數不明的美國人，但出於實用目的，美軍負責處理此項事務的專家卻指出：「石井部隊的資料是出資數百萬美元和長期進行研究的成果，這種資料是附著於活體試驗的，受到良心的責備，我們在實驗室是無法取得的，我們為了取得這些資料僅僅花費七百美元的很少一點錢而已，是廉價品。」
於是，美國軍方和國務院決定：「由於日軍細菌戰情報的重要性，美國政府決定不揭發日本細菌戰集團中的任何一個人員為戰犯。」
這些黑幕告訴人們，戰爭的結束並不意味著正義的自動來臨。正義與邪惡之間的鬥爭，還將在人類的歷史上長期地存在下去。
一九四六年一月四日，盟軍總司令部向日本政府提交了一份清洗計畫。計畫中列舉了要求罷免和清洗的七類人：第一類為戰犯，第二類為職業軍人和陸海軍部特別警察和官吏，第三類為極端民族主義、暴力主義和秘密愛國團體的主要成員，第四類為參