荷蘭與印尼共和國的政治會談宣告失敗後，荷蘭執政的工黨政府受到壓力並準備作出讓步。一九四六月一月底，英國政府面臨著在印度掀起的一個運動，該運動反對印度軍隊的士兵被僱用去參加印度人認為是對亞洲國家的民族主義運動的鎮壓，英國只得與荷蘭政府的代表進行磋商。
會談最後決定，英國當局承擔進一步努力營救俘虜和被拘留者，並為荷蘭人和印度尼西亞人之間進行談判創造條件，而荷蘭人則同意奉行一項促進他們和印尼檢和派相互諒解的政策。
同時，聯合國安全理事會也就印尼問題展開了辯論。共和派領導人除了向印度和錫蘭呼籲支持外，還請求斯大林進行調解。一九四六年二月七日，烏克蘭代表團團長提議派遣聯合國的一個專門委員會對當地局勢進行調查，並重建和平秩序。二月十日，維辛斯基代表蘇聯參加討論，支持烏克蘭代表。但經過三天的進一步辯論，烏克蘭的動議沒有得到足夠的票數，因此未獲通過。
而印尼共和派內部也出現了分歧，以沙里爾為首的內閣主張與英、荷兩國舉行談判，避免武裝衝突。但社會輿論對沙里爾內閣多表不滿。反對派積極活動，由三十四個政治組織的代表在中爪哇日惹集會，決議成立人民陣線。隨後，在中爪哇梭羅市舉行了人民陣線第二次會議，人民陣線改稱為印度尼西亞鬥爭聯盟，要求以荷蘭承認印尼獨立為談判前提，並要求立即改組內閣。
沙里爾內閣既受到國內一些政治力量的反對，同英、荷當局的談判又毫無進展，只好提出辭呈。但蘇加諾和哈達仍然支持沙里爾內閣堅持談判、避免武裝衝突的路線，授命沙里爾組織聯合內閣，擴大內閣的政治基礎。經過權力的重新分配，第二屆沙里爾內閣使各派政治勢力暫時取得了平衡。
一九四六年三月十三日，在英國主持下，荷蘭與印尼共和派再次舉行了談判。荷蘭人宣布，經過一段準備時期後，印尼人可以自由決定他們的政治前途，在準備期間將建立一個處於荷蘭主權下的印度尼西亞聯邦共和國。英國一方面支持荷蘭同印尼獨立派談判，一方面利用南洋國軍隊替換下來的部隊繼續擴大佔領印尼共和國在爪哇的勢力範圍，為荷蘭人開路，並增強荷蘭在談判中的地位。
到一九四六年五月份，荷蘭的軍隊已經達到了五萬人，英國軍隊開始逐步撤出，由荷蘭軍隊接管英軍佔領區。到了七月份，荷蘭軍隊的總數達到了七萬人，盟軍東南亞戰區司令部把所佔據的原荷屬東印度領土完全移交給了荷蘭政府。
這樣，除了南洋國實際控制的婆羅洲和蘇門答臘，以及印尼共和派控制的爪哇和馬都拉以外，荷蘭人在東印度群島其他地區都負起了軍事責任。但在爪哇荷蘭人只佔據著些大城市作為橋頭堡，即便在其他島嶼，也經常發生敵對行動；在爪哇，更是幾乎每天都出現同共和派游擊隊的零星衝突。
七月十六日，荷蘭派來的副總督范默克在望加錫附近的馬利諾召開一個大會，由來自婆羅洲、蘇門答臘、西里伯斯、摩鹿加群島、小巽他群島等地的代表參加。爪哇和馬都拉被排除在被邀請名單之外，理由是那些島上的局勢使人們不可能自由地表達他們的意願。
范穆克這次行動的幕後意圖是要建立一個敵對組織，以便使人看來印度尼西亞共和國不是印度尼西亞民族主義唯一的代表。馬利諾會議主張建立一個聯邦國家，取名為「印度尼西亞合眾國」，由四個成員國組成，即爪哇、蘇門答臘、婆羅洲和大東（即西里伯斯、摩鹿加群島和小巽他群島）。印度尼西亞合眾國「為建立政府機構，還需要有一段同荷蘭王國合作的時期，如果沒有這樣一個階段，印度尼西亞合眾國就不可能就荷蘭和印尼未來的關係應在什麼基礎上繼續發展這一問題作出一個自由和獨立的決議。」
馬利諾會議以後不久，沙里爾重新行使其共和國總理的職權。這時為了吸收一些馬斯友美黨的成員進入共和國內閣，內閣進行了改組。雖然馬斯友美黨人的加入，毫無疑問是有利於共和國的統一事業的，但是他們反對荷蘭的傾向，對同荷蘭政府達成協議來說，卻是一個新阻礙。再則，荷蘭與印度尼西亞武裝部隊在爪哇繼續發生摩擦，為了報復「盟軍的進攻行動」，印度尼西亞共和國停止了對被拘留者的撤退工作。
此時，南洋國聯合中國政府對印尼共和國設立集中營，關押其佔領區的華人提出了嚴正抗議，南洋國更是厲兵秣馬，派出艦隊炮轟八馬蘭以作威懾。
半年多的時間，南洋國一面鞏固蘇門答臘的勢力，一邊擴軍備戰，加緊訓練。南洋國艦隊雖然都是些舊艦，但在與荷蘭人和印尼人的抗衡中，卻是一支強大的力量。海軍陸戰隊一師、二師的成立，終於使海軍獨立於陸軍分離出來，而緊接著是空軍的分離。
印尼共和國請求斯大林調停，這觸動了美國敏感的神經，戰後美蘇的第一個角力悄然展開。戰後，日本人為準備本土決戰的飛機本來已經全部拆除了推進器，排列在機場等待拆解回爐，但現在又被秘密運到了南洋國重新組裝修理。
寥內群島的土地置換工作完成了，南洋國付出了占碑省的大片土地，使寥內省，不，應該說是寥內邦感到很滿意。卻不知南洋國佔據寥內群島後，與美國人簽署了秘密協議，將巴淡和加里夢租借出去，從而得到了美國人的大批援助。
美國人不傻，礙於盟國的面子為荷蘭人提供武器，但對荷蘭人能否控制東印度群島的局勢卻抱有深深的懷疑。而在戰後，充滿勃勃生機、悶頭大發財的南洋國看起來，更有成為東印度群島霸主的希望。