日本陸軍早就做好了和大清作戰的準備。
1882年朝鮮的「壬午兵變」剛剛結束的8月15日，陸軍的最長老山縣有朋大將就提出了一份意見書。山縣在這份意見書中提出「歐洲各國與我相距甚遠，無關痛癢」日本應該想定的敵國是「直接附近」的大清，如果不立即擴充準備與大清開戰的軍備則「帝國與誰語維持獨立，又與誰言富強」在這份意見書中，山縣提出了陸軍的作戰目標應該改為在大陸進行平野運動戰，將陸軍軍制現行面向防守的鎮台制改為面向進攻的師團制。山縣的建議得到了內閣和軍部的贊成，1888年已有的東京，仙台，名古屋，大阪，廣島，熊本六個鎮台分別改組成第一到第六師團，在組織上做好了和大清戰爭的準備。
在這段組織準備的時間內，日本軍部保持了低姿態，這就是在「壬午兵變」和「甲申政變」時，日本始終沒有採取激進行動，避免和清軍開戰的原因。但是恰好是這種低姿態，使得李鴻章和袁世凱放鬆了對日本應有的警惕，誤認為日本只是個「葺爾小國」對大清不構成威脅。
1893年10月，還是由山縣有朋代表軍部向內閣提出了一份「軍備意見書」在這份意見書中，山縣有朋指出「歐洲目前保持著勢力均衡，短時間內發生戰事的可能性極小，列強們正在專心致志地計畫著對亞洲的侵略；特別是沙俄正在建設的西伯利亞鐵道可能在十年內建成，日本要在這幾年內整備好軍備，這樣不僅能在一旦有事之時保證禍不及身，而且還能乘機取得更大的利益……那時我國的敵人將不是支那，也不是朝鮮，而是英法俄諸國。」
山縣還預測：「不出十年，我國和俄國關係必將破裂。在此之前我國必須確保朝鮮，所以應該考慮到早日進行對清戰爭，這是絕對重要的前提」這份意見書所闡述的意見其實是山縣在代表陸軍參謀本部遞交從1887年開始由參謀本部次長川上操六少將主持，由參謀本部第二局長小川又次大佐制定的「征清大作戰構想」這個構想的制定花了四年，到最後編成了甲乙兩套方案，乙方案是對付俄國人的，甲方案是對付大清國的。
甲方案中想定第一階段派第五師團出兵朝鮮，牽制清軍。然後看甲乙丙三種情況來繼續用兵進行第二階段，所謂甲乙丙三種情況就是指日本聯合艦隊取得黃海渤海制海權；和聯合艦隊不能取得黃海渤海的制海權，但北洋水師也取得不了；以及北洋水師取得黃海渤海制海權這三種情況。
第一種情況，日軍在直隸附近平原地帶和清軍決戰；第二種情況日軍力爭確保朝鮮；第三種情況則在援助第五師團的同時完成本土防禦。
這個小川又次後來做到陸軍大將，第四師團師團長，是二戰戰敗後自殺的杉山元陸軍大將的老丈人。
這個作戰計畫就是陸軍制定的，所以陸軍早就作好了準備，現在海軍三景艦完成，所以海軍也算做好了準備，大家就等著找機會和大清開戰了。
機會總算來了。
伊藤博文，山縣有朋，川上操六們一直在等待的機會來了。1893年初開始的「東學黨之變」給日本人提供了絕好的機會。
「東學黨之變」在韓國和朝鮮是被稱作「甲午農民戰爭」的。開年二月份，全羅道就發生了反抗郡守趙秉甲的暴動，首領叫全琫准，是個東學黨人。東學是十九世紀中葉在朝鮮半島出現的一種半宗教半迷信的一種民間幫會，和後來中國的義和團有點類似。自稱是儒教道教佛教三教合一，老是念一種只有個字的咒文，據說多念了就可以包不生病，還可以實現天人如一的平等社會。
而李朝認為東學是異端邪教，加以鎮壓，在1864年把第一代教主崔濟愚給殺了。
但是就算是邪教，也肯定有流行的理由。殺了崔濟愚，自有後來人，第二代教主崔世亨不久又在南部有了很大聲勢，他們打出的旗號是「為教主伸冤，驅逐倭洋」1893年3月東學黨人進入了漢城，要直接向國王訴冤，那時倒也還沒有搞武裝暴動，進了漢城以後還見機行事，把「為教主伸冤」的口號收了回去，只提「驅逐倭洋」趕走日本人就行了。
但這次全羅道的暴動在性質上和以往的類似於跳大神的東學黨大有不同，是一次官逼民反的暴動，朝鮮農民在貪官污吏的敲骨吸髓的盤剝下已經活不下去了。在趙秉甲治下，賣官鬻爵，橫徵暴斂，四間草房居然一年要交百餘金的稅，十畝水田居然要收四石租子，農民只好鋌而走險，揭竿而起。
如何應付起義軍成了朝鮮政府最大的難題，當時政府已經沒有鎮壓起義軍的能力了，可能的選擇就是和起義軍談判或者向清廷借兵鎮壓。
早在前一年東學黨人開始動作的時候，朝鮮政府中就已經有人提議向大清借兵，而且朝鮮內務府官員朴齋純還受韓王和袁世凱商量過這件事。袁世凱的意思是東學黨就一些烏合之眾，不值得大驚小怪，鬧出國際問題。加上向大清借兵是要朝鮮負擔軍費的，朝鮮本來就不寬裕，就算是有錢還想留著自己花呢，所以看看東學黨沒什麼動靜了，這是也就沒有再提，當然要不要進行改革更是無人過問。
這次東學黨人來勢兇猛，恐怕不會無疾而終，這向不向大清借兵的問題就又出來了。兩湖招討使洪啟薰密奏朝王，提出借外兵助剿。最積極提議向大清借兵的是在朝鮮國王王李熙和閔妃支持下的閔泳駿。
但李熙一直下不了決心，首先是有朝臣反對，認為借外兵剿自己人，總有點不上檯面，再有就是李熙自己也擔心借了大清軍，日本軍和俄國軍會不會一起來湊熱鬧。但是這次全州失陷，京畿震動，也顧不了什麼內人外人的了。至於日本和俄國的事，閔泳駿拍了胸脯，說袁世凱袁大人自有主張，不會出事。
袁世凱會有些什麼主張呢？本來袁世凱就一直在計畫對朝鮮進行更加積極的干預，這次的東學黨動亂正好是個直接出兵的機會。那麼袁世凱知不知道根據《天津條約》一旦中國出兵，日本也有權出兵這回事呢？他知道，而且他知道日本肯定會出兵，但是他不知道日本將會怎樣的出兵。
從東學黨動亂一開始，日本就一直在密切注視著事態的發展，因為北洋水師的平遠艦幫過朝鮮運兵，所以日本人知道大清不會置身事外，所不知道的只是清廷的出兵兵力和時機。駐朝公使館臨時代理公使，書記官杉村浚在得知朝鮮國王決定向大清借兵以後，還特地派了書記生鄭永邦去袁世凱處向其轉達「我政府必無他意」的口訊。
因此根本就沒有判斷出日本意圖的袁世凱做出了「即使日本派兵，也只不過和前兩次一樣，來個二三百人保護其使館安全」的判斷，六月一日，袁世凱致電李鴻章請求發兵。第二天杉村浚親訪袁世凱證實了朝鮮決定借兵，而袁世凱也已向李鴻章發電請求派兵的底細。
6月3日，朝鮮政府正式照會清廷請求支援。當天已經通過外相陸奧宗光的電報了解了此事的日本駐天津領事荒川已次拜會李鴻章，重複了杉村浚的話，使得李鴻章更加相信日本人無心朝鮮，出兵朝鮮就定了下來。6月6日駐日公使汪鳳藻，根據一八八五年中日《天津條約》有關條款照會日本外相陸奧宗光，告知清廷應朝鮮政府請求，按「我朝保護屬邦舊例」派令直隸提督葉志超「選帶勁旅，星馳朝鮮全羅、忠清一帶，相機堵剿，……一俟事竣，仍即搬回，不再留防。」
李鴻章派出的軍隊是分三批走海路在朝鮮牙山登陸的。第一批是作為前鋒的太原鎮總兵聶士成帶領的九百一十人。六月六日下午六時，自塘沽坐船於八日下午六時抵牙山海口，第二天登岸進扎牙山縣。第二批，是直隸提督葉志超所帶一千零五十五人，分乘海宴、定海二輪，於十日下午三時抵牙山海口。第三批是總兵夏青雲率領的五百名人乘海定輪渡海，於二十五日抵牙山縣。此時屯駐牙山的清軍人數達二千四百六十五人。
可是，清軍一開始行動，日本人就變臉了。
6月6日日本外務省照復汪鳳藻：「查貴國照會中有『保護屬邦』之語，但帝國政府從未承認朝鮮國為中國之屬邦」與汪鳳藻扯起了皮。要求汪鳳藻修改，而汪則「正詞拒之」李鴻章也複電汪鳳藻：「文內我朝『保護屬邦舊例』，前事歷歷可證，天下各國皆知。日本即不認朝鮮為中屬，而我行我法，未便自亂其例。故不問日之認否，礙難酌改。」
但是李鴻章還只是以為日本人在雞蛋裡挑骨頭有意找茬，而沒有看到這是日本在為以後擴大事態作準備。
同時日本駐北京臨時代理公使小村壽太郎照會總理衙門，聲明根據《天津條約》「因朝鮮國現有變亂重大事件，我國派兵為要，政府擬派一隊兵」這是袁世凱也致電李鴻章表示從衫村浚得來的消息時日本政府派兵的目的只是「調護使館，無他意」李鴻章和袁世凱都自以為能自圓其說，並沒有多想，但後來當他們得知日本派兵的數量時嚇了一跳。日本派出來的決不是「調護使館」的數百人，而是一個混成旅團，七千人！
袁世凱傻了，李鴻章呆了。
事態