而此時，馮玉祥則已經擊潰吳佩孚，獨控北京。
馮玉祥於10月23日下令逮捕原財政部長王克敏和總統府收支處長李彥青等貪官污吏。
王克敏聞訊逃入租界，李彥青拒絕交出贓款，遂被槍決，對此人們拍手稱快。
隨後，馮玉祥又將大貪污犯曹錕之弟曹銳押解到案，令曹銳交出贓款，曹銳畏罪吞服鴉片自殺。
馮玉祥又接受張紹曾的建議，成立以黃郛為首的攝政內閣。
總統和總理的職權，由黃郛一人兼任，黃還兼任交通、教育兩部部長
王正廷兼任外交、敗政兩部部長
王永江為內務部長
李書城為陸軍部長
張耀曾為司法部長
杜錫圭為海軍部長
王乃斌為農商部長。
黃郛、王正廷都是馮玉祥回師舉行政變的內幕人物，因此，這個內閣是以馮係為核心，也表明馮玉祥野心膨脹，只想革命政府為其服務的企圖。
王承斌到公府勸曹錕辭職，曹即向國會提出辭職咨文，並令內閣攝行總統職權。曹錕看到前來逼他下野的人，就是一年前劫車奪印捧他上台的王承斌，不由得百感交集，十分難受。
吳佩孚一直被蒙在鼓勵，接到馮玉祥的10月23日通電，雖然大吃一驚，但又疑心是張作霖捏造出來的假電報。
現在查明屬實後，又懷疑胡景翼未必加入馮軍，即命胡為第三軍總司令以代馮，叫張敬堯去胡景翼部傳達命令。胡景翼把這個倒霉使者扣留起來。
一切真相大白，吳佩孚又有點患得患失，不忍心放棄在前線的大好局面，心慌意亂地把前方作戰的任務交給張福來主持，自己率領精兵七八千人回救北京。吳佩孚急電南方直系將領率兵北援，但現在南方直系部隊已經自身難保，怎能救援。
吳佩孚的日本顧問岡野曾經這樣回憶，吳佩孚對他的幕僚說：
「這件事也可以說是在我意料之中，因為這次出兵前老馮曾向我要求，待平定奉系後，派他為東三省巡閱使以繼張作霖之缺，我告訴他：東北和日本有特殊關係，我們對日外交很微妙，所以東三省巡閱使的任命，不能漠視日本的動向。你一向被認為親美派，最招日人之忌，因此去東北很不相宜，不過對酬答足下的戰功，國家有的是名位，我一定會考慮其他職務的，而且必令你滿意。我這番話也是腑肺之言，可能馮因未達目的，遂暗通敵人。其實他向我索軍費，我已發十萬，後來又增至十五萬元，他才勉強奉命，率部開赴古北口。很多人向我建議，免除馮的第三路軍司令以除後患，總統居中替馮說情，免馮計畫遂沒有進行。當馮到古北口前線，又借口敵人優勢，要求增撥步槍彈百萬發，我對馮更不放心，所以不發給他。近數日我在總部中，晚晚不能入睡，輾轉反側，右轉則思及處置張作霖之法，左轉則念及馮玉祥之可能背叛，現在不幸而料中，想到當日撥馮戰費十五萬元，實在太划不來了。」
到10月28日，由平泉、冷口入關的奉軍張宗昌部，攻佔灤州，截斷了榆關直軍的退路和榆關、天津之間的交通線，直軍紛紛潰退。31日，張宗昌宣稱山東人不打山東人，吳軍主力投降張宗昌諸多，繳獲直軍的槍支達3萬餘件。直軍主力喪失殆盡。
馮玉祥、胡景翼的軍隊已開到廊坊，準備進攻天津。
張紹曾為避免戰禍，出面調停，勸吳佩孚接受「和平救國大綱」。
吳佩孚的態度仍然十分倔強，不肯罷休。雙方軍隊在楊村一帶開戰。此時陰雨連綿，楊村一帶除鐵路兩旁及永定河堤等高地外，儘是一片汪洋，作戰十分艱難。開戰後，雙方相持一天，不分勝負。
馮玉祥派劉郁芬、蔣鴻遇兩旅，迂迴到吳軍後方，從吳軍背後進攻，又派李鳴鐘由丰台抽調部隊，協助正面進攻。張之江、石友三、谷良友部，協助李雲龍旅，一致向吳軍擺出攻勢。
11月2號，馮部生俘了吳部的旅長潘鴻鈞以下數千人並乘勝進擊。
11月3日上午，馮軍佔領了津浦鐵路沿線的天津附近的北倉，隨後佔領天津。
國民革命軍攻佔天津後，吳佩孚仍作困獸之鬥，把司令部移駐軍糧城，可以說四面楚歌，只有兵敗投降了。
在此時，如果胡景翼軍向前推進，和奉軍兩頭一擠，吳佩孚即無處可逃。
但北洋大佬張紹增救了吳佩孚一命，張紹增勸馮玉祥、胡景翼給吳佩孚放一條生路。
到此時，吳佩孚也明白大局抵定，大哭一場，在英國軍艦掩護下，由大沽乘海軍運輸艦南逃上海。
但在逃離路上，吳佩孚連連發電指責馮玉祥：……與足下袍澤數年，以心相印，今被暗算夫復何言！昔樂毅云：「君子絕交，不出惡聲；忠臣去國，不潔其名。」佩為亡人，亦曾受教於君子，惟不明心跡，是以不免耿耿耳。吳佩孚泣啟十一月十七日。
吳佩孚這一最有可能統一中國的最強者，就這樣舉行隕落，吳佩孚留下的爛攤子，需要眾人收拾。
11月4日，人在香山的孫文發表著名的北上宣言，宣稱此次北上，是為了實現南北和解，在胡漢民、謝持、汪精衛陪同下，北上。
馮玉祥一貫痛恨封建帝制，北京政變後，決心以全力，行其素志，把溥儀逐出宮去。11月5日，攝政內閣作出修正優待清室條件，永遠廢除皇帝專號，將故宮一律開放，備充國立圖書館、博物館之用。馮玉祥當天就令北京警備總司令鹿鍾麟和警察總監張璧執行，將宮內太監470餘人、宮女百餘人分別給資遣散，又用汽車5輛，送溥儀及清室「后妃」移居什剎海「醇王府」。