在徐世昌辭職的第二天，6月3日蔡元培、胡適、高一涵等兩百多位各界名流，聯名致電孫文和廣州非常國會，呼籲孫文實踐與徐世昌同時下野的宣言，認為要實現南北和解，可以任命黎元洪就任總統，曹錕為副總統，楊興就任內閣總理，如此南北分享權力，如此實現南北和解。
孫文聞迅，沒有閑暇理會楊興到底出賣革命沒有，追究吳佩孚緣何要求任命楊興為內閣總理的呼聲，連夜趕到廣州，連發三封電報給自己嫡系大將，人在惠州隱居的陳炯明，要求陳炯明立即到廣州面商全國要求其下野的呼聲對策。
發完電報後，孫文還是趕到頗不放心，又接連派出三波人馬趕往惠州催駕，希望能得到陳炯明支持。
但陳炯明不贊同孫文的自稱非常大總統的做法，認為那不但造成南北矛盾升華，而且也不符合臨時約法。
現在全國都逼迫孫文退位的時候，狡猾的陳炯明當然不想被人誤解為「迫宮」，拒絕在這個時候到廣州。
如此孫文進退兩難，內有陳炯明手下大將葉舉等人武力強逼的壓力，外有蔡元培、胡適等人要求其辭去非常大總統的呼聲，可以說四面楚歌，進退維谷。
孫文在面臨巨大壓力考驗下，自己親信將領陳炯明不但不聽自己召喚趕到廣州為自己排憂解難，更為可氣的陳炯明手下將領竟然對自己擔任非常大總統頗為不滿。
在這種情況下，我們的孫文展示出革命的激進一面。
於6月12日孫文邀請廣州報界出席茶會，表明對陳炯明的態度和下令粵軍全數退出省城裡30外之；
孫文聲言，若是粵軍若不服命令，就使用武力。
孫文宣稱：「你們叫我孫大炮，我以前炮打過莫榮新，今天可以用同樣手段對待陳家將！」
這實際上是向陳炯明攤牌，其結果當然是引起葉舉等粵軍將領進一步不滿，一致要用武力將孫文趕離廣州。在1922年6月16日炮，爆發了撲朔迷離的轟孫文總統府事件，這就是歷史上的「炮打總統府」或者的「6，16」事件。
不過陳炯明等人在事後解釋，對孫文茶會講話，引起了陳炯明的警覺，退隱惠州的陳炯明急忙派秘書陳猛蓀，持親筆信到廣州勸止葉舉。
葉舉閱後陳炯明信，當著陳猛蓀的面將信擲落地上，叫陳猛蓀回報陳炯明事情已不容不發。陳炯明聽了陳猛蓀的回報後，怒不可遏地把茶盅打碎在地。
就這樣，1922年葉舉指揮的炮轟廣州孫文總統府的「六·一六」政治事件不可避免地發生了。
1922年6月15日，葉舉在廣州發表通電，促請孫文與徐世昌同時下野，實現對國人的承諾。
是夜葉舉與洪湘臣、楊坤如等粵軍將領緊急聚會，密謀武力驅逐孫文，於是拉開炮轟總統府的序幕。
葉舉炮轟總統府之舉，不但導致孫文與陳炯明徹底分裂，而且一舉為孫文化解了徐世昌辭職的壓力，將自己扮演成歷史受害的一方，將自己扮演為正義的一方。
但葉舉等人則簡單認為，孫文既然事先承諾與徐世昌同時下野，現在徐世昌下野十餘天了，應該自動下野。
另外，葉舉等人辯稱，炮轟總統府並不想置孫文於死地，只想將孫趕出廣東。他們開炮前先讓魏邦平等有意透露消息給孫文，讓他趕快逃跑。
所謂「炮轟總統府」，是總統府內守軍拒絕向粵軍繳械解散，「粵軍開土炮三響嚇之」。
根據同時期香港《華字日報》1922年6月16日報導的炮總統府全過程是：「晨，粵軍圍攻粵秀山孫文之總統府，初時殊不得手，蓋該府駐有李安邦所部一營有手機關槍三十一桿。
粵軍司令楊坤如派所部數十人擬搜繳府內軍械，孫部佯言願繳，誘各兵進內，突以手槍機關槍射擊之，立即全數倒斃，無一倖免。且死者屍體均分作兩截，若腰斬然，亦可見手槍機關槍之猛烈也。
遭到總統府衛隊打擊之下，葉舉令開炮助攻，以開花彈射去。
午後孫部不敵，被繳械解散。
此次總統府之戰，孫部死傷十餘人，粵軍死傷三四十人。平民為流彈所傷者二三人。」
在當年香港出版的中、英文報章，也找不到粵軍有「炮轟總統府」的標題新聞，卻有孫文於次日（6月17日）下午，以海軍大炮亂轟廣州市區的大標題新聞報道。
也就是說，這是一次由葉舉指揮、楊坤如具體執行的武裝驅逐孫文離開廣州的政治事件。
當時葉舉圍困總統府的兵力有2萬餘人，孫文的衛隊僅50多人。在這次事件中孫文方面僅傷亡十餘人，而葉舉方面卻死三、四十人，平民為流彈所傷者亦僅二三人而已。事後很多歷史學者認為，如果葉舉真要致孫文死地，孫文能跑得了嗎？
所以葉舉炮轟總統府之事，是被後來政治鬥爭所誇大了。
孫文撤出總統府後，葉舉在廣州城張貼布告曰：「國會恢複，護法告終；粵軍將士，一致贊同。請孫下野，表示大公；諸色人等，安居勿恐。」
如此說明葉舉炮轟總統府的動機是護法，不是叛亂。接著陳炯明在粵軍眾將領戴擁下，回到廣州重掌廣東軍政大權。
孫文到達黃埔永豐艦（即後來的中山艦）上。孫文離開半小時後，炮聲四起，陳炯明部隊開始向粵秀樓發起進攻，有士兵還大喊：「打死孫文！打死孫文！」
海軍司令溫樹德邀請孫文到自己的座艦永翔號上。次日上午，永豐艦艦長歐陽琳為防孫文在永翔艦遭不測，遂假借邀請孫文到永豐艦訓話為由，將孫文接到永豐艦上避難。
陳炯明在廣州稱兵叛變的第二天即派大軍北上，進襲韶關的大本營和北伐軍後方，當時在韶關的大本營警衛第1團第1營第4連和第3營由中校團副華振中率領指揮，華率2個連向陳軍翁式亮投降，第3營營長張發奎率部赴始興就食。
7月8、9兩日，溫樹德等人投靠陳炯明，一時戰局突變，艦隊陷入炮火之下。孫文果斷率10艘軍艦離開黃埔，來到新造河面。
北伐各軍同叛軍在韶關激戰十餘天，叛軍漸不支時，第1師第3團團長陳修爵卻於7月28日自動向陳炯明請纓，將第3團全部運往廣州轉乘鐵路至韶關馬壩，攻擊北伐軍。北伐軍苦戰之下終於失敗，分別轉入贛東和湘贛邊境。北伐軍回師靖難失敗後，孫文亦不得不於8月9日離開廣東。
8月10日晨4時，當艦隊來到車歪炮台附近時，叛軍突然以猛烈炮火襲擊艦隊，並集中炮擊孫文的座艦——永豐艦。在激烈的炮戰中，永豐艦左舷中彈起火，一門副炮被摧毀，多處中彈。官兵一面撲火，一面奮勇反擊，終於衝過了叛軍火力封鎖線，開至白鵝潭安全水域。經過歷時56天的浴血奮戰，孫文終於脫險，並回到上海。
此時，在孫文多次發電督促之後，楊興也離開成都，向南寧進發。