陳文返回衢州前線時已是六月下旬了，從月初時設局自衢州府城潛歸回師平叛，到現在已經過去半個月了。
半個月的時間平定了後方的叛亂，陳文並沒有絲毫的喜悅。不僅僅是因為他竭盡全力改變了浙江的抗清形勢，結果卻因為連鎖反應導致了叛亂的爆發，而且戰機轉瞬即逝，現在想要再次收復衢州，早已不似半月前那般輕易了。
衢州府城和駐紮在江山縣的兩支清軍完成了合流，只是戰兵就已經破萬，陳國寶現在還帶著鎮直屬營坐鎮後方，衢州前線的兵員不過五千餘。奈何他現在家底太薄，輸一次就前功盡棄了。這等以一敵二的事情，若非迫不得已，最好還是別去冒這等險。
可是誰知道，陳文的將旗重新樹立於龍游縣城的城頭沒過數日，清軍便撤軍了，確切的說是清軍主力自龍游與定陽溪之間的桃園山以西撤回到了定陽溪以東，其中大部人馬更是撤回了衢州府城一帶，只留下了數量和比例都很可憐的軍隊作為前哨，以及定陽溪上的數座浮橋以確保兩地清軍的交通，戰事更是只剩下了雙方的探馬在中間地帶的試探和搏殺了。
陳錦的後撤讓陳文感到了很大的意外，他離開的這半個月，清軍從剛剛越過定陽溪時謹慎的以探馬向東試探，再到陳文趕回來的數日前，突然大力驅逐明軍哨探，並且很快就將龍游縣城圍困了起來，到最後卻由於始終遊離在外的南塘營突然出現在後方而不得不暫時後撤了一段距離。
這段時間，清軍分明是始終掌握著主動權，明軍只能被動的進行應對。可是陳文一回到了龍游，如此規模的清軍就這麼輕易的撤退了，陳文可沒有自大到認為是他把陳錦給嚇跑了那麼無稽。
好在，這個疑問沒過數日就隨著一個來自後方的信使的抵達迎刃而解，因為那個信使帶來的消息便是圍攻安華鎮的那一路清軍也撤退了，撤退到了諸暨縣城一帶待命。
圍城日久，幾次大規模的進攻不僅無功而返，反倒是損傷頗大。此刻已近七月，浙江的氣溫實在不益於大規模交戰，尤其是在這樣的氣溫下，由屍體滋生的疫病隨時都可能把整支軍隊變成與傳染源一般無二的存在，再加上側翼始終有明軍的威脅存在，弄不好就是一場大敗。到時那樣的損失實在是金礪所無法承受的，眼下也只得暫時撤退一段距離以便於另尋對策。
北線的清軍後撤了，南線的清軍大抵也是出於類似的考慮才會如此。
當然，或許這裡面應該還有曹從龍之亂被陳文迅速平定下來的原因，以及一些他還沒有發覺的其他原因也說不定。
但是不管怎樣，休戰只是暫時的，無論是杭州、衢州兩地聚集的這近兩萬清軍，還是隨著更多的士卒被編練出來的金華明軍，雙方都不可能就這麼一直耗下去。最多兩個月，絕對不可能拖到九月中旬，戰端必然會重新開啟，到了那時便是為今年的東南戰場分出一個勝負的關鍵時刻了，因為浙西的勝負已經必然會影響到福建和江西兩地明軍的命運。
時間所剩無幾，陳文決定趁著這段時間的空檔儘可能的強化自身的軍事實力。
陳文離開大軍的這半個月，吳登科率領義烏營和半個東陽營守衛龍游縣城，李瑞鑫帶著南塘營屯集於南部的山區以為奇兵，而樓繼業則帶著參謀人員和水營以及部分隨軍而來的後備兵員扼守靈溪防線，同時協調吳、李兩個總兵進行防禦作戰。
短短半個月的時間，看起來似乎這三個武將彼此之間協調的還算不錯，但是隨著軍法官們的報告送到陳文的案頭，陳文卻發現事實遠沒有他想像的那麼樂觀。
陳文留下樓繼業進行協調，用意在於強化參謀長制度的權威，以便於將這項近代軍事制度在營一級進行普及。但是陳文離開口，吳登科和李瑞鑫為了更方便兩支重兵集團間的聯絡，乾脆直接以探馬互通有無，只是將彼此獲取到的情報和對於戰局的分析送一份給樓繼業了事，似乎是把總參謀長當成了負責備份文件的吏員。
這個問題現在還沒有造成什麼明面的損失，那是因為吳登科和李瑞鑫二人都是最早那批追隨陳文的武將，彼此之間的關係也很不錯，而樓繼業只能卻算是後進，又領了這麼一個職務，權威性在他們看來自然要低上一些了。
軍中的關係最重要的應該是階級、差遣，而非派系和交情，這是陳文始終堅信的真理。在他的記憶中，共和國成立前的最後一個對手便是倒在了自身的內耗之中，而且還是在原本擁有極大優勢的情況下短短几年時間就被徹底推翻。而共和國最初的那支鋼鐵雄獅，雖然內部也並非沒有派系，但是在同一面旗幟下卻能夠彼此無間的協同作戰。
陳文這支軍隊成立的時間日短，部將之中雖然也並非沒有拉幫結派的現象，例如一些曾經的上司和部下之間的關係顯然要更好一些，但還遠遠沒有發展到形成真正意義上的派系的程度。
這個潛在的問題想要徹底根除是根本不可能的，但是減少因為派系造成的內耗而導致過大的損失發生，這還是可以做到的。只不過，現在還不是時間，所以陳文決定暫且不動聲色。
除了這個問題，在南塘營強渡靈溪直到現在，陳文重新審視了他設計的那個鋸齒陣，發現了其中存在著致命的問題，那就是一旦士卒損失過大，陣型根本沒有自我恢複的能力。而陣型遭到了破壞，就意味著軍隊即將崩潰。
這個問題在強渡靈溪時表現得並不是很明顯，主要是因為明軍身處死地，一旦戰敗士卒們幾乎很難活著逃離戰場，還有就是地形的口子被明軍扼守，督標營無法發揮兵力優勢。這些對於清軍來說並非沒有辦法解決，因為雙方的兵力差距實在不小，車輪戰完全可以把得不到替換的明軍步兵拖垮。
若非李瑞鑫靈機一動的抽調了兩門佛郎機炮加速了清軍的崩潰，使其沒有機會進行輪換的話，最終取得勝利的很可能是清軍的督標營而非明軍的南塘營。
之所以會出現這種問題主要還是因為他太過於迷信靈活的鴛鴦陣，卻忽視了清軍的應對。當下面對浙江清軍，他的軍陣缺乏的是厚重和密集，鴛鴦陣在局部密集方面很好，但是由於強調靈活的關係，厚重就顯得不足了。
戚繼光的辦法是用車炮營來構建起臨時的「城牆」，依仗火器來打散對手的軍陣，再以騎兵和步兵突擊，但是陳文面對的清軍擁有大量的火炮，在坦克出現前，最好的辦法還是依仗工事和士兵堅定的意志來進行防禦、進攻，所以軍陣就必須厚重起來，尤其是陣型的中部。而他則是在組建長槍陣殺手隊的同時並沒有發揮出其厚重的特長，還是過分依靠靈活的鴛鴦陣殺手隊和火器隊發起進攻，所以才會導致了現在兩邊都無法達成效果的尷尬處境。
既然如此，陳文打算將戰兵營進行重新整編，所有長槍陣殺手隊統一編入各營的第一局和第二局，鴛鴦陣殺手隊則統一編入第三局和第四局。列陣時以厚重的長槍陣殺手隊坐鎮中軍，靈活的鴛鴦陣殺手隊扼守側後，同時作為預備隊存在，交戰時按照情況通過變陣來進行調動，想來應該比現在有些不倫不類的鋸齒陣要強。
陣法的修改，需要時間和訓練進行磨合、適應，必須立刻開始改編。既然清軍暫時避戰，原本只對義烏營進行改編的陳文決定利用這段時間來分批次進行改編，其中各站兵營還要輪換回返金華府。除了補充外，那裡還有更重要的事情需要戰兵營的軍官士卒們參與其間。
巡視了數日，陳文便回到了金華府城，而第一批輪換的部隊則按照負責參謀們設計的時間表的安排進行。
沒過數日，陳文便再度回到了府城，很是出乎金華府官吏士紳們的意料，不過聽聞了清軍暫時撤軍的消息，一個個在稍微震驚了片刻後就連忙前來恭維陳文「虎威」震懾敵膽，陳錦攝於陳文之威連對戰的勇氣都沒有。更有甚者還一口咬定別說是陳錦了，就算是金礪來了也是一樣，不過卻還是沒人敢說滿八旗軍會害怕陳文，畢竟大夥都是文化人，拍馬屁也要懂得分寸的說。
只不過，陳文對於這些恭維連給個耳朵的興趣也沒有。回到了府城，陳文便急匆匆的趕去軍工司的作坊。
所謂軍工司，就是原來的軍器司，更遙遠的大蘭山營造司。陳文在平定叛亂後，軍器司的文官小吏被清洗一空，工匠們迎來了新一批的領導，在得到陳文的許可後也把牌子換成了軍工司，為的是和那些叛逆劃清界限。
現在的軍工司和曾經的軍器司有著很大的區別，軍器司改編自營造司，只是加入了一些俞國望帶來的以及在金華府招募的工匠而已。相比之下，新的軍工司中主要的行政官員換成了在叛亂中傾向於陳文的一些文官，同時再輔以幾個識字的傷殘軍官進行監督，另外還挑選了幾個手藝高明的工匠在各大作坊充當主管文官的副手，改變了原本的那種文官處於絕對領導地位的體制。
文官的權利受到限制，按照明朝的現實，遭受文官集團的抵制和反對幾乎是必然會發生的。可是叛亂剛剛得到平息的當下，文官中職務最高的孫鈺與陳文早有默契，下面的人面對