舟山軍吃飽了飯之後，鄧名就讓他們進行訓練。
一個體力勞動者每日消耗的熱量大約是三千大卡左右，這大約是兩斤米能夠提供的能量，如果要進行高強度的訓練，就需要讓士兵吃飽飯。以前張煌言和馬逢知無法讓士兵敞開肚子管夠吃，所以也無法理直氣壯的要求士兵操練，再說那樣也不是訓練部隊而是謀殺士兵。
鄧名帶來的一千常備軍都學習過如何訓練新兵，這些常備軍也以以前的浙軍為主，用他們來訓練舟山兵正是再恰當不過。明軍進行操練的時候，張煌言和馬逢知二人也在鄧名邊上陪同，因為鄧名聲名在外，所以馬逢知也想趁機偷學一些練兵的技巧——他並不知道鄧名是在穿越來以後才接觸到的軍隊。
相比未來的熱兵器軍隊，現在的軍隊對隊形的要求更高，而川軍中早已經普及了左右旋轉訓練，第一天的操練內容就從這個開始。
以前在四川訓練部隊的時候，鄧名就發現這個時代的大多數人左右不分，至少無法對命令做出迅速的反應。一開始鄧名煞費苦心地首先幫助士兵辨識左右，可進度很慢，花費了很長的時間才讓常備軍的士兵都能熟練掌握這一口令。
等常備軍在訓練日深入各亭，對成都府的同秀才進行軍訓時，也遇到了同樣的問題，在實踐中，川軍逐漸摸索出了一套行之有效的辦法。這種方法見效很快，不需要在進行隊形訓練前花費大量的時間先幫受訓的士兵辨識左右。
「向左——光腳——轉。」
「向右——穿鞋——轉。」
川軍派出的教官大聲喊著口令，指揮著他們負責的舟山兵變換著隊形，這些受訓的士兵都只在右腳上穿了一隻鞋，另外一隻腳則是光著的。這就是四川常備軍使用的方法，明顯士兵很容易感覺到自己那一隻腳上穿著鞋，也就不必費腦筋去琢磨到底哪一邊是左、哪一邊是右。
「鄧提督的辦法果然很好。」看到這種新穎的練兵方式後，馬逢知臉上不禁露出敬佩之色，作為一個老軍務，他當然明白迅速完成隊形變換在戰場上的作用。其實馬逢知對此的認識之深還在鄧名之上，不過他當然沒有意識到這一點，而是誤以為這是鄧名的奇思妙想。
「這是改進版的，將來『光腳』和『穿鞋』這兩個字要去掉，單純用左右來給將士們下令。」鄧名不打算對張煌言和馬逢知藏私，在清強明弱的大勢之下，鄧名不但要設法和清廷官員達成協議，也要盡全力加強同盟，若是群雄覆滅，那四川也無法獨存。這次鄧名訓練舟山軍使用的方法，都是最先進的版本：「一開始我們沒有在『光腳』和『穿鞋』前面加上左右二字，結果訓練完畢後，士兵雖然轉向非常熟練了，但依舊無法辨識左右。」
以前的訓練版本給鄧名留下了不少痛苦的回憶，最早訓練出來的一批同秀才能對「光腳」和「穿鞋」做出反應——即使他們雙腳都穿著鞋，也能迅速執行命令——因此甚至引起一些呼聲，打算把這兩個詞變成川軍特有的軍事用語。但不同的教官有不同的習慣，有人讓受訓的士兵左腳穿鞋、而有些人則相反，結果就是同樣的命令造成不同的條件反射。趙天霸指出，若是在戰場上發生這種誤會那會造成可怕的後果，而且糟糕的是，這還加重了軍官的負擔，因為軍官除了觀察敵軍、確定隊形變換的方向，還需要在心裡把左右翻譯成「川軍特有的軍事用語」，如果情急之下翻譯錯了，那就是可怕的玩笑了。
而現在這種訓練方法，最終可以淘汰中間的那種「過渡性軍事用語」，達成了鄧名的訓練目的。
常備軍基本都有在舟山當兵的經歷，而帶出來的徵召兵也有相當數量是原先的浙軍，因此張煌言所到之處，都能享有士兵們的注目禮，而軍官也爭先恐後地上來向兵部尚書問好。除了以前的感情外，還有重逢的喜悅。當初這些浙軍在跟隨鄧名入川之前，張煌言就曾親自做過他們的工作，但是不少人都以為這就是和張尚書分手了。在這個時代，四川和浙江的距離差不多也就意味著永別，當時無論是張煌言還是這些浙江戰士都沒有想到他們這麼快就可以在此見面，常備軍的軍官們一個個的激動之情溢於言表。
張煌言自然也很感慨，訓練的間隙他對鄧名說道：「來投奔舟山的都是忠勇之士，讓他們跟著鄧提督入川真是太對了。張某無能，不能為他們提供足夠的飲食、武器，白白浪費了這些義士的報國之志，到了鄧提督身邊，這麼快就成為強軍了。」
聞言鄧名自然也要謙虛一番，同時還安慰張煌言道：「等長江航道暢通無阻後，張尚書也就不缺糧餉和武器了，到時候舟山軍也會成為天下強軍的。」
張煌言微微點頭，不過他心中還有一些疑問：「鄧提督對虜廷任命的這些偽官妥協確實是不得已，不過這終究是權宜之計，不知道鄧提督打算什麼時候結束與他們的協議，光復東南呢？」
「我的想法是，我們首先要有沿著整條長江恢複領土的能力，能夠攻下並控制武昌、南昌、南京一線的兵力，然後再考慮以雷霆萬鈞之力拿下整條長江，將虜廷南北隔絕。在此之前，我們就需要集中兵力，攻擊那些頑固不肯與我們達成協議的偽官，讓從武昌到南京的地方官同我們簽下一個個城下之盟。」鄧名的實力雖然不足以控制一省，但足以震懾張長庚、蔣國柱，能讓他們付出承受不起的代價：「我們用這條長江的資源蓄養我們的軍力，直到我們能將它完全接管為止。在此期間，我覺得應該把注意力放在清軍的水師上，決不能讓他們建立起一支能夠威脅我們的長江水師來。」
鄧名和張煌言說話的時候，馬逢知始終一言不發，剛才他冷眼旁觀，張煌言在鄧名軍中的威信讓馬逢知感到非常震驚。
「張尚書這才叫深謀遠慮，好像除了鄧提督的那隊騎兵衛隊是虁東軍出身外，他手下的軍官統統都是張尚書的舊部。」馬逢知曾經聽張煌言說過，在安慶把兩萬舟山部下交給了鄧名，有些人捨不得離開張煌言還需要一一說服，當時馬逢知表面上不說，心裡確實大大地不以為然，覺得張煌言未免也太沒遠見了，居然把死心塌地的部下拱手送人。可現在馬逢知心裡全是對張煌言的敬畏之情，早把最初那點輕視丟到九霄雲外去了：「張尚書定是知道自己養不起這麼一大批兵，所以才把心腹交給鄧提督，讓鄧提督幫他鍛鍊出一支部隊來。」
馬逢知也聽說過鄧名身世的各種傳言，相比棄國不歸的永曆天子，明顯這是個有力的皇位競爭者。馬逢知並不怎麼看重大義，作為一個亂世武將，他覺得有兵就是一切。現在鄧名手握近萬甲兵，縱橫長江，四川估計還有一批嫡系，而虁東好像也竭誠擁戴，就是和張煌言相處的這些日子裡，馬逢知也感覺兵部尚書對鄧名的敬意比對大明天子還要大。尤其是張煌言從廈門回來後，馬逢知覺得他對鄧名好像更用心了，這次一見到鄧名的書信立刻不假思索地出兵相助，所以馬逢知覺得若是大明中興，登上帝位的肯定是面前這位神秘的年輕宗室：「將來鄧提督周圍都是張尚書的舊部、心腹，他這個兵部尚書的位置不說，就是閣老也是手到擒來啊。什麼說服部下去四川是為了他們有更好的前途，多半是張尚書早想好了吧？虧我當初還真信了，真是蠢啊。我得好好拍張尚書的馬屁，將來張尚書在朝中肯定是炙手可熱，權勢熏天！」
「馬提督。」
「鄧提督請講。」見鄧名叫到自己，馬逢知連忙抖擻精神，全神貫注地聽著。
「崇明的位置非常重要，我們需要固守這裡作為下游的據點。」既然已經和張煌言達成一致，打算將長江這條黃金水道控制在手，鄧名就不能不重視崇明島，清廷為了江南的安全，也肯定會試圖奪回，對蔣國柱來說，崇明島在明軍手中也無異於眼中釘、肉中刺。無論和明軍之間有什麼協議，若是有機會拿回，鄧名覺得蔣國柱多半也不會猶豫。
「鄧提督說得不錯。」馬逢知深知崇明的重要性，若是明軍能夠在崇明站穩腳跟，那隨時可以威脅漕運和沿江的大片領土，是指著滿清心臟的一把利劍。
「延平郡王的水師雖然強大，但他手中都是海船，在長江中就顯得笨重了。」上次南京之戰也暴露出閩軍的很多不足，鄭成功的海船進入長江後，吃水很深，行動遲緩，雖然足以嚇得蘇松水師不敢出戰，但是明軍也別想在長江里追上清軍的戰船。若是風向不利，或是風力不足，鄭軍的海船也無法靠船槳獲得足夠的動力，需要靠縴夫牽引才能逆流而上：「舟山的船隻雖然小巧輕便一些，但在海中航行就不太好了。」
上次南京之戰中，張煌言的水師就比鄭成功的要靈活敏捷的多，不需要縴夫就能快速逆流而上，但這些船承受海中風浪的能力較差，需要選擇風平浪靜的天氣出航，無法承擔大規模騷擾江蘇、山東等沿海地區的任務。
「我的設想是，在崇明建立一個大的水師基地，同時駐紮有海船和江船，比如我的軍隊從四川乘船沿江而下，到了崇明就可以改乘海船，攻擊山東沿海的薄弱環節。而延平郡王若是再次攻入長江，他的軍隊到了崇