南山位於金門島的最西北角，得到前哨的警報後，駐紮在這裡的鄭泰部就進入了警戒狀態，除了少量留守水營的士兵外，其餘的將士都登上戰艦，做好了戰鬥準備。可見到清軍的艦隊後，鄭泰並沒有向他們的先鋒發起攻擊，而是一動不動地呆在原地。
見到側翼的這支明軍艦隊後，清軍先鋒也有些遲疑，接到報告後黃梧不再停留在達素的旗艦上出謀劃策，而是乘快船趕往自己的坐艦準備指揮作戰。既然明軍沒有對清軍施加任何干擾，很快清軍就探明南山附近的明軍艦隊共計有一百餘條戰艦，這麼一大支艦船位於清軍的側面，當然給施琅和黃梧帶來了很大的壓力。
清軍艦隊不再繼續西行，而是隨著旗號開始緩緩轉向，向南山方向壓了過來，鄭泰也沒有表現出任何想留在福建水營堅守的模樣，立刻帶著全部艦隊向南撤離，始終與清軍保持著若即若離的姿態。
追趕著明軍向南一段距離後，施琅便向達素提議停止追擊：「賊人顯然是想誘引我們駛向深海，大帥不可中了他們的奸計。」
達素微微點頭，戰前施琅和黃梧已經給他講解過廈門的水文，知道若是在午時之前與鄭成功交戰會讓清軍的優勢發揮到最大，而鄭泰的做派明顯是拖延時間。達素望了一眼不遠處的南山，向施琅詢問道：「用不用派幾條船攻擊這座賊人的營壘？」
「末將以為無此必要，南山上有幾門大炮，要想避開這幾門大炮登陸的話，需要繞一些路，而且若是見形勢不妙，南山上的這些賊人肯定會逃回金門縣城，我們拿下南山也是無用。」最關鍵的問題正如施琅所說，拿下南山沒有什麼大用處，如果不派出大量兵力就無法攻擊金門縣城，而如果派出大量兵力不但會浪費很多時間，而且勢必要讓艦隊在此停留，分散兵力而且耽誤時間：「鄭逆也不會在金門留下太多兵力，興師動眾毫無必要。」
琢磨了一下施琅的話，達素同意了他的判斷，鄭成功的主力肯定集結在廈門島上，只要攻佔廈門，周圍島嶼上的明軍肯定會失去抵抗的鬥志，金門完全可以不戰而下；至於鄭泰的艦隊也是一樣，根本沒有必要被他牽著鼻子走，只要全力攻擊廈門，鄭泰自然會回師增援，因為鄭成功的主力若是戰敗，鄭泰除了投降看上去也沒有第二條路好走。
想通了金門和鄭泰的艦隊都是在拖延時間後，達素更不猶豫，傳令艦隊重新向西，無視金門島和這支明軍的分艦隊——幸好清軍出發得很早，被他們耽誤的時間並不多。
清軍停止追擊，重新向廈門駛去後，鄭泰也沒有跟上，而是繼續率領水師返回金門島。事先鄭成功已經交代過，鄭泰若是能夠牽著泉州水師去外海自然最好；若是達素沒有中計，那鄭泰就繼續養精蓄銳，等待午後的決戰。
返回南山水營後，鄭泰見清軍水師頭也不回地遠去，就下令半數士兵登岸休息——儘管鄭軍水兵就是在船上呆很久也不會疲勞，但這是對體力沒有必要的浪費，距離鄭成功預訂的決戰時間還有三個時辰左右，鄭泰讓士兵們安心休息，繼續為大戰積攢體力。
清軍的艦隊沒有受到任何阻礙，就靠近了廈門東岸，見到大海上空蕩蕩的，沒有一條鄭軍的戰艦，中軍的施琅和前軍的黃梧都有些驚疑不定。
「怪了，鄭逆的水師哪裡去了？」施琅忍不住又回頭望向金門，心裡升起一個疑問，自言自語道：「難道鄭逆把水師藏在金門了嗎？」
如果鄭成功的水師從金門殺出來，那麼就會出現在泉州水師的背後，從清軍手中奪走水文的優勢。施琅不能不對此進行防備，在他的建議下，達素命令泉州艦隊一分為二，一部分停留在廈門東岸，一部分由黃梧帶領著南下，形成犄角之勢，這樣若是鄭成功突然向泉州水師背後撲過來的話，清軍仍可以兩面夾擊他。
不過調整好陣型後，清軍仍沒有見到任何明軍水師的影子，這讓施琅心中的疑惑變得更重，甚至生出一個極端古怪的念頭來：「難道鄭成功是要放棄廈門逃走么？那他會去哪裡？」
雖然心中十分疑惑，但清軍也不能無所事事，隨著達素一聲令下，北方的清軍就開始向廈門東岸發起登陸。登陸時清軍十分謹慎，只是試探性地派出了一些小船，而主要的精力仍用來警戒，提防著隨時可能出現的明軍水師。
進行試探登陸的清軍小船一直靠上岸邊都沒有遭到任何抵抗，當第一批清軍士兵跳下小船，踏上廈門的土地時，施琅仍在旗艦上左顧右盼。東面的金門海域一直沒有明軍的蹤影，北面也沒有什麼異常，施琅對著高崎那邊望了又望，總懷疑下一刻就會有大股的明軍突然出現——如果鄭成功的主力從這裡繞過來，那高崎方向的奇襲就不可能成功了，不過只要判明了鄭成功水師主力所在，施琅也就能徹底放下心來，這意味著其它方向就安全了，而且從西北方向攻來的鄭成功逆流不說，還面向太陽，地理上的優勢依舊在清軍這一邊。
可是明軍水師依舊沒有出現，施琅又在旗艦的甲板上穿梭了幾個來回，他看到清軍步兵已經開始向陸地深處走去，但那該死的明軍艦隊還是不肯出現。
……
一早東岸的明軍就望見了蔽海而來的清軍艦隊，當清軍士兵開始登陸的時候，明軍依舊隱藏在防線上不動，看著全身披掛的清軍士兵拿著武器，從小船上走下來後，明軍也沒有對灘涂上的敵兵發起逆襲。這些清兵穿著沉重的盔甲，一步步從海岸邊走向廈門腹地，但他們離開海岸里許後，一道柵欄組成的簡易防禦工事赫然出現在他們眼前。
沖著這些防禦工事吆喝了幾聲後，領隊的清軍軍官一聲大吼，帶頭快步向柵欄沖了過去。一直等這些清軍衝到距離柵欄二十步的時候，始終伏在背後的明軍才站起身來，第一批出現在防禦工事後的是手持弓箭的明軍，還有少量的火銃兵，他們仔細地瞄準著撲來的敵兵，向他們射出了一排火力。
鄭軍裝備的火銃並不算很多，他們主要的遠程武器依舊是弓箭，單論火器比例，甚至可能比弘光時期的江北軍還要低。不過鄭軍的火器中並沒有三眼、快槍等裝備，全部都是鳥銃或是從日本購買的日式鐵炮。這些火器的射速遠遠低於三眼快槍，裝填也要麻煩得多，不過更受重視破甲效果的鄭成功的青睞。但由於訓練麻煩，產量很低，所以鄭軍火器兵的比例也較低，哪怕是鄭成功最倚重的鐵人軍，裝備的也都是弓箭而不是火銃。
這次由於是乘船前來，所以清軍都是披甲兵，弓箭只是干擾了一下清軍的隊形，而火銃則殺傷了一些沖在最前面的敵兵。
射擊完畢之後，火銃兵就退後裝填，轉由長槍兵上前。清軍在這一輪中受到的損失也並不大，抱著對明軍的輕視，他們毫不遲疑地衝到柵欄前，就開始嘗試翻越柵欄，而明軍長槍兵躲在後面，毫不猶豫地用槍去捅對面的敵人。帶隊的明軍老兵並沒有試圖隔著柵欄就把敵人捅死，而是向攀爬的敵人腿部紮下，多半還以他們的小腿為目標，因為這裡的防禦更薄弱。
在老兵的身邊還有一些鄭軍新的披甲兵，初次上陣的士兵有些緊張，雖然戰前就有過交代，但他們見到敵人時還是本能地去捅對方的胸腹部，但老兵一邊帶頭扎敵人的小腿，一邊大聲吆喝著，要新兵學著他們的樣子去攻擊敵兵無甲的部位。腦筋比較靈活的新兵很快就學著老兵的榜樣，認真地瞄準敵兵的腿腳部刺擊，而有些新兵因為緊張而沒有聽清命令、忘記事先的囑咐，還是把頭幾槍浪費在了對方有甲胄的部位——基本都是徒勞無功，最好也就是把敵人從柵欄上推離，而沒有能夠殺傷幾個敵人。
在明軍士兵不停地攻擊下，清軍始終也不能突破木牆，他們人數並不佔優勢，也沒有地利，很多人以為明軍陸戰不堪一擊所以才奮勇向前。隨著時間的推移，越來越多的清兵受傷退後，而明軍的新兵也越來越放鬆，他們逐漸意識到以刀盾兵為主的清軍無法對自己構成很大的威脅，可以從容不迫地進行瞄準、攻擊工作。
最初的銳氣漸漸散去後，清軍不再魯莽地嘗試翻越柵欄，而是讓己方的長槍兵上前，隔著柵欄與明軍對刺，掩護同伴對木柵欄進行破壞工作。這時明軍的火銃兵和弓箭手就再次上前，在差不多只有一根長槍的近距離上，射擊柵欄對面的敵人。
……
位於船上的達素和施琅，對岸上發生的戰鬥沒有直觀的認識，只知道第一批登陸的數百清軍遭到了明軍的阻擊，又焦急地等了片刻後，攻入內陸的清軍又退回了岸邊。敗退回來的清軍向旗艦報告，他們遇到了一條木柵欄組成的防線，數十名清軍被明軍利用這道掩體殺傷，帶隊的清軍軍官非死即傷。
「一條木柵欄嗎？」達素感到有些頭疼，這麼簡陋的工事在正常情況下不可能阻止清軍的進攻，但今天並不是正常的陸戰，而是登陸作戰。清軍沒有大炮、衝車、盾車的掩護，海岸邊光禿禿的，就是清軍想砍伐樹木，製造原始的衝撞器械都沒有材料。
除了利用器械外，採用集團衝鋒也是突破這種簡陋防線的辦法，木柵欄組成的防線既無法提供太強的