余新所部的潰兵逃到鄭成功的大營後，延平郡王急忙起身，親自詢問此戰經過，很快就發現明軍幾乎沒有進行抵抗就宣告崩潰。由於明軍營地龐大，突襲的清軍數目不多，加上又是夜間，明軍士兵沒有進行抵抗就帶著家眷四散逃亡，大多數居然還都脫險了。
「余新當真誤事，他在城門外有沒有布置哨探？」鄭成功顧不上生氣，急忙攤開地圖，點起蠟燭查看地形，片刻後他就有了定計，指著位於余新營地和明軍主營之間的幾座山頭開始下達命令，通知各營明軍火速移營，集結兵力準備迎戰敵軍。
聽了逃回來的士兵報告後，鄭成功估計出城的清兵並不多，應該是一場試探性進攻，余新戰敗之快大大出乎鄭成功意料，但他認為這可能會刺激到南京守軍，打算直接突襲自己的大營。
「城內韃丑兵力不足，輕鬆取勝後多半會行險。」鄭成功感到這似乎是一個好機會，他命令數營兵馬立刻移營去佔據山頭的制高點，遮蔽清軍視野，同時下令甘輝帶領中軍和其他數營將領一起隱藏於山後。若是清軍如鄭成功所料的那樣想連續進攻，就由位於山上的明軍吸引住出城的清軍，等清軍攻山疲憊後，明軍再從四下殺出，將南京的清軍包圍起來。
而在接到管效忠和梁化鳳的捷報後，郎廷佐也確實大喜過望，沒想到鄭成功的前鋒官竟然如此不堪一擊。兩江總督急忙命令只留駐防八旗於城內，全軍趁夜出城，與城外的清軍合營。郎廷佐自信滿滿地對部下、幕僚解釋道：「賊人定然以為我們不過是一場夜襲而已，天明前就會退回城中，明日凌晨我們就全軍突襲鄭逆的大營，他絕對想不到我們兵少還敢主動進攻，定然也是全無防備。只要擒殺此賊，那賊人必定大亂啊。」
現在清軍對城外明軍的營地部署已經相當了解，若是等到發現清軍全軍來襲後才開始調動的話，都是步兵的明軍一定難以聚集。
天亮前，鄭成功已經帶著親衛趕到山谷中，他把自己的指揮旗設在此處，不但可以指揮山上的明軍，也可以隱藏起來不被清軍發現。很快鄭成功派出的親衛就返回報告，說發現大隊清軍從余新的營地開出來，看上去密密麻麻的足有數萬之數。
「果然不出我所料，虜丑孤注一擲了。」南京清軍既然撕下了詐降的偽裝，鄭成功斷定他們一定會抓緊時間試圖取得更大的戰果，而不敢給明軍準備的時間。既然南京清軍傾巢出動，那隻要打贏這一仗，鄭成功覺得大炮都不需要鑄造了：「圍殲他們之後立刻攻城，今晚就拿下南京。」
不過讓鄭成功著急的是，各營兵馬遲遲沒有聚集，就連中提督甘輝的人馬也只到達了一小半。而奉命駐紮在山上的各營，目前只有將領帶著親兵和少量手下抵達，各營主力都還不見蹤影。
「怎麼回事？」鄭成功有些生氣地問道，連續派人去各營催問，同時責備身邊的幾位將領：「昨夜便讓你們移營，怎麼此時還沒有聚攏兵馬？」
眾將都面有愧色，無法回答鄭成功的問題，他們接到命令後就開始催促手下集合，但直到天快亮了也就集中了親衛而已。現在各營的營兵到底都身在何處，這些將領也不清楚，只知道到處都是亂糟糟的。因為擔心遲到會被鄭成功責罰，所以將領們等不及軍隊聚齊，就帶著身邊的人馬匆匆趕來，但沒想到同僚也和他們一樣。
一直等到清軍已經靠近明軍戰線，各營的部隊還是遠遠沒有到達，將領帶著親衛去前線後，後面的部隊始終無法收攏趕來。
駐紮在山上的四營兵馬理論上應該有一萬甲兵，還有大量輔助的丁壯，但現在卻只有兩千多人，而且因為缺少人手而沒有能夠修建起堅固的工事。
見山上兵力薄弱，就有人勸鄭成功將兩翼的兵力增援上山，鄭成功一時難下決心。因為他本來認為在山上放上一萬甲兵就足夠了，等清兵因為攻山而精疲力竭的時候，他的中軍就會和兩翼的明軍一起發起進攻，把清軍合圍消滅。若是現在把兩翼的兵也增援上山，那麼清軍的哨探就可以不受阻擋地前進，觀察到明軍隱藏在山後的中軍；而且若是放棄了兩翼，萬一交戰不利，明軍的中軍就反倒會被清軍包抄了。
「或許各營兵馬很快就會被軍官帶著趕到，現在貿然移動只會平添混亂。」鄭成功猶豫片刻，還是沒有下令增援，而是繼續派人去後方催促，讓增援部隊加速趕路。
此時清軍已經抵達，見山上有明軍旗號後，梁化鳳和管效忠稍一商議，就決定攻山而不是繼續沿著山邊的道路行軍。攻下這個山頭後，清軍就能獲得開闊的視野，不至於對附近明軍的數量和調動一無所知。現在梁化鳳的兩千五百步兵也與他匯合，手握三千兵馬是清軍將領中實力最強大的。
「用騎兵攻山恐怕不妥。」管效忠不反對攻山，不過他建議等一等步兵，保留騎兵作為預備隊，這樣若是明軍在清軍攻山時發動反擊，清軍也能較快地作出反應。要是騎步混雜著盡數去攻山，大批明軍突然從四周殺出，局面就會變得不可收拾。
「提督何必如此小心。」梁化鳳認為管效忠過於保守，而且延誤戰機：「正如總督大人所言，鄭逆定然想不到我們全軍突襲。不過現在他們可能知道了，正在手忙腳亂地調遣兵馬，要是我們在這裡耽擱時間太多，突襲他大營時就會麻煩許多。」
管效忠承認梁化鳳說得有道理，既然清軍是以小搏大，冒險也是不可避免的，再說鄭成功在此埋伏的可能性確實幾乎不存在，就不再猶豫而是下令清軍的騎兵、步兵一起對山上的明軍發起全面進攻。
上萬清軍向山上發起仰攻，梁化鳳和管效忠的騎兵很快就衝進明軍的戰線，清軍欣喜地發現山上明軍不僅數目有限，而且連工事都很不完備，只有部分地方修築了一些單薄的木柵欄。
看到清軍騎兵不受阻礙地衝到近前開始與明軍廝殺，他們背後的步兵也快速地靠近，梁化鳳得意洋洋地對管效忠說道：「提督請看，末將說得不錯吧，這根本就是一支孤軍而已，他們連挖掘戰壕的丁壯都沒有。」
而在山谷內，見清軍已經開始沖山，後援還遲遲不到，鄭成功急忙命令兩翼的部隊增援，若是山頭丟失，那麼清軍就會把明軍的部署一覽無遺。
但山上明軍支撐的時間比鄭成功想像得還短，差不多在他下令的同時，山頭上的明軍就已經開始潰敗。這幾天明軍疏於操練，昨天接到緊急命令後，這些士兵才急匆匆地告別家人，跟著將領、軍官出戰，上山後人心不定，也不知道後方的家屬是否安全；還有一些最後趕到的士兵，他們找不到幫助搬運武器的輔兵，就只能自己扛著盔甲、兵器一路跑來，上山後就已經累得氣喘吁吁，而且還來不及休息清軍就已經發起了進攻，疲憊不堪的明軍士兵很快就開始敗退。
也就是一刻鐘的時間，管效忠就看到山頭上已經遍布綠旗，不過返回的傳令兵帶來的消息非常令人吃驚，手下報告斬殺了明軍三名總鎮級別的將領、還擒獲了一個，按理說他們其中任何一人帶領的部隊都應該比山頭上的全部明軍都要多；而且攻上山頂後，立刻發現下面的山谷里居然打著鄭成功的王旗。
「胡說什麼？」梁化鳳和管效忠也跟著部隊一起登上山頂，果然見到了鄭成功的中軍旗幟，而且兩翼居然還有不少明軍旗號，從旗幟的規格上看，也是鎮、協級別的大將。
「怎麼鄭賊會在這裡？可他怎麼就帶了這麼點兵？」梁化鳳和管效忠滿腹疑惑，誰也不能解釋這個疑問，但他們並沒有遲疑多久，兩邊的明軍似乎正在登山，有奪回山頭的意圖。可這些明軍的兵力同樣相當薄弱，而且行動遲緩顯出疲態。清軍更不猶豫，就從山下直接殺下，向明軍發起攻擊。
見清軍滿山殺下，甘輝料定薄弱的兩翼明軍也堅持不了多久，他急忙對鄭成功說道：「大王，援軍遲遲不至，請大王趕快前去催促。」
鄭成功此時也意識到情況萬分緊急，兩翼被擊敗後，布置在山谷內的明軍就會成為孤軍，他也不明白為何後援怎麼等也等不來，就把指揮權交給甘輝，要他務必拖住清軍，當他催促兵馬趕回後，明軍依舊有機會合圍清軍。
離開中軍後，鄭成功急奔江邊，沿途始終看不到大隊明軍，只有零零星星的小隊兵馬，聽到前方殺聲大作後，帶隊的小軍官們也畏縮不前。
鄭成功心中惱火，但顧不上和他們計較，他向著江邊疾馳，急得快要大聲呼喊起來：「我的大軍呢？」
一直跑到水師駐地附近，鄭成功才看到了無邊無際的人海，十幾萬明軍，還有差不多同樣數目的明軍家屬，幾乎都聚集在江邊。
但這十幾萬士兵卻沒有多少手持武器的，更看不到幾個頂盔貫甲的，他們牽著妻子的手，把年幼的孩子抱在懷中，瘋狂地向江邊的船隻擠去。當聽說清軍出城反擊後，大批明軍士兵的第一個念頭就是把家人送上船。夜晚的移營命令讓本來就失控的軍隊徹底失去了秩序，除了高級將領的親兵外，明軍士兵都脫離了部隊，開始努力地搬運家眷。
就是那些將領派去收攏部隊的