倭島的江戶最早是由豪族江戶氏所統治，扇谷上杉氏家臣太田道灌築城於此後，便一躍成為關東的戰略要地。其後，德川家康在關之原一戰中取得關鍵性的勝利，由此開始了以江戶城為據點的江戶幕府統治時期，江戶也因此作為一座政治城市而登上歷史的舞台！
在江戶的皇宮中，紹仁天皇顯得有些百無聊賴。自從姐姐興子讓天皇的位置讓給自己後，自己便一天也沒有開心過。他和自己的父親政仁天皇一樣，對幕府把持朝政懷著強烈的敵視。總是認為日本的軍政，應該歸還到天皇的手裡，而不是由那些幕府的將軍們來把持。
可是，父親已經在這樣的反抗中失敗了，紹仁接受了父親失敗的教訓，並沒有把這份不滿，公開在幕府面前宣洩出來，而是默默地忍受在心裡，等待這一個對自己，對皇室最有利的時機出現在他的面前。但這樣的時機，卻又顯得那麼遙遙無期。
外有幕府的監視，朝野里到處都是將軍府的人。內有德川家光的外甥女，太上天皇興子，自己有任何的舉動，不要半天的時間，就會傳到將軍府中，到時，自己的命運便會和父親悲慘的結局一樣，被迫讓出這張皇位，從而耽迷於和歌與佛道之中。
石川丈山默默地看著陛下，嘆了口氣。作為騰原腥窩的親傳弟子，號稱「五大天王」致之一的石川丈山，是堅決地擁護天皇親政的代表人物。將軍府的人也曾經極力拉攏過他，但被他婉言拒絕了。當年老師拒絕了德川家康二千石的俸祿，難道自己做不到嗎？
和天皇兩個人這麼對坐著，一句話也沒有說，已經過去了一個時辰了。石川丈山覺得此刻的自己非常的沒有用，不能為陛下排憂解難，歸政於天皇這是自己最大的恥辱。難道整個日本，除了藤原腥窩親傳的一派以來，便都沒有敢於反對將軍府的人了嗎？
正當兩個人默然無語的時候，德川家的第三代將軍德川家光輕輕地走了進來，在給紹仁天皇請過安後慢慢地說道；
「陛下，臣有一個不好的消息要告訴您。明朝在沒有任何預兆的情況下，悍然發動數十萬大軍侵犯我日本，臣也是剛剛才得到的消息，目前，明軍已經在加賀藩、薩摩藩等數處登陸，進軍速度相當迅速，各地都難以抵擋……」
紹仁天皇身子哆嗦了一下，盡量控制住自己的語氣問道：「日本和明朝太平已久，雙方之間各無瓜葛，為何明朝會忽然進犯？我想，這其中必有原因。將軍，我想可以派出一個代表。以我的名義詢問一下明朝，為什麼會發生這樣的事情……」
「陛下，我認為這是不可能的。」德川家光看起來恭順無比地說道：「明朝這次進攻是有備而來，並且來勢非常兇猛，要想讓他們就這樣罷兵恐怕是我們做不到的。請陛下也不必過分擔心，臣已經在著手布置了，必然能打退明朝的進攻。
我可以隨時調集起十萬人的軍隊，阻擋住明朝人的攻勢。與此同時，在各地徵召新兵，預計在一個月內可以擴充到二十萬人。軍民們為了反抗入侵勢必士氣高漲。加上我們在本土作戰，各方面的條件都有利於我們，勝利一定屬於日本！」
紹仁天皇微微點了點頭，他雖然對幕府相當不滿，但現在外敵入侵，卻不是鉤心鬥角的時候，否則佔便宜的只會是敵人，他好言對德川家光說道：
「將軍，朕和日本的命運柩拜託給您了，請您勇敢地去戰鬥吧。您需要朕做什麼，朕就會去做什麼的。從今天開始，一直到明朝軍隊退兵為止，朕都將吃齋念佛，懇求日照大神的保佑。將軍，日照大神必然與日本同在。」
德川家光顯得有些感動，一再請陛下放心，自己必然竭誠所能，和明軍去戰鬥，把所有的明軍全部趕出日本後，這才匆匆離去。他才一走，石川丈山臉上邊露出了喜色：
「陛下，我們的機會到了！」
見紹仁天皇怔了一下，石川丈山喜不自禁地說道：
「陛下，明朝這次毫無徵召的大舉進犯，想來是為了報當年豐臣大人之仇。去年我聽一個偷偷出海做生意的商人說過，明朝出了一個忠勇武英王，他所指揮的軍隊在明朝勢如破竹。如果我猜得不錯的話，想來是這忠勇武英王，指揮著明朝軍隊前來報當年之仇。
我料明朝人不是真的想要亡我日本，只要到達了他們答應的某些條件，以唐人的性格來說是一定會退兵的。所以，我倒對這次戰爭沒有什麼擔憂的地方。陛下登基憂慮幕府勢大已久，現在明朝的入侵，卻提供給了我們一個絕好的機會！
臣建議秘密派出使者，和明朝人取得聯繫，爭取他們的幫助。陛下可以適當地放下一點面子，承認當初的事都是豐臣大人弄出來的，陛下本人非常痛心。若明朝人願意答應和陛下合作，一里一外，何愁幕府的勢必不被剿滅呢……」
紹仁天皇面上的神色都變了，自己身為日本的天皇，卻要去和明朝人合作？那，那自己又成為了什麼？看出了紹仁天皇的憂慮，石川丈山胸有成竹地說道：
「陛下，想要做一個聖明的君主，就要能忍人所不能忍。一時的委曲求全，並不算得了什麼。一時的屈辱，也不妨礙一個偉大君王的誕生。無論在唐人，還是日本的歷史上，難道這樣的故事還少嗎？否則僅僅憑藉我們的力量，又怎麼可能把權利重新歸於陛下手中？」
他的話讓紹仁天皇心動。是啊，一時的屈辱，不妨礙一個偉大君王的誕生。沒有軍政權利，所有的事情便都是空談。可要讓他就這麼下定決定，實在是一件有傷尊嚴，無法下定決心的事。正當他猶豫不決的時候，石川丈山已經跪倒在了他的面前：
「陛下，我願意擔當您的使者，親自前往明朝人那裡和他們商談。我向您保證，我絕不會做任何一件過分出賣日本利益的事情，絕不會答應任何一件有傷您自尊的事情。我一定能讓唐人答應我們的要求，把日本的權利，全部歸還到您的手中……」
……
石川丈山之所以敢如此的反對德川幕府，除了本人對於天皇的忠誠以外，主要原因還是得到了一個人的強力支持。如果沒有這個人的支持，僅僅依靠石川丈山和天皇的力量，是絕對無法和強大的幕府作對的。而這個人名字，叫做由比正雪！
由比正雪生於駿河國宮崎，為當地農民岡村彌右衛門之次子。由比一姓，出自擁有倭島楠木氏血統的，在桶狹間戰死的今川家臣由比正宣，是由比正雪為標榜自己的楠氏遺裔身份而取。當然對於他農民身份的出身，由比正雪也想了很多辦法掩飾。
此人因幼年家貧，被送至駿府臨濟寺做小沙彌。在寺中修行數年後，由比正雪離開故鄉，進行了為期三年的周遊日本的修行。元和八年來到江戶，拜在江戶著名兵家楠木正成之末裔楠木正辰門下學習兵法。之後得到楠不傳青睞，入贅楠木家。
他被沒有子嗣的楠木正辰收為婿養子。楠木正辰病逝後，由比正雪繼承了傳家寶菊水之旗，楠廷尉所用短刀和楠木氏系譜，成為楠木氏的正統傳人，在神田連雀町開辦了兵學塾「張孔堂」。而張孔堂的出現，迅速改變了江戶的很多事情……
作為楠木流兵法的正統傳人，由比正雪在江戶與各兵家論道，自稱「集和漢各家兵法於一身」。在此期間，經常有大名、旗本來張孔堂聽正雪講課，而正雪也傾聽了各國武士、浪人們對幕府政策的抱怨。這一切，都給了由比正雪莫大的啟發。
此後，由比正雪開始不斷批判幕府政策，也拒絕了幕府俸祿五千石的仕官條件，並因此得到了浪人的支持，收下了一大批弟子，曾出現數千人聽由比正雪講課的盛況。利用憤怒的浪人，維護天皇威信，顛覆幕府的計畫已在他心中醞釀成型……
當時實行武斷政治下的幕府，由於對地方大名大量的改易與減封，產生了大量失業的浪人。幕府對浪人們的政策十分嚴酷。不僅難以再次任職，就連工作和更換居住地都必須得到許可。而這些貧困的浪人們，大多數除了舞刀弄槍之外便再無所長。
處於飢餓和死亡線上的浪人們，對幕府的怨恨越積越深。而這份怨恨當無法得到宣洩的時候，便成為了社會的巨大隱患。由比正雪的適時出現，使這些浪人們看到了一份希望，得到了一份依靠。由比正雪在不知不覺間，已經成為了他們推翻幕府統治的領袖。
而由比正雪的個人英雄主義情結，決定了他的目標。他幼時嗜讀《太閣記》、《楠公傳》，幻想自己也能「布衣起家，成為天下第一出人頭地之人」，「擁護天皇，打倒幕府」，因而他朝著這個方向努力！
而要顛覆幕府，必須要有一定的群眾基礎，而這絕非幾個心腹或兩、三百人參與就可以成功的。龐大的浪人群體正提供了這個條件。
明確目的與手段後，由比正雪開始籠絡人心。他不斷地批判幕政，宣傳幕府如今由奸臣掌權這一觀點，得到了浪人的擁護，被視為浪人階層的領袖，因而，大量對幕府抱有不滿之情的浪人成為了張孔堂弟子。
正是在這樣的情況下，石川丈山和由比正雪這兩個各自懷著不同目的