中國對於瓦那斯旗幟鮮明地支持是具有決定性作用的，誰都清楚將來在這塊土地上真正的主人將會是誰，一時除了少數頑固派以外，風向輿論都倒向了瓦那斯這一邊。
在隨後舉行的第一由大地主、官僚和少數資本家組成的所謂的「菲律賓全民公決」上，瓦那斯以超過百分之九十的票數順利當選為「菲律賓第二共和國」的新任總統。
瓦那斯上台後為了安撫艾莫斯的勢力，為艾莫斯舉行了聲勢浩大的國葬，並尊稱艾莫斯為菲律賓的「國父」，只是不知道艾莫斯的在天之靈會哭還是會笑。
隨後瓦那斯任命了新的菲律賓議長，議長的權利被大大縮小。並在當選總統後的第二天就與代表中國政府的楊河簽署了「楊河－瓦那斯協議」。協議中除了規定菲律賓第二共和國應該遵循對「大中華聯邦」應盡的一切義務以外，重點說明了菲律賓對所欠中國的外債，將由菲律賓的礦產資源為抵押，中國將擁有菲律賓九十年的礦產開發權。在協議簽署後，中國的幾家大型公司立即開進了菲律賓，徵召當地勞工，日夜不停的開始勘探挖掘，此後源源不斷的礦產資源開始流向中國。
中國其後調動大批人員用最短的時間在菲律賓馬尼拉灣建立了具有極其重要戰略價值的馬尼拉灣軍港，帝國薩鎮冰海軍上將的太平洋海軍艦隊隨後開進了馬尼拉灣軍港，虎視太平洋，成為了名副其實的「太平洋艦隊」。
而瓦那斯在當選為總統後，為建立自己的武裝加強統治，無視當時菲律賓財政經濟的困難，大舉向中國借債，撥出巨額資金，建立由他直接指揮的陸軍和海軍，積極籌建軍事學校，以重金聘請中國軍官擔任教官。在中國的幫助下，一支擁有人數超過兩萬的菲律賓國民警衛隊成立，瓦那斯並同時給國民警衛隊官兵加薪，軍官每人增加原薪水的百分之三十，士兵每人增加原薪水的百份之二十五。他通過國民警衛隊嚴格控制菲律賓的經濟命脈，如鐵路、郵政、海關等，並以此得到的收益來償還外債。
為了進一步控制住國民警衛隊，他派兒子安拉姆·瓦那斯到中國無錫馬山軍校學習，一畢業就被授予少校軍銜，隨後不到半年晉陞為上校，出任菲律賓軍事學校校長，兼菲律賓國民警衛隊的參謀長。
這樣，菲律賓國民警衛隊被牢牢控制在了瓦那斯家族手中，成為瓦那斯家族統治菲律賓的最主要工具。
在經濟上面，瓦那斯竭力維護工商業者和種植園主的利益。從他擔任總統開始，瓦那斯正度就給工商業主和種植園主發放政府銀行的信貸。同時瓦那斯家族利用攝取的權利，貪婪的聚集著財富，在他擔任總統的第二年，他就積聚了六百萬中華幣的資產。
外交上瓦那斯緊緊抱住中國這顆大樹，充當中國在菲律賓的代理人。他曾經信誓旦旦地說：「中國可以放心地相信菲律賓忠心耿耿的友誼。我無論作為一名官員，還是作為一名無官職的公民，都將始終如一地促進這一友誼。在危急的時候，中國將會發現我們是站在中華帝國國旗這一邊的」。瓦那斯不折不扣地實行了他的誓言，在他才當政之後，他就與中國簽署了大量的貿易協定，使中國貨物源源不斷地湧進菲律賓市場。到大戰結束前，中國已控制菲律賓出口總額的百分之三十八和進口總額的百分之八十，此外瓦那斯向中國借的巨額外債，也讓菲律賓進一步依附於中國。
但是在這一系列的動作之前，瓦那斯對待國民警衛隊的態度，還是遭到了激烈反對，尤其是原艾莫斯掌握的武裝力量。瓦那斯對待軍隊政策的傾斜，讓艾莫斯武裝力量，即菲律賓國防軍的利益受到了嚴重損害，尤其是在中國宣布因為菲律賓獨立已經取得勝利，將停止對菲律賓國防軍繼續資助，加上瓦那斯對國防軍的漠視，讓國防軍在經濟和物資上一下斷絕了來源，不少部隊的士兵甚至連吃飯都成了問題。
菲律賓的國防部長，艾莫斯的親信拉特維幾次和總統交涉，但都被瓦那斯以國家新建，資金嚴重缺乏為由為搪塞了過去，這讓軍隊和總統的矛盾進一步加深，一場兵變開始在悄悄形成。
身為前總統艾莫斯的親信，原「菲律賓民族自由陣線」208團的團長，拉特維向來認為自己是菲律賓革命成功的最大功臣，就算在艾莫斯死後他也依然傲氣不改。
「部長，現在這日子過不下去了。」菲律賓國防軍總參謀長伊里戈怒氣沖沖：「政府總能找出一切理由來拖欠軍隊的薪水，相反，大筆的資金流向了新成立的國民警衛隊，中國援助菲律賓的武器、資金，幾乎全部給了他們，我們呢？我們的部下正在問我們要吃的！」
拉特維本來就是個容易情緒激動的大老粗，他暴怒地拍著檯子大叫：「兵諫，實行堅決地兵諫！實在不行以武力推翻瓦那斯，推舉新的總統，現在瓦那斯的羽翼還沒有豐滿，一旦等他牢牢掌握了政權和軍隊，我們這些人將全部被他送上絞刑架！」
伊里戈也是個說話做事不經過大腦的人，艾莫斯手下的這些將領全部是些不認識一個字的人，他們做任何事情完全憑著自己的喜怒，從來不去擔心什麼後果，與其說他們是將軍，不如說他們是一群土匪更加合適。伊里戈聽完部長的話興奮地道：「好，就兵諫，我們已經趕跑了美國人，我們是菲律賓革命成功的最大功臣，而不是他。懦弱而卑鄙的瓦那斯，部長，我願意親自指揮部隊攻佔總統府，把瓦那斯抓到你的前面！」
衝動歸衝動，但總算拉特維還保持著一份理性：「中國人會有什麼反應？現在馬尼拉駐紮著8000名中國士兵，那可不是鬧著玩的，他們的重機槍是我們的幾十倍，還有他們攜帶的手榴彈和炸藥足以把整個馬尼拉都夷為平地！」
稍稍愣了一下，伊里戈不在乎地說道：「不怕，中國人早就宣布了不插手菲律賓的事物，那些中國士兵在馬尼拉老實得很，連軍營都不出一步，咱們還用怕什麼。何況部長您不要忘了，咱們的軍隊當初可都是中國軍官指揮的，就算他們不幫忙，也一定會默不出聲的！」
拉特維想了想，覺得伊里戈的話很有道理，在和美軍的戰爭中，雖然自己這些菲律賓軍官並不怎麼聽中國軍官的話，但怎麼說也是一起並肩戰鬥過的。
「那麼把離馬尼拉最近的208和209團調進馬尼拉。」下定了決心的拉特維說道：「208的兩個營由你親自指揮攻擊總統府，其它部隊在最短的時間內控制馬尼拉全城，但一定要給我記住，千萬不要衝擊中國軍隊的軍營，也不要和中國人發生正面衝突。我的伊里戈參謀長，你必須得記得當我們兵諫成功後，沒有中國人事後的支持那還是會失敗的，所以這是這場革命唯一不允許做的地方。」
「您儘管放心吧。」伊里戈信心百倍地說道：「一個小時之內，我就可以衝破總統府！」
這兩個部下也許會讓艾莫斯總統就算活著也會被他們的所作所為給活活氣死的，在他們看來，兵變就象吃飯那麼簡單，想什麼時候做都可以成功。
隨後菲律賓國防部長拉特維和總參謀長伊里戈聯名給總統瓦那斯提交了最後通牒，要求總統必須在十天內解決菲律賓國防軍的資金問題，補齊所欠薪水，否則引起的一切嚴重後果他們也無法控制。
瓦那斯總統的態度非常強硬，他明確的告訴向他提出最後通牒的這兩個人，政府正在想辦法解決國防軍的資金問題，但無法在規定的時間內滿足他們的要求。而身為國防部長的拉特維和總參謀長伊里戈，必須約束自己的部下不得做出任何危害國家安全的事，否則他將領導著菲律賓人民粉碎任何陰謀。總統的強硬態度是拉特維和伊里戈所意想不到的，但這也更加激起了他們的怒火。
馬尼拉的氣氛一下子緊張起來，大批菲律賓士兵開進了馬尼拉城，在拉特維和伊里戈的煽動下，菲律賓國防軍官兵對政府的不滿到達了快要爆炸的地步。他們進入馬尼拉後開始控制各個主要幹道，隨時準備著以武力來解決問題。
菲律賓的各方勢力緊急加入了調停的行列，他們不是擔心對峙的雙方哪一方會獲得勝利，他們最擔心的是一旦發生武裝衝突將直接影響到他們在馬尼拉的利益。但看來這一次總統和軍隊的矛盾是無法化解的了，雙方都同時拒絕了和解。
瓦那斯總統開始號召全馬尼拉人民動員起來，粉碎一切可能發生的叛亂，接著他將才招募到的200名國民警衛隊成員全副武裝起來，保衛馬尼拉。
一直沒有離開菲律賓的楊河、中國駐菲律賓總督辦劉偉弘和最高軍事長官陳明豪聯合發表聲明，呼籲衝突雙方保持冷靜，一旦爆發武裝衝突，中國軍隊在自身利益沒有受到損害的情況下將保持中立。
這條聲明讓軍方大喜過望，中國人的中立政策將使得他們的兵變變得容易了許多。
而老奸巨猾的瓦那斯卻似乎從中嗅出了什麼，中國人的聲明是「中國軍隊在自身利益沒有受到損害的情況下將保持中立」，瓦那斯絕不相信那幫愚蠢衝動的軍人，在兵變後喪失理智的情況下會不做出過激的舉動。
為了自身的安