英國於1939年9月3日11時對德宣戰後的同一天，德國潛艇U—30把英客船「雅典娜」號誤認為一艘部隊運輸船而擊沉，這使英國痛切地感到，德國可能發動無限制的潛艇戰。
雖然戰爭開始時，希特勒還嚴格限制過潛艇的使用，要求潛艇嚴格遵守捕獲法規，無限制的作戰還沒有作為德國戰略的一部分規定下來。但是，德國潛艇部隊司令鄧尼茨多年來卻一直在秘密地準備著發動這樣的突然事件。
英國海軍部早已為應付戰爭的突然爆發制定好了計畫，並遠在宣戰之前就開始採取了某些明智的行動。6月15日集結了預備隊，8月24日命令艦隊進入自己的作戰區，並隨即對英國的所有商船航運活動進行了控制，向各船長發布了關於他們應航行的航線的命令。
護航運輸隊系統已經建立。第一支近岸護航運輸隊於9月6日起航。緊接著，第一批駛往國外的護航運輸隊也於第二天起航。
從聖伊瓦樂和卡魯徹里頓起飛的第217中隊的「安桑」式飛機在西經12.5°至15°之間，大約距愛爾蘭以西15O至200海里的範圍內，對護航運輸隊提供近距離的水面和空中護航。
這些船隻要在護航隊中航行兩天多才分開向各自的目的地前進。到地中海和非洲去的船隻在錫利群島附近編成單獨的護航運輸隊，由一艘遠洋護航艦隻進行護航，要航進到直布羅陀的護航艦隻趕來迎接為止。
到9月底，正常的護航運輸隊系統已開始實行，駛回的護航運輸隊從哈利法克斯、直布羅陀和費里敦出發，而出航的則從利物浦和英國沿岸港口出發。由於缺少護航艦艇，在其它航線上仍採用規避航行。
丘吉爾在戰前視察過波特蘭，看過一次反潛演習，他指出：「應該把潛艇限制在遠海海區，我們會有損失，但是潛艇決不會對形勢起決走性作用。」戰爭頭幾個月所發生的事件，雖不能推翻丘吉爾的這個論點，但是誰能預料到德國會奪取法國比斯開灣內的港口，得到了通往大西洋護航運輸隊航線的捷徑呢？
到1939年止，共有5756艘船隻編入了護航運輸隊，僅有17艘被擊沉，德國也損失了9艘潛艇。而單獨航行的商船卻有97艘被德國潛艇擊沉。
在1940年7月至10月間，單獨航行的商船有144艘被擊沉，而編入護航運輸的商船被擊沉的僅73艘，德國還損失了6艘潛艇。這些數字證明了建立護航運輸隊系統是正確的，但是仍有人對此表示懷疑。
一種批評意見認為，護航運輸隊系統會使大量商船噸位滯留在港內，等待編成適當的護航運輸隊。還有一些人把護航運輸隊看作是單純的防禦手段，認為進攻的精神應該更多一點。這種意見造成的結果，是花費了大量時間和人力編成驅逐艦和航空母艦「搜索群」去搜索潛艇。這種方法早在第一次世界大戰中就已證明是無效的。
護航運輸隊系統雖然再次證明不能有效地擊沉潛艇，但是它卻能迫使德國潛艇離開某巡邏區。令人奇怪的是，英國海軍部已有了1917年至1918年的教訓，卻還要說服自己去組成這些「搜索群」，尤其是有一段時間，德國潛艇顯然較少，未超過7艘，而且商船的損失也不太大，但還要用昂貴的艦隊與航空母艦去執行這種沒有多大價值的任務。
艦隊中航空母艦特別容易遭到攻擊，9月17日黃昏，「勇敢」號航空母艦上的飛機和4艘護衛艦中的2艘去搜索1艘德國潛艇。據報告，該潛艇準備攻擊1艘商船。就在這時「勇敢」號航空母艦被德潛艇擊沉。德潛艇雖遭到其餘的護航艇只用大量深水炸彈進行攻擊，但僅僅受到了來回震動，還是返回了基地。這是航空母艦在進行反潛巡邏時第二次遭受攻擊。
9月14日，「皇家方舟」號航空母艦遭到U—39的攻擊，U—39很快就被「福克納」號、「火龍」號和「狐狸」號擊沉。在那天傍晚，從「皇家方舟」號上起飛的第803中隊3架「大鷗」式飛機在U—30潛艦下潛時，對它進行了攻擊。
不巧反潛炸彈在空中提前爆炸，不但沒有炸毀潛艇，反而炸掉了兩架飛機。
這就是當時反潛武器效率低的一個明顯例證。在這些事件之後，英國海軍部再也不能無視航空母艦在反潛巡邏時受到的這些威脅了，於是決定搬走航空母艦，但是幾個驅逐大隊仍在海上進行了幾個月的反潛巡邏。
在以後的18個月中，海軍航空兵的飛機多次從岸上基地起飛進行反潛巡邏。
這些飛機由英國空軍通過區域指揮部進行控制。由於航空母艦進行反潛巡邏遭到失敗，護航艇缺乏，加之反潛部隊未能達到海軍大臣丘吉爾的要求，未能擊沉那麼多潛艇，11月19日丘吉爾向內閣會議提出了一頂建議，要求橫跨北海布設一個雷區，他認為這是對付德國加強了潛艇戰的很有遠見的防禦措施。1939年9月至10月，多佛爾海峽已布設了反德國潛艇的深水雷區。
經過對「中立法」進行激烈的爭論和討論之後，於11月30日決定繼續完成約需兩年布設完181000個水雷的方案。
飛機能夠使潛艇下潛，還能夠使潛艇不敢在水面上機動，這點已經得到證實。飛機應當更多地進行反潛巡邏和護艦而不是進行一般性偵察，這點也受到了重視。這就需要對岸防航空兵支援海軍作戰的任務重新進行評價。
11月13日頒布了一項新命令，代替了1937年12月頒布的命令。新條款中的第二點是：以後岸防航空兵的反潛任務與其偵察任務同樣重要。關於122號命令中的第一點，岸防航空兵已於8月23日開始在北海上空進行一般性偵察巡邏：護航運輸隊系統一組成，就在岸防航空兵的每個機場的活動半徑內，為每支護航運輸隊各派一架飛機進行護航，反潛巡邏還沿著護航運輸隊的護航線進行。
遺憾的是，由於戰前不重視岸防肪空兵，因此，能完成這項任務的飛機太少。為彌補岸防航空兵飛機的不足，英國還採用了在第一次世界大戰中使用過的戰術，即徵用了地方飛行俱樂部大量沒有裝備的飛機，沿海岸進行反潛巡邏飛行。這些「稻草人」巡邏飛行，主要由「虎蛾」式飛機實施，一直持續到1940年春法國陷落後，這種巡邏飛行不可能進行時為止。
1940年1月30日，岸防航空兵第一次擊沉了1艘潛艇。當時第228中隊的一架「桑德蘭」式飛機非常成功地追逐了擊沉OA80護航運輸隊中2艘船的U—55潛艇，然後驅逐艦「惠特謝德」號和「瓦爾米」號被召到現場，向匆忙撤逃的U—55潛艇射擊。這表明水面和空中護航兵力在戰術上緊密配合的重要性在不斷增長。
這時，丘吉爾預料德國到1940年夏將有200至300艘作戰潛艇，這個數字是鄧尼茨本人在戰前宣布的，這些數量的潛艇是取得潛艇戰勝利所必不可少的。而按照英國海軍當時和以後的造船計畫，正在建造的驅逐艦隻有32艘。
丘吉爾提出：「建造何種類型的驅逐艦，必須以建造的數量和速度為依據，而不是以艦船大小和威力為依據。」除了當時正建造的56艘近岸護衛艦外，還需建造新型遠洋護衛艦。這種新建造的艦艇都要增加燃料儲備，速度要達到20節。
除戰爭初期徵用的100艘反潛拖網漁船外，還徵用了大量的其它類型的拖網漁船，並根據不同的港口進行了編組。每一組大約有5艘船，由一名指揮官指揮，他們在英艦「奧斯普里」號上受過短期訓練。挪威戰役後，廢棄了該編組系統，有三名軍官被授權指揮新的輕護衛艦。
加拿大近岸海區，對護航運輸隊的空中支援，由「斯塔勒爾」式水上飛機提供，這種水上飛機在天氣允許時，可在離加拿大約100英里的上空進行巡邏飛行。
丘吉爾認為，英國海軍可以從法國海軍那裡得到進一步補充，以緩和過度緊張的護航艦艇，特別是在德國於1939年9月24日取消潛艇攻擊法國艦艇的限制之後。但是，法國海軍沒有良好的聲納裝置。
10月，丘吉爾在與法國海軍軍官商談中答應向法國所有艦艇提供並裝備聲納裝置。
談判的結果，英國海軍於1939年10月至11月給法國海軍調去了8艘反潛拖網漁船並向驅逐艦「虎」號、「豺」號、「豹」號和武裝拖網漁船「幸福」號提供了聲納裝置。
在德國入侵低地國家之後，緊接著便是挪威戰役。敦刻爾克的撤退使得英國海軍本來已感兵力不足的護航部隊又遭到嚴重損失，幾乎損失貽盡，形勢變得十分危急，丘吉爾不得不於1940年月15日向羅斯福總統發出第一份電報，要美國借給他40至50艘老式驅逐艦，以便在新護航艦艇建造完畢編入艦隊眼役之前補充英國海軍。
義大利的搖擺使形勢進一步複雜化。當是還不清楚，義大利參戰後是否會站在德國一邊。如果站在德國一邊，那麼，英國海軍已感不足的兵力馬上就要面臨地中海上另外100艘潛艇的威脅。