在河南積極整頓，擴充實力的時候，北京乃至全國的局勢卻不那麼妙了。
當初孫中山出任臨時大總統的時候，通過了一部《臨時約法》，而在孫中山辭去臨時大總統的職務之後，這部《臨時約法》就成了袁世凱的一道緊箍咒。
《臨時約法》規定，臨時大總統發布命令須經過國務總理副署方能生效，也就是說袁世凱的任何命令，都必須經過過去追隨自己近三十年的老部下唐紹儀的批准方能生效，以袁世凱的性格來說焉能承受？
其實不光是袁世凱，換了另外一個人，哪怕孫中山現在還處在這個位置上，一樣不能忍受。比如逼迫參議院議員投票定都之事就是最好例子。
事實上，在清帝退位後，沒有一個人能夠代替袁世凱，孫中山不能，黃興不能，其他人就更不能。假如袁世凱前次遇刺真的被刺死，那天下大亂、軍閥混戰提前上演，應是定局。
內閣總理唐紹儀，書生得志，開始變得有些目無老上司，處處以內閣總理自居，逐漸不把受到《臨時約法》約束的袁世凱放在眼裡。
就連總統府的人，每次見了唐紹儀前來商討政事，都私下裡憤憤不平的說：「今日唐總理，又來欺負我們總統么？」
下人的觀念尚且如此，身為大總統的袁世凱，他的角色如何轉換得過來？
由於與唐紹儀之間矛盾增加，袁世凱乾脆就撇開這個國務總理，直接指揮趙秉鈞、段祺瑞等人。有了袁世凱的撐腰，原本就對袁世凱言聽計從的趙、段等人更是不把這新官上任的唐紹儀放在眼裡。弄到最後，趙秉鈞這些人連國務會議都不去參加。如此一來，唐紹儀這個總理怎麼做得下去？
內閣分為兩派，袁世凱的勢力與南方革命黨明爭暗鬥得不亦樂乎，而唐紹儀本是袁派中人，立場卻又接近南方革命黨，當時被夾在中間又無法調和雙方的矛盾，實在是苦不堪言。
而困擾新內閣的，還不光是這些南北矛盾，財政問題已經到了必須解決的時候。
滿清政府1903年全年虧損三千萬兩白銀，一場股災，又讓滿清政府徹底破產。
而財政上的困窘並不會因為建立了民國而有所改善，相反，由於朝代更替，原本應繳納的稅收大都沒有正常收取；就是正常收取了，在局勢未定的情況下，各級地方也不肯主動解送給中央！因此，無論是南京臨時政府還是唐紹儀的北京內閣，其實都是一貧如洗的窮光蛋。
之前中國局勢混亂，列強不願意借錢給滿清朝廷。孫中山四處遊說，列強也是一兩銀子都不願意借，列強認為孫中山根本無法控制中國局勢。等到袁世凱充當大總統後，列強很快組成四國銀行，主動上門要借銀子給袁世凱。袁世凱無論提出什麼條件，四國銀行團一概照辦。
可唐紹儀卻偏偏不信邪，自己去問比利時銀行悄悄借了一百萬英鎊，誰想到四國銀行團知道了，立刻大加抗議，逼迫比利時銀行收回借款和利息。
唐紹儀雪上加霜，只能按照袁世凱的要求，向四國銀行團借款，這位唐總理一開口就要借七千五百萬兩白銀，四國銀行團大驚，詢問用處，唐總理居然說是解散軍隊之用云云。借款談判陷入困境。
好容易袁世凱出面周旋，財政總長熊希嶺艱苦談判，終於達成部分借款協議，四國銀行團答應先借出三百萬兩，以解燃眉之急。
熊希嶺十分清楚在南京的那些民軍缺乏軍餉的窘裝及其潛在的兵變危險，於是借款到手之後，就是先把這三百萬銀子給黃興，用以裁撤部隊，安定軍心之用。
誰想到黃興得知，竟然發來電報，對熊希嶺破口大罵，甚至把熊希嶺罵到了賣國賊的地步。
熊希嶺勃然大怒，當初自己出任財政總長，黃興一個電報接著一個電報催款，等自己好不容易借到錢了，居然又被罵成是賣國賊！
一怒之下，熊希齡便將黃興催款的電報公之於眾，並將南京民軍因為缺餉而可能嘩變的危險及其自己的委曲求全敘述了一番。
不僅如此，熊希齡還在電報中諷刺黃興缺乏政治經驗，不懂經濟，說要是黃興在位的話，非得將民國葬送不可。
黃興與新任財長熊希齡的電報戰，立刻引起了軒然大波。各地的都督、議員、報紙等等，紛紛各抒己見，有指責熊希齡軟弱外交的、有大罵財長賣國的，也有批評黃興不顧大局的，不一而足。
一波未平，一波又起。借款的事還沒有了結，直隸都督的人選問題又起波瀾。
在武昌起義後，各省都流行由本省人擔任都督，如黎元洪督鄂、李烈鈞督贛等，當時直隸一些議員如谷鍾秀等人便提議由王芝祥擔任直隸都督。
王芝祥本是反正參加革命黨的，屬於革命黨人，南方革命黨便想讓他出任直隸都督，以擴大革命黨的勢力。
可是直隸是北洋軍的心腹地帶，卧榻之側豈容他人鼾睡？因此，袁世凱對南方革命黨的提議置之不理，而是任命了自己的心腹張錫鑾出任直隸都督。
唐紹儀是堅決贊成王芝祥出任直隸都督的，但袁世凱卻拿出幾份電報，是直隸五路軍界反對王芝祥就任都督的通電。
唐紹儀看後極為氣憤：「大總統前面已經答應，如何能失信於人？何況，軍人干涉政治，恐怕非民國之福。」
袁世凱哼了一聲：「王芝祥是革命黨人，他要是來做直隸都督，豈不是引狼入室？」
唐紹儀忿忿然道：「任命不任命那是內閣的職權，豈能因軍人干涉就隨意改變？再者，王芝祥已經到京，叫我這個內閣總理如何交代？」
袁世凱掀須一笑，置之不理。
按理說，民國成立之後，軍人即當保持中立，不該干涉國內政治，但說起來容易，實際上卻極難做到。民國期間，軍人干政幾乎是稀鬆平常之事，之前的北京兵變、這次的五路軍界通電與日後登峰造極的軍閥政治想比，實在是小巫見大巫，不值一提。
唐紹儀大怒，乃聯合南方革命黨，激烈反對張錫鑾出任直隸都督，袁世凱一時也被弄的十分被動。
全國上次再次因為直隸都督的事，而爭的不可開交。
袁世凱心中憤怒，但卻暫時沒了辦法，正在這個時候，段祺瑞卻忽然面見袁世凱：「大總統，我倒有個合適人選。」
「誰？」袁世凱氣猶未消，隨口問了一句，忽然看到段祺瑞面帶微笑，猛然醒悟：
「存毅？」
「不錯，正是蕭天蕭存毅！」段祺瑞點了點頭：「此人掌控河南，無不經營得井井有條，又素來對大帥忠心耿耿，對我北洋忠貞不二，有他鎮守，最是合適不過。況且存毅於民眾心裡有莫大聲望，存毅若出，當能堵住民眾之口，民眾不反對了，我看革命黨那也就好辦了！」
「此人倒是個合適人選，有存毅坐鎮直隸，我也就放心了。」袁世凱頻頻點頭，隨即又面露憂色：
「只是，那些南方革命黨竭力反對軍人干政，蕭天乃是標準軍人，這個……」
隨即在那想了一會，自己笑了起來：「把王芝祥給我叫來。」
袁世凱單獨召見了王芝祥，答應給他一筆豐厚的經費，讓他改任南方軍隊宣慰使，回南京協助江蘇都督程德全遣散軍隊。唐總理的面子畢竟不如袁總統的大，而王芝祥原本也是個見風使舵的官僚，他在得到袁世凱的保證後，竟對朋友的支持置之不顧，一口答應了袁世凱的新任命。
同時，袁世凱又秘密囑咐了王芝祥幾句，王芝祥滿口應承下來。
次日，王芝祥通電全國，只說自己才能淺薄，不足擔任直隸都督，河南督軍蕭天，治理河南以來，地方安頓，民生興旺，雖是軍人，才幹不遜云云。一力推薦蕭天出任直隸都督。
這一來，竭力推薦王芝祥的南方革命黨目瞪口呆，哪裡想到王芝祥會忽然反水？
袁世凱隨口發布通告，鑒於直隸都督一職久爭不下，因此此位置暫時空閑。又提議設立直魯豫三省巡閱使，提名河南督軍蕭天可以充任！
此刻袁世凱新登大總統寶座，威望正隆，蕭天又聲名赫赫，被民眾視為民族英雄，由蕭天出任直魯豫三省巡閱使，民間再無反對爭論之聲。
而南方革命黨人知道，所謂直隸總督位置暫時空缺，設立直魯豫三省巡閱使，不過是換個名字而已。
可是蕭天的威名太大了，再度反對只怕會激起民間反感。
再者，當初蕭天攻擊漢陽之時，特意網開一面，放走大量民軍，因此民軍也對蕭天大有好感，感激淋漓者也不乏其人。
如此，革命黨只能把一口怨氣咽回心中，暫時接受了這一既成事實。
而藉助著北方和南方的矛盾，原本沒有希望成為直隸總督的蕭天，一舉而成為直魯豫三省巡閱使！
這其中既有南北雙方矛盾，和段祺瑞的舉薦，袁世凱的信任也是分不來的。
蕭天為首的小北洋系，此時開始掌握重權，逐步成為一股重要的政治勢力！