《少年天子》描寫了大清進關後第一個皇帝順治的一系列政治改革及他與皇貴妃烏雲珠的愛情故事。同時也描寫了圍繞著漢化改革所產生的一系列矛盾鬥爭。皇太極去世後，6歲的順治繼位成為大清入關後的第一位皇帝。順治是位有理想有抱負的皇帝。為了擺脫滿族游牧民族落後的生產力水平，提高人民的素質，順治潛心鑽研漢族的文化來豐富自己，鞏固大清江山。但剛剛入關的滿族並不能脫離原來民族的一些野蠻的耳慣，與順治帝的一系列改革產生矛盾，最後導致濟度親王的政變，政變未果，順治帝後染上天花命歸黃泉。庄太后扶持玄燁繼位使其成為康熙大帝，為大清的繁榮富強奠定了堅實的基礎。當初順治入關後，由於多年的操勞，母親庄太后身體有所不適。順治帝的弟婦襄親王妃進宮伺候，順治帝與其一見鍾情，雙方都為對方的文採風度所傾倒，但這種感情只能埋在心中。烏雲珠美麗端莊，溫柔識大體，深得庄太后喜愛，太后認其為義女。為庄太后在宮內辦聖壽節時，順治帝福臨嚮往烏雲珠，想借壽宴之機接近她。於是開宴後他與烏雲珠進行了試探性長談，庄太后完全明了兒子的心思，她沒有阻止。但在福臨與烏雲珠終於衝破束縛私自結合後，庄太后身為皇太后要維護滿洲內部的團結；身為母親她不願兒子承受失德的罪名終於阻止他們的來往，致使福臨重病不起，最後庄太后終於冒天下之大不韙成全了烏雲珠與福臨的愛情。襄親王病死後，順治馬上冊封烏雲珠為賢妃，後又晉為皇貴妃入主承乾宮。福臨愛情成功後，政治上面對一系列矛盾及其要推行的一系列的改革。這一年順天鄉試考官受賄，使一些漢官被捕入獄，七人正法。於是乎法網越拉越大。各地應參加複試的新舉人，像囚徒一樣，被府縣衙門拘捕，漢官士子震恐萬分；惶惶不可終日，這一科場大獄不知什麼時候了結。順治為鞏固大清江山改變滿族的文化素養，安撫漢官士子。豁達寬容不牽連朝廷內的漢官，反而送給王熙父子一卷親自所繪的圖畫，平息了這場風波。順治為了使軍民百姓能平安生活，停止了圈地法令，使流離失所的漢民回到了家園。烏雲珠入宮後，官內的矛盾給她很大壓力，皇后、康妃、謹貴人、淑惠妃對她都有微詞，原因之一是烏雲珠的母親是南方漢人父是滿人，之二烏雲珠深得皇上寵愛，又溫柔識大體，太后對她更是喜愛。皇上微服出訪斬殺了謹貴人的侄女兒，使謹貴人遷怒於皇貴妃烏雲珠。順治曾廢過一個皇后，他喜愛烏雲珠的文采和胸懷要冊封她為皇后，烏雲珠以大體為重堅決不從才稍微平息了內廷的矛盾。康妃所生的皇子三阿哥玄燁染上天花，謹貴人和康妃怕烏雲珠所生之子四阿哥日後冊為太子，謹貴人秘密地把三阿哥的肚兜給四阿哥穿上，使四阿哥染上天花夭折，烏雲珠含著巨大的悲痛陪皇后渡過了重病在床的日日夜夜，皇后終為其感動稱其為妹妹。三阿哥病好後，謹貴人事露被賜死。由於順治每日處於滿漢矛盾之中心理負荷很大，他有一種要解脫的願望。在遇見和尚後更有此種感覺，每次會見後他都覺得輕鬆了很多，出家的願望也就增加了一分。順治要大批任用有才華的漢官，效法明制設六院。這樣大大削減了滿貴族官員的勢力。一時間朝廷內沸沸揚揚，每日滿族王公大臣進見勸誡皇上不要效法明制。順治為了鞏固大清江山果斷地實行了這一措施。入關後的清朝並沒有四疆平和，鄭成功在南方高舉義旗攻破三十餘縣州，朝廷的漢官也有些蠢蠢欲動。福臨性格的另一面，不安易暴躁顯露出來，他嚇得跑到太后處要回到關外，庄太后痛斥兒子又使福臨要御駕親征。淑惠妃嫉妒烏雲珠又不甘心受冷落便到福臨處誣告烏雲珠宮內的太監和宮女干一些不可告人的勾當。福臨聽後暴怒之下把烏雲珠打入冷官。太后知後，教育兒子，烏雲珠是有善良的天性才沒有申訴。福臨後悔卻又礙於尊嚴不能下令回宮，最後在太后的開導下把烏雲珠接回宮中。烏雲珠終於病倒了，福臨痛苦萬分。因為烏雲珠是他政治上的知音，生活的伴侶，文化修養上的志同道合者。他不能失去她卻又無回天之力，烏雲珠終於心力交瘁離開了他，福臨悲痛欲絕一度產生自殺念頭。福臨為完成自己的心愿，要讓烏雲珠以皇后的資格發喪。烏雲珠死後福臨只有一個願望——出家。福臨採取的一系列政治改革，觸怒了滿族王公大臣，他們認為福臨敗壞祖業要廢掉他。以簡親王濟度為首要在福臨狩獵時廢掉他，福臨知道此事後，政變未果，雖然政變沒成功，福臨卻已經心灰意冷了，他沒有心思再治理這個國家，加上他偶感風寒使他產生了強烈的出家願望，終於落了發成了一位無發的皇帝。大清的江山已經基本穩固，鄭成功也失敗了。福臨像一隻上滿弦的弓突然弦鬆了一樣，染上天花一病不起。庄太后痛心疾首地望著病危的兒子，一夜間蒼老了許多，她像一個平常人家的母親一樣，無力地望著兒子的離去。順治終於離開了他們去找他所鍾愛的烏雲珠去了。庄太后為了大清的江山，修改了順治的遺詔。扶持玄燁登上了皇位，使大清的江山繁榮穩定的發展下去，玄燁就是後來的康熙大帝。