3月28日，日本聯合艦隊返回柱島海軍基地維修船隻，補充燃油、飛機和飛行員，港口附近的居民看著這數月前浩浩蕩蕩的大艦隊已面目全非，悄無聲音地轉過身去，不願意看到這番凄涼的情景，而在艦隊旗艦「武藏」號上的會議室內，聯合艦隊的參謀們鴉雀無聲，默默地望著剛剛換上潔白的海軍制服的山本五十六，不知道該說些什麼，因為他即將前往東京皇宮，向天皇陛下輕罪！
山本五十六堅定的眼神逐一從部下的臉上掃過，然後用緩慢而沉重的語調說道：「這次慘敗的全部責任都在我一個人身上，我去向天皇請罪，請諸位繼續堅守崗位，通力協助新司令官的工作！」
聯合艦隊首席參謀黑島小三郎流著眼淚喊道：「長官，此次失敗完全是統帥部錯誤決策造成的，並不是聯合艦隊的過錯！我們已經儘力了呀！」他轉過身體，面向同僚們喊道：「諸位是否願意與我一起聯名上書天皇陛下，徹底清查失敗的最終原因！」
「好！」參謀們異口同聲地表示同意，但是卻遭到了山本五十六的嚴厲申斥！
「此次反擊行動得到了天皇陛下的首肯，並不是統帥部的擅自決定，所以請大家不要再說出這種愚蠢的話！統帥部只是命令聯合艦隊轟炸中國空軍基地，並沒有指定具體的作戰地點，是我把聯合艦隊帶進敵軍陷阱之中的，理所應當由我來承擔這個責任！」
說到這裡，山本五十六從座位上站起來，大步向門外走去，參謀們望他離去的背影，幾乎個個喉嚨哽咽，連氣也喘不上來！
3月29日，裕仁天皇在皇宮裡面單獨召見了山本五十六。
山本五十六簡明扼要地把聯合艦隊慘敗的過程說了一遍，然後把全部責任都攬到自己身上，請求裕仁天皇給予責罰，甚至明確表示不惜以死謝罪。
裕仁天皇聽完之後，緩慢而堅定地搖了搖頭，輕聲說道：「山本卿，你是帝國海軍將領的佼佼者，你的膽識和謀略都遠遠超出同輩很多，連你都打了敗仗，換成其他人肯定是同樣的結局，所以朕並不怪你！」
山本五十六慌忙躬身說道：「臣萬分慚愧！」
裕仁天皇擺了擺手，說道：「這次慘敗朕早有預感——中國空軍的實力今非昔比，單純依靠聯合艦隊的幾百架飛機怎麼可能挽回局勢呢？即使轟炸行動取得了成功，最多只能使中國空軍暫停對帝國本土的空襲幾個月時間，並不能最終解決問題！在中國廣袤的國土上，隨時都可以修建出無數個機場來，而中美兩國的飛機製造廠很快就能把損失的飛機補充起來，這些都是資源貧乏、國土狹小的大日本帝國所無法比擬的！」
山本五十六沒想到裕仁天皇對局勢的把握如此準確，敬佩之情油然而生，忍不住說道：「陛下所言非常正確，事到如今，敵我雙方軍事力量已經公開化了，誰也瞞不了誰。開戰之初，海軍中曾有一種說法，認為我們的零式戰鬥機，一架可以和美國的五架乃至十架相對抗，不過，那只是開戰之初的事，現在不同了！經過連續幾次海戰之後，我們損失了大量優秀飛行員，而且沒有得到相應的補充，事實上，也根本來不及補充，而敵人力量的補充，幾乎是我們的三倍、四倍，雙方力量的對比日見懸殊，即使能夠取得一兩次海戰的勝利，也不能改變局勢！」
裕仁天皇點了點頭，說道：「記得在太平洋戰爭爆發之前，卿曾經說過，帝國的實力遠遠不足以挑戰美國，所以應該極力避免與其開戰，如果開戰的話，則力爭通過一兩次大規模的海軍決戰來迫使美國接受對帝國有利的停戰條件！現在看來，卿的意見是完全正確的，統帥部成員如果有你這樣的見識就好了！」
山本五十六謙虛地說道：「這主要是因為臣曾經在美國留學、遊歷過幾年時間，因而對美國的了解較為深入，統帥部長官們完全是根據搜集來的情報做決定，疏漏之處自然在所難免。」
裕仁天皇臉上浮現出一絲苦笑，說道：「山本卿，你應該知道，與美國開戰的最終決定是得到朕的首肯的！之所以做出這個決定，一方面是因為美國政府削減戰略物資的供應，使帝國征服亞洲的計畫難以為繼，不得不如此；另外一個最重要的原因就是美國政府對大和民族的歧視！美國政府在戰爭爆發前的二十年時間裡沒有接收一個帝國移民，而在美國移民的二代、三代都不可以擁有屬於自己的土地，仍然是受到歧視的二等公民！這是對大和民族的侮辱！是絕對不能容忍的！」
天皇的情緒變得激動起來，聲音也逐漸提高，在空曠的會議室里回蕩起來：「日本列島山多地少，地震頻繁，迫使大和民族必需付出其他民族幾倍以上的努力才能生存下去，所以從豐臣秀吉時代就開始為拓展民族生存空間做出嘗試，雖然他最終失敗了，但是卻給後人樹立了榜樣，激勵我們不斷地去嘗試，哪怕屢次被擊敗也在所不惜！本來，國民還可以通過移民的方式離開日本，憑藉自己的勤勞和智慧在遙遠的異國他鄉艱難求存，然而可惡的美國人連這條路都要堵死，實在是忍無可忍！朕原本以為，經過明治維新之後的日本，已經與西方列強平起平坐，可是這些國家依然死抱著白人至上的觀念，歧視帝國臣民，如果不給他們慘痛的教訓，如何能平息國民的憤怒！？」
裕仁天皇輕輕地嘆了口氣，說道：「非常遺憾的是，帝國軍隊始終沒能登陸美國本土，沒有把大和民族的怒火宣洩在美國人身上，反倒是帝國本土已經處在敵軍的威脅之下——這次嘗試可能又要以失敗告終了！」
聽完了天皇的肺腑之言，山本五十六激動的熱淚盈眶，他說道：「陛下，戰爭還沒有結束，帝國還有機會的！」接著他激動地說道：「聯合艦隊雖然已經沒有能力與與美軍艦隊抗衡，但是卻能夠阻止中國陸軍對帝國本土發起進攻，這樣一來，中國軍隊只能一步一步從南往北推進，去收復他們的國土，而中國派遣軍有滿蒙的工業基地為依託，完全可以在沒有外來援助的情況獨立作戰，將其牢牢拖住！與此同時，帝國陸軍放棄澳大利亞、印度，撤退出來的部隊少部分用來加強太平洋各島鏈的防禦，大部分增援給關東軍，用來實施對蘇聯遠東地區的攻略，從而打通與德軍之間的聯繫通道。」
「只要帝國陸軍能夠在美軍或者中國軍隊登陸本土之前得到德軍的增援，就可以扭轉不利的局面，重新贏得勝利！」
裕仁天皇沉吟了一下，輕聲說道：「在沒有海軍艦隊增援的情況下，部署在太平洋各島嶼的守備部隊肯定逃脫不了被美軍殲滅的命運，朕怎麼忍心做出這種決定呢？」
山本五十六沉聲說道：「但是他們的犧牲是有價值的！」接著他語重心長地說道：「大和民族的個體能力並不強，完全是依靠群體協作的力量才能夠在險惡的自然環境中生存下來，就如同櫻花一樣——單獨一朵花沒有美麗可言，但是漫山遍野的櫻花卻美得讓人窒息，而它最絢爛的時刻也就是它開始凋零的時刻！為了整個民族的利益，就讓這些武士們燃燒自己的生命吧！」
裕仁天皇緩緩點頭，沉聲說道：「希望這些將士的犧牲能夠挽救帝國的命運！」
基於對山本五十六的賞識和信任，裕仁天皇非但沒有追究聯合艦隊戰敗的責任，反而提升了他的職務，接替了島田繁太郎，成為海相，聯合艦隊司令的職位則由山本五十六的好友，海軍大將古賀峰一接替。
隨後，裕仁天皇根據山本五十六的建議，責成統帥部立即制定從澳大利亞和印度撤軍，以及防禦中南太平洋島嶼的計畫，同時把聯合艦隊碩果僅存的幾艘航母也一分為二：兩艘還能使用的航空母艦與三艘戰列艦和十幾艘巡洋艦組成一支特混艦隊，在沖繩為基地，在台灣東部海域游弋，時刻準備阻止中國空軍對台灣的轟炸；其餘艦艇以兩艘護航航母為中心，組成一個規模較小的艦隊，進駐特魯克海軍基地，為太平洋島嶼上的守備部隊提供力所能及的支援。
1944年4月初，日本統帥部制定出了詳細的撤退計畫，澳大利亞派遣軍司令部和印度方面軍司令部隨即接到了命令，準備開始撤退。
與此同時，中國福建境內已經集結了三十五個步兵師，數百架戰鬥轟炸機進駐福建和江西兩省的軍用機場，大批的軍用物資輸送到福建沿海的廈門、泉州、福州等港口城市，十幾艘排水量在千噸左右的運輸艦、幾十艘炮艇和三百多艘漁船也在上述港口集結完畢，隨時可以發起進攻！