國民政府統帥部經過三天討論，制定出初步整編方案：第一，對軍隊體制進行改革。徹底廢除兵團和軍團兩個層次，以軍（三個步兵師）為作戰的基本單位，正規軍全部更名為國防軍，取消此前整編、新編等等種類繁多的名稱；第二，對指揮系統進行重新規劃。取消蔣介石時代的行營，改為由最高統帥部直接指揮各大戰區；第三，對步兵師的裝備和兵員進行調整。一線部隊將由齊裝滿員的甲種師為主力，編製和兵力按照十九路軍步兵師的標準，二線部隊將根據戰鬥力的強弱劃分等級。第四，軍政分開。終止戰區司令長官兼任地方行政長官的慣例，改由文職官員擔任。第五，新建兩個獨立的裝甲集團軍（下轄五個裝甲師），與擴編之後的猶太軍團一起作為國家的戰略打擊力量，由最高統帥部直接指揮。
另外，為了適應新的形勢，最高統帥部重新劃分了戰區，調整了兵力部署：
第一戰區，司令長官蔣鼎文。下轄兩個集團軍，共12個步兵師，一個步兵旅，一個騎兵師，一個騎兵旅和其他特種部隊，總兵力約二十餘萬人，在河南省省中西部地區布防，守衛黃河天險，切斷華北日軍的南進之路。
第二戰區，司令長官閻錫山。下轄四個集團軍，共24個步兵師，四個步兵旅，三個騎兵旅和其他特種部隊，總兵力約五十萬人，負責防守山西及陝西一部，並在敵後進行游擊戰。
第三戰區，司令長官羅卓英。下轄兩個集團軍，共五個步兵師，兩個步兵旅，總兵力約十萬人，負責在蘇南、皖南和浙江等地的游擊戰。
第四戰區，司令長官余漢謀。下轄三個集團軍，共18個步兵師，一個重型炮兵旅，一個防空旅，一個裝甲師和空軍一個大隊，總兵力近五十萬，負責兩廣、福建、江西三省防務。
第五戰區，司令長官李宗仁。下轄兩個集團軍，豫鄂皖邊區游擊總隊，共12個步兵師，一個騎兵師，一個騎兵旅和其他特種部隊，總兵力三十餘萬。負責防守皖西、鄂北、豫南等地。
第六戰區，司令長官張發奎。下轄三個集團軍，共18個步兵師，總兵力約三十萬，負責防守以宜昌為中心，北起鍾祥，西至常德的廣大地區，保障陪都的安全。
第七戰區，司令長官傅作義。下轄一個集團軍，共六個步兵師，九個步兵旅，四個騎兵師，四個騎兵旅，總兵力為十五萬，負責防守甘寧青及綏遠地區。
第八戰區，司令長官胡宗南。下轄一個集團軍，共九個步兵師，一個步兵旅，一個騎兵師，一個騎兵旅，總兵力二十萬，負責陝西全省防務。
第九戰區，司令長官薛岳。下轄五個集團軍，湘鄂贛邊區游擊總隊，共32個步兵師，總兵力接近六十萬，防守湖南、鄂南等地。
整編計畫確定之後，按照孫百里的設想，首先從工作量最小的第四戰區開始，完成之後再轉向鄰近的第三、第九戰區，以此類推，在一年左右的時間內完成整個整編工作。這樣做的好處是顯而易見的——第四戰區的第19集團和第12集團的裝備和人員配備十分標準，花費的時間最小，同時也是戰鬥力最強的戰區，不用擔心日軍的突然襲擊。
第四戰區在不到一個月的時間內就完成了整編工作，然後把幾個齊裝滿員的步兵師輸送給第九戰區，同時運送大批的裝備給第三和第九戰區，開始對這兩個位置最重要的戰區進行整編。與此同時，四川境內的軍工企業在國民政府資金、福建軍工企業的技術和人員的扶植下獲得新的生命，源源不斷地把武器裝備輸送到第六戰區，加速整編進程。
就在中國方面全力戰備的時候，日本統帥部已經決定在停戰談判中採取強硬的立場，並利用暫時的和平擴編軍隊，整頓防務，準備隨時應付中國軍隊的攻勢！
日本統帥部之所以再次做出如此重大的轉變，是因為東南亞戰場又取得了重大戰果！原來，日本確定了藉助東南亞當地人力量來肅清英美勢力的方針之後，立即把在新加坡和菲律賓俘虜的近三萬印度士兵重新武裝起來，配合日軍進攻防守印度的英軍。印度軍隊雖然在對抗日軍的戰鬥中表現拙劣，但是在痛打落水狗的時候卻有上佳的表現，頻頻利用熟悉地形的優勢突破英軍防線，迫使其不斷後退，結果印聯軍迅速擊潰布拉馬普特拉河對岸的英印軍，然後不斷向縱深突破，在短短的半個月時間內就把防線向前推進了兩百多公里，日軍前鋒已經逼近加爾各答。已經與日本合作的印度民族主義者拉斯·畢哈利·鮑斯在日軍佔領區內四處演講，鼓動印度人起來，在日軍的幫助下推翻英國人的統治，把他們趕回英倫三島。被英國人壓迫了兩百年的印度人看到過去不可一世的英國人在日軍面前狼狽逃竄，頓時激發了其內心固有的反抗情緒，毫不猶豫地摒棄了甘地的不合作運動，積極響應拉斯·畢哈利·鮑斯的號召，使日本控制下的印度軍隊兵力迅速攀升到五萬人，開始承擔相當比重的作戰任務。
與此同時，日軍在南太平洋佔領了大片地區，掠奪了數不清的財富和自然資源，包括東南亞豐富的石油等戰略資源，再加上東南亞人潛在的支持，使日本統帥部以戰養戰的策略取得良好的效果，也為他們進行更大規模的海陸征戰創造了條件。在這種情況之下，日本統帥部決定在東南亞組建全部由當地人組成的二十個步兵師團，協同日軍作戰。另外，在日本本土新建十個步兵師團，全部投入中國戰場，等完全佔領澳大利亞之後再從南北兩個方向夾擊中國。
日軍全面佔領新幾內亞之後，海軍航空兵開始對澳大利亞境內的戰略目標進行不間斷轟炸，航母編隊則全面封鎖其北部港口；陸軍則利用島上的機場出動轟炸機協同海軍航空兵的轟炸行動，同時不斷運送部隊和作戰物資上島，為登陸作戰做準備。
人口不足七百萬人的澳大利亞發布總動員令，迅速把軍隊擴充到五十多萬，然後在日軍可能登陸的灘頭以及內陸重要城市的周圍構築堅固堡壘工事，儲備作戰物資，與此同時，澳大利亞政府向美國政府緊急求援，請求立即出動海陸軍協防。
面對日軍迫在眉睫的威脅，羅斯福總統立即命令太平洋艦隊全力增援澳大利亞，然後從國內調集五個步兵師和一個坦克師進入澳大利亞。為了增加保險係數，確保太平洋上的最後反攻基地不失，羅斯福繼續向美國西海岸集結部隊，準備隨時增援。
美國的太平洋艦隊在珍珠港被炸得支離破碎，三艘航空母艦一沉一重傷，完全失去了與日本海軍抗衡的實力，所以幾個月來一直避免和山本五十六率領的強大艦隊正面交鋒，只能為運輸船隊護航，並且航線都是在靠近南極的一側。
然而，太平洋艦隊的擔心完全是多餘的——老謀深算的日本帝國海軍聯合艦隊司令山本五十六並沒有把他們放在心上！山本五十六沒有沉溺在獨霸天下的幻想里，偷襲珍珠港的勝利，雖然是他的傑作，但他並沒有被一時的勝利沖昏頭腦，因為他對美國和美國人，比其它所有日本人了解得更清楚。
山本曾任日本駐華府的海軍武官多年，在此期間，他曾在美國廣泛遊歷，並深刻地研究了美國的軍事潛力。他看到美國巨大的生產能力，了解一旦這個國家完全納入戰爭軌道，日本就很少有獲勝的希望。所以他希望在這種情形出現之前就迅速結束太平洋戰爭，而最有效的辦法就是佔領澳大利亞！
1942年7月5日下午一點整，山本五十六親自率領由8航空母艦，6艘水上飛機母艦，12艘戰列艦，10艘重巡洋艦，13艘輕巡洋艦，24艘潛艇和21艘後勤補給艦組成的聯合艦隊避開美國雷達的監視，突然出現在舊金山西部約200海里的洋面上，緊接著，四百餘架轟炸機和一百多架戰鬥機在20分鐘內全部升空，迅速向東撲去，日本聯合艦隊則立即全速向西疾馳而去！
不到半個小時的時間內，日軍轟炸機把百餘噸炸彈傾瀉在舊金山市區，把這個美麗的城市變成了人間地獄！性能優越的零式戰機在把匆忙升空的二十幾架美軍戰機擊落以後，把自己攜帶的兩顆小型炸彈也投了下去，然後肆無忌憚地在城市上空追逐四處奔逃的人群，最終在地面上留下數以千計的屍體。
在隨後的三天時間內，山本的聯合艦隊從南至北把美國西海岸的重要港口和城市悉數轟炸一遍，由於美軍飛機的性能遠遜於對手，完全喪失了制空權，只能依靠地面防空火力苦苦支撐，羅斯福只好命令用最快的速度從中東部地區調集防空部隊，同時要求遠程轟炸機部隊不惜一切代價攻擊日本艦隊，將其驅逐出美國近海。
出乎所有人的預料，山本的聯合艦隊再次消失在茫茫的太平洋里，連一點蹤跡都沒有留下！
半個月後，山本的聯合艦隊再次從珍珠港出發，經過十天的航行之後出現在距離巴拿馬不足三百海里的地方，由於這裡遠離美國本土，日本海軍航空兵從容不迫地發動三個波次的空襲，用淺水魚雷和重磅炸彈把巴拿馬運河徹底破壞掉，從而切斷了美國太平洋艦隊和大西洋艦隊之間的通道。