三六年十月底，赴德國培訓的一百名醫生學成回國，孫百里指示從中挑選二十人組建福州醫學院，建立醫學人才的培養機制，而其餘的人全部充實到各地的公立醫院。接著，省政府正式啟動醫療合作社計畫，先由政府提供八十萬元的啟動資金，然後開始在全省範圍內吸收參與者。為了增強計畫的影響力，孫百里和省政府的主要官員率先加入。經過一段時間的宣傳，不少人抱著試試看的態度加入進來，然後再到公立醫院看病，結果真的沒有收取任何費用，消息傳出後，收入最低的工人和農民首先行動起來，紛紛加入，城市的小工商業者和普通市民在經過觀望後，也逐漸接受這種做法，把自己變成社員，合作社基本上覆蓋了中低收入的階層。
為了擴大兵源，同時為境內日益蓬勃的工商業提供源源不斷的勞動力，福建省政府在周邊的江西、湖南、廣東、浙江等地開設招工處，以非常優厚的待遇吸引外地人到福建來。由於福建的工資比其他地方高出不少，很快吸引了大批年輕人，圓滿地完成了招工的任務。
這時候，德國政府的援助項目已經全部能夠正常生產，其中鋼鐵廠的產量甚至超過了預定目標，達到年產12000噸，在滿足下游軍工企業需要的同時，把多餘的鋼材投放到市場上。兵工廠已經能夠生產包括大口徑火炮在內各種武器裝備，使十九路軍可以自給自足，不再需要花費巨款從德國購買，節省下來的錢用來購買機器設備，擴大生產。
福建的經濟在飛速發展，而此時的中國也相對處於發展中的黃金時期，國民政府提出的國民經濟建設運動和幣制改革取得良好的效果，使三六年的經濟水平達到自成立民國以來的最高點。在經濟發展的支持下，國民政府積極整編軍隊，構築國防工事，準備和日本決戰，同時，也沒有忘記命令駐紮在西北的東北軍張學良部和西北軍楊虎城部對陝北的紅軍根據地進行圍剿，消滅國內的最後一個反對勢力。
東北軍和西北軍受到全國日漸高漲的抗日運動推動下，厭倦了繼續內戰，兩軍領導人張學良、楊虎城開始與共產黨及紅軍發生聯繫，希望能夠停止敵對狀態，團結抗日。南京政府對西北前線的進展非常不滿，在多次下令督促不果的情況下，蔣介石於12月4日親自飛抵西安，命令抓緊進攻，如若不然，就把東北軍和西北軍解散。
張學良楊虎城力勸蔣介石聯合共產黨，共同抗日，被其嚴詞拒絕，於是兩人決定採取兵諫。12月12日，張學良的衛隊突然包圍蔣介石在西安的臨時寓所華清池，經過短暫的交火後，解除了蔣介石衛隊的武裝，抓獲蔣介石。與此同時，西北軍在楊虎城的指揮下，把西安城內隨同蔣介石前來的南京政府高級軍政人員十幾人全部扣押。這就是震驚中外的『西安事變』。
張學良、楊虎城於12日當即宣布取消「西北剿匪總部」，成立抗日聯軍西北臨時軍事委員會，張學良、楊虎城分任正、副委員長。通電全國提出改組南京國民政府，停止內戰，釋放救國會領袖及一切政治犯，開放民眾愛國運動，保障人民集會、結社自由，實行孫中山遺囑，召集救國會議等8項主張。同時致電陝北的中共中央，邀請派代表到西安工商團結抗日大計。
事變發生後，南京國民政府中以何應欽為首的親日派主張進攻西安，藉機擴大事態，奪取蔣介石的統治權力，以便進一步與日本妥協。英、美為首包括德國在內的西方列強，及親英、美的宋子文、孔祥熙則希望事變和平解決，以維護蔣介石的統治地位，使中國避免陷入新一輪的內戰。包括十九路軍在內的各地方勢力對此的反應也非常一致，堅決要求和平解決。
然而，奪權心切的何應欽於12月16日就任「討逆軍」總司令，調集十幾個師的中央軍向西安逼近，並派飛機轟炸西安臨近地區。
為了挽回事態，宋美齡和宋子文緊急飛往西安，和以周恩來為首的中共代表、以張學良楊虎城為首的東北軍西北軍展開三方談判，經兩天討論，三方達成了六項協議。第一、改組國民黨和國民政府，驅逐親日派，容納抗日分子。第二、釋放被押的上海愛國運動領袖，釋放一切政治犯，保證人民的自由權力。第三、停止剿共政策，聯合紅軍抗日。第四、召集各黨各派各界各軍的救國會議，決定抗日救國的方針。第五，與同情中國抗日的國家建立合作關係。第六、其他具體的救國辦法。而中共方面向國民政府作出的承諾是：第一、停止推翻國民政府之武裝暴動方針；第二、蘇維埃政府改名為中華民國特區政府，紅軍改名為國民革命軍，直接受南京政府與軍事委員會指導；第三、在特區內實施普選的民主制度；第四、停止沒收土地政策，執行抗日民族統一戰線之共同綱領。
24日晚，周恩來親自會見蔣介石，指出不抗日無以圖存，非團結無以救國，堅持內戰，必自速滅亡。蔣介石當即表示：「只要我生存一天，中國決不會發生反共的內戰」，並以「人格」擔保履行三方在談判中達成的協議。25日，張學良釋放蔣介石，並親自陪蔣介石返回南京。至此，西安事變和平解決。西安事變的和平解決，揭開了國共兩黨內內戰到和平，由分裂對峙到合作抗日的序幕。
日本政府獲知協議的內容後，知道中國政府已經決心採取強硬的對日政策，以往那種逐步蠶食的策略很難再能得逞，於是開始瘋狂擴充軍隊，抓緊時間儲備戰略物資，把大量原本生產民用品的工廠轉作軍事用途。同時，命令在中國的華北駐屯軍派出大量的情報人員和潛伏的間諜配合，四處搜集中國軍隊的情報，緊鑼密鼓地做著戰爭的準備工作。
與此同時，國民政府也在抓緊調整對內對外政策，在1937年2月召開的中國國民黨五屆三中全會上，確定停止內戰，實行國共合作的原則；在對外政策上，公開表示，一旦『如果讓步超出限度，只有出於抗戰之一途』。