打掃完戰場，孫百裡帶著謝長風和鍾武，在劉謙的帶領下進入泉州，和起義部隊的軍官共商大計。
孫百里望著聚集在會議室里的十幾位軍官，內心感到十分激動，說：「自福建人民政府宣布成立以來，我們十九路軍迭遭敗績，七十八師被中央軍全殲，軍長遠避香港，整個福建幾乎全部淪於敵手，讓人痛心疾首！但是在諸位的努力下，終於消滅入寇福建的中央軍大部，僅存的三十四師也已經成為瓮中之鱉，不足為慮！泉州光復，福州指日可定，把中央軍驅逐出福建的日子也為期不遠了！現在的形勢對我軍十分有利，但是百里資歷不足以統帥全軍，故而想派人去香港，請軍長回來主持大局，不知各位意下如何？」
廖啟榮說：「只是不知道軍長願不願意原諒我們這些曾經背叛了他的人？」
孫百里寬慰道：「軍長臨去之際曾經和我面談，雖然對六十師和六十一師的變故難以介懷，但是也知道中下層官兵是迫於毛維壽和張炎等人的淫威，受其蒙蔽所致，沒有任何抱怨！所以請諸位放心，軍長回來後絕對不會追究過去的事情，更何況，你們又立下這麼大的功勞呢？」
一個叫謝鼎新的團長說：「請軍長回來主持大局，我沒有意見，但是老長官陳銘樞和他請回來的那些政客絕對不能再回來！這些人口號喊得震天響，緊要關頭卻跑得比誰都快，最後受苦的還不是我們這些十九路軍的老弟兄！」他說完後，其他人紛紛附和，連鍾武和謝長風也點頭表示同意。
孫百里說：「對此我深有體會，軍長在事變失敗之時已經對這些政客的行為深為不齒，應該不會再請他們回來了。當然，為了穩妥起見，派去香港的人一定要把我們的立場說清楚。」然後說：「劉謙一直跟隨在軍長身邊，辦這件事最合適不過，我建議由他去香港，你們認為呢？」
看見眾人紛紛表示同意，劉謙立即站起來說：「我願意去香港請軍長，但是常言說『軍中不可一日無帥』，在軍長回來之前的這段時間，總要有人主持大局呀！我提議由孫旅長暫時指揮全軍，大家有沒有意見！」
鍾武馬上說：「當然是我們旅長來指揮啦！除了他誰有這個資格？」
孫百里連忙推辭道：「百里畢竟在十九路軍的時日尚短，資歷尚淺，難以服眾，還是由廖團長來指揮比較合適。」
廖啟榮連忙擺手，誠懇地說：「如果沒有你們獨立旅奮起抵抗，十九路軍已經不存在了，還談什麼資格？你就不要推辭了！其實我和各位團長已經商量過了，一致決定由你來指揮，你要是不答應，就是對我們這些叛變過的弟兄不信任。」他說完後，其他人也齊聲附和。
孫百里見狀也就不再推辭，痛快地答應下來，說：「既然大家對百里如此厚愛，我就勉為其難，先替軍長把擔子接下來，希望諸位鼎力相助！」然後說：「我想六十師就由廖團長指揮，六十一師由謝團長指揮，大家沒有意見吧！」兩位團長沒有推辭，痛快地答應下來。
可是劉謙卻突然問道：「如果軍長不願意回來怎麼辦？」
謝鼎新反問道：「他為什麼不願意回來？」
劉謙看看孫百里，等他點頭同意之後，才解釋道：「其實軍長在給旅長交待善後事宜的時候，曾經說過，即使戰局出現轉機，他也不會回來了：主要是擔心老長官等人跟著回來，其次是因為毛維壽等高級軍官的叛變傷透了他的心。我幾乎可以肯定地說，軍長不會同意回來的！」
短暫的沉默之後，鍾武首先說：「軍長要是不回來，就由咱們旅長當軍長得了！」
廖啟榮和謝鼎新對視了一眼後，齊聲說：「我們兩師弟兄願意唯孫旅長馬首是瞻！」
孫百里只好說：「劉謙一定要陳說利害，爭取把軍長請回來！如果軍長堅決不肯，百里願意和大家一起扛起十九路軍的大旗！」
解決了指揮權問題，孫百里立刻轉變會議的議題，討論下一步的作戰計畫。由於中央軍在福建只有三十四師一支孤軍，增援部隊還遠在江西，所以一致同意首先殲滅三十四師，完全肅清閩中、閩南地區，建立牢固的後方基地。最後決定，留兩個團防守泉州，其餘部隊揮師南下，會同廈門守軍圍殲三十四師。為了增加保險係數，孫百里電令留守漳州的陳子堅率部北上，增援李從文，把防守漳州的任務交給葉文龍的補充團。這樣一來，攻擊部隊的總兵力達到三個師，其中包括超過兩個團的炮兵，在兵力和火力上都具備了壓倒性的優勢。
二月六日，中央軍三十四師被合圍在廈門西北約十五公里的地方。蔣佰濤知道泉州已經失守，後路被徹底切斷，隨即放棄攻克廈門的計畫，轉頭向東突擊，妄圖在沿海建立灘頭陣地，從海路撤退。李從文雖然察覺了三十四師的動向，但是苦於兵力不足，無法在短時間內擊破敵軍的掩護部隊，只好眼睜睜地看著敵人撤退到海邊，等孫百里率領增援部隊趕到時，三十四師已經在海邊的山丘地帶建立牢固的防禦陣地。然而，讓敵人感到萬分沮喪的是：他們匆忙選擇的地點水深太淺，運輸艦根本無法靠近，更糟糕的是海軍派到福建沿海的幾艘大型艦隻裡面沒有一艘是運輸艦！海軍部從浙江緊急調派的運輸艦要兩天後才能抵達，而把一萬多人的部隊全部撤出來最快也要三四天，也就是說三十四師必須要在十九路軍的攻擊下堅持五天以上！
身陷絕境的三十四師爆發出驚人的潛力，官兵們夜以繼日地構築工事，在縱深不足五公里的狹小區域里連續修築了十幾道防線，放眼望去，到處都是縱橫交錯的壕溝和鐵絲網，戰壕四通八達，碉堡暗堡星羅棋布。
孫百里指揮部隊合圍敵軍後，立即組織進攻，希望一舉突破防線，把三十四師趕到大海里，但是經過整整一天的戰鬥，進攻部隊連續衝鋒十幾次，才突破敵人的兩道防線。守軍打的相當頑強，許多陣地數次易手，經過反覆爭奪才最終拿下。在戰鬥最激烈的地方，守軍的陣地被十九路軍的炮火犁了一遍，地面上暴露的目標全部被削平，殘存的守軍躲在戰壕裡面，和攻擊部隊展開殊死搏鬥，幾乎每條戰壕都發生激烈的戰鬥。隨著戰線的逐步前移，守軍的抵抗越來越頑強，攻擊部隊的傷亡也越來越大，更加不利的是，這時候防線已經處于軍艦的射程內。在海軍大口徑火炮的壓制下，攻擊部隊又經過一天的苦戰，只把戰線前移了兩百米，卻傷亡了一個營。
孫百里看傷亡太大，命令部隊立刻停止攻擊，後退五百米，撤到艦炮的射程之外休整。這時候，孫百里開始考慮是否停止圍殲行動，留下少量部隊監視敵軍撤離，主力部隊北上，先收復福州，然後再掃平閩北的地方武裝，與中央軍的討伐部隊決戰。但是這樣一來，三十四就如同插入十九路背後的一根刺，隨時會威脅後方的安全，只要他們一天不完全撤離廈門，自己就無法放心。可是，繼續攻擊的話，也沒有把握解決敵人，而可能遭受的損失也是無法承受的，敵人艦炮的威脅實在是太大了！
經過一個下午的權衡，孫百里毅然決定：不惜一切代價殲滅三十四師！然後他開始調整戰術，把全面進攻改為重點進攻，由夜戰經營豐富的獨立旅在夜間開始攻擊，從中央突破敵人的防線，後續部隊從打開的缺口切入，把守軍分割包圍，爭取在黎明前結束戰鬥，從而把艦炮的威脅降到最低。幾萬軍隊在孫百里的指揮下迅速移動起來，六十師和六十一師向兩翼運動，把中間讓給獨立旅，準備在午夜時分給三十四師致命一擊！
晚上九點整，攻擊部隊全部到達指定位置，炮兵也準備完畢，防線進入難得的寧靜。似乎預感到今夜非同尋常的安靜，中央軍始終保持著高度的警惕，不時用機槍向陣地前沿掃射，並且每隔幾分鐘就發射照明彈，嚴密監視十九路軍的動態。孫百里在掩蔽部里焦急地來回踱步，並且不時停下來用望遠鏡觀察對面的動靜，敵人的警惕性如此之高，是他始料未及的，這樣進攻的突然性就很難保證，勢必演變成最不願意看到的強攻！
忽然，一個軍官風塵僕僕地走了進來，孫百里吃驚地問：「葉文龍！你怎麼過來了？」
葉文龍急促地說：「旅長，我有重要情報需要向你單獨報告！」
孫百里看他神色凝重，不由感到滿腹狐疑，但是還是讓幾個參謀和衛兵暫時離開。等掩蔽部里只剩下他們兩個人以後，葉文龍說：「昨天下午，有一艘德國商船駛進漳州港，從上面下來三個人，其中有一個是外國人，他們上岸之後就到城防司令部見我，說是和旅長關係非常密切的人，有非常重要的事情要見你。」
孫百里忙問：「他們有沒有透露自己的身份？現在人在哪裡？」
葉文龍說：「他們不願意說出自己的姓名，說你見到後自然就知道了。我感覺事關重大，看著幾個人也不像特務，就擅自決定把他們帶過來了，不過為了穩妥起見，我先搜了他們的身，一路上讓衛兵嚴加看管，不準任何人接近！」
孫百里已經猜到來人的身分，心情稍微放鬆了一些，說：「你做的很好！馬上把他們帶過來，讓我看看到底