經過緊張的籌備工作，半個月後，『漳州軍政大學』在城外的一座破廟裡開始授課，首批入學的近百名學生中，除了二十幾個軍官外，其餘的都是各地民團的骨幹和保甲長。學校採用輪訓的方式，每兩個月為一期，計畫用十個月的時間完成第一輪的培訓。由於師資力量嚴重缺乏，學校暫時只開設了四門課程：歷史，經濟、軍事和政治，其中軍事課由孫百里主講，杜周南負責經濟和政治，而歷史課則由校長盧宏圖親自操刀。開學當日，在孫百里的刻意安排下，學員們胸前佩戴著大紅花，由獨立旅的士兵擔任儀仗隊，雄赳赳氣昂昂地穿城而過，來到學校門口。同時邀請各界的名流士紳參加剪綵活動，一時之間鑼鼓喧天，鞭炮齊鳴，吸引了無數市民前來圍觀，在眾人艷羨的目光下，學員們頓時感到無比榮耀，達到了孫百里預期的效果。
辦完這件大事後，孫百里立刻向省府推薦杜周南擔任行署的財政廳長，全權負責漳州的經濟事務，蔡廷鍇當即批複同意。杜周南上任伊始即大刀闊斧的推行他的經濟政策，降低關稅、整頓海關、打擊走私、開辦工廠等舉措齊頭並進，漳州地區的面貌很快就煥然一新。那些原本對這個軍政府持懷疑態度的資本家、小業主以及地主鄉紳，發現政府主動投資工商業，隨即停止了觀望，開始試探著興辦一些規模和投資較小的工廠，漳州地區的發展開始慢慢地走上正軌。
孫百里開始還堅持上午在行署處里公務，下午到學校授課，後來見杜周南辦事老到，乾脆把政務全部放手給他處理，自己則全心全意地投入軍隊的訓練當中。孫百里首先安排全旅按照孫氏操典的要求對士兵進行單兵科目的訓練，等取得一定的成績後就開始演練各種戰術和步炮之間的協同。同時他還以日本軍隊為假想敵，強化拼刺技術的訓練，以及如何在空中打擊下與敵人接戰。孫百里希望通過比日軍更加嚴格的訓練來提高士兵的作戰能力，並以此來彌補和日軍在武器裝備上的巨大差異。許多剛剛入伍的新兵對嚴格的訓練頗有微詞，但是聽了參加過上海之戰的老兵的切身體會之後，也毫無怨言地投入訓練當中。
隨著時間的推移，軍隊的訓練在卓有成效的進行，漳州的經濟形勢也開始全面好轉，然而前線的形勢卻越來越嚴重！
本來十九路軍入閩後制定的戰略方針是在閩西對紅軍採取守勢，安定防區的秩序，同時經營閩東南，作為十九路軍的後方基地。首先把橫行閩東南永春、大田、仙游、莆田等地自由行動的陳國輝部用武力解決：先將陳國輝扣留，在當地人民請求下，加以處決，並派兵將該部數千人徹底肅清。隨後盤踞各地的其他地方勢力迫於壓力，紛紛表示接受十九路軍的指揮，十九路軍獲得了一個較為牢固的後方。然而蔣介石對十九路軍消極剿共的態度極為不滿，連續電令進擊紅軍，否則軍法從事。蔡廷鍇不得不派出七十八師區壽年部由南靖、永安西進連城。不料該師抵連城不久，即遇紅軍彭德懷的第三軍團主力東進，把七十八師包圍在連城。經過三天苦戰，抵擋不住紅軍的攻勢，最後只好棄城東撤，損失達兩團部隊。獲悉連城失守後，蔣介石大為惱火，從南昌行營來電申斥，命令奪回連城。於是蔡廷鍇令六十師龍岩進至永安，又令六十一師由泉州經大田向沙縣集中，同時自己親率補充師進至水口、尤溪口西岸地區，組織防禦。然而六十一師又在延平、青州附近被擊敗，損失慘重。
前線吃緊的消息一經傳來，在土地改革中失去土地的地主和被強制收繳了武器的地方實力派紛紛召集人馬，聯合一些土匪，攻擊各地的保安團，妄圖藉機東山再起，重新割據地方。其中閩東南地區不但是最早推行耕者有其田政策的地區，而且隨後推行的經濟政策也損害到很多人的利益，所以形勢尤為嚴重。盤踞在漳浦的土匪和逃竄至此的陳國輝殘部匯合後實力大增，在匪首盧興邦的指揮下，糾集了三千多人，猖狂進攻縣城。
接到保安團的求援電報後，孫百里立刻丟下手裡的工作，親自率領三團和炮兵營增援漳浦。經過一夜的急行軍，援兵於次日凌晨抵達漳浦，看到依然在城門口檢查過往行人的團丁，孫百里長長舒了口氣：一旦縣城失守，其他還在觀望的地方勢力肯定會連續發難，後果將難以預料。進城後，孫百里發現城裡非常平靜，根本看不出被土匪攻擊的痕迹：街道上人來人往，絡繹不絕，兩旁的店鋪也都大開著門做生意，顯得十分熱鬧。
孫百里疑惑的向前來迎接的保安團長葉文龍問道：「你們真的被土匪襲擊過？」
葉文龍回答說：「土匪共三千餘人，在匪首盧興的率領下於三天前從老巢盧家寨出發，準備攻擊縣城。接到消息時，城中的保安團和警察加起來也不過三百來人，守是肯定守不住的。所以我決定主動迎擊，先是在城西二十里的九龍溝設伏，擊潰其先頭部隊一個連，然後在敵人的必經之路小青河東岸構築工事。因為沿岸的船隻都被我控制在東岸，土匪只能通過河上的小橋進攻，無法發揮其兵力優勢，經過一天血戰，始終不能奪取小橋。後來由於害怕我援軍趕來，昨天晚上撤退了。此戰保安團共陣亡十七人，傷三十六，共斃俘敵兩百三十人，擊傷幾百人。」
孫百里聽後大為驚異，立刻重新打量起這個保安團長來，中等身材，黝黑的面孔，普普通通的外貌。孫百里清楚地記得當時給保安團的軍官上軍事理論課時，問題最多的就是他，如此看來，這個人在軍事上倒是很有些天賦，於是誇獎道：「葉團長，你指揮的非常好！如果你願意的話，等此間匪患一除，我想調你到獨立旅任職，不知意下如何？」
葉文龍連忙答應道：「我當然願意！謝旅長栽培！」
孫百里笑著擺了手，說：「不用謝我，以你的才幹，在保安團實在是太屈才了！」
到了保安團部後，葉文龍立即向孫百里介紹敵情，他說：「根據可靠情報，土匪潰退後即分兵攻擊各鄉鎮，強拉當地農民入伙，全力擴充軍隊。其主力已經退回盧家寨，準備據寨死守，負隅頑抗。」
孫百里問到：「土匪的戰鬥力如何？」
葉從文回答說：「除了前來投靠盧興邦的陳國輝殘部約一個營還有點戰鬥力外，其他的都是烏合之眾。匪兵大部分用的都是鳥槍，只有少量的漢陽造和十幾挺輕機槍，也沒有大炮。基本上沒有什麼戰鬥力，要不然，我也不敢主動出城迎擊。盧本人是個土豪，對行軍打仗一竅不通，收到我軍增兵的消息後立刻就龜縮回老巢，可見其膽小如鼠。」
孫百里問道：「你對盧家寨的地形熟不熟？如此膽小的人都敢據地死守，必然有可以依賴的東西。」
葉文龍回答：「是的，盧家在當地是個世家大族，人丁興旺，所以共築了五座土堡居住。土堡呈正方形，長、寬各一百米左右，厚六七米，高二十米，有東、西、南、北四門，牆壁和四角的望樓有射擊孔，土堡內有水井，還有大量的糧食彈藥，至少可以堅持半年以上。」
孫百里聞言大吃一驚！民間居然還有這種防禦工事，忙問：「這種土堡堅固嗎？」
葉文龍的表情凝重起來，認真地說：「土堡用黃泥土摻泥砂和石灰，重要部分摻些紅糖水或者糯米水，經反覆碾壓、夯打成大塊泥磚砌構而成，雖然沒有用鋼筋水泥，卻異常堅固。我估計就是用重炮直接轟擊，都不一定能炸開！這兩天我也一直在想，還是沒有好的辦法。」
孫百里果斷地說：「既然如此就不要再想了，直接到盧家寨看看，說不定能想出辦法。叛亂必須用最短的時間平定下來，否則會引起連鎖反應！」
在縣城留下一個連的兵力協助保安團防禦縣城後，孫百里在葉文龍的陪同下，率領其餘的部隊直奔盧家寨。部隊的推進異常順利，沒有受到任何攻擊，經過幾個小時的強行軍後，部隊在日落前抵達目的地。雖然已經有了思想準備，看到土堡的時候，孫百里還是大吃了一驚：五座巨大的堡壘橫亘在山間的一塊平地上，中間的主堡，牆有二十多米高，邊長足有一百五十米，四周是略小一點的輔堡，土堡間相距五百米左右，可以非常方便的進行火力支援，無論攻擊哪一座堡壘，其他的土堡都威脅側翼。在感嘆國人智慧的同時，孫百里開始思考如何攻克這些堅固的堡壘。
孫百里正在冥思苦想地時候，帶領先頭部隊的陳子堅灰頭土臉地跑了過來：原來他趕到後就立即組織了一次進攻，希望一鼓作氣拿下一座土堡，被打傷十幾個人後終於把炸藥包放到牆下，但是一聲巨響之後，塵土飛揚，結果卻讓陳子堅大跌眼鏡！在土堡上只不過多一個幾米寬、十幾厘米深的凹坑，對於六七米厚的牆壁來說完全可以忽略不計，沒有起到任何作用。
孫百里決定再試探一次，希望可以找出土堡的射擊死角。一個連的士兵在匆忙修建的工事後面排好攻擊隊形，準備發起衝鋒，擔任掩護的部隊開始對土堡進行壓制射擊，輕重機槍一起開火，打得土堡上面煙塵四起。五個土堡里的土匪隨即全部開槍還擊，一時之間槍聲大作，鳥槍、步槍和機槍一起開火，把孫百里等人搞的莫名