第二天，孫百里開始著手在1營的基礎上組建獨立旅。新兵的挑選工作進行的非產順利，那些補充旅的士兵們聽說獨立旅的任務是防守漳州，不用上前線，紛紛踴躍報名，人數遠遠超過所需，在孫百里的授意下，徵兵處優先挑選有文化的士兵，同時又從漳州及附近幾個縣招募了幾百名當地青年入伍，這樣一來，獨立旅已經和幾乎完全由廣東籍官兵組成的其他十九路軍部隊區別開來，成為一支全新的部隊。
半個月後，新兵的徵集工作全部完成，而其他部隊也紛紛開赴福建各地，漳州城裡只留下獨立旅和軍部軍需處留下看守倉庫的人員。把從軍需處領到的武器裝備分發下去後，獨立旅的整訓工作立即全面展開。
孫百里按照德國陸軍獨立旅的標準對軍隊進行了整編，具體編製如下：第一是旅直屬部隊，其中包括一個炮兵營，含三個榴彈炮連配備十二門七十五毫米山炮、一個戰防炮連配備四門三十七毫米戰防炮、一個高射炮連配備四門二十毫米高射炮、一個通信連（兩個有線通信排和一個無線通信排）、一個特務連、一個工兵連、一個警衛連和一個衛生隊。第二是旅部下轄的三個步兵團，每個團的直屬部隊包括一個迫擊炮連配備六門八十三毫米迫擊炮、一個小炮連配備六門二十毫米機關炮、一個通信連、一個特務連和下轄的三個步兵營。每營下轄一個機炮連配備六挺重機槍和兩門八十二毫米迫擊炮、三個步兵連。每連下轄一個輕機槍排配備六挺輕機槍、三個步兵排。每排下轄三個步兵班，每班兩挺輕機槍，十支步槍。除了炮兵營還缺一些大口徑火炮和高射炮外，其它的裝備全部到位，全旅總兵力達八千人，已經接近師的編製，在火力方面甚至超過了十九路軍的三個主力師。同時任命鍾武為一團團長，李從文為二團團長，陳子堅為三團團長，謝長風為炮兵營長，原來參見過上海之戰的老兵幾乎都得到不同程度的提升，個個樂不可支，士氣高漲，對孫百里再也沒有了排斥的心理。
孫百里原本還擔心這些老兵和軍官一下子連升幾級，無法勝任新的工作，等練兵一開始就發現自己的擔心完全是多餘的：這些人早已把他的『孫氏操典』和訓練模式爛熟於胸，很快就進入角色，使他的負擔減輕不少，可以集中精力對軍官進行培訓。
軍隊訓練進行的非常順利，但是孫百里的地方政務工作卻進行得異常艱難，本來根據十九路軍總部制定的計畫，要用兩年左右的時間把福建建設成為一個模範省份，最重要的部分就是解決農村的土地問題，其制定的主要方針是『耕者有其田』，也就是凡是有耕作能力的人，按人口平均分配土地，把地主或者富農手裡多餘的土地按市價購買下來再平均分配給無地或少地的農民。這個政策雖然得到了廣大貧民的支持和擁護，但是也理所當然地被地主鄉紳所抵制，他們拒絕出賣手中的土地，同時還聯名上書中央，說十九路軍實際上實行的是共產黨那一套政策，有『通共』的嫌疑。孫百里在實際操作中還發現，這種做法過於理想化，即使所有的地主都同意出讓土地，以十九路軍現在的財力，連十個縣的土地都買不下來，更別說福建全省了。再加上很多政府職員都是些大戶人家的子弟，對這項政策本身就有抵觸情緒，執行政策更是陽奉陰違，就是勉強推行下去的幾個縣，效果也不顯著，只有紅軍曾經佔領過的一些地方，地主全部被趕跑了，推行的比較順利。雖然有人建議採用和紅軍完全相同的手段來推行新政，但是孫百里認為過於偏激，畢竟很多地主除了擁有較多的土地，生活相對較為富裕外，本身並沒有什麼惡行，如果採用鐵血的手段，就會激化社會矛盾，得不償失。
正當孫百裡面對困境一籌莫展之時，遠在幾百里外的蔡廷鍇及時伸出援手。他首先代表省政府把漳州、廈門等附近八個縣劃分為一個地區，正是任命孫百里為行署專員，全面負責軍政事務，然後又邀請一些學者和知名人士到福建擔任地方長官，並且把頭一批抵閩的人員給了漳州。在歡迎宴會上，孫百里把目前的困境和各位即將上任的地方官員一說，大部分人都同樣想不出辦法，只有擔任漳州市長的杜周南指出一條明路，他說：「福建飽經戰亂，生產遭受很大的破壞，經濟陷於停滯甚至倒退的局面，地主為了自己的生計著想，當然不願意出讓手中的土地，故而不能操之過急。其實問題的關鍵不在地主富農，如果經濟發展迅速，投資於工廠比單純地收取地租的收益高一倍，誰還願意死抱著土地不放？」孫百里後來才知道，此人位曾經留學日本，並且獲得了經濟學碩士學位。
孫百里打量著這個一身書卷氣的年輕人，不以為然地反詰道：「可是怎麼說服這些地主來開工廠呢？」
杜周南不緊不慢地回答道：「政府先投資建幾家工廠，等賺錢之後再多加宣傳，他們自然就會趨之若鶩了。」
孫百里繼續問道：「我們的財政狀況非常糟糕，連維持軍隊和政府運作都有些吃力，哪裡來的錢投資工廠？再說建什麼工廠能穩賺不賠？」
杜周南不客氣地反問道：「孫專員知道不知道的財政主要來源是什麼？」
孫百里答道：「當然是稅收和田賦了！只是福建山多地少，田賦指望不上，而工業也基本上沒有，稅當然也無從收起了。」
杜周南胸有成竹地說：「孫專員只知其一，不知其二！撇開田賦不談，單純就稅收而言已經可以有所作為了！」隨後他詳細地解釋道：「政府的稅收一般主要來自以下幾個方面：關稅、鹽稅、工業品的出廠稅。福建省本來就擁有豐富的出口商品資源，茶葉、絲綢、瓷器和桐油都有一定的產量，只要大力整頓海關、修建碼頭、打擊走私，就關稅這一塊每年就可以增加幾百萬的收入。至於鹽稅方面，目前有些私人投資在沿海曬鹽，規模很小並且大都以走私的方式銷售，基本上收不到稅。如果由政府牽頭開辦幾個較大規模的鹽場，曬出來的鹽巴由軍隊武裝押運，只要送到湖南就可以獲利一倍以上。開辦鹽場基本上不要什麼設備，只要挑選合適的地點，由足夠的人手就可以了，而這條商路一旦打通，湖南乃至貴州的大量出口物資肯定會源源不斷的沿海的幾個港口發往海外，這樣一來不但鹽稅會大大增加，連帶著關稅也會增加很多。最後是產品稅，由於基礎過於薄弱，而建設工廠的周期又比較長，短期內的效果不會很明顯，但是可以優先開辦一些見效比較快的工廠，像蔗糖廠，火柴廠等等，通過樣板效應來鼓動有錢人來投資，只要政府大力扶植肯定會見到效果的。」
聽了他的一席話，孫百里頓感茅塞頓開，感慨地說：「杜先生不愧是學經濟學的，經你這麼分析一下，形勢遠沒有我想像的那麼嚴重！」
杜周南笑著說：「福建雖然山多地少，但是物產豐富又毗鄰大海，擁有這麼多的良港，本來不是特別貧瘠的地方，只是近幾年戰亂過於頻繁，百姓流離失所，大量的土地荒蕪，導致經濟衰退。現在十九路軍接管了這裡，戰亂有望結束，所以只要方法對頭，經過一段時間的修養生息，財政收入肯定能滿足自身的需要！」
孫百里高興地說：「杜先生能不能擬定一個比較詳細的計畫和預算，和大家討論一下！」
杜周南立刻回答：「我來漳州之前就已經寫好了，現在就可以討論！」然後從衣袋裡掏出一個小冊子，遞了過來。
孫百里接過來後不放心地問：「你沒有到這裡了解情況，怎麼能因地制宜地制訂計畫呢？」
杜周南解釋說：「我回國後在廣東潮陽作過一任縣長，那裡的情況和這裡非常相似，所以收到蔡廷鍇先生的邀請函後，我就打聽了一些福建的情況，制訂了大致的方案。當然，肯定還有很多不完善的地方，請多多指教！」
孫百里花了十幾分鐘的時間把這份名為《閩南經濟社會發展規劃》的小冊子大略看了一遍，總體的規劃和杜周南此前所說基本一致，只是更加細緻入微，對每一項政策都有詳盡的說明，此文寫了將近一萬字，內容既翔實又精闢，展示作者深厚的經濟知識和豐富的社會實踐。
孫百里看完後把小冊子遞給旁邊的人，說：「這份規劃書非常好，連我這個不懂經濟的門外漢也能看懂，可見杜先生在上面傾注了不少心血！在座諸位都是即將上任的地方官，計畫的實施肯定要仰仗各位，所以請大家都看看！」
等計畫書傳閱一遍後，眾人開始七嘴八舌地發表看法，大部分都是讚譽有加，只有一個從廣西過來的教育界人士提出異議，這個叫盧宏圖的黑臉年輕人說：「我也覺得杜先生的規劃書非常好，而且適合福建的民情！但是很多地方都觸及到本地地主豪強的利益，而政府當中有很多官員和這些人都有千絲萬縷的聯繫，執行計畫肯定會大打折扣！我們這些人雖然可以控制一些要害部門，但是如果沒有本地人的支持如何能順利地推行計畫呢？」
孫百里點頭說：「是啊，我正在為這個問題頭痛呢！不知道各位有沒有什麼好辦法？」
杜周南不好意思地搖頭說：「我在潮陽推行經濟發展計畫時，廣東在陳濟棠的治