西南叛亂平定後，皇帝賜張鶴鳴以太子少師作為獎勵，同時還晉陞黃石為左都督、少保兼太子太保、並賜蟒袍玉帶。此時毛文龍因為在遼東的頑強抵抗已經被升為太保，在全國的武將當中，也就僅有他在加銜上比黃石還稍高一籌。
崇禎元年正月，遼陽
今天皇太極來到幾個兄弟面前後，沖著他們揚了揚一封信：「明國東江鎮總兵毛文龍，又來信要求和我們議和了。」
「又？」阿敏敏銳地抓住了這個字。
「是的，去歲是一個月，明國東江軍攻下海州後，毛文龍就派人來說要議和。」
「騙子！」莽古爾泰跳了起來，切齒痛罵道：「他們東江鎮都是騙子。」
「五哥你先別著急，聽我慢慢說。」皇太極把莽古爾泰安撫著坐下了，對著屋內的幾個說道：「我當時也覺得毛文龍是來進行緩兵之計的，如果他想議和又怎麼會打我們的海州？所以我把他的使者殺了。不過沒想到毛文龍又來信了，現在他的海州城已經鞏固了，我覺得似乎有點奇怪。」
「有什麼奇怪的，東江鎮都是騙子。」莽古爾泰嘟嘟囔囔地說道，代善和阿敏則一起瞪了他一眼，莽古爾泰斜眼看著天花板，不過倒是閉上了嘴巴。
「毛文龍這次又強調是密信，他說還沒有把兩次的通信上報給明廷，好像是在私下和我們溝通。」皇太極著重咬住了「私下」這兩個字，因為這樣的溝通太容易加以利用了，所以皇太極頗有嘗試一番的意思。
阿敏和代善對視了一眼，還是由阿敏進行提問：「毛文龍提出的條件是什麼？」
「我們退出邊牆，毛文龍他負責鉗制東江鎮官兵，保證不報復我們。」皇太極面不改色地把毛文龍的條件說了出來。
「騙子、奸賊！」莽古爾泰像是被紅烙鐵燙了一下般地跳了起來，這個條件他已經不是第一次聽到了，所以莽古爾提激動得幾乎失去自制能力，他扯著脖子沖皇太極喊道：「把使者遊街，然後千刀萬剮，我來主刀！」
「住嘴！」皇太極還沒有說話，代善和阿敏就齊聲呵斥了起來，莽古爾泰臉漲得通紅，怒氣沖沖地大步走出了帳篷去，撩開帳篷門的時候他還憤憤地拋下了一段話：「你們從來不信我的，反正我告訴你們了，東江鎮就是一夥兒無賴，你們儘管去和毛文龍鬥心眼吧。」
等莽古爾泰離開後，代善點了點頭：「我覺得可行，明國前任遼東巡撫……就是那個袁崇煥，上次他在朝鮮被打的時候，他跟明國朝廷說朝鮮地處邊遠，丟了也沒有什麼，朝鮮已經心寒。但因為有毛文龍這個惡霸在身邊，所以朝鮮一直不敢顯露出和我們和平共處的意思。現在毛文龍如果開始議和，那朝鮮估計就更不會有信心和我們耗下去了。」
皇太極撫掌笑道：「大貝勒所言和我不謀而合，我也建議試試看，如果我們真能讓毛文龍和我們議和，那我們的處境就又會好轉不少。」
「嗯，不錯，毛文龍太討厭了，每次我們和蒙古動手分不開身的時候，他就要跑來做壞事。現在他佔了海州我們還拿他沒有什麼辦法，如果能議和那是最好不過了。」
既然阿敏也表示了同意，那四大貝勒中就是三個人贊成和東江鎮議和。皇太極告訴另外兩個貝勒，一會兒他親自去給莽古爾泰做工作，保證也能把他說通。
阿敏一臉不在乎的表情：「說不通也無所謂了，反正老五就是一個人，我們有三個呢，不過你可要派得力的人去，務必要把毛文龍說暈了。」
「放心吧，我會先同意毛文龍的意見的，只要東江鎮肯談就好，只要能讓明國的藩屬看見就好。」
……
與此同時，黃石已經回到了福建，他發現眼前的形勢已經變得一團糟。福建官軍同荷蘭軍在澎湖激戰後，雖然迫使荷蘭人放棄了澎湖，但福建官軍也因為得到了荷蘭人的具結保證而以為高枕無憂，所以也從澎湖地區撤退出來。
這樣從泉州、漳州到馬尼拉之間就出現了一段勢力真空區，整條海上絲綢之路的北端都是不設防的，海賊就迅速興起填補了荷蘭人和明軍留下的這塊空白領域。目前最大的海賊頭目就是鄭一官，福寧鎮在擊敗荷蘭人後，就把澎湖艦隊立刻解散掉了，鄭一官遂出大批銀子僱傭這些退役軍人，幾乎盡收原福寧軍的海上精銳，連福寧軍的戰艦也被他拉走了大半。
到天啟七年上半年時，鄭一官開始在福建沿海設卡，規定每一條通過這條海域的商船都要向他交稅/到天啟七年下半年時，鄭一官每月收入已經達十萬兩白銀以上。到天啟八月為止，福建的大型商船出海四十三隻，被鄭一官擄走了其中的十二隻，獲銀貨近二百萬兩，實力變得更加雄厚，並試圖完成荷蘭人未成的事業——徹底壟斷中國同西班牙的海上貿易。
天啟七年八月，福建巡撫朱一馮見海賊勢大，遂命令福寧鎮水師南路副將、加銜總兵官俞咨皋重新組建水師出兵討伐。結果倉促組建的閩省大明水師在九月中連戰連北。被嚴詞譴責的俞咨皋惶急無奈，乾脆建議「以夷制盜」，租借荷蘭船隻和水手討伐鄭一官。
十月，俞咨皋書面保證一定替荷蘭人向天子申請貿易許可，荷蘭人聞訊後盡數拼湊了在台灣的全部戰艦，進攻福建銅山島的鄭一官。此時鄭軍人數已經超過兩萬，其中半數是福寧鎮的水師老兵，荷蘭水師一觸即潰，七艘戰船被擊毀一艘、俘虜四艘，還有兩艘連台灣都不敢回了，而是直奔巴達維亞而去。
擊潰荷蘭人後，鄭一官繼續花重金從福建和日本招募水手和士兵，準備完畢後他便開始進攻福建海澄，駐守的一千官兵全軍覆滅，輜重船舶盡數為海盜所有，福建巡撫朱一馮哀嘆道：「徒黨皆內地惡少，雜以番倭驃悍，三萬餘人矣……」
十一月攻破海澄後，鄭一官積聚近兩萬水兵，船隻五百餘艘，在十二月強攻福寧鎮南路副將駐地廈門，數千官軍抵抗數日後總崩潰，俞咨皋逃亡泉州。鄭一官收編了福寧鎮水師後繼續攻掠漳州、泉州等地，閩南上萬福寧軍瓦解投降。鄭一官把能帶走的船隻盡數帶走，不能帶走的則付之一炬，「官兵，船，器俱化為烏有，全閩為之震動」。
天啟七年十二月底，鄭一官從沿海攻入福建內地，「海寇結夥流突內地，如沿海浯洲，烈嶼，大嶝，澳頭，劉五店，中左等處焚掠殺傷，十室九竄，流離載道。」福寧鎮南路崩潰時，絕望的俞咨皋派人向福寧鎮本部求救。此時黃石的三營兵力還在路上，趙慢熊手頭根本就沒有兵馬可用，所以就只能拒絕了俞咨皋的要求。
鄭一官殲滅了閩南福寧軍後，倒是把被俘的明軍軍官都好好釋放了，同時還讓他們帶信給朝廷，表示他願意接受招安，為大明「戍守海防」。放走了明軍的軍官後，鄭一官就在閩南設立告示，宣布過往商販他都要收稅，出海當然也要交他一份保護費。
福建布政司奏疏朝廷：「遍海皆賊，民無片帆可以往來，商販生理斷絕。」這份奏疏抵達京師後，崇禎立刻下令逮捕俞咨皋問罪。
同時朝廷里也吵成了一片，有些人力主讓黃石親自出馬，清剿閩海一帶的海盜，但也有不少人主張招安鄭一官，提拔他為福寧鎮的海防官。眼下的局面是福寧鎮南協已經崩潰，黃石雖然名聲響亮，但他和他的部隊也從來不以水戰聞名。最後皇帝決定一邊下令黃石著手剿匪，一邊還打算提拔熊文燦為福建巡撫，以便剿撫並用。
但軍費還是要福建省和福寧鎮自己籌措，在崇禎進行了大減稅以後，內庫的收入幾乎完全斷絕，無法再對國庫進行補貼，所以東林黨建議加農賦。加農賦並非從崇禎朝開始，萬曆朝雖然把農稅定為農民大約收入的三十分之一，但萬曆還是加了總額共計五百萬的遼餉的。不過萬曆、天啟兩朝，一旦某省出現天災，朝廷就會減免該省的賦稅。
崇禎天子意圖勵精圖治，可惜手中嚴重缺錢，於是就規定各省賦稅一定要實收，不許地方官拖延耽誤。同時崇禎和東林內閣認為應該顯示出新朝氣象，決議清查各省積欠流弊，以圖把以往歷朝落下的缺口都補上。
以陝西為例，萬曆朝估算每畝產糧大約能賣銀五錢左右，畝稅是銀兩分左右，加上遼餉兩分七厘，共應四分銀到五分銀上下。在萬曆年和天啟年間，遇到災荒的時候不但免去這筆，而且還會有相關的賑濟。
到了崇禎元年，皇帝的內庫已經無法對陝西災區進行賑濟，不但如此，崇禎還下令要一視同仁的收賦稅。
明朝建國初期，陝西各軍鎮的軍糧、武器、被服都由軍鎮自籌，進入小冰河期以後，主要由萬曆收來的雜稅進行補貼。現在內幣的源頭既然近乎枯竭，東林黨遂建議按照一條鞭例，把這筆賦稅平攤給陝西災區的農民，摺合每畝收兩錢銀，天子批准了這個票擬。
明朝建國初期，朝廷在陝西地區設馬政，專門畫出草場以備養馬以備軍用，到崇禎元年的時候，陝西馬政在紙面上應該有戰馬、挽馬五十七萬匹，但事實上……連一具馬骨頭都沒有，草場也早已經退化消失。
萬曆朝期間，