總地來說，弗蘭西斯教團並不如多米尼克教團那樣嚴守正統教義。兩個教團之間有過尖銳的競爭，而弗蘭西斯教團是不肯承認聖托馬斯的權威的。弗蘭西斯教團中最重要的三個哲學家是羅吉爾·培根，鄧斯·司各脫，和奧卡姆的維廉。
此外聖博納梵圖拉和阿誇斯巴塔人馬太也值得予以注意。
羅吉爾·培根（公元1214年前後—公元1294年前後）生前並沒受到多大讚揚，但在近代所受到的讚揚卻遠遠超過了他的功績。與其說他是個狹義的哲學家，不如說他更多地是個酷愛數學和科學的大博學家。科學，在他所處的時代里，與鍊金術混為一談，並且，被人認為是夾雜著妖術或魔法；培根經常因異端和魔法的嫌疑而遭到禍害。公元1257年弗蘭西斯教團的總管，聖博納梵圖拉在巴黎把他置於監視之下，並禁止他刊行著作。儘管這樣，在該項禁令仍然生效的期間教皇駐英國的使節居·德·福勒克已命令他，違背禁令，為教皇的利益，寫出他自己的哲學。因此，他在短期間內寫了三卷書，《大著作》、《小著作》，和《第三著作》。這些書產生了良好效果，公元1268年他竟獲釋回到牛津，事先他即是從牛津被解往巴黎過著一種囚禁生涯的。雖然這樣，卻從來沒有什麼事情能教他小心謹慎。他慣於對那些與他同時的知名學者施以輕蔑的批評；他尤其喜歡著重指出那些希臘文或阿拉伯文翻譯家的拙劣無能。公元1271年他寫了一部名叫《哲學研究綱要》的書，在這本書中他抨擊了僧侶的愚昧無知。這事並未絲毫增加他在同行間的名氣。公元1278年他的著作遭到弗蘭西斯教團總管的譴責，而且他本人也被投入監獄歷時達十四年之久。公元1292年他獲得了釋放，但出獄後不久便死去了。
他的學識是百科全書式的，但卻缺乏體系性。他和當代許多哲學家不同，對試驗給以很高的估價。他曾用虹的理論來證實試驗的重要性。他寫過一些精闢的有關地理學的文章；
哥倫布讀過他這方面的著作，並曾受到他的影響。他是個優秀的數學家；經常引證歐幾里德幾何學的第六卷和第九卷。他又根據阿拉伯文資料論述透視畫法。他認為邏輯是一種無用的學問；但另一方面，卻給鍊金術以足夠的估價，並從事這方面的著述。
為了交代一下他的學識和方法，我將把《大著作》中的某些部分概述於下。
他說，愚昧有四種原因：一、脆弱而不適當的權威所樹立的範例。（因為這本書是為教皇寫的，所以他審慎地言明這並不包括教會在內。）二、習慣的影響。三、無識群眾的見解（這個令人猜想包括除他以外的與他同時代的所有人）。四、於炫耀外表的智慧之中掩飾自己的愚昧。以上這四種災害產生了人間所有的罪惡，其中的第四項尤其是最為惡劣的。
支持某種見解時，從祖先的智慧，習慣或共同信仰進行議論是錯誤的。他為維護自己的觀點，曾引證了塞涅卡，西塞羅，阿維森納，阿威羅伊，巴斯人阿戴拉德，聖傑羅姆，和聖克里索斯托姆，他似乎認為有關這些權威的例證已足夠證明一個人不當尊重權威。
他很尊重亞里士多德，但也不是毫無限制。他說「只有亞里士多德和他的信徒在所有智者的判斷中才被稱為哲學家。」當他談到亞里士多德的時候，他使用「大哲學家」這一稱呼，他告訴我們，就連這位斯塔基拉人也未達到人類智慧的極限。亞里士多德之後，阿維森納是「哲學的君王與領袖」，儘管如此，阿維森納還沒有充分明白虹霓現象，因為他未曾認識到虹霓的根本成因，這成因，按創世記記載則是水蒸汽的散逸（儘管如此，當培根討論虹霓問題時，還是十分敬佩地引證阿維森納的）。他不時地說些帶有正統教義氣味的話，有如：唯一完全的智慧有如教規與哲學所示，存在於聖經之中。但他說，從異教徒那裡獲得知識也無不可時的口氣卻聽來更為懇切。在引證阿維森納和阿威羅伊之外，他時常引證阿勒法拉比』和不時引證阿勒布瑪查及其他人士。他引證阿勒布瑪查用以證明數學在洪水滅世之前為世人挪亞，和他的子嗣所知曉；我想這種說法，便是我們能從異教徒所獲得的知識的一個範例。培根讚揚數學，他把它當作確實性的唯一（未經啟示的）源泉，和把它當作天文學和占星術所必需的科學。
培根追隨阿威羅伊認為能動的智力在本質上是與靈魂分別開來的一個實體。他引證了許多有名的神學家，其中也有林肯的主教格羅賽特斯特來支持這個與聖托馬斯相反的見解。他說與亞里士多德書中顯然自相矛盾之處，是出於翻譯上的錯誤。他引證柏拉圖時未曾用過第一手文獻，而是用通過西塞羅的第二手文獻，或用經由阿拉伯人翻譯的蒲爾斐利的第三手文獻。他並不很重視蒲爾斐利，他把他的共相學說說成是「幼稚的」。
作為知識的一個來源，培根重視實驗過於論證，因而受到了近代的賞識。誠然，他的興趣和處理問題的方法是和典型的經院哲學家們十分不同的。他那百科全書式的傾向很象阿拉伯的著作家。這些人對他的影響顯然要比對其他許多基督教哲學家的影響更為深遠。阿拉伯哲學家們象他一樣對科學感到興趣，並相信魔法和占星術，然而基督徒們卻認為魔法是邪惡的，同時占星術是一種欺騙。他是令人驚訝的，因為他與中世紀基督徒哲學家們是大不相同的，但是，他對當代卻幾乎沒有什麼影響，而且依我看來，他也不如一般人有時設想的那樣科學。英國作家們慣於說他發明了火藥，然而這種說法卻是不正確的。
禁止培根出書的，弗蘭西斯教團總管，聖博納梵圖拉（公元1221—1274）是個完全不同類型的人。他屬於聖安瑟勒姆的傳統，並擁護這人的本體論論證。他見到新亞里士多德主義與基督教有一種根本對立。他相信柏拉圖的諸理念，但認為這隻有上帝才能全面認識。我們在他的著作中經常看到淵源於奧古斯丁的引用文，但卻找不出阿拉伯人著作的引用文，同時也絕少看到古代異教徒作品的引用文。
阿誇斯巴達人馬太（約公元1235—1302）是博納梵圖拉的追隨者，但卻多少接觸到一些新興哲學。他是個弗蘭西斯教團的僧侶，作過紅衣主教；曾以奧古斯丁主義的觀點反對聖托馬斯。但對他來說，亞里士多德，已經成了「大哲學家」；他不斷地引證他。除此以外也常提到阿維森納；和十分敬佩地引證聖安瑟勒姆與偽狄奧尼修斯；然而，他的主要的權威者乃是聖奧古斯丁。他說，我們必須在亞里士多德和柏拉圖之間找一條中間道路。柏拉圖的諸理念是「極端錯誤的」；它們建立智慧，但卻不建立知識。另一方面，亞里士多德同樣是錯誤的；他建立知識，但卻不建立智慧。我們的知識——他這樣下結論說——，是借著低級的和高級的兩種事物，借著外在的物體和觀念的理性所導致而來的。
鄧斯·司各脫（約公元1270—1308年）繼續開展了弗蘭西斯教團對阿奎那的爭論。他生於蘇格蘭或烏勒斯特，在牛津大學參加弗蘭西斯教團。晚年在巴黎度過。他反對聖托馬斯，擁護純潔受胎說，於此他博得了巴黎大學並終至全天主教教會的贊同。他是個奧古斯丁主義者，但卻比博納梵圖拉，或甚而比阿誇斯巴達人馬太那種極端的形式略為緩和；他和聖托馬斯的不同就象博納梵圖拉馬太兩人和托馬斯的情形一樣，其因於他的哲學中摻雜了較多的（經由奧古斯丁而來的）柏拉圖主義。
例如他討論這樣一個問題，「是否有任何確實而純粹的真理，不被非經創造的光的特殊照耀而能自然地為一個過路者的理智所知曉？」他論證說這是不可能的。在他開頭的議論中，他單純地引證聖奧古斯丁來維護這個觀點；他所遇到的唯一困難是羅馬人書第一章二十節：「自從造天地以來，上帝的一些不可見之事情，借著所造之物就可明明得知。」鄧斯·司各脫是個穩健的實在論者。他相信自由意志，並趨向於裴拉鳩斯主義。他認為存在與本質沒有區別。他主要對顯證感到興趣，所謂顯證，就是不待證驗而得知的事物，顯證共有三種：（1）自明的諸原理，（2）由經驗而得知的事物，（3）我們自己的行動。但若沒有神的照耀則我們便什麼也無從知道。
大多數弗蘭西斯教團僧侶都追隨鄧斯·司各脫而不追隨阿奎那。
鄧斯·司各脫認為既然存在與本質間沒有區別，「個別化原理」——也就是促使一物不同於另一物的原理——必定是形式，而不是質料。「個別化原理」是經院中的一項重要問題。
在不同的形式上一直到今天它還繼續成為一個問題。在不涉及某一特殊的作者範圍內，我們或可陳述該項問題如下。
個別物的諸性質中有的是本質的，另一些則是偶然的；某物的偶然性質，是那些可能失掉，而不致喪失其同一性的性質——有如一個人和他所戴的帽子的關係。於是生出這樣的問題：設有屬於一個種的兩個個別物，那末他們在本質上總是有所不同呢，抑或二者在本質上完全相同呢？聖托馬斯關於物質的實體主張後一種見解，但關於非物質的實