亞里士多德的影響在許多不同的領域裡都非常之大，但以在邏輯學方面為最大。在古代末期當柏拉圖在形而上學方面享有至高無上的地位時，亞里士多德已經在邏輯方面是公認的權威了，並且在整個中世紀他都始終保持著這種地位。到了十三世紀，基督教哲學家又在形而上學的領域中也把他奉為是至高無上的。文藝復興以後，這種至高無上的地位大部分是喪失了，但在邏輯學上他仍然保持著至高無上的地位。甚至於直到今天，所有的天主教哲學教師以及其他許多的人仍然在頑固地反對近代邏輯的種種新發現，並且以一種奇怪的堅韌性在堅持著已經是確鑿無疑地象托勒密的天文學那樣過了時的一種體系。這就使我們很難對亞里士多德做到歷史的公平了。他今天的影響是如此之與明晰的思維背道而馳，以致我們很難想到他對所有他的前人（包括柏拉圖在內）做出了多大的進步，或者說，如果他的邏輯著作曾經是繼續進展著，而不是（象事實上那樣）已經到了一個僵死的結局並且繼之以兩千多年的停滯不前的話，它仍然會顯得多麼地值得讚歎。在談到亞里士多德的前人的時候，當然並沒有必要提醒讀者說，他們並非逐字逐句都是充滿靈感的；所以我們盡可以讚美他們的才能，而不必被人認為就是贊成他們的全部學說。與此相反，亞里士多德的學說，尤其是在邏輯學方面，則直到今天仍然是個戰場，所以就不能以一種純粹的歷史精神來加以處理了。
亞里士多德在邏輯學上最重要的工作就是三段論的學說。一個三段論就是一個包括有大前提、小前提和結論三個部分的論證。三段論有許多不同的種類，其中每一種經院學者都給起了一個名字。最為人所熟知的就是稱為「Barbara」的那一種：
凡人都有死（大前提）。
蘇格拉底是人（小前提）。
所以：蘇格拉底有死（結論）。
或者：凡人都有死。
所有的希臘人都是人。
所以：所有的希臘人都有死。
（亞里士多德並沒有區別上述的這兩種形式，我們下面就可以看到這是一個錯誤。）其他的形式是：沒有一條魚是有理性的，所有的沙魚都是魚，所以沒有一條沙魚是有理性的。（這就叫做「celarent」）
凡人都有理性，有些動物是人，所以有些動物是有理性的。（這就是叫做「Darii」）
沒有一個希臘人是黑色的，有些人是希臘人，所以有些人不是黑色的。（這就叫做「Eerio」）
這四種就構成「第一格」；亞里士多德又增加了第二格和第三格，經院學者又增加上了第四格。已經證明了後三格可以用各種辦法都歸結為第一格。
從一個單一的前提里可以做出幾種推論來。從「有些人有死」，我們可以推論說「有些有死的是人」。按照亞里士多德的說法，這也可以從「凡人都有死」裡面推論出來。從：「沒有一個神有死」，我們可以推論說「沒有一個有死的是神」，但是從「有些人不是希臘人」並不能得出來「有些希臘人不是人」。
除上述的這些推論而外，亞里士多德和他的後繼者們又認為，一切演繹的推論如果加以嚴格地敘述便都是三段論式的。把所有各種有效的三段論都擺出來，並且把提出來的任何論證都化為三段論的形式，這樣就應該可能避免一切的謬誤了。
這一體系乃是形式邏輯的開端，並且就此而論則它既是重要的而又是值得讚美的。但是作為形式邏輯的結局而不是作為形式邏輯的開端來考慮，它就要受到三種批評了：
（1）這一體系本身之內的形式的缺點。
（2）比起演繹論證的其他形式來，對於三段論式估價過高。
（3）對於演繹法之作為一種論證的形式估價過高。
關於這三種批評的每一種，我們都必須說幾句話。
（1）形式的缺點讓我們從下列的兩個陳述開始：「蘇格拉底是人」和「所有的希臘人都是人」。我們有必要在這兩者之間做出嚴格的區別來，這是亞里士多德的邏輯所不曾做到的。「所有的希臘人都是人」這一陳述通常被理解為蘊涵著：有希臘人存在；若沒有這一蘊涵則某些亞里士多德的三段論式就要無效了。例如：「所有的希臘人都是人，所有的希臘人都是白色的，所以有些人是白色的」。如果有希臘人存在，而不是不存在；則這個三段論便是有效的。但假如我要說：「所有的金山都是山，所有的金山都是金的，所以有些山是金的」，我的結論就會是錯誤的了，儘管在某種意義上我的前提可以說都是真的。所以如果我們要說得明白我們就必須把「所有的希臘人都是人」這一陳述分為兩個，一個是說「有希臘人存在」，另一個是說「如果有任何東西是一個希臘人，那麼它就是一個人」。後一陳述純粹是假設的，它並不蘊涵著有希臘人的存在。這樣，「所有的希臘人都是人」這一陳述就比「蘇格拉底是人」這一陳述，在形式上更為複雜得多。「蘇格拉底是人」以「蘇格拉底」作為它的主詞，但是「所有的希臘人是人」並不以「所有的希臘人」作為它的主詞；因為無論是在「有希臘人存在」這一陳述里，還是在「如果有任何東西是一個希臘人，那麼它就是一個人」這一陳述里，都並沒有任何有關「所有的希臘人」的東西。
這種純形式的錯誤，是形而上學與認識論中許多錯誤的一個根源。讓我們考察一下，我們關於下列兩個命題的知識的情形：「蘇格拉底有死」和「凡人都有死」。為了要知道「蘇格拉底有死」的真實性，我們大多數人都滿足於依靠見證；但是如果見證是可靠的，則它就必然要把我們引回到某一個認得蘇格拉底、並親眼看到他死亡的人那兒去。這個被人目睹的事實——蘇格拉底的屍體——再加上這就叫作「蘇格拉底」的那種知識，便足以向我們保證蘇格拉底的死。但是當談到「所有的人都有死」的時候，情形就不同了。我們有關這類普遍命題的知識的問題，是一個非常困難的問題。有時候它們僅僅是文辭上的：「所有的希臘人都是人」之為我們所知，乃是因為並沒有任何東西可以稱為「一個希臘人」，除非那個東西是一個人。這類的普遍陳述可以從字典里得到肯定；但它們除了告訴我們怎樣用字而外，並沒有告訴我們有關世界的任何東西。但是「所有的人都有死」卻並不屬於這一類；一個不死的人在邏輯上並沒有任何自相矛盾之處。我們根據歸納法而相信這個命題，是因為並沒有可靠的證據說一個人能活到（比如說）150歲以上；但是這隻能使這個命題成為或然的，而並不能成為確切無疑的。只要當有活人存在的時候，它就不可能是確切無疑的。
形而上學的錯誤出自於假設「所有的人」是「所有的人都有死」的主詞，與「蘇格拉底」是「蘇格拉底有死」的主詞，這兩者有著同一的意義。它使人可能認為在某種意義上，「所有的人」所指的與「蘇格拉底」所指的是同一類的一種整體。這就使得亞里士多德說，種類在某種意義上也就是實質。亞里士多德很謹慎地在限定這一陳述，但是他的弟子們，尤其是蒲爾斐利，卻表現得沒有這麼細心。
由於這一錯誤亞里士多德便陷入了另一種錯誤，他以為一個謂語的謂語可以成為原來主詞的謂語。假設我說「蘇格拉底是希臘人，所有的希臘人都是人」；亞里士多德便以為「人」是「希臘人」的謂語，而「希臘人」又是「蘇格拉底」的謂語，於是顯然可見「人」就是「蘇格拉底」的謂語。但事實上，「人」並不是「希臘人」的謂語。名字與謂語之間的區別，或者用形而上學的語言來說也就是個體與共相之間的區別，就這樣被他抹煞了，這給哲學帶來了多災多難的後果。所造成的混亂之一就是，設想只具有一個成員的類也就等於那一個成員。這就使人對於一這個數目不可能有一種正確的理論，並且造成了無窮無盡的有關於「一」的壞形而上學。
（2）對於三段論式估價過高三段論式僅僅是演繹論證中的一種。數學完全是演繹的，但在數學裡面三段論幾乎從來也不曾出現過。當然我們有可能把數學論證重行寫成三段論的形式，但是那就會成為非常矯揉造作的了，而且也並不會使之更能令人信服。以算學為例：假設我買了價值四元六角三分錢的東西，付出了一張五元的鈔票，那麼應該找給我多少錢呢？把這樣一個簡單的數字寫成三段論的形式便會是荒謬絕倫的了，而且還會掩蔽了這一論證的真實性質。此外，在邏輯裡面也有非三段論式的推論，例如：「馬是一種動物，所以馬的頭是一種動物的頭」。事實上，有效的三段論僅只是有效的演繹法的一部分，它對於其他的部分並沒有邏輯的優先權。想賦予演繹法中的三段論以首要地位的這種試圖，就在有關數學推理的性質這個問題上把哲學家們引入了歧途。康德看出了數學並不是三段論式的，便推論說數學使用了超邏輯的原則；然而他卻認為超邏輯的原則和邏輯的原則是同樣確實可靠的。康德也象他的前人一樣，由於尊崇亞里士多德而被引入了歧途，儘管是在另一