這位年輕的天皇只是被匆匆擁立，並沒有迎娶一位正式的中宮，唯一地位較高的女御就是勸修寺晴子，到目前只為天皇生下一位內親王，只要沒誕下第一皇子就沒關係，她在朝廷的影響力只能說微乎其微。
源義時也沒打算動勸修寺晴子的地位，女御也就相當於貴妃到淑妃之間的某個級別，根據天皇的寵幸與否地位和獲得的待遇有不同的程度的升降，進入幕府時代有很多天皇因為財政拮据選擇放棄立中宮，到戰國時代這問題就更加明顯。
因為缺錢，所以天皇踐作登基的加冕儀式，要四處找鄉下土豪大名化緣花費整整十年才得以舉行，因為缺錢導致御崩的天皇棺槨停放在外，直到湊夠錢舉行入皇陵的儀式才讓故去先人入土為安，這就有點類似東周的周天子的情形。
所以當今這位天皇草草登基，壓根沒想過要立中宮的意圖，以為朝廷還會按照約定俗成的方式，一位女御誕下皇子就可以堵住所有人的嘴巴，卻未曾想源義時抓住這個機會，恭請天皇立中宮迎娶已故的従一位右大臣源朝臣足利義輝的嫡女，源二位右近衛大將義時的養女為中宮皇后。
這一下就堵住天皇的所有退路，他知道自己所寵愛的勸修寺晴子只有被打入冷宮，這個冷宮並非讓她出宮進尼姑庵隱棲，而是天皇與她的所有子嗣都將失去皇位繼承權，他的父親正親町上皇很期待這場披露宴，滿朝文武也很期待這場披露宴。
他知道這個結果已經遠超他的想像，不用被流放已是驚喜，女御勸修寺晴子也沒有被問罪更可謂寬宏大量，源義時是把架在朝廷頭頂的那把達摩克利斯之劍，高高舉起來然後輕輕放下，表明幕府無意鉗制朝廷，壓迫天皇甚至參與廢立的打算。
當然這麼寬宏大量也不是白給的，給足朝廷面子當然也要有相應的回報，這個回報之一就是迎娶足利輝姬為中宮，按照朝廷的規矩嫁入天皇家要改稱源輝子，源義時再一次達成一件前兩代幕府將軍想做卻沒有做成的大事，把武家的女兒嫁給天皇做中宮，幕府將軍的血脈融入天皇家是多少代將軍的夙願，只有通過親緣血脈的影響才能真正掌控朝廷，而他終於做到了。
舉行披露宴將足利義輝的嫡女，源義時的養女嫁給天皇做中宮，意味著源義時要與年輕的天皇講和，過去的就讓他隨風消逝去罷，朝廷和幕府要一起往前看，不要再糾結到底哪一方更具權威性，這讓朝廷上下對源義時的非常感激，包括正親町上皇，也包括當今天皇。
接下來就是朝廷的回饋，恰逢入冬是朝廷一年裡的大朝會期決定官職升降調序，源義時獲得天皇任命正式開幕，辭去右馬寮御監，昇敘正二位內大臣、右近衛大將如元、正親町院別當，征夷大將軍宣下、源氏長者宣下、淳和獎學兩院別當。
正親町院別當是正親町上皇的院政所別當，純粹的榮譽職以示正親町上皇對他的親近與厚愛，淳和獎學兩院別當是源氏長者配下的兩個院所在京都城內的領地食邑，在平安時代這兩個院所的食邑絕對是眼饞的肥缺，只不過到幕府將軍手裡則純粹成為錦上添花的裝飾品。
開幕的儀式要拖後幾個月舉行，就像天皇迎娶中宮皇后的披露宴也不是兩三個月準備就能舉行的事，只不過這並不影響源義時的征夷大將軍宣下，從即日起他就是足利幕府新一代征夷大將軍，從此成為無可爭議的武家棟樑、源家棟樑。
源義時對朝廷表述自己的態度，幕府御所設置在江戶城不變，鎮守關東守護日本的東部心腹地帶非常重要，拋開大獲全勝的二十八萬東軍將士不談，早一些的鎌倉幕府的承久之亂，更早一些的平將門、平忠常之亂都是關東掀起的，不守東國則天下必亂。
只不過怎麼守終歸有個說法，源義時的態度是未來的幕府將軍坐鎮江戶，遙領陸奧鎮守府將軍、九州太宰権帥鎮守四方，隱退的將軍返回京都出任太政官榮譽值，維護京畿的安寧穩定大局不變，為此他會在轉封上做進一步調整。
除去源義時陞官以外，近衛前久攜家眷返回京都，他回來的那麼晚的原因是足利勝姬又為近衛前久生下一個兒子，在年初近衛前久來到江戶之前，足利勝姬就已經懷孕，仲夏季節誕下近衛家的第四個嫡子，到十月初身體修養好才啟程返京。
這次近衛遷就回到京都是奪回失去的東西，二條晴良與其子九條兼孝、二條昭実被及兩個未成年的嫡子被流放到隱歧島，而他則年末朝會上恢複原職，還要趁機更進一步達到公卿頂峰，首先奪回従一位左大臣，接著是關白宣下、一座宣下、藤原氏長者宣下、內覽如元，一座代表著他將成為當朝第一公卿。
源義時的舅舅中院通為復出，在外甥的強力支持下復起之時得到超拔，遠遠超脫大臣家的極官，昇敘従一位右大臣，不要小看正二位內大臣到従一位右大臣的這小小的一個台階，這可是大臣家與清華家的家格天然分界線，大臣家昇敘到正二位內大臣就已經是極限。
這還不是規矩出現些許異變的德川時代，這個看不見的天花板擋住中院家的昇敘道路，而今天晉陞従一位將意味著中院家的家格發生變化，源義時就是要這個變化，不但要變還要變的更徹底，那就是對朝廷的公卿集團做一次大手術。
首先是中院家抬家格入清華家，接著中院通実的嫡長子中院通勝過繼久我家，成為久我通堅的養子繼承久我家，並改名為久我通顕，這是把始於藤原北家嫡流的近衛家血脈重新變成村上源氏血脈，中院通実的嫡次子元服名為中院通勝繼承家門，嫡三子繼承已經絕嗣三百年的土御門家，嫡四子預備繼承堀川家，安倍晴明的土御門家改為藤谷家。
其次久我通堅才五歲的嫡子，回歸到宗家近衛家的體系內，作為伯父近衛前久的猶子，繼承已經絕嗣的五攝家之一鷹司家的家名，當月元服名為鷹司時平，敘官正五位下，隔幾天敘官従三位，昇敘的速度堪比火箭躥升。
這一來一回其就變成把近衛家苦心布局的久我家拿走，轉手交給自己母親一系的公卿中院家，然後還給近衛家個絕嗣的五攝家之一鷹司家，這一來一回還是近衛家比較賺，堂侄兼猶子成為近衛家一系的鷹司家家督，這對近衛家未來在朝廷的話語權有著極大的增益。
接下來源義時的動作就更大，首先近衛前久年僅八歲的嫡長子元服，由源義時賜予上一字名為近衛義嗣，並迅速敘官到従三位，在把六歲的嫡次子過繼給無人繼承的二條家，改名為二條時基，再把兩歲的嫡三子過繼給一條家，改名為一條時經，最後嫡四子剛出生實在沒辦法元服暫且壓下，這個幼子將預定是繼承九條家的家門。
近衛家四個兒子，嫡長子繼承近衛家的家門，次子過繼二條家，三子過繼一條家，四子過繼九條家，堂侄兼猶子過繼鷹司家，等於把五攝家的血脈重新統一起來，彷彿讓藤原家又重新回到平安時代末期的樣子，看起來囂張跋扈至極，其實這只是東施效顰之舉動。
天皇家和二條家都有過繼嫡子繼承近衛家、鷹司家的衝動，只不過有源義時的意外出現而被迫打斷，二條晴良四個兒子里嫡長子過繼給九條家，次子繼承二條家，三子正準備送到真言宗寺院修行，四子還在考慮繼承鷹司家，他的打算就是用圍剿蠶食的方式一點點消滅政敵近衛家，沒有什麼手段比讓政敵一脈絕嗣更狠的招數。
源義時這是以其人之道還治其人之身，喜歡過繼別人家不如先把你自己家給過繼了，五攝家全部換成近衛家的血脈，徹底結束自源平時代開始的近衛、九條兩派攻伐的場景，以後朝廷里就是其樂融融的一家人，起碼短期內是這樣。
原本盤踞在朝廷里的二條晴良一黨被清理一空，受到二條晴良清離影響的花山院家與大炊御門家也受到貶斥，今出川晴季晉陞正二位権大納言，其嫡長子年僅五歲變過繼花山院家，元服改名為花山院忠熙。
大炊御門家則被親幕府的西園寺公朝次子，大炊御門經孝繼承家門，正二位権大納言德大寺実維無嗣，由早年客居關東的德大寺公教之子，德大寺実久繼承家門並迅速晉陞従四位下參議、左近衛権中將，這樣一來清華家與攝關家一樣被親幕府派的公卿徹底掌握。
通過養女聯姻新天皇，變向保證天皇的皇位合法性，自然的也要承認新天皇的改元年號，在年初新天皇登基改元的年號是元龜，於是在年底的朝會上就商量著把這一年是所有曆法全部改為元龜元年，此時這紛亂的一年也漸漸走到末尾。
元龜二年（1570年）正月的朝會，大概是近幾十年規模正龐大的一次，源義時以內大臣的身份與關白左大臣近衛前久、右大臣中院通為主持朝會，在大朝會上除去一些禮儀性質的活動以外，還有最重要的一個議題，滿朝公卿的御料所配給。
原本整個天下都是朝廷的，天皇家的莊園幾千座，攝關公卿的莊園也有幾千座，結果被武士出身的地頭們篡奪地方的實權，建立一套別出朝廷之外的武家幕府體系，承久之亂天皇家的莊園被剝奪的寥寥無幾，到應仁之亂更是連所剩無幾的皇家莊園也被地方國人霸佔，