深沉的夜對於三好家是一個結束，但對於服部保長卻遠沒有到結束的時候，夜半三更獨自一人撐著雨傘站在滿目瘡痍的二條御所里，看著幾十個忍者披著蓑衣在雨水裡發掘屍首，看到幾個時辰前依然美麗的御所變成廢墟，幕府將軍一朝命喪黃泉，即便鐵石心腸也要為之動容。
「太慘了！實在太慘了……」服部保長默默的盯著忍者們把死者的屍體一一擺放在水窪里，暗嘆道：「殘酷的讓我保長也無法忍受，室町幕府兩百年的基業就這麼毀在那殺兄弒君的蠢材手裡了！實在太可惜了。」
幕府完了，這是看到現場廢墟後每一個武士的心裡話，不論室町幕府曾經多麼輝煌燦爛，都終結於足利義輝之死的那一刻，無論將來足利義秋有多大的能耐重振聲威，都無法掩蓋他殺兄弒君的惡名，他的名聲完了，他的後代失去正統性，他已經失去成為將軍所應有的基本品德。
事實也確實如此，當第二天一大早三好家發覺二條御所里的屍體不翼而飛的時候，每個人都知道自己被狠狠的擺了一道，足利義秋氣的暴跳如雷，在床上拍著榻榻米折騰半天，最後還是撐不住患上感冒風邪、發熱頭痛的病症，除了躺在床上不停的咳嗽，完全沒有任何的辦法。
松永久秀也病倒了，他比三好三人眾敬業的多，扛著大雨沒有選擇躲起來，於是就享受起足利義秋同病相憐的待遇，本來這也不失為接近足利義秋的好機會，奈何他的兒子松永久通捅了大婁子，需要直接承擔「暗殺」將軍的惡名，惡劣的局勢讓他難以安心的待在床上休息。
與此同時，二條御所的慘案終於散播開來，服部保長利用發達的情報網，迅速把昨日里足利義秋率軍攻打二條御企圖篡奪將軍之位，並親手逼死嫡親兄長足利義輝，眼睜睜看著母親慶壽院自殺的消息傳揚開來。
更妙的是這不是謠言，而是真憑實據的事實，足利義輝及其母慶壽院、其側室小侍從，以及譜代家臣等數百口的屍體，全部安葬在京都相國寺塔頭光源院內，相國寺住持親自前往光源院為死去的征夷大將軍做水陸法會，更進一步佐證這一事件的真實性。
待頭昏腦脹的三好家發覺情況不對準備闢謠的時候，京都大內里的正親町天皇下詔慰問可憐的足利義輝以及他的遺孀近衛賢子，朝廷里以従一位關白左大臣近衛前久為首，文武百官數百人浩浩蕩蕩的前往光源院弔唁逝去的將軍。
大概是基於唇亡齒寒的心裡，這次京都公卿們的意見出奇的團結，哪怕是近衛前久的政敵二條晴良也沒有選擇在這個時候給他上眼藥，畢竟幕府這二十年來給朝廷帶來的好處多不可數，正親町天皇不用學他父親後奈良天皇賣字養家，堂堂権大納言也不用滿街兜售自家菜地里的新鮮蔬菜，日子過的優渥舒坦到是一方面，更重要的是公卿們的體面總算保住了。
來自京都各界的善男信女，領受過幕府大恩的公卿、武士、僧侶、文化人等自發的來到光源院憑弔死去的征夷大將軍，曾有人寫下悼詞：「君為將軍名震天下蓋四方豪傑，盛年戰歿基業盡毀一朝榮華散。」
足利義輝得到的戒名為光源院融山道圓，這個戒名算作為他的一生划上一個不太完美的句號。
在弔唁的過程中，來自四面八方的武士越來越多，難免會有人內外諷刺足利義秋的惡行，對此他也只能聽之任之不敢有絲毫的針對之策，他更關心的是理順現在的亂局，儘快結束由於二條御所出事而引發的「騷動」。
這場「騷動」被稱作永祿大逆，完全不像足利義秋輕描淡寫所說的樣子，足利義輝被殺那麼大的事情又哪裡是他一個人就能掩蓋的，隨著正牌將軍死在二條御所里，使得京都的局勢立馬變的撲朔迷離。
這畢竟不是一百二十多年前的嘉吉之亂，足利義教時代的室町幕府強大無比，即使將軍死掉依然有三管領聯手推舉足利義教的嫡子擔任將軍，即便有土一揆這種小插曲也無法改變幕府依然穩如泰山的事實。
一百多年前畢竟是舊事，在經歷過應仁之亂、明応政變、船岡山之戰以及江州大樹、堺大樹兩統疊立的尷尬，幕府將軍像走馬燈似的換個不停，從將軍出爾反爾潑出去的水強行收回來，到幕府管領為一己之私廢立將軍，都在說明幕府正以大步流星的速度衰退著。
幕府衰退的重要標誌是對地方領國的控制力大大衰弱，許多領國自應仁之亂結束就再也沒有任命過守護，守護空缺八九十年意味著許都領國缺少正統合法的權威，此時再出現將軍被殺的局面，就很難再重現當年幾位管領找幕府重臣以及幾個有力守護一商量，就把擁立將軍的事情給辦下來的順利景象。
忽然間京都的民眾發覺幕府將軍難產，不是因為幕府找不到沒有合適的繼承人，而是這個合適的繼承人剛剛參與謀殺兄長的惡毒之事，人們不能接受一個道德有嚴重瑕疵的將軍，這樣的將軍更加不能讓天下的武士感到安心，更不用提關東那條巨龍的態度。
面對這種不利局面，足利義秋感到非常焦急，原定計畫是足利義輝主動認他做養子，然後順順噹噹的接任將軍並把兄長送到寺院里「隱居」即可，卻不想鬧出這麼大的惡事讓人痛苦不堪，但是事情還是得做，大病初癒就急忙找到朝廷申請征夷大將軍。
身為關白的近衛前久毫不猶豫的拒絕他的請求，理由是朝廷不能接受他這個殺兄弒君的新將軍，別說征夷大將軍不能給，就是左馬頭也不能給他，這是當著滿朝文武的面前紅果果的一巴掌抽在足利義秋的臉上，讓他頓時就記起自己嫂子就是近衛家的女兒，近衛前久這個混蛋迎娶的恰恰就是足利義時的妹妹，恨屋及烏就把他也給恨上了。
近衛前久不給面子，那就想辦法把這個關白給攆下台，於是足利義秋就找到二條晴良告訴他自己的打算，二條晴良早就想奪回關白之位，於是兩人一拍即合同時在朝廷和京都發難，足利義秋把近衛御所給圍住，污衊他窩藏殺害將軍的案犯，強行要索拿人。
他們自己弄死足利義輝，再賊喊捉賊血口噴人的污衊，當然是抓不到任何案犯的，一大群武士大剌剌的在近衛御所轉了一大圈沒抓到人，卻不忘順勢擄掠近衛家的金銀珠寶作為「矢錢」繳納，這筆「矢錢」足有兩萬貫之多，乃是足利義時歷年贈予以及近衛家商屋的盈利，就這麼被一幫粗魯的武士給劫掠一空。
近衛前久氣的渾身發抖，萬萬沒想到足利義秋竟然這麼狠毒，更糟糕的是他的父親近衛稙家給氣的發病了，被這一幫惡徒闖進家裡搜羅金銀珠寶作為「矢錢」給氣的腦中風，在家裡渡過三個艱難的夜晚還是死掉，這比血債又被記載足利義秋的身上。
足利義秋已經決定清理他兄長足利義輝留下的關係，才不會在意近衛家和他有多少親戚關係，就趁著近衛前久家中治喪的機會，聯合二條晴良參他一本妄議幕府毀謗將軍，逼迫在家守孝的近衛前久辭去關白左大臣的職務，二條晴良也順勢再次擔任關白。
接著足利義秋以「秋」字不吉為由捨棄其名，並由二條晴良親自主持元服儀式，正式改名為足利義昭，並邀請朝倉義景擔任梳發加冠役，正式表明即將繼位征夷大將軍的野心，當他完成這一套複雜的程序，已經是六月底的事情，而此時京都的輿論變的越發對足利義昭不利。
畿內的輿論上至朝廷公卿，下至販夫走卒黎明百姓，都認為是足利義昭害死了自己的兄長，這個輿論氛圍很快傳導擴散到天下，對即將登位的足利義昭是非常不利的，在這個過程中，三好家起到非常惡劣的影響。
上洛擁立將軍就是他們想出的歪招，永祿大逆惹出這麼大的動亂，罪責當然要歸咎於三好家的頭上，即使這種情況之下，三好家還敢在京都欺行霸市肆意破壞商業秩序，隨意的敲詐勒索豪商，甚至縱兵搶掠京都的商旅，像一群盜匪惡徒在京都里招搖過市橫行霸道，這些都對足利義昭的名聲起到至關重要的惡劣作用。
歸根結底這還是三好家高層掀起內亂，波及整個階層的動蕩讓三好家的幾位重臣沒功夫約束無法無天的低級武士，反正近衛前久家都敢搶還怕京都的公卿們作甚，於是京都城內一時間群魔亂舞，搞的是烏煙瘴氣苦不堪言。
三好三人眾和松永久秀的攻守同盟，就為永祿大逆的責任歸誰而鬧翻了，乍看起來這就是一樁很奇葩的扯淡事，其實還是兩邊都發覺事情鬧的太大不好收拾，殺將軍總得有個兇手，赤松滿佑不就是因為殺了足利義教，才被一幫如狼似虎的大名給活活弄死。
這兩邊都覺得自己責任不大，三好三人眾表示我壓根什麼都不知道別算我的罪責，松永久秀冤枉的滿頭包，將軍是自殺的他連碰都沒碰一下怪他簡直沒有道理，至於他兒子松永久通的罪責也一併給推的乾淨。
於是情況就變的更加離奇，兩邊都說自己沒錯那總得有個人為永祿大逆負責，足利義昭打死也不會承認自己弄死哥哥和母親，那怎麼辦？只有打嘍！誰拳頭大誰有理，誰是輸家誰背鍋，就是這麼簡單。
很顯然兵力佔優勢的三好三人眾更強一些，哪