回到江寧後，曾國藩和彭玉麟、黃翼升、李朝斌等人進一步商量長江水師的永久保留問題。曾國藩的最大顧慮是：將團練改為經制之師，這是沒有先例的事，不知朝廷能否同意。
芥航法師的所謂「以老衲冷眼觀之」的話，畢竟只是他的看法，是不是朝廷的意思，實在顯得很玄虛。黃翼升、李朝斌說，不管怎樣，先上個摺子再說。彭玉麟思考良久，說出一套完整的設想來：「團練改為經制之師，沒有前例可援，若是陸軍，此事萬萬不可提，但現在是水師，卻可望獲得准許。一則朝廷鑒於從宣宗爺開始，海疆屢受夷人侵凌，需要建一支海防水師。二則長江水師組建十餘年，有一個現成的規模，有良好的西洋裝備，最有改為海防水師的條件。三則這些年長江水師的名聲畢竟比陸軍要好些，朝廷對它的猜忌少。」
由長江水師分統出身後任淮揚水師、太湖水師統領的黃翼升、李朝斌完全贊同彭玉麟的分析。黃翼升說：「這麼好的一支水師隊伍，想必朝廷也捨不得把它長期當團練看待。」
李朝斌說：「把長江水師改為海防水師，真的讓朝廷撿了大便宜。」
曾國藩想：雪琴前兩條有道理，至於第三條，那是出於他的偏愛，長江水師的名聲比吉字營、霆字營也好不了多少。
便笑著說：「依雪琴看來，長江水師改為經制之師是有十成把握咯！」
彭玉麟說：「十成把握說不上，五成可以打包票。」
黃翼升說：「不只五成，少說也有八成。」
曾國藩搖搖頭說：「八成？我看未必有，還是雪琴估計得穩當，大概五成左右。」
彭玉麟說：「不再走別的途徑，便只有五成把握；若再走一條路，就有可能達到八成。」
「再走哪條路？」李朝斌急著問。
「有一個人，向來支持滌丈和湘軍，找他，一定行。」彭玉麟慢悠悠地說。
「哪一個？」李朝斌脫口問道。
黃翼升說：「你是說找武英殿大學士賈楨？」
曾國藩心裡明白，但不做聲。
「找恭王。」彭玉麟自己回答了。「恭王東山再起，雖失去了議政王的頭銜，但仍是軍機處領班大臣。這說明太后對他既有隔閡，但又不能缺少。湘軍能建大功，一向仰仗恭王的鼎力支持；且恭王在與洋人的交涉中，倍感國勢柔弱的恥辱，多次提出要建海軍，辦工廠，徐圖自強。他一定會全力支持將長江水師改為國家的海防之師。」
「雪琴，你剛才說恭王和太后仍有隔閡，何況又失去了議政王的頭銜。這樣一件大事，太后會讓他一人作主嗎？」曾國藩問。
「是的，我為此想了很久。」彭玉麟說，「恭王經前次挫折，處事的顧慮會多一些，很可能不會一人獨自決定。我有一個替恭王著想的主意：請恭王對太后說，長江水師改經制之師，是一件很大的事，可援朝廷處理大事的舊章，由軍機處發文徵求各省總督意見，然後再作決定。」
「假若各省總督意見不一怎麼辦，豈不反而誤了大事？」黃翼升說。
彭玉麟笑著說：「昌歧顧慮得有道理，但沒有具體分析。兩江之外的其他七省總督，我都一一作了揣測。直隸總督劉長佑出於我們湘軍，有利於湘軍的事，他決不會反對。陝甘的楊岳斌就更不用說了，兩廣的毛鴻賓是滌丈的同年，雲貴的勞崇光，我們湖南的鄉賢、滌丈的老友，四川的駱秉章，多年來為長江水師籌過上百萬兩餉銀，他們三個都不會反對，稍有點麻煩的是湖廣的官文和閩浙的左宗棠。」
這的確是兩個關鍵人物。大家都注意聽彭玉麟的分析：「官文這個人很複雜。他既仇視湘軍，又沾了湘軍的光。不是湘軍的勝利，哪有他的一等伯爵？他是個聰明人。據滌丈說，他上次來江寧，背地裏行陷害，表面上對滌丈恭敬，還要說湘軍的好話。此人的特點是貪名貪利，無定識，無風骨，你給他點好處，他就會站在你這邊。我想給太后、皇上的摺子裏，乾脆建議改制後的長江水師統領讓他官文做，我們都做他的副手，他一定會樂意。」
曾國藩想起他創辦湘勇以來，便一貫採取推出一個滿人來領頭的做法，對彭玉麟此計甚為讚許：「雪琴，你的這個辦法很高明。」
彭玉麟快活地笑道：「這是向你老學來的。」
李朝斌說：「官文那傢伙對水師狗屁不通，弟兄們哪裏會服他！」
黃翼升說：「你不要急，他只是掛個空銜的。」
李朝斌說：「萬一他要亂干涉呢？」
彭玉麟說：「他這個人聰明就聰明在這裡。知道自己不懂水師，只要有這個空名他就高興了，不會具體插手的。他豈止不懂水師，陸軍他也不懂，錢糧刑穀他樣樣不懂，但他偏偏就當了十多年的湖廣總督，還升了大學士。你說他是草包？
「他的聰明之處，恰恰表現在他什麼都不管，只管吃喝玩樂、圖享受、討姨太太。凡他掛名的職分內，有了功勞，他是頭一份；出了差錯，都是具體辦事人的。這正是官文做官的訣竅。」
一番話說得這樣的一針見血，大家都開心地笑起來。
「至於左季高，以他的脾性，很可能會反對此舉。不過，左季高畢竟不是官文之流。他識大局，有遠見，懂得建海防水師的重要性。我想，只要跟他說清楚，他也不會盲目反對的。萬一他硬要說我們是私心，也不怕，大家都同意，他一人的力量究竟有限。」
「雪琴的想法很好，不過，這個摺子我不能上。我提出裁撤湘軍，還說一個人都可不留，現在又說要把長江水師改為經制之師，難以自圓其說，還是請雪琴給太后、皇上上個摺子。」曾國藩望著彭玉麟說，「你看如何？」
「好，我直接向太后奏請。」彭玉麟答得很痛快。
「恭王府那裏最好派一個人去為好，有些話不便明寫。」隔一會，曾國藩又想起一件事。他腦子裏浮現當年派康福進京的往事，歎息康福已死，身邊缺少這樣一個文武雙全的人才。
「大人，可以派薛福成去。」黃翼升說，「這個人聰明靈活，兄長又是專給王公大臣看病的名醫，派他去最合適。」
是的，薛福成是個合適的人選，他雖然缺少康福的武功，但在京師，靠著兄長的特殊身分，他又比當年康福有利得多。
「左季高那裏是寫信，還是派人去？」曾國藩自言自語道，那神態看似頗有點為難。
「左季高目前正在杭州，我自己去走一趟。」彭玉麟自告奮勇，「好幾年沒見面了，我還蠻想他哩！」
「太好了！其他幾位總督那裏，就由我寫信。長江水師的事有雪琴料理，真比我強多了。」曾國藩放下心來，他佩服彭玉麟的經緯之才，又感激他的仗義之情。
彭玉麟親自為長江水師的改制寫了一份摺子。先簡述長江水師自組建到壯大的過程，歷數它十多年來的重大戰功；然後轉筆寫自道光中葉以來海疆不寧，屢遭侵襲的慘痛歷史，從中得出建立強大海防之師的重要性；繼則寫長江水師組織嚴密，將才眾多，裝備精良，戰鬥力強，已初具海軍規模；最後講自己本擬終老退省庵，現在決心為建設大清王朝自己的海軍不辭辛苦，再度出山，鞠躬盡瘁，死而後已。通篇奏摺立論光明磊落，無懈可擊，洋溢著為國遠慮、為君分憂的耿耿志士忠心，全無半點要保存一支屬於自己的武裝的私心雜念。曾國藩看後擊節讚歎。他覺得這篇奏摺是如此地卓爾不群，簡直為自己所有的奏章所不可及。有這樣一份摺子奏上去，誰還能有理由阻止長江水師的改制呢？他對著奏章沉吟良久，始終不能從兩種推測中把握一種：究竟是彭玉麟聰明絕頂，善於以最冠冕堂皇的理由掩蓋自己的私人目的呢，還是他的確胸中充塞著憂國憂民的浩然正氣，至情所激而發為至文呢？不過，有一點是曾國藩最後所確認的，那就是無論是出於前者還是出於後者，他都自歎不如！
曾國藩由彭玉麟這篇奏疏得到啟發：如果將道光中葉以來，洋人與我們海上接仗的歷史如實地排列出來，把它作為這個奏疏的附件的話，它將會以慘重的教訓，使閱讀此奏者更為清醒地認識到建立海軍的必要性，而不得不從心裡贊同長江水師的改制。
兩江總督幕府有的是這方面的人才，以汪士鐸為首的編纂處立即組成。他們苦幹了七日七夜，終於編成一篇四萬字的《華夷海戰三十年大事記》，並謄抄兩份。一份存底，一份連同彭玉麟的奏疏，由薛福成親自送到北京恭王府。
果然如曾、彭所料，這篇奏疏連同附件引起了恭王奕訢、軍機大臣文祥等人的高度重視，連兩宮太后也為之動容。恭王建議，為慎重起見，命軍機處將彭奏和《大事記》一併發給直隸、陝甘、四川、閩浙、湖廣、兩廣、雲貴各省總督，要他們就此事各抒己見。這時，彭玉麟也親赴杭州遊說左宗棠。
出乎彭玉麟的意料，左宗棠聽完他的陳述後立即表態：完全贊成長江水師改編為朝廷的經制之師。至於建海軍一事，左宗棠勸彭玉麟不必著急。第一步要藉此良機將長江水師整頓好，把不稱職者盡行汰去，寧缺勿濫。第二步再做好長江兩岸的巡守