趙烈文一哄二騙三收買的辦法起了作用，譁變的八千人除一百多人跟著申名標逃走外，其餘的都由趙烈文、滕繞樹帶回了撫州老營。不久，鮑超由四川奉節日夜兼程趕回，將這些譁變的人狠狠地訓罵了一頓，並以嚴刑拷打迫使他們供出了一百多個哥老會人。鮑超將他們一齊斬首示眾。這場譁變終以慘敗告終。曾國藩重賞了趙烈文和鮑超，並將霆軍譁變之事曉諭湘軍水陸各營，嚴禁哥老會，一旦發現，格殺勿論；所有參與譁變的人，不論過去功勞高低，一概嚴懲不貸。
從那以後，譁變不再出現，但索餉、鬧事卻時有發生。一時沒有別的法子可想，曾國藩不得不實行老九的辦法，向湘軍將官們宣佈：裁軍之事暫時不提了，以後再說。這樣，才逐漸平息了湘軍的怒潮。
這時，曾國藩忙於部署修繕城垣，重建滿城，並親自監督江南貢院的修復。貢院開工的那天，曾國藩邀請金陵城內城外百多位德高望重的讀書人，來到位於秦淮河畔貢院街上的貢院舊址邊。這些讀書人中，有汪曾甫、錢密之等十人為宋學宿儒，在江南素有三聖七賢之稱，曾國藩對他們很是禮遇。大家見偌大的江南試院，除至公堂、衡鑒堂、明遠樓未受大的損壞外，其他如監臨、主考、房官、提調、監試各屋，謄錄、對讀、彌封、供給各所片瓦不見，一萬六千間號房板蕩然無存，這些耆儒們對此慘景莫不哀歎不已。曾國藩對他們說，不管工程量多大，都要搶在十一月前把貢院修好，不但舉行本屆鄉試，還要補行戊午、辛酉、壬戌三科，都在今年一併錄取，並增建號舍四千間，達兩萬整數。又考慮皖北尚在捻軍控制之下，其應試秀才不能前來江寧，特為安徽省留下四成名額。
曾國藩的這些話引得老儒們萬千感激，紛紛稱讚此舉是為江南讀書人所做的第一大善事，功德無量。一個老頭子顫巍巍地當眾跪下，給曾國藩磕頭，涕淚滿面地說：「中堂大人，你是活佛活菩薩，我為我祖孫三代人向你磕頭祝福。我從咸豐三年起，整整盼了十三年，終於盼到了今天。十一月我要帶著兒子、孫子，祖孫三代前來應試。中堂大人，從明天起，我每天三炷香，對著你的長生牌位磕頭行禮，託你老人家的福，我李老頭子還能活著看到這一天的到來。」老頭子趴在地上，嘮嘮叨叨地說了許多，說得曾國藩又歡喜又酸楚。
這百餘個老儒們回去後四處傳揚，把江南兩省的舉子們喜得心花怒放，感激的信件成百上千地飛向總督衙門，使久處憂鬱之中的曾國藩略感一絲欣慰。這天上午，曾國藩照例來到簽押房，審批案頭上堆得高高的文書。首先打開昨夜送來的幾份廷寄，剛讀到第一句話，曾國藩就驚呆了，照例的「准兵部火票遞到議政王軍機大臣字寄」套話中赫然缺了「議政王」三字。他頓時詫異萬分，連下文都無心看下去，便打開第二件，也沒有「議政王」三字，再打開一份仍沒有。昨夜收到的三份廷寄，均無「議政王」三字，他覺得此事非同小可，趕緊招來趙烈文、楊國棟、彭壽頤三個心腹幕僚看後也深為不解。
曾國藩憂慮地說：「自同治元年來，軍機處發出的文件，從來沒有出現過這樣的事，即使恭王生病期間，『議政王』三字亦冠在前，這次若不是有生死大變，則一定有非常大事。」
「事情來得突然。」趙烈文沉思著說，「不過卑職早就聽人說，蔡壽祺的那份劾摺，原不是衝著中堂、九帥和其他湘軍統帥來的，矛頭指的是恭王，說恭王是湘軍的靠背山、保護傘。」
「這話我也聽說過。」楊國棟說。
「蔡壽祺一個小小的御史，哪會有這樣大的膽子，必定有人在後面指使他。」彭壽頤托著腮幫子，深思熟慮地說出這句話來。
「長庚說得極有道理。」趙烈文說，「這個人八成是西邊的太后。」
在曾國藩的密室裏沒有禁忌，上至皇太后、皇上，下至督撫兩司都可以直言明說，但出門則不能妄說一句，而進得這個密室的也只有少數幾個心腹幕僚。聽著他們的分析，曾國藩覺得事情比自己所想的還要嚴重得多。假若恭王不是猝然去世，而是被罷黜的話，那最主要的一定是因為他和湘軍的緣故。想到這一層，曾國藩心裡恐懼起來。他端坐在太師椅上，右手不斷地捋著長鬚，面色凝重，一言不發。
「中堂。」趙烈文輕輕叫了一聲，「我們在這裡議論，好比瞎子摸象。這樣一件大事，震動中外，這兩天必有京報來，我們看到京報後再說。」
正說話間，荊七捧來一大堆從京師來的函件，彭壽頤急忙從中挑選京報。找到了！京報在首要位置上登載明諭：「諭在廷王大臣等同看：朕奉兩宮皇太后懿旨，本日據蔡壽祺奏恭親王辦事循情貪墨，驕盈攬權，多招物議，妄自尊大，諸多狂傲，倚仗爵高權重，目無君上，視朕沖齡，諸多挾制，往往暗使離間，不可細問，若不及早宣示，朕親政之時，何以能用人行政。恭親王著毋庸在軍機處議政，革去一切差事，不準干預公事。特諭！」
曾國藩看完這道特諭，半晌作不得聲，他輕輕揮手，示意趙烈文等人退出。自己獨自坐著，忡忡然彷彿呆了似的。不知過了多久，荊七在他的耳邊說：「大人，天已黑了，要掌燈嗎？」
「什麼？天黑了，我坐了多久了？」曾國藩如同睡夢中醒過來一般。
「有一個時辰了。」荊七輕輕地說。
「好吧，掌了燈後，你告訴廚房，今晚不要送飯，叫他們煮一碗新鮮青菜湯，再打兩個雞蛋就行了。」待荊七出門後，曾國藩的腦子才開始轉動過來。
宮闈事祕，詳情莫知，但有一點已很清楚了，恭王的確是因蔡壽祺的彈劾而被罷黜的，且上諭寫得明白，是奉兩宮太后懿旨。所謂兩宮太后，實際上是西太后的代名詞，這點曾國藩早已知道。事情完全如趙烈文等人所分析的，西太后指使蔡壽祺上奏，又親自下令革去恭王的一切差事，措詞如此嚴厲：「目無君上」「諸多挾制」「暗使離間」，竟類似三年前指責肅順的口氣。
天氣尚只是初秋，曾國藩已覺冷得發抖。他叫荊七找出一件棉褂來，穿在身上，還冷不過，於是又要荊七乾脆生一盆炭火。曾國藩深知，在他離開京師，創辦湘軍到現在十餘年間，恭王一直是他在朝廷中最強大的支柱。文宗在日，恭王以皇弟之親貴，力勸文宗信任他，重用他，儘管遇到多方掣肘，滿蒙猜忌，甚至文宗本人亦不甚放心，只因有恭王這座大靠山在，曾國藩始終還是受到器重的，當然，那時還有肅順的大力支撐。文宗歸天後，肅順被處決，但恭王擁戴功勳巨大，位居議政王，朝廷一切大事，皆出於恭王一手。恭王將曾國藩引為腹心，給予完全信任，直至節制四省兵力，成為三藩之亂後軍權最大的第一個漢人。後來，曾國藩漸漸看出西太后葉赫那拉氏是一個權欲極強，心機極多，手段極狠的女人，她不甘於大權旁落，與恭王常有齟齬，太后與恭王之間的不合，使朝中有識之士為之擔憂，處於軍事最前線的曾國藩則更是忐忑不安。
現在，曾國藩終於明白了，攻克金陵後所遭遇的一切不愉快之事，如富明阿的暗訪，三御史的參劾以及沸騰人口的物議，很可能都是西太后這條線上生的事。是不是西太后害怕恭王利用湘軍這支軍隊，作為日後重演辛酉政變的工具？抑或是西太后討厭恭王過於重用漢人，使湘軍坐大，成為滿人江山的最大隱患？不管怎樣，恭王的被罷黜，在曾國藩看來，是這十餘年間所受到的打擊中最為致命的一次。
皇上的親叔，在辛酉年起了旋轉乾坤作用，近年來外撫諸夷，內平戰亂的議政王，無論從親，從貴，從功，從哪方面來講，都是當今天下第一臣。就是他，都被這個西太后弄了下去，此人之手腕心腸可想而知！曾國藩想起前朝的呂雉、武則天，莫非大清王朝也要女主臨朝了。牝雞司晨，國之不祥，恭王已被先行開刀，接下來大概是自己和自己的兄弟了。
曾國藩由恐懼慢慢轉到絕望，木然坐在椅子上，彷彿身子正在被人推向黑暗的深淵。
第二天一早，他把曾國荃、曾紀澤叫進內室，關起門窗，向他們談了自己對時局的分析。叫兒子立即離開江寧回荷葉塘，取消原定全家遷居江寧的打算，並轉告四叔要事事謹慎，勿再招惹是非。也要弟弟對奏請開缺一事作好心理準備。倘若太后溫詞慰留，當此時勢，勿再固請，以保存實力；倘若太后同意開缺，要坦然接受，接旨後立即啟程，在家養病讀書，不涉及湖南官場絲毫。一向我行我素、不畏人言天命的曾國荃，對這場突如其來的變故也大為震驚，不免冒出一股灰溜溜的心緒來。