曾國荃領了主攻金陵的任務後，便和曾貞干一起率領吉字營、貞字營雄心勃勃地向東開拔，一路斬將奪關，從蕪湖、太平府打過秣陵關、方山，來到金陵城南門外雨花台，將老營設在報恩寺塔廢墟邊。這座建於南宋的寶塔高達十三層，頗為壯觀。咸豐六年天京事變時，北王韋昌輝害怕翼王石達開回師攻天京時憑藉此塔攻城，於是這座歷時七百餘年的寶塔便被韋昌輝拆毀了。
曾國荃和他的心腹大將李臣典、蕭孚泗、劉連捷、彭毓橘、朱洪章等人都是第一次來到這座江南名城。他要韋俊帶著他和部將們遠遠地從南門附近走到太平門邊，一路細看漫議，費去了整整一天。韋俊告訴他，金陵圍牆三成只走了一成。曾國荃等人大吃一驚，心裡想：吉字營、貞字營合起來只有兩萬多人，要想像過去圍吉安圍安慶一樣包圍天京，豈非夢囈！一向倔強自負、蠻橫不計後果的曾國荃，雖有點後悔不該輕率進兵，但事已至此，也只有硬著頭皮挺下去了。曾國荃命令全體將士在雨花台一帶深溝高壘，建築堅固的工事，作長期圍下去的準備，一面盼望其他各路人馬早點來到金陵城下。哪知進軍金陵的其他幾路各有各的難處。
北路主帥、安徽巡撫李續宜剛準備出師，忽接父喪凶信，匆匆回家奔喪，部將唐訓方率部受阻於壽州，不能南下。鮑超則被阻於寧國，也欲進不能。多隆阿剛啟程幾天，朝廷便命他為欽差大臣開赴陝西，西路也因此沒有了。水師因要修補戰船，等待從廣東運來的洋炮，也暫在池州至銅陵一段江面上逡巡不前。五路人馬，其餘四路都不能按期抵達，曾國荃在雨花台氣得暴戾失常，曾國藩在安慶也急得日夜不安。每天晚上臨睡前，曾國藩都要到三樓的小房間裏去一趟。那間房子裏放著一個舊蒲墊，曾國藩跪在蒲墊上默默地對天禱告，求老天保祐各路軍事順利，早點拿下金陵。
曾國藩的禱告不但沒有為湘軍求來福祉，一場瘟疫反而突然在金陵城外蔓延，給雨花台畔的湘軍帶來巨大的災難。僅僅只有幾天時間，湘軍就死去三百多人。一個營房裏，只要有一人得了病，便會立即擴散開去，早上看著還是好好地，晚上便僵臥不起了。連夜派出十人抬屍出去掩埋，回來清點人數，就只剩下五人；打著燈籠火把去找時，沿途看到的則是五具倒在路邊的殭屍。曾國荃惶恐不安，四處延醫尋藥，附近的藥買光了，又派人遠到安徽、湖北等地去買，藥未買來，人又死了一千多。李秀成趁此機會大舉向雨花台進攻，曾國荃不得不率領病羸士卒抵抗，弄得焦頭爛額，痛苦萬狀。李秀成進攻了幾次，部卒也染上瘟疫，嚇得他不敢再與湘軍接觸，才使得吉字營從瀕於全軍覆沒的邊境上得以解救。
正當曾國荃稍稍喘口氣的時候，貞字營統帥曾貞干忽染瘟疫死去了。貞字營被合併到吉字營中。噩耗傳到安慶，曾國藩聞之傷悼不已。曾國荃孤處雨花台，連遭不幸，使曾國藩日夜為之心神不安。他希望老九暫時撤離雨花台，與鮑超的霆字營合兵一處，但老九不同意。於是曾國藩寫信給在家守制的李續宜，請他墨絰視師，速帶北路軍南下，卻不料李續宜自己已病入膏肓，不能應命。曾國藩又命李鴻章將程學啟的開字營二千將士開赴雨花台，但程學啟打仗勇猛，李鴻章正依靠著他，不願放出，只同意調吳長慶前去。曾國藩知吳長慶的慶字營多為未經訓練的新勇，乾脆不要了。他在安慶為滿弟舉行完弔唁儀式，親將靈柩送上西行的大船後，便立即乘船東下，他要去查看吉字大營在雨花台畔的駐紮情況。
臨行時，曾國藩又把當年王世全送的那把王氏祖傳寶劍帶上，心裡作了決定：先盡力說服老九暫時撤兵，如果他堅決不撤，則以此劍相贈，鼓勵他早日達到目的。
太平軍水師自田家鎮之役大敗後，便一蹶不振，以後周國虞兄弟相繼戰死，水師也便基本瓦解了。千里長江江面上，全是湘軍水師的戰船，只是緊靠天京一段江面上，太平軍陸軍在幾個重要關口上建築了堡壘，加強防守，使得湘軍水師不敢闖進來。這幾個重要關口，由西向東依次為：大勝上關、鳳林洲、永定洲、三汊河、九洑洲、老江口、草鞋峽、七里洲、燕子磯。曾國藩的座船在離大勝上關二十里路遠的落星寺停了下來，坐進了早已在此等候的綠呢大轎，在彭毓橘指揮的三百名湘勇的保護下來到雨花台。
一連幾天，曾國荃陪著大哥查看金陵城外的地形以及吉字大營二萬多人馬的分佈情況。這時瘟疫已經過去，軍營剛剛恢復元氣。曾國藩見九弟的營盤紮得牢實，堡壘堅固，壕溝挖得又深又寬，很是滿意，邊看邊稱讚，使沮喪了大半年的曾國荃心情舒坦起來。
「沅甫，儘管如此，吉字營還是要暫時先撤下，等北路到達江北，霆字營進入溧陽後，再三路並進包圍金陵。」在曾國荃的老營，當屋子裏只剩下他們兩兄弟的時候，曾國藩又一次勸說九弟。
「大哥，屯兵金陵城下，飲馬秦淮河邊，從出山到長沙辦湘勇的那一天起，你就立定了這個志向，盼望十年之久的這一天終於到了。現在瘟疫已經過去，軍營恢復了生氣，正宜一心一意在這裡作攻城的準備，豈能言退兵？」曾國荃雖沒染上時疫，人卻比在安慶時要黑瘦多了，不過說起話來，仍和過去一樣的虎虎有生氣。
「不全部撤也可以，還有一個方案你考慮一下。」曾國藩深知九弟的脾氣，他不願意幹的事，任何人也難說動他。「金陵城裏有長毛七八萬，蘇州、常州一帶有長毛十餘萬，吉字營二萬多人全部屯在這裡，萬一哪天長毛調集十萬人馬將你們團團包圍，要突圍出去亦是難事。軍事上最忌呆兵，二萬人長期聚在一起便成了呆兵，不如騰出彭毓橘、劉連捷兩支人馬出來游弋在外，作活兵。」
「有兩支活兵在外固然好，但分兵勢必單，長毛來圍便更為難。」曾國荃仍堅持他的意見。
「我不能眼看吉字營處於困境而不顧，沅甫，功要立，名要爭，但自古以來成大事者，半由人力，半由天命，你儘管好強有能力，但目前天命不順呀！」曾國藩見九弟高低不聽，不免焦慮起來，「瘟疫大作，全軍死了二千多人，軍心大受挫折，這是天命不順的第一點。五路大軍開赴金陵，其他四路都不能順利進軍，這是天命不順的第二點。貞干驟然去世，這是天命不順的第三點。有此三點，吉字營暫時必須撤。」
「大哥此話固然有理，但大哥平時也常對我們說，功可強成，名可強立，在人之努力耳。又說天下事有所逼有所激而成者居其半，眼下儘管時機不太利，這正是困知勉行的時候，要在逼和激中去做成事。我準備過幾天要杏南回湘鄉去再招三萬精壯勇丁來金陵，湘鄉沒有這麼多，就到寶慶府去招。有五萬人，我保證拿下金陵！」
曾國荃這番話，正是曾國藩過去所奉行的信條：越是艱難越要奮鬥。難道說，是自己年過半百、官居一品而滋生了官場暮氣嗎？或者是讓一時的困難嚇倒了嗎？曾國藩心裡很是讚賞九弟這種迎難而進的鬥志，一時語塞，竟然不知用什麼話來回答才好。
「大哥，我還有許多話沒有對你說，你先聽我講講好嗎？」
曾國荃給大哥泡了一碗清亮的碧羅春，雙手遞上來。
「我到金陵來，一是看看你的佈置，二是來聽聽你的意見。你有什麼話，全部給大哥倒出來吧！」曾國藩喝了一口茶，催九弟說下去。
「大哥，依弟之見，我吉字大營只要在雨花台穩紮下來，今後進入金陵的第一人，就必定是我而不是別人。」曾國荃如此自信的態度，如此肯定的語言，使得曾國藩對他的話格外重視起來。
「好哇！大哥巴不得如此。你且說說必定是你而不是別人的理由。」
「大哥，我是這樣看的。」曾國荃不慌不忙地將胸中的想法亮了出來，「長毛的實力不在金陵而在江蘇南部，即長毛所謂的蘇福省，以及浙江省。在這兩個地方和長毛周旋的李少荃和左季高，都是當今不可多得的人才，且二人都極為好強，又有洋人的支持，相信他們就在這一年半載之間，便會將蘇南和浙江的局面控制下來。如此，則金陵後院起火，糧餉不能接濟，援兵不能前來，城內必然混亂，金陵作為一座孤城，攻下只在早晚了。我長期屯兵在此，誰敢再擅自兵臨城下，搶我的功勞？倘若我這時一撤兵，難保少荃或季高不乘虛派兵進來。對他們兩個人，大哥你都得存一點戒心。」
曾國荃的分析不是沒有道理的。他笑著說：「看來仗把你打得越來越精了。」
得到大哥的表揚，曾國荃的興頭更足了：「大哥，我還要告訴你一件重要的事。」曾國荃的眼中流露出詭譎的神色，「這兩個月來，我派了一百多個聰明能幹的弟兄打進了金陵城內，要他們刺探情報，聯絡鄉紳，拉攏收買長毛中那些不很堅定的人，這方面收穫不少。」
「沅甫，你這個點子想得好！」曾國藩十分讚賞，眼前的弟弟，再也不是當年那個脾氣強硬、腦子不開竅的混小子，而是一名真正的大軍統帥了。往城裏派奸細，這一點連他自己都沒想到。
「有哪些收穫？」金陵城裏的消息，不僅對於曾國荃是重要的，對整個湘軍的