卻說國務總理段祺瑞，勘定亂禍，重造民國，中外已多數贊同，惟國民黨中人物，仍擬扶持黎元洪。黎既去職，黨人失主，勢不能無所觖望，於是唐紹儀、汪兆銘等，同詣上海運動海軍總司令程璧光、第一艦隊司令林葆懌，否認國會解散後的政府，即於七月二十一日，宣告獨立，電文如下：
中華民國海軍總長程璧光、第一艦隊司令林葆懌，謹率各艦隊暨各將士，布告天下曰：自倪嗣沖首揭叛旗，毀棄《約法》，蹂躪國會，而中華民國之實亡；自張勳擁兵入京，公然僭竊，而中華民國之名亦亡。今張勳覆滅，中華民國之名，已亡而復存矣。然《約法》毀棄，國會蹂躪，國家綱紀，蕩然已盡，豈中華民國僅以存其名為已足，而其實乃可置之於不問耶？夫綱紀陵夷，則姦宄橫行，故一切假託名義者，乃得悍然無所顧忌，竟至罪惡貫盈之倪嗣沖，亦復當安徽督軍之大任，益以南路司令之特權，頤指氣使，叱吒四省，天下皆指為首禍，而顧以首義自居，天下皆指為元兇，而顧以元勛自居，循是以往，中華民國不復為國民之公器，特為權奸之面具而已。 長此隱忍，何以為國？魚爛之兆已見，陸沈之禍安逃？所為中夜斫劍，臨流擊楫者也。夫我海軍將士，既以鐵血構造共和，即以鐵血擁護之， 當丙辰之際，帝制已消，國命未續，我海軍將士，以三事自矢，一曰擁護將士，二曰恢複國會，三曰懲辦禍首，蓋所求者，共和之實際，非共和之虛名，耿耿此心，可質天日。今者以言《約法》，則已滅裂矣，以言國會，則已破散矣，以言禍首，則鴟張者凌厲而無前，蟄伏者呼嘯而競起矣，國基顛簸，人心震撼，愕眙相顧，莫敢誰何！嗚呼！我海軍將士，豈惟初心之已戾，亦惟責任之未盡也。用是援枹而起，仗義而言，必使已僵之《約法》，回其效力，已散之國會，復其原狀，元惡大憝，為國蟊賊者，無所逃罪，然後解甲。自《約法》失效，國會解散之日起，一切命令，無所根據，當然無效，發此命令之政府，當然否認。謹此布告，咸使聞知。
自發表電文後，便率同艦隊，開往廣東，唐紹儀、汪兆銘相偕同行。廣東督軍陳炳焜，早與中央脫離關係，見八十四回。當然歡迎海軍，無庸細表。惟段祺瑞聞海軍獨立，急電告馮國璋，請褫奪程璧光職。國璋也即允行，免璧光官，另派海軍總長劉冠雄，暫行兼領，一面使人慰諭海軍第二艦隊司令饒懷文，及練習艦隊司令曾兆麟，還算籠絡得住，由饒、曾通電中外，謂：「此次滬上海軍宣言，我等絕不與聞，現在海軍第二隊暨練習隊，一切行動，惟有稟承馮大總統意旨，以服從中央、保衛地方為職志。」段祺瑞稍稍放心，暗思海軍宣言文中，未嘗無理。惟第一條是懲辦倪嗣沖等，這項是不便照行的。嗣沖為安徽潁州人，與祺瑞籍隸同省，本來是互通聲氣。及張勳得勢，嗣沖乃與他聯絡，徐州會議，首表同情，勛既失敗，又復向段輸情，賣張助段，段意本不甚恨勛，自然不致恨倪，若非他一場復辭，段亦安得重任總理？其無憾也固宜。況系多年的同鄉朋友，應該推誠相與，引為臂助。倪既攫得張勳遺缺，格外感激，服從段氏。段正要賴作外援，如何肯加罪示懲？只第二條大意，謂《約法》宜循，國會宜復，這乃是應行條件；但從前國會議員，與段反對，此時若仍然召集，必致照舊牽掣，許多為難，乃特想出一法，說是：「國會已經解散，憲法尚未成立，今日仍為適用《約法》時代。《約法》上只有參議院，應該仍召集前時參議院各員，制定憲法，並修正國會組織法等，然後憲法可得施行，國會再當成立。」這番言語，明明是弄乖使巧，別有會心。當下通電各省，徵集意見，除嶺南反抗外，皆複電贊成。段祺瑞又故示大度，並未責及兩粵，但任劉承恩為廣東省長，朱慶瀾為廣西省長，且云：「劉承恩未到任時，令陳炳焜暫行兼署。」
獨四川兵亂未靖，特派周道剛代理四川督軍，率兵平亂。原來戴戡兼署四川督軍後，劉存厚暫時退出成都，應八十二回。至復辟事起，戴戡所部黔軍，與劉存厚所部川軍，復因爭議北伐事，大起衝突，連日在成都激戰，開放槍炮，焚毀民居。前總統黎元洪，尚主張和平辦理，叫他雙方息爭，靜候中央查辦，未幾元洪去職，京城且鬧得一塌糊塗，還有何人去顧四川？戴、劉總相持不下，徒苦生靈，至此段總理已有餘暇，所以特派周道剛就近代任，勒令劉存厚撤圍成都，又免海軍第一艦隊司令林葆懌職，命林頌庄署第一艦隊司令，升第二艦隊饒懷文為海軍總司令，另派杜錫珪署海軍第二艦隊司令，旋復任鮑貴卿為黑龍江督軍，暫兼省長。他如陝西督軍陳樹藩，亦令暫兼省長；回應上文，故特別提敘。撤去討逆軍總司令部，所有未盡事宜，統歸陸軍部接辦。並令張敬堯督辦蘇、皖、魯、豫四省剿匪事宜。此外政令，猶難悉舉，統由段祺瑞遙商馮國璋，公同議決。
轉眼間已是七月將盡了，祺瑞屢促馮國璋入都，馮卻遲遲未行，心下含著許多疑慮。馮為直隸人，段為安徽人，馮有馮派，段有段系，本來是各分門戶，自懸一幟。此次攜手同登，無非為除去張勳，討逆有名，一個可代任總統，一個可復任總理，以利相聯，並非以誠相與。馮恐段系復盛，一或入都，仍不免蹈黎覆轍，為所牽制，因此欲前又卻，備極躊躇，暗思江西督軍李純，前時常從征漢陽，隱相投契，辛亥革命，馮嘗受清命攻漢陽，純為北洋第六鎮統制，隨馮同行。現不若調令督蘇，踵接後任，庶幾長江下游，仍占勢力，且可聯絡沿江諸省，為己後盾。計畫已定，乃著心腹將弁，潛往江西，與李純商量就緒，然後安排啟行，隨身帶著十五師為拱衛軍，渡江登車，北行入都。是時已是七月三十一日了，提要鉤玄，為下文馮段交惡張本。越日即已抵京。京中大小官吏，共至車站迎候，由馮下車接見，偕入都門，便至黎元洪寓邸中，面請復職。虛循故事。黎當然辭謝，決意讓馮。馮乃至國務院，與段祺瑞商議，言下猶有謙辭。段提出「當仁不讓」四字，敦勉國璋，國璋才入總統府治事，由國務院電告各省，聲明馮大總統蒞府任職。各省統馳電稱賀，惟兩粵不肯附和，仍主獨立，還有雲南督軍唐繼堯，亦電致各省，擁護《約法》，不願服從馮政府。略云：
民主政治，其運用在總統、國會、內閣，其植基在法律。自段氏免職以來，疆吏稱兵，國會解散，元首引退，清帝復辟，數月之間，迭遘奇變，法紀蕩然，國已不國。顧念大局阽危，不忍操之過蹙，冀其後悔，猶可徐圖補救。乃日復一日，禍首趁勢弄權，行動自由，姦邪並進，主器虛懸，民意閉塞，律以共和原則，不惟精神全失，亦已形式都非，來日悠悠，曷其有極？竊謂今欲民國之不亡，宜亟闡明數義：（一）總統有故不能執行職務時，當以副總統代行職權，惟故障既去，總統仍行復職，否則應向國會解職，照大總統選舉法第九條第二項辦理；（二）國會非法解散，不能認為有效，應即召集國會；（三）國務員非得國會同意，由總統任命，不能認為適法；（四）稱兵抗命之禍首，應照內亂罪，按律懲辦，以彰國法。凡此四義，一以《約法》為依據，不能意為出入。繼堯以為國家不可無法，在憲法未成立以前，《約法》為民國惟一之根本法，本實先撥，則變本加厲，何所不至！自今以往，願悉索敝賦，勉從諸公之後，以擁護國法者，保持民國之初基於不墜；有非法藐視，橫來相干，道不相謀，惟力是視而已。憂危念亂，敢布區區，邦人諸友，實圖利之！
馮政府甫經成立，大勢粗定，也無暇顧及西南，並且滇、粵僻處南偏，與大局無甚關礙，所以暫時擱置，付作緩圖。惟馮與李純，既有密約，一經入京，便提及江蘇督軍一缺，商諸段祺瑞，要將李純調任；又因陳光遠亦屬故交，擬令為江西督軍。段祺瑞也知馮有意樹援，心下不甚贊成，但因馮方任總統，彼此聯為同氣，究不便遽與相爭，只好勉強承認。獨提出一個傅良佐來，請馮任為湖南督軍。良佐為段氏弟子，曾任陸軍次長，與小徐為刎頸交，互相標榜。段祺瑞既信任小徐，因亦信任良佐，良佐且詡詡自矜，謂：「征服南方，當用迅雷飛電的手段，出它不意，然後能制它死命。」小徐擊節稱賞，嘗在段氏面前，誇美良佐，幾不絕口。段祺瑞牢記心中，適值馮國璋欲任李、陳，遂引薦良佐，使他督湘，一是好據住長江中權，抵制李、陳，二是好控御嶺南一帶，抵制滇、粵，這正是雙面顧到的良謀。好似弈棋一樣，你下一子，我亦下一子。馮亦不好忤段，因將李純督蘇，陳光遠督贛，傅良佐督湘，同日任命，頒發出來。段又欲貫徹初衷，定要與德宣戰，回應八十二回。因特開國務會議，解決此事。國務員統由段氏組織，自然與段氏融合，段倡議宣戰，哪個敢出來反對？當下隨聲附和，似乎有磨拳擦掌、氣吞德意志帝國的形狀。可笑。段祺瑞既得國務員同情，便以為眾志成城，正可一戰，遂即入告馮總統，請即下令。馮總統對著宣戰問題，本無甚麼成見，前次入京調停，也未嘗反對段議，應八十一回。明知中德遼遠，彼此不能越境爭鋒，段要宣戰，無非是虛張聲勢，何妨隨口應允，免傷感情。比黎菩薩較為聰明。