卻說永芹到了回疆，也是沒有擺布，雖不比斌靜荒淫，無如庸庸碌碌，總不能立平匪亂。張格爾卻外集黨羽，內通回戶，屢次騷掠近邊，清兵出塞，他即遠遁；又或詭詞乞降，變端百出，弄得永芹束手無策，因循遷延，直達三年。道光五年夏季，邊報張格爾大舉入寇，領隊大臣巴彥圖，自恃勇力，率兵二百人，出塞掩捕，走了四百里，並沒有張格爾蹤跡，他竟勃然大憤，行到布魯特地方，見有回眾游牧，率妻挈子，約有二三百人，遂縱兵殺將過去。回眾嚇得四散，只有青年婦女，黃口兒童，一時不能急走，被他見一個，殺一個，可憐這班無罪無辜的婦孺，都做了身首異處的屍骸。大約命中注定，要被巴彥圖殺死。巴彥圖憤已少泄，當下回軍，逾山越嶺而還，無復行列。誰知逃走的回民，因婦子被殺，哭訴回酋汰列克，汰列克大怒，領部眾二千名前來追襲，把巴彥圖圍住，十個殺一個，霎時間把清兵掃光，隨即與張格爾聯合進兵，勢甚猖獗。永芹無可隱諱，慌忙拜本乞援。道光帝召還永芹，令伊犁將軍慶祥往代。又命大學士長齡往代慶祥。
慶祥到喀什噶爾，召集司員章京及各城伯克會議。伯克中有個阿布都拉，自稱詳悉回務，慶祥便把張格爾情形，詳細問他。他卻說張格爾乃是假名，冒充和卓木後裔，前時乃是阿奇木王努斯謊報，遂至鬨動一時，為叢驅雀。參贊大人現到此處，不必勞動兵戈，只教聲明張格爾不是回裔，那時回眾自不去從他，亂事便可消滅了。慶祥信以為真，一面出示曉諭回民，一面奏劾阿奇木王努斯謊報的罪狀。純是囈語。張格爾得了此信，也恐眾心離散，帶了五百多人，突入回城，拜奠他先祖和卓木墳墓。回徒叫和卓墳為瑪雜，非常敬信。瑪雜在喀城外，距喀城約八十多里，乾隆時，大小和卓木被誅，所有喀城外舊存和卓等墓，仍奉旨令回戶看守，毋得樵採污穢，下此諭時，實是為了香妃。張格爾欲借祭祖為名，固結眾心，因有這番舉動，協辦大臣舒爾哈善，領隊大臣烏淩阿，忙入報慶祥。慶祥急召阿布都拉，阿布都拉已不知去向，想也去拜奠和卓墓了。頓時倉皇失措，還是舒烏兩人稟道：「張格爾深入喀境，非發兵驅逐不可。」慶祥點頭，命二人帶兵千餘名，去攻張格爾。朝發夕至，仗著銳氣，擊殺回眾四百人，張格爾退入大瑪雜內，倚著三重牆垣，誓死固守；復遣人出布謠言，說清軍要剷除聖墓，屠盡回族子孫。回民聞言大恐，遂聚集數千人，去救張格爾。舒、烏兩大臣，正圍攻瑪雜，忽見回眾如潮湧至，急分兵抵禦，不防張格爾也乘勢殺出，內外夾攻，把清兵殺得七零八落。舒大臣陣亡，烏大臣踉蹌奔回，入見慶祥。慶祥急調各營卡兵，盡集喀什噶爾，保守喀城。
張格爾倒還不敢進逼，飭人往浩罕國乞援。浩罕王摩訶末阿利，新即位，知人善任，威服附近哈薩克諸部，當時有百回兵不如一安集延的傳聞。安集延就是浩罕東城。張格爾聯約浩罕，俟得回疆西四城後，子女玉帛，情願公分，還許割讓喀城，作為酬勞。浩罕王大喜，即允發兵，令去使先回。張格爾知有後援，遂率軍大進，前哨到了渾河，探得喀域外面，只有三座清營，報知張格爾，張格爾道：「這麼說來，天山北路的清軍，尚未南下，我等趕緊前進方好。」遂下令渡河。
忽報浩罕王率兵親到，不由的驚疑道：「浩罕兵來得這般迅速，真出意外，我初意總道清兵大集，所以通使浩罕，乞師相助，現在喀城守兵甚少，旦夕可下，還要浩罕兵何用？」就想抵賴。隨遣使赴浩罕軍前，叫他不必前進。浩罕王憤怒，竟率軍渡河，圍攻喀城。張格爾卻止住不行，暗中密布兵隊，阻截浩罕王歸路。太覺陰險。浩罕王攻城數日，急切難下，又探知張格爾不懷好意，恐腹背受敵，乘夜遁回。才渡過渾河對岸，樹林中殺出一班回眾，大叫浩罕王休走，吃我一刀。浩罕王不瞧猶可，瞧了一瞧，正是張格爾，氣得無名火高起三丈，麾兵接戰，黑夜裡不辨回眾多少，越殺越多，只覺得四面八方，統是回子旗幟，憑爾安集延兵馬精銳，到此也心慌膽怯，敗陣而逃。浩罕王奪路走脫，還有安集延兵二三千名，被張格爾圍住，無可投奔，沒奈何繳械乞降。
張格爾收為親兵，進攻喀城，此時喀城外面的清營，抵禦安集延兵，已是數日，累得人疲馬倦，葯盡刀殘，哪裡禁得起張格爾這支生力軍，又復殺到，領隊大臣烏淩阿，穆克登布，統同戰歿。慶祥坐守孤城，左思右想，無能為計，只認定了一個死字，投繯自盡。還算忠臣。喀城無主，即被張格爾攻破，張格爾又分據英吉沙爾、葉爾羌、和闐三城。回疆西四城俱陷。
清廷連接警信，遣兵調將，忙個不了。聖旨下來，命署陝甘總督楊遇春為欽差大臣，統陝甘兵五千，馳赴回疆，會諸軍進剿。署陝西巡撫盧坤，赴肅州理餉。這旨方下，又接到伊犁將軍長齡急奏，內稱：「逆酋已踞巢穴，全局蠢動，喀城距阿克蘇二千里，四面回村，中多戈壁，斷非伊犁、烏魯木齊六千援兵，所能克複，懇請速發大兵四萬，以一萬五千分護糧台，以二萬五千進戰」等語。道光帝覽奏畢，即硃批授長齡為揚威將軍，頒給印信，軍營大小官員，悉聽節制，伊犁將軍職務，暫由德英阿代理。又命山東巡撫武隆阿，率吉林、黑龍江三千騎，出嘉峪關，與陝甘總督楊遇春，同為參贊大臣，進剿逆回。
統計回疆分八城，西四城已俱失陷，還有東四城未失，一名喀喇沙爾，一名庫車，一名烏什，一名阿克蘇。阿克蘇為東方屏蔽，張格爾遣兵入犯，直至渾巴什河，距阿克蘇只四十里，城中兵不盈千，人心惶惶，虧得辦事大臣長清，遣參將王鴻儀，領兵六百，扼住河岸，再戰再勝，回眾始卻。會援兵亦云集阿克蘇，東四城方得保全。
道光帝又飭長齡查辦歷任回疆各吏，長齡復奏斌靜、色普、征額、巴彥圖、綏善各人情狀，有旨拘斌靜、色普、征額下獄，擬斬監候，綏善充發黑龍江，巴彥圖濫殺僨事，不得因陣亡例，列入恤典。又詔令辦理糧餉大臣，定則例，繪圖說，核實開銷，不準妄費。並開回疆銅山，鑄普爾錢，撥烏里雅蘇台及伊犁各牧廠中牛馬橐駝，接濟軍用。自是回疆軍務，漸有起色。
道光七年，揚威將軍長齡，率步騎二萬二千名，由阿克蘇出發，一路進行，未見敵蹤。至洋阿巴特沙漠，時已半月，糧且食盡，方惶急間，忽探報五六里外，有敵營數座。長齡下令道：「我兵自阿克蘇到此，糧食將盡，現聞敵營已在前面，不乘此殺賊囤糧，尚待何時！」將士得了此令，個個摩拳擦掌，踴躍願往。長齡分軍士為三隊，自與楊遇春督率中軍，武隆阿領左翼，楊芳領右翼，三路進攻。回眾據岡迎敵，由高臨下，聲勢頗銳。清兵奪糧心急，不顧矢石，拚命殺上，回眾不能抵抗，紛紛潰竄，遺下牲畜糗糧，盡被清兵搬回。清兵得食，勇氣百倍，追至沙布都特，地多葦湖，回徒四處分扎，決水成沮，阻住清兵去路。長齡命步卒冒險越渠，用短兵接戰，復麾騎兵繞左右淺渠，橫截入陣。回營見清兵驟至，忙開銃迎擊，不料貯葯失火，把自己營帳燃著，那時救火都來不及，還有何心接仗。清兵趁勢殺入，射死回徒頭目，奪了回徒旗鼓，回眾又復四竄，追北數十里，擒馘萬計。
清兵復進至阿瓦巴特，見有偵騎數百，遇清兵，慌忙反走，長齡恐有埋伏，飭兵止追，夜遣吉林勁騎，從左右間道繞出敵後，次日方拔營齊進，用槍炮兵為前列，藤牌兵為後勁，沿途果遇埋伏，兩下酣斗，槍炮迭施，回眾也冒死撐拒。藤牌兵自清陣內驅出，個個穿著虎衣，躍入敵陣，回眾尚是死戰，怎奈回馬疑虎至，向後倒退，頓時轍亂旗靡。吉林勁騎，又從後面殺到，回眾大潰。安集延二帥，亦被清兵殺死。
清兵再進至渾河北岸，張格爾親率眾十餘萬，阻河列陣，橫亘二十餘里，築壘為蔽，鑿穴列銃，鼓角震天。長齡望見敵勢浩大，未免心怯，上文逐層敘來，長齡頗有韜略，此次見敵勢浩大，便自心怯，所謂一鼓作氣，再衰三竭者歟？忙與楊遇春商議，遇春道：「賊勢果然浩大，但我兵且堅壘不動，夜遣死士分擾敵營，不要殺入，只叫他擾亂賊心，使他自眩，便好相機進攻。」長齡依計而行，遂遣死士數百人，乘筏夜渡，鼓噪河中。張格爾屢出巡哨，喧囂達旦。次夜，長齡擬仍用疑兵，忽西南風起，撼木揚沙，天昏如墨，不辨南北，長齡急令退營。楊遇春入帳道：「大帥退營何故？」長齡道：「賊據形勢，逼近咫尺，且彼眾我寡，恐不相敵，倘因天昏地黑，渡河而來，四面蹙我，豈不要全軍覆沒么？所以我擬退營十餘里，俟明晨天霽，再進未遲。」總不脫一怯字。遇春道：「大帥所慮雖是，據愚見想來，乃是天助我兵的時候，要擒張格爾，就在今夜。」有膽有識。長齡不覺起立，便道：「參贊有何妙計？」遇春道：「賊軍雖眾，只知並作一隊，依壘自固，兵略疏淺，可想而知。我兵遠來，利在速戰，若與他隔河相持，今日不戰，明朝不攻，師老糧竭，那時不能進，不能退，反中了深溝高壘的賊計。現在天適昏暗，賊不防我急渡，我竟渡河過去，出其不意，攻其無備，不怕張格爾不敗。看楊某仗劍為大帥殺賊哩！