卻說嘉慶帝連得阿林保密疏，也未免疑惑起來，只因前時阮元等人，都極力保薦李長庚，且海上戰功，亦惟長庚居多，半信半疑，暫且留中不發，密令浙撫清安泰查復。清安泰雖不及阮元，恰不是阿林保的糊塗，但看他復奏一本的文詞，已略見一斑了。大旨說道：
長庚熟海島形勢，風雲沙線，每戰自持舵，老於操舟者不能及；且忘身殉國，兩載在外，過門不入，以捐造船械，傾其家資，所俘獲盡以賞功，故士爭效死；且身先士卒，屢冒危險，八月中剿賊漁山，圍攻蔡逆，火器雨下，身受多創，將士亦傷百有四十人，鏖戰不退，故賊中有「不畏千萬兵，只畏李長庚」之語。惟海艘越二三旬，即須燂洗，否則苔粘𢘗結，駕駛不靈，其收港並非逗留。且海中剿賊，全憑風力，風勢不順，雖隔數十里，旬日尚不能到也，是故海上之兵，無風不戰，大風不戰，大雨不戰，逆風逆潮不戰，陰雨濛霧不戰，日晚夜黑不戰，颶期將至，沙路不熟，賊眾我寡，前無泊地，皆不戰。及其戰也，勇力無所施，全以大炮相轟擊，船身簸蕩，中者幾何？我順風而逐，賊亦順風而逃，無伏可設，無險可扼，必以鉤鐮去其皮網，以大炮壞其舵牙篷胎，使船傷行遲，我師環而攻之，賊窮投海，然後獲其一二船，而余船已飄而遠矣。賊往來三省，數千里皆沿海內洋，其外洋灝瀚，則無船可掠，無嶴可依，從不敢往。惟遇剿急時，始間以為逋逃之地，倘日色西沉，賊直竄外洋，我師冒險無益，勢必回帆收港，而賊又逭誅矣。且船在大海中，浪起如升天，落如墜地，一物不固，即有覆溺之憂。每遇大風，一舟折桅，全軍失色。雖賊在垂獲，亦必舍而收泊，易桅竣工，賊已遠遁；數日追及，桅壞復然，故嘗累月不獲一賊。夫船者，官兵之城郭營壘車馬也。船誠得力，以戰則勇，以守則固，以迫則速，以沖則堅。今浙省兵船，皆長庚督造，頗能如式。惟兵船有定製，而閩省商船無定製，一報被劫，則商船即為敵船。愈高大，多炮多糧，則愈足齎寇。近日長庚剿賊，使諸鎮之兵，隔斷賊黨之船，但以隔斷為功，不以擒獲為功；而長庚自以己兵專註，蔡逆坐船圍攻，賊行與行，賊止與止；無如賊船愈大，炮愈多，是以兵士明知盜船貨財充足，而不能為擒賊擒王之計。且水陸兵餉，例止發三月，海洋路遠，往返稽時，而事機之來，間不容髮，遲之一日，雖勞費經年，不足追其前效，此皆已往之積弊也。非盡矯從前之失，不能收將來之效；非使賊盡失其所長，亦無由攻其所短，則岸奸濟賊之禁，尤宜兩省合力，乃可期效。謹奏。
這篇奏牘，說得剴切真摯，把李長庚一生經濟，及海上交戰情形，統包括在內。確是前清奏牘中罕見之作。嘉慶帝覽了此奏，方悉阿林保妒功情狀，下旨切責。略說：「阿林保甫蒞任旬月，專以去長庚為事，倘聯誤聽讒言，豈非自殺良將？嗣後剿賊事宜，責成長庚一人，阿林保不得掣肘！若再忌功誣劾，玉德就是前車之鑒。」諭旨也算嚴切，無如巨奸未去，忠臣總無安日。並飭造大梭船三十艘，未成以前，先雇大商船助剿。阿林保見彈劾無效，反遭詰責，氣得暴跳如雷，獨自一人亂叫道：「有我無長庚，有長庚無我，我總要他死。他死了，方出我胸中的氣。」遂飛檄催戰。
原來清廷定例，總督多兼兵部尚書職銜，全省水陸各軍，統歸節制。長庚雖總統水師，不能不受阿林保命令。長庚方思修理船隻，整備軍械，為大舉出洋的計畫，那阿林保的催戰文書，三日一道，五日兩道，長庚休戰，不到一月，他恰下了十數道檄文。秦檜用十二金牌，促岳武穆班帥，阿林保恰用十數道檄文，促李忠毅出戰，行跡不同，用心則一。長庚嘆道：「我不死在海賊手裡，也難逃奸臣計中，看來不如與賊同死罷！」遂召集諸將克日出師，一面修好家書，寄與夫人吳氏，內說：「以身許國，不能顧家。」並將落齒數枚，一同緘固，著人送回家中。這次出發，憑著一股怒氣，駛船出港。敵船見長庚出來，望風趨避，都逃至粵海中。長庚追至竿塘，方尋著敵船數只，接連放炮，擊壞敵船兩艘，活擒盜目一名，系是蔡牽侄兒，名叫天來。蔡牽因長庚至粵，復北航至浙，長庚也追到浙江，到溫州海面，把他擊敗。他又自浙竄粵，自粵竄閩，盤旋海上，長庚只是不舍。遇著了他，便首先沖陣，不管死活，與他爭戰，弄得蔡牽走投無路，連敗數次。
嘉慶十二年，命總兵許松年等擊朱濆，自率精兵專剿蔡牽，朱濆被許松年擊敗，勢已窮蹙，長庚亦連敗蔡牽數陣，蔡牽只剩得海船三艘，長庚擬一鼓殲敵，檄福建水師提督張見升一同窮追。蔡牽逃至黑水洋，長庚率水師追及，蔡牽逃無可逃，與長庚決一死戰。長庚親自擂鼓，督眾圍攻，約戰了兩個時辰，牽船上的風帆，觸著彈子，霎時破裂，長庚令兵士乘勢縱火，直逼牽船後艄，火勢炎炎，燔及牽船，兵士各握著兵器，想隨著火勢，撲將過去。猛聽得蔡牽船後，一聲炮發，彈丸穿入長庚船中，兵士向後一顧，見統帥長庚，已跌倒在船板上，連忙施救，咽喉中已鮮血直流，無可救藥。阿林保聞報，諒必得意非凡。軍中失了主帥，自然慌亂。本來張見升跟著後面，不妨過船代督士卒，少持半日，即可殲賊，誰知他是阿林保心腹，不愁蔡牽生，但願長庚死，當下便引船徑退，眾兵船亦相率退駛。蔡牽帶了殘船三艘，竟遁安南。這信傳達京師，嘉慶帝大為震悼，何益？特旨追封壯烈伯，賜謚忠毅，飭地方官妥為保護，送柩回籍，俾立專祠。已經死了，特恩何用？隨命長庚裨將王得祿、邱良功二人，升任提督，分率長庚舊部，叫他同心敵愾，為長庚報仇。
是時蔡牽、朱濆，俱已勢衰力竭，閩督又改任方維甸，浙撫又重任阮元，軍機大臣復換了戴衢亨，將相協力，內外一心，殲除這垂亡小丑，自然容易得很。許松年在閩海擊斃朱濆，濆弟朱渥，率眾乞降。王、邱二提督，聞松年已立大功，自己恐落人後，隨慷慨誓師，決擒蔡牽，蔡牽已招集殘眾，再入閩浙海面，直到定海的漁山，二提督躡蹤追剿，乘著上風，奮呼轟擊，轉戰至綠水洋，天已昏黑，縱火燒賊舟，不想風浪大起，蔡牽復乘浪脫走。二提督憤極，當晚商議，邱良功對王得祿道：「前日臨行時，撫帥阮公，曾教我等分船隔攻，專註蔡逆，明日要擒蔡牽，須用此策。」王得祿道：「此計甚好。」次晨復出師窮追，蔡牽一見即逃，駛出黑水洋，邱良功趕忙追上，令艦隊各自分堵，自己坐的船，與蔡牽坐船並列，專攻蔡牽。王得祿坐船亦至，與邱良功船並列，接應邱良功。兩下里誓死猛撲，煙硝蔽天，忽良功坐船上的風篷，與蔡牽坐船上的風篷，結成一塊，蔡眾持著長矛，將良功的風篷扯毀，復用椗札住良功坐船。良功大喝一聲，執了雪亮的寶刀，去劈敵椗，說時遲，那時快，敵眾的長矛，已刺入良功腳上，血流如注。良功部下，見主帥受傷，毀椗脫出。蔡牽正思逃走，王得祿又揮眾直上，彈如貫珠，蔡牽仍誓死抵拒，戰至日暮，牽船中彈丸已盡，待別舟相援，又被閩浙二軍隔住，自顧不暇。王得祿料敵勢已蹙，縱火焚牽船尾樓，忽身上中了數顆炮彈，雖覺得疼痛，卻沒有彈丸的猛烈。仔細一瞧，並不是彈丸，那是外洋通用的銀圓。得祿大呼道：「賊船內彈藥已完，打過來統是銀圓，不能傷人。軍士替我儘力向前，擒渠受賞。」軍士一看，果見船板上面，銀圓爆入不少，頓時膽子愈壯，氣力愈大，一面放火，一面用槍矛鉤斷牽船篷桅。牽知無救，遂首尾舉炮，將坐船自裂，連人連船，沉落海中。積年逋寇，逃入龍王宮裡去躲避，餘黨大半乞降。王得祿、邱良功收兵而回，忙用紅旗報捷。詔封王得祿二等子，邱良功二等男，於是閩浙二洋，巨盜皆滅。若敘首功，當推李長庚第一，阮元為次。粵洋尚存幾個艇盜，被粵督百齡嚴斷接濟，飭兵搜剿，弄得個個窮蹙，情願投誠乞命，粵盜亦平。
嘉慶帝內懲教匪，外懲海盜，遂下旨嚴禁西洋人刻書傳教，適粵民陳若望，私代西洋人德天賜，遞送書信地圖，事發被拿，下刑部訊鞫，究出傳教習教多人，遂把德天賜充發熱河，幽禁額魯特營房，陳若望充發伊犁，給額魯特人為奴，傳教習教一干人犯，亦照例充配。過了數年，西洋人蘭月旺，又潛入湖北傳教，被耒陽縣查悉，將他獲住，解入省中，報聞刑部，又照律治罪，處以絞決。教案萌芽。
這時候，英吉利人屢乞通商，亦奉旨批斥，忽廣東沿海的澳門島外，來英艦十三艘，艦長叫作度路利，投書粵督，聲明願協剿海寇，只求通商為報。粵督吳熊光，以海寇漸平，抗詞拒絕，英艦仍逗留未去，反入澳門登岸，分據各炮台。熊光據事奏聞，有旨責熊光辦理遲延，革職留任。並說：「英艦如再抗延，當出兵剿辦。」熊光通知英將，英將乃起椗回國。五口通商之朕兆。
已而英國復遣使臣墨爾斯，直入京師，與政府直接交涉，願結通商條約，清廷迫他行跪拜禮，他恰不從，當即驅逐回國。英人未識內情，暫時罷手，清廷還道是威震五洲，莫余敢侮。夜郎自大。嘉慶帝方西幸五台，北狩木蘭，消遣這千金難買的歲月，到嘉慶十六年，彗星現西北方，欽天監奏言星象主兵，應