卻說達瓦齊就俘後，清師奉旨凱旋，只留班第、鄂容安二人，帶了隨兵五百名，與阿睦撤納，辦理伊犁善後事宜。阿睦撤納移檄鄰部，諱言降清，陽稱清廷命他統領各番，來平此地；又暗囑黨羽四布流言，欲安准部，必須立阿睦撤納為大汗。班第、鄂容安遣使密奏，乾隆帝亦付他密旨，令誘誅阿睦撤納。看官！你想阿睦撤納率眾西行，已似大魚縱壑，哪裡還肯來入網呢？況班第、鄂容安，手下只有五百名隨兵，也不好冒昧舉事。接了朝旨，按住不發，惟促阿睦撤納入朝。阿睦撤納竟號召徒眾，來攻班第、鄂容安。班第、鄂容安且戰且走，馳了三百餘里，死的死，逃的逃，只剩了數十騎，番兵卻有數千追來，班第料不能脫，拔刀自刎，鄂容安也只得步他後塵了。這是乾隆帝害他。
是時定西將軍永常，已奉朝旨出駐木壘，聞報番兵大至，退兵巴里坤，移糧哈密，因此阿睦撤納，聲焰愈盛。清廷逮回永常，命公爵策楞前代，玉保富德、達爾黨阿為參贊，出巴里坤進剿。玉保分軍先進，忽有番卒來報，阿睦撤納已由他部下諾爾布擒獻，玉保大喜，即向策楞處報捷。策楞也不辨真偽，飛章奏聞，不想過了數日，毫無影響。將軍參贊，先後馳至伊犁，阿睦撤納，已遠颺至哈薩克了。原來阿睦撤納聞大兵前進，恐不能敵，特差了番卒，馳到清營，假稱被擒，他卻望西遁去。策楞玉保中了他的緩兵計，到了伊犁，你怨我，我怨你，怨個不了，總歸無益。策楞玉保統是沒用人物，還虧阿睦撤納不用誘敵計，只用援兵計，尚得安抵伊犁。
乾隆帝聞知消息，復將策楞、玉保革職。令達爾黨阿為將軍，飛速追剿，又命巴里坤辦事大臣兆惠，為定邊右副將軍，出兵赴援，滿望旗開得勝，馬到成功。誰知達爾黨阿，到哈薩克邊界，又被阿睦撤納騙了一回，佯稱哈薩克汗願擒獻阿酋。往返馳使，仍無要領，額魯特三部新封台吉，反一律謀變，與阿睦撤納通同一氣。阿睦撤納間道馳還，大會諸部。這達爾黨阿還在哈薩克邊境，檄索罪人，正是可笑。只定邊右副將軍兆惠，率兵千五百人，已至伊犁，探得額爾特諸部，已皆叛亂，自知孤軍陷敵，不能久駐，忙領兵馳回。沿途一帶，統是敵壘，兆惠拚命衝突，走一路，殺一路，殺到烏魯木齊，刀也缺了，彈也完了，糧也盡了，可憐這等兵士，身無全衣，足無全襪，每日又沒有全餐，只宰些瘦駝疲馬，勉強充饑，正苦得了不得。老天又起風下雪，非常嚴冷，兆惠想遣人乞援，也不知何處有清兵，驛傳聲息，到處隔斷。忽聞番兵又踴躍前來，把烏魯木齊圍得鐵桶相似，兆惠泣向軍士道：「事已至此，看來我輩是不得活了。但死亦要死得合算，狠狠的殺它一場，方值得死哩。」軍士道：「大帥吩咐，安敢不從！但糧盡馬疲，奈何？」正在危急，忽東北角鼓聲喧天，有一支兵馬到來，兆惠登高一望，遙見清軍旗幟，不禁大喜，謝天謝地。番兵見援兵已到，不知有多少大兵，一聲吆喝，解圍而去。番眾實是無能。兆惠出寨迎接，乃是侍衛圖倫楚，因兆惠久無音信，率兵二千來探信息，無意中救了兆惠。兆惠與他握手進營，住了一日，便同回巴里坤。當下飛書告急。
乾隆帝命逮達爾黨阿回京，授超勇親王策凌子成袞扎布，為定邊左副將軍，出北路，仍令兆惠出西路往剿。此次兆惠懲鑒前轍，挑選精騎，帶足糧草，誓師進發，決平叛寇。巧值綽羅斯部噶爾藏汗，被兄子噶爾布篡弒，噶爾布又被部下達瓦殺死。輝特和碩特兩部中，痘疫盛行，多半死亡，兆惠趁這機會，殺將過去，好像摧枯拉朽一般。番眾戰一陣，敗一陣，諸部酋長先後敗死，阿睦撤納又弄得倉皇失措，急急如喪家犬，漏網魚，仍竄至哈薩克。兆惠率兵窮追，到哈薩克界，哈薩克汗阿布賚，遣使至軍，願擒獻阿睦撤納。兆惠對來使道：「你主願擒獻阿逆，須於三日內繳到，過了三日，本將軍恰是不依，驅兵進攻，玉石俱焚，那時不要後悔！」來使唯唯而去。越二日，哈薩克又遣使到軍，報稱：「阿睦撤納狡黠萬狀，我國正欲擒獻，不料被他走脫，逃入俄羅斯去了。現奉汗命，前來請罪，並貢獻方物，仰求大帥赦宥！」兆惠見他惶迫情狀，料知語言無欺，只得略加訓斥，命他回去。一面即飛奏清廷，由理藩院行文俄國，索交叛酋。後來俄國飭人搜捕，阿睦撤納已患痘身亡，只把屍首送交清吏。於是命成袞扎布歸鎮烏里雅蘇台，留兆惠搜剿餘孽。自乾隆二十二年至二十五年，清兵先後追剿，自山谷僻壤及川河流域，沒一處不尋到，沒一處不搜滅，統計額魯特二十餘萬戶，出痘死的約四成，竄走俄羅斯、哈薩克等處約二成，被清兵剿滅的約三成，還有一成編入蒙古籍，不過二萬戶，而且婦女充賞，丁壯為奴，額魯特遺民，自此寥落了。阿睦撤納料是絕大的掃帚星轉世。
准部既平，清廷乃畫疆分土，設官築城，駐防用滿兵，屯糧用旗兵，特簡任伊犁將軍，作了一個統轄的元帥。天山北路，方入清室版圖，免不得鐫碑勒石，旌德表功，費了幾個儒臣筆墨，成了幾篇煌煌大文，這也不消細說。
但乾隆帝得隴望蜀，平了准部，又想南服回疆。這回疆就在天山南路，與准部只隔一山，起初系元太祖次子察哈台領土，傳了數世，回教祖摩訶末子孫，由西而東，爭至天山南路，生齒漸蕃，喧客奪主，察哈台的後裔，反弄到沒有主權。因此天山南路，變作回疆。康熙時，噶爾丹強盛，舉兵南侵，把元裔諸汗，遷到伊犁，並將回教頭目阿布都實特，亦拘去幽禁。噶爾丹敗死，阿布都實特脫身歸清，聖祖賞他衣冠銀幣，遣官送到哈密，令還故地。阿布都實特死，其子瑪罕木特，想自立一部，不受準噶爾約束。策妄又遣兵入境，將瑪罕木特及他兩個兒子，統拿至伊犁，幽禁起來。及清將軍班第等到伊犁後，瑪罕木特已死，長子那布敦，次子霍集占，尚被拘縶。班第奏聞清廷，得旨釋那布敦歸葉爾羌，令他統轄舊部，留霍集占居住伊犁，職掌教務。不到數月，阿睦撤納謀反，准部復亂，霍集占反率眾助逆，等到清副將軍兆惠，攻入伊犁，阿睦撤納西走，霍集占亦遁入回疆。兆惠剿平準部，奏遣副都統阿敏圖，南往招撫。
這個那布敦膽子頗小，願遵清朝指揮，偏偏胞弟霍集占，自北路遁歸，諫那布敦道：「我遠祖摩訶末，聲靈赫濯，天下聞名，傳到我輩子孫，反受人家壓制，真是惶愧萬分。現在准部已亡，強鄰消滅，不謀獨立，更待何時？」語頗不錯，可惜不度德，不量力。那布敦道：「清兵來攻，如何抵擋？」霍集佔道：「清軍新得准部，大勢未定，料他無暇進兵，就使率軍南來，我也可據險拒守，等他兵疲糧絕，逃去都來不及，怕他什麼？」那布敦尚在遲疑，霍集占又道：「哥哥若要降清，恐怕從今以後，世世要做奴僕過去，他要我的金錢，我只得將金銀奉去，他要我的妻子，我只得將妻子送去，他要我的頭顱，我也只得把頭顱獻去。我們兄弟兩人，還有安靜的日子么？」我亦要問霍集佔道，你不降清，金銀管得住么？妻子守得牢么？頭顱保得定么？這叫做自去尋死。那布敦被他說得動心，遂依了阿弟的計畫，錯了，完了。便召集回眾，自立為巴圖爾汗，傳檄各城，戒嚴以待。
回戶數十萬眾，向來迷信宗教，因那布敦兄弟，確是摩訶末後裔，稱他為大小和卓木，和卓木三字，乃是回語，譯作漢文，便是聖裔的意義，至此得了聖裔的檄文，自然望風響應。只庫車城主鄂對，恐怕強弱不敵，率了黨羽，擬奔伊犁，途次與阿敏圖相遇，仍令迴轉庫車，同去招撫。不料霍集占聞鄂對出走，已遣部下阿布都馳到庫車，把鄂對親族一一殺死，登陴固守。鄂對聞報，大哭一場，嗣與阿敏圖商議，請亟歸伊犁，添兵復仇。阿敏圖道：「我是奉命招撫，今不見叛眾，便想回去，叫我如何對將軍？」鄂對再三諫阻，阿敏圖只是不從，也是一個不識時務。且令鄂對先回伊犁。他只帶了百餘騎，馳到庫車，阿布都誘他入城，一陣亂剁，憑你阿敏圖如何忠誠，也入閻羅寶殿去了。清廷因兆惠剿撫准部，尚未竣事，別命都統雅爾哈善為靖逆將軍，率兵征回。雅爾哈善自吐魯番進攻庫車，大小和卓木引軍數千，越大戈壁來援，與清兵戰了兩次，都被打得落花流水，大小和卓木，退入城中。清兵乘勢圍攻，城堅難拔，提督馬得勝，募敢死兵六百名，暗掘地道，晝夜不息。將及城中，守兵聞地下隱有響聲，料是穿穴，便循途按索，到了城腳邊，掘下一洞，適通地道守兵，把草塞住，用火燃著，煙焰沖入穴中。可憐六百個清兵，不能進，不能退，都被燒得烏焦巴弓。好像竹管里煨泥鰍。雅爾哈善經此大創，不敢力攻，大小和卓木乘機遁還，阿布都也率眾逃去。
清兵只得了一個空城，乾隆帝聞知大怒，飭將雅爾哈善、馬得勝等，盡行正法，仍命兆惠移師南征。兆惠檄調各路兵，尚未到齊，因朝旨催促，即率步騎四千餘先進，過了天山，收復沙雅爾、阿克蘇、烏什等城，住阿克蘇城數日。後兵未至，兆惠性急如火，留副將軍富德駐阿克蘇，等待後軍，他竟帶了二三千人，冒險前行。途中偵知大和卓木那布敦，在葉爾羌，小和卓木霍集佔在喀什噶爾，乃再分兵八百名，使副