1965—1966
多年之後，加西亞·馬爾克斯回憶到，回家後的第二天，他一如往昔地坐在打字機前，唯一不同的是，「這次我十八個月都沒有起身」。 事實上，這次他只花了一年多一點兒的時間寫作，從1965年7月到1966年8月，其中包括好幾次中斷，但他總是說自己花了十八個月的時間，又或許這個故事其實耗費他十八年的時間。他告訴普利尼奧·門多薩，當時最大的問題是「開頭，我記得非常清楚，費盡千辛萬苦完成第一個句子之後，我害怕地問自己接下來會發生什麼事。事實上，直到帆船在叢林間被尋獲時，我都還不知道這本書接下來的走向。然而就在那個情節轉折之後，整個過程又變得令人目眩神迷，我也開始樂在其中」。
換句話說，等他進行到大約第十頁，第一代的何塞·阿爾卡蒂奧·布恩迪亞在熱帶叢林里找到帆船以後，他才理解這段魔幻旅程不會那麼快結束。行筆至此，他總算能鬆口氣。這樣的情形在第一個星期特別明顯，當時他還處於休假的心態之中。他逐漸地放下過去五年的包袱，預計用打字機寫完八百頁的稿紙，最後則減少為四百頁，結果還算估計得差別不大。在這四百頁的稿紙里，他訴說了布恩迪亞家族四代的故事，這個家族在19世紀來到哥倫比亞一個名為馬孔多的地方，他們以困惑、頑固、執迷、黑色幽默經歷了哥倫比亞百年的歷史。這個家族從宛若嬰孩的純真，經歷男女成長的各種階段，以及隨之而來的墮落，在故事的最後一頁，布恩迪亞家族的最後一名成員被颶風席捲而去。自從這本書問世之後，書評家就不斷地猜測這個結局的意義何在。書中主要六位主角從一開始就出場，主宰了前半部的故事走向，包括建立了馬孔多的何塞·阿爾卡蒂奧·布恩迪亞；他的妻子烏爾蘇拉不僅是整個家族的支柱，也縱貫全書；他們的大兒子何塞·阿爾卡蒂奧與次子奧雷里亞諾上校——後者被視為書中的主角；自小備受折磨，長大後同樣受苦的女兒阿瑪蘭妲；吉卜賽人梅爾基亞德斯不斷帶來外界的消息，最後定居在馬孔多。哥倫比亞的歷史經歷了兩次翻天覆地的變遷，即「千日戰爭」以及1928年發生於謝納加的香蕉工人屠殺事件，後者是加西亞·馬爾克斯童年時期重要的事件。
加西亞·馬爾克斯一直希望寫出阿拉卡塔卡的家族傳奇，但把阿拉卡塔卡改名為馬孔多；如今他在寫的這本書的確是以阿拉卡塔卡為背景的家族傳奇，只是重新命名為馬孔多。然而，這已不僅只是尼古拉斯·馬爾克斯上校的家族，如《枯枝敗葉》里沉浸於懷舊之中、渴望名留青史，如今待以蔑視的諷刺態度視之；這也是加夫列爾·埃利希奧·加西亞的家族，飽受世人的嘲弄與批評，在戲謔中時而溫暖，時而譏諷。寫下這本書的，不是那二十歲時寫下《家》的加西亞·馬爾克斯，而是通過一種奇妙的方式，由他心中的小男孩兒執筆，由二十歲的加西亞·馬爾克斯以懷舊的心情回顧小男孩兒的體驗；與小男孩兒手牽手的不是馬爾克斯上校，而是如今將近四十歲的家居男人，飽讀世界文學、歷盡滄桑的加西亞·馬爾克斯自己。
加西亞·馬爾克斯的身上到底發生了什麼事？經過了這麼長的時間之後，為什麼如今他總算可以下筆？在靈光乍現的那一剎那，他總算明白，與其寫一本關於童年的書，不如寫下他的童年記憶；與其寫一本關於真實的書，不如寫下真實所呈現出來的樣貌；與其寫下阿拉卡塔卡與當地人的生活，不如寫下他們眼中所看見的世界；與其讓阿拉卡塔卡在他的書中復活，不如以說故事的方式向它告別——不僅通過當地人的觀點，也通過所有發生在自己身上的故事，通過他所理解的世界、過去的他，也通過他身為20世紀末拉丁美洲人所體會到的一切。換句話說，與其把阿拉卡塔卡與那間房子從世界中抽離出來，不如帶領世界進入阿拉卡塔卡。除此之外，在情感上，與其喚醒尼古拉斯·馬爾克斯的鬼魂，不如讓他自己成為尼古拉斯·馬爾克斯。
他所從中感受到的，是千百個角度、不同層面的如釋重負，生命中所有的努力、痛苦、失敗、挫折都得到纖解；在這段無與倫比的創作過程中，他得到了解放、自我認同與肯定，從寫作一開始他就知道——真切地知道—— 這部作品獨一無二、極有可能成為不朽之作；隨著愈發激動的創作過程，這本書也開始展現出屬於故事本身龐大的格局。在寫作的過程中，當然對作者本身也散發出魔幻、神奇、欣喜的感受，稍後對讀者而言亦如是。如此這般的體驗把文學創作的魔力提升到最高的境界。不僅如此，最重要的是這本書還具有療愈性：馬爾克斯不再心心念念、瘋狂執迷地嘗試重現記憶中不同的事件，而是以自己的方式重新整理了聽來的故事、過去的經驗，讓整個故事以作者希望的方式呈現。因此，這本書的確充滿了魔幻、神奇、欣喜——治癒了他許多的苦痛。
於是，那個曾經一天只寫一段文章的人，如今每天寫好幾頁。那個曾經顛三倒四、不管故事順序結構的男人，如今如同上帝塑造地球成形般按部就班、一章接著一章地寫下去。那個每次寫作都被故事轉折、角色走向折磨得死去活來的人，如今戲耍起自己的生命經歷：把外公、父親與自己結合，把特蘭基利娜、路易莎·聖蒂雅嘉與梅塞德斯融合；許多角色里都有路易斯·安立奎和瑪歌的影子；他把祖母變成特娜拉；把塔奇雅寫進阿瑪蘭妲·烏爾蘇拉的角色里；把整個家族歷史與拉丁美洲的歷史合二為一，把他所知所有拉丁美洲文學中重要的元素——博爾赫斯、阿斯圖里亞斯、卡彭鐵爾、魯爾福——結合《聖經》、拉伯雷、《西班牙侵略史記》、歐洲騎士故事、笛福、伍爾芙、福克納、海明威。難怪他覺得自己像個鍊金術士，難怪他把自己——加西亞·馬爾克斯——以及諾斯特拉達姆斯、博爾赫斯融入偉大的作家（發明家）梅爾基亞德斯這個角色中，另一位把自己關進小房間里的天才，在文學這個世界裡把整個宇宙濃縮在充滿魔法的空間里，穿越了歷史與永恆。簡而言之，他所做到的不只是綜合了所有的元素，更重要的（根據許多人的說法，這是他成功地寫出作品被譽為拉丁美洲《堂吉訶德》的原因）是面對、結合這鮮為人知的、不凡的、增加生活樂趣的拉丁美洲中兩個主要、互相矛盾的特質；在侵略與暴力、悲劇與失敗這些晦暗故事的另一面，是嘉年華會的精神、拉丁美洲人民的藝術與音樂，即使在最黑暗的角落也能夠頌讚人生，在最平凡的事物上找到快樂，這樣的快樂對於許多拉丁美洲人而言不僅是受壓制與失敗時的安慰，而是預見更好的世界，對他們而言總是非常的接近；他們不只藉由他們的革命頌讚，也藉由日常生活的歡樂禮讚。後來，加西亞·馬爾克斯當然否認這種野心勃勃的意圖，「我從來沒有意識到任何意圖」，他在1973年告訴伊蓮娜·波妮娃托斯卡，「我只是個說故事、講古的人。」
到了9月的第一個星期，他已經大有進展。他很快發現自己需要百分之百地投入創作，必須暫停其他活動。一面寫書一面在廣告公司工作讓他非常痛苦，於是，他決定放棄兩份支付薪水的工作和固定的社交生活。對於一位有家庭的男人而言，這是非常大的賭注。
小說的故事背景設定在化名馬孔多的阿拉卡塔卡，但如今馬孔多已經成為整個拉丁美洲的代名詞。他對拉丁美洲了解甚深，不過他也曾經在舊世界中生活，親眼見證資本主義世界裡的自由民主，及其與新社會主義國家如蘇聯之間的差異。他也曾住在蘇聯歷史勁敵國家最具象徵意義的城市裡，這個國家不但正在界定世界的未來，並在過去超過半個世紀的時間裡牽制、主宰拉丁美洲的命運——也就是美國。這個人非常了解這個世界，早在我們開始回顧他對於文學的理解之前，他已經對此知之甚詳。
馬孔多已經成為哥倫比亞或拉丁美洲任何一個小鎮最鮮活的形象（或者，如同非洲與亞洲的讀者後來所證實的，第三世界最鮮活的形象），進而象徵任何一個受歷史力量擺布、無法控制自己命運的小鎮。
如同現今呈現於世人眼前的，《百年孤獨》這個傳奇故事訴說的是一個家族的故事，他們於19世紀從瓜希拉遷徙至非常類似阿拉卡塔卡的小鎮。故事裡的父親何塞·阿爾卡蒂奧·布恩迪亞在榮譽與男子氣概的影響下殺了他的至交，在朋友鬼魂的糾纏下被迫離開家鄉。何塞·阿爾卡蒂奧建立了一個名為馬孔多的小鎮，他與堅韌的妻子烏爾蘇拉在此蓋了一棟房子，並成為當地公認的領袖。他們有三個小孩兒，分別是阿爾卡蒂奧、奧雷里亞諾與阿瑪蘭妲，並隨著時間的演進增加了一些角色。透娜拉是家中僕人之一，幾年下來與家族數名男子都曾發生過關係，混亂的性行為導致布恩迪亞家族最恐怖的夢魘，最後因為亂倫而生下帶有豬尾巴的小孩兒，造成整個家族的滅絕。吉卜賽人時常來訪，其中一個特別精明、聰明的傢伙叫梅爾基亞德斯，最後在馬孔多待了下來，並住進布恩迪亞家族的房子。故事裡也有不受歡迎的訪客——波哥大（書中未明述）的政府派來的政治與軍事代表，以控制這個淳樸