卻說張居正既握朝綱，一意尊主權，課吏治，立章奏，考成法，定內外官久任法。百司俱奉法守公，政體為之一肅。兩宮太后，同心委任，凡遇居正進謁，必呼先生，且雲皇上若有違慢，可入內陳明，當為指斥云云。於是居正日侍經筵，就是講解音義，亦必一一辨正，不使少誤。某日，神宗讀《論語·鄉黨篇》，至「色勃如也」句，「勃」字誤讀作「背」字，居正在旁厲聲道：「應作勃字讀。」神宗嚇了一跳，幾乎面色如土。同列皆相顧失色，居正尚凜凜有怒容。後來奪官籍家之禍，即基於此。嗣是神宗見了居正，很是敬畏。居正除進講經書外，又呈入御屏數幅，各施藻繪，凡天下各省州縣疆域，以及職官姓名，均用浮簽標貼，俾供乙覽。一日講筵已畢，神宗問居正道：「建文帝出亡，做了和尚，這事果的確否？」居正還奏道：「臣觀國史，未載此事，只聞故老相傳，披緇雲遊，題詩田州寺壁上，約有數首，有『流落江湖四十秋』七字，臣尚記得。或者果有此事，亦未可知。」神宗嘆息數聲，復命居正錄詩以進。居正道：「這乃亡國遺詩，何足寓目！請錄皇陵石碑，及高皇帝御制文集，隨時備覽，想見創業艱難，聖謨隆盛呢。」神宗稱善。至次日，居正即錄皇陵碑文呈覽。神宗覽畢，即語居正道：「朕覽碑文，讀至數過，不覺感傷欲泣了。」居正道：「祖宗當日艱難，至於如此。皇上能效法祖宗，方可長保大業哩。」乃申述太祖微時情狀，及即位後勤儉等事。神宗愴然道：「朕承祖宗大統，敢不黽勉，但也須仗先生輔導呢！」由是累有賞賜，不可勝紀。最著的是銀章一方，鐫有「帝賚忠良」四字。又有御書匾額兩方，一方是「永保天命」，一方是「弼予一人」。
居正以在閣辦事，只有呂調陽一人，不勝煩劇，復引薦禮部尚書張四維。四維嘗饋問居正，四時不絕，所以居正一力薦舉。向例入閣諸臣，嘗雲同某人等辦事，至是直稱隨元輔居正等辦事。四維格外謙恭，對著居正，不敢自稱同僚，彷彿有上司屬吏的等級，平時毫無建白，只隨著居正拜賜進宮罷了。卑屈至此，有何趣味。惟四維入閣後，禮部尚書的遺缺，就用了萬士和。士和初官庶吉士，因忤了嚴嵩，改為部曹，累任按察布政使，並著清節，及入任尚書，屢上條奏，居正頗嫉他多言。會擬越級贈朱希忠王爵，士和力持不可，給事中余懋學，奏請政從寬大，被居正斥他諷謗，削籍為民。士和又上言懋學忠直，不應摧抑，自遏言路。種種忤居正意，遂令給事中朱南雍，奏劾士和，士和因謝病歸休。
適薊州總兵戚繼光，擊敗朵顏部長董狐狸，生擒狐狸弟長禿，狐狸情願降附，乞赦乃弟。繼光乃將長禿釋回，酌定每歲貢市，一面由巡按遼東御史劉台，上書奏捷。居正以巡按不得報軍功，劾台違制。台亦抗章劾居正，說他擅作威福，如逐大學士高拱，私贈成國公朱希忠王爵，引用張四維等為爪牙，排斥萬士和、余懋學等，統是罔上行私的舉動，應降旨議處等情。居正自入閣秉政，從未遇著這種彈章，見了此疏，勃然大怒，當即具疏乞歸。神宗急忙召問，居正跪奏道：「御史劉台，謂臣擅威福，臣平日所為，正未免威福自擅呢。但必欲取悅下僚，臣非不能，怎奈流弊一開，必致誤國。若要竭忠事上，不能不督飭百官。百官喜寬惡嚴，自然疑臣專擅。臣勢處兩難，不如恩賜歸休，才可免患。」說至此，隨即俯伏，泣不肯起。無非要挾。神宗親降御座，用手掖居正道：「先生起來！朕當逮問劉台，免得他人效尤。」居正方頓首起謝。當下頒詔遼東，逮台入京，拘系詔獄，嗣命廷杖百下，擬戍極邊。居正反上疏救解，故智復萌。乃除名為民。未幾，遼東巡撫張學顏，復誣劾台匿贖鍰，想是居正嗾使。因復充戍潯州。台到戍所，就戍館主人處，飲酒數杯，竟致暴斃。這暴斃的情由，議論不一，明廷並未詰究，其中弊竇，可想而知，毋庸小子贅說了。不說之說，尤勝於說。
到了萬曆五年，居正父死，訃至京師。神宗手書宣慰，又飭中使視粥止哭，絡繹道路，賻儀格外加厚，連兩宮太后，亦有特賻，惟未曾諭留視事。時李幼孜已升任戶部侍郎，欲媚居正，首倡奪情的議論。馮保與居正友善，亦願他仍然在朝，可作外助，遂代為運動，傳出中旨，令吏部尚書張瀚，往留居正。居正也恐退職以後，被人陷害，巴不得有旨慰留，但面子上似說不過去，只好疏請奔喪，暗中恰諷示張瀚，令他奏留居正。瀚佯作不知，且云：「首相奔喪，應予殊典，應由禮部擬奏，與吏部無涉。」居正聞言，很是忿恨。又浼馮保傳旨，責瀚久不復命，失人臣禮，勒令致仕。於是一班趨炎附勢的官員，陸續上本，請留首輔，奏中大意，無非把移孝作忠的套話，敷衍滿紙。移孝作忠四字，豈是這般解法。居正再請終制，有旨不許。又請在官守制，不入朝堂，仍預機務，乃邀允准。連上朝都可免得，是居正死父，大是交運。居正得遂私情，仍然親裁政務，與沒事人一般。
會值日食告變，編修吳中行，及檢討趙用賢，刑部員外郎艾穆，主事沈思孝等，應詔陳言，均說居正忘親貪位，煬蔽聖聰，因干天變云云。居正得了此信，憤怒的了不得，當下通知馮保，教他入訴神宗，概加廷杖。大宗伯馬自強，急至居正府第，密為營解。居正見了自強，略談數語，便撲的跪下，帶哭帶語道：「公饒我！公饒我！」自強正答禮不迭，忽聞掌院學士王錫爵到來，居正竟踉蹌起身，趨入喪次。錫爵徑至喪次中，晤見居正，談及吳、趙等上疏，致遭聖怒等事。居正淡淡的答道：「聖怒正不可測哩。」錫爵道：「聖怒亦無非為公。」語尚未訖，居正又跪倒地上，勃然道：「公來正好！快把我首級取去，免致得罪諫官！」一面又舉手作刎頸狀，並道：「你何不取出刀來，快殺我！快快殺我！」好似潑婦撒賴。錫爵不防到這一著，嚇得倒退倒躲，一溜煙的逃出大門去了。馬自強亦乘勢逃去。隔了數日，吳中行、趙用賢、艾穆、沈思孝四人，同受廷杖。侍講于慎行、田一儁、張伭、趙志皋，修撰習孔教、沈懋學等，具疏營救，俱被馮保擱住。進士鄒元標，復上疏力諫，亦坐杖戍。南京御史朱鴻模，遙為諫阻，並斥為民。且詔謫吳、趙、艾、沈四人，吳中行、趙用賢即日出都，同僚相率觀望，無一人敢去送行，只有經筵講官許文穆贈中行玉杯一隻，用賢犀杯一隻，玉杯上鐫著三語道：
斑斑者何？卞生淚。英英者何？藺生氣。追追琢琢永成器。
犀杯上鐫著六語道：
文羊一角，具理沉黝，不惜刻心，寧辭碎首？黃流在中，為君子壽。
古人說得好：「人心未泯，公論難逃。」為了居正奪情，各官受譴等事，都下人士，各抱不平。夤夜裡乘人不備，竟向長安門外，掛起匿名揭帖來。揭帖上面，無非是謗議居正，說他無父無君，跡同莽、操。事為神宗所聞，又頒諭朝堂道：
姦邪小人，藐朕沖年，忌憚元輔，乃借綱常之說，肆為誣論，欲使朕孤立於上，得以任意自恣，茲已薄處，如此後再有黨奸懷邪，必從重懲，不稍寬宥，其各凜遵！
這諭下後，王錫爵、于慎行、田一儁、沈懋學等，先後乞病告歸。既而彗星現東南方，光長竟天，當下考察百官，趙志皋、張伭、習孔教等，又相繼遷謫，算作厭禳星變的計畫，這正是想入非非了。越年，神宗將行大婚禮，令張居正充納采問名副使。給事中李涑，奏稱居正持喪，不宜與聞大婚事，乞改簡大臣。神宗不允，傳皇太后諭旨，令居正變服從吉，居正遂奉旨照辦。等冊後禮成，方乞歸治葬。神宗召見平台，特賜慰諭道：「朕不能捨去先生，但恐傷先生孝思，不得已暫從所請。惟念國事至重，朕無所依賴，未免懷憂。」居正叩首道：「臣為父治葬，不能不去，只乞皇上大婚以後，應撙節愛養，留心萬機。」說畢，伏地慟哭。慟哭何為？無非要結人主。神宗亦為之凄然，不禁墮淚道：「先生雖行，國事尚宜留意。此後倘有建白，不妨密封言事。」居正稱謝而起，進辭兩宮太后，各賜贐金，慰諭有加。
居正歸後，神宗復敕大學士呂調陽等，如遇大事，不得專決，應馳驛至江陵，聽居正處分。既而由春入夏，又有旨徵令還朝。居正以母老為辭，不便冒暑北行，請俟秋涼就道。神宗又遣指揮翟汝敬，馳驛敦促，更令中使護居正母，由水道啟行。居正乃遵旨登程，所經州縣，守臣多跪謁；就是撫按長吏等，亦越界送迎，身為前驅。及到京師，兩宮又慰勞備至，賞賚有加。居正母至，概照前例。惟呂調陽自慚伴食，託病乞休，起初未蒙俞允，至居正還朝，再疏告歸，乃准令致仕，解組歸田去了。還算有些氣節。
是時神宗已冊後王氏，伉儷情深，不勞細說。獨李太后以帝已大婚，不必撫視，仍返居慈寧宮，隨召居正入內，與語道：「我不便常視皇帝，先生系國家元輔，親受先帝付託，還希朝夕納誨，毋負顧命！」居正唯唯而退。嗣是居正格外黽勉，所有軍國要政，無不悉心籌畫。內引禮部尚書馬自強，及吏部侍郎申時行，參贊閣務，外任尚書方逢時，總督宣大，總兵李成梁，鎮撫遼東。方逢時與王崇古齊名，崇古內用，逢時