卻說戚繼光等克複興化，福州以南，一律平靖，惟沿海等處，尚有餘倭萬餘人，往來游弋，擾害商旅，未幾又進攻仙游。繼光聞警，即引兵馳剿，與倭人相遇城下，一聲號令，如風馳潮湧一般，突入敵陣。那倭酋見戚軍旗幟，已是心驚膽落，略戰數合，急奔向同安而去。繼光揮兵追擊，至王倉坪地面，殺敵數百。余寇奔漳浦。繼光督各哨兵，直搗倭酋巢穴，擒斬殆盡；還有殺不盡的餘黨，都逃向廣東潮州方面，又被俞大猷迎頭截擊，幾無噍類。統計倭寇起了二十多年，攻破城邑，殺傷官吏軍民，不可勝紀，轉漕增餉，天下騷然，至是受了大創，才不敢入寇海疆，東南方得安枕了。歸結倭患。
當下以海氛肅清，封章入告。世宗以為四方無事，太平可致，越發注意玄修。方士王金、陶倣、劉文彬、申世文、高守中等，陸續應募，先後到京，作偽售奸等事，不一而足。一夕，世宗方在御幄中，閉目趺足，演習打坐的工夫，忽聞席上有一物下墜，開目尋視，見近膝處有大蟠桃兩枚，連枝帶葉，色甚鮮美，隨手取食，味甘如醴。次日臨朝，與廷臣言及，都說皇上誠敬通神，所以仙桃下降，世宗愈加虔信，即命方士等建醮五日夜。醮壇未撤，又降仙桃。萬壽宮內所畜白兔壽鹿，各生三子，群臣又復表賀。世宗下詔褒答，有三錫奇祥等語。上欺下蒙，成何政體。並授各方士為翰林侍講等官。得勿與清季牙科進士，工科舉人，同類共笑乎？陶仲文子世恩，希邀恩寵，偽造五色靈龜靈芝，呈入西內，稱為瑞徵。又與王金、陶倣、劉文彬、申世文、高守中等，杜撰仙方，采煉藥品進御。其實此類藥品，統非神農本草所載，燥烈穢惡，難以入口。世宗求仙心切，放開喉嚨，服食下去。不料自服仙藥後，中心煩渴，反致夜不成寐。問諸眾方士，統說是服食仙藥，該有此狀，乃擢世恩為太常寺卿，王金為太醫院御醫，陶倣為太醫院使，劉文彬等為太常寺博士。濫假名器，無逾此日。
時有陶仲文徒黨胡大順，得罪被斥，復希進用，竟偽造《萬壽全書》一冊，詭說由呂祖乩授，內有秘方，系用黑鉛煉白，服餌後可以長生，名叫先天玉粉丸，當遣黨徒何廷玉，齎送京師。可巧江西道士藍田玉，由姜儆、王大任，邀他入京，屢試召鶴秘法，頗得世宗寵信。回應六十八回。廷玉遂走此門路，復賄通內侍趙楹，將方書進獻。世宗披覽數頁，大半言詞怪僻，情節支離，不由的奇詫起來，便問趙楹道：「既雲乩示，扶乩的人，現在何處？」趙楹答說：「現住江西。」世宗不答。揣世宗不答意，恐已疑為嚴黨。趙楹走報田玉，田玉轉告廷玉道：「你師傅大喜了。皇上正在此惦念哩！」廷玉也歡喜不迭，即與田玉計較，詐傳上命，征大順入京。大順到京後，往見田玉，自恐前時有罪，不便再入面君。田玉也不免遲疑起來，又去與趙楹商議。趙楹笑道：「這也何妨，皇上老眼昏花，難道尚能記得嗎？就使記得姓名，亦不難改名仍姓。前名胡大順，今名胡以寧，不就可沒事么？」大順心喜，當由藍田玉出面，具疏上奏，只說是扶乩的人，已經到京。世宗隨即召見，大順硬著頭皮，趨入西內，三呼舞蹈畢，跪伏下面。偏是世宗眼快，瞧見他的面目，似曾相識，只一時記不起來，略問數語，便令退去。
世宗的體質，本是不弱，精神也很過得去，平時覽決章奏，徹夜不倦，自從服過仙方，遂致神經錯亂，狀類怔忡，白日間遇著鬼物，或有黑氣一團，瞥眼經過，不見仙而見鬼，莫非遇著鬼仙。其實是真陽日耗，虛火上炎的緣故。世宗不知此因，反令藍田玉等，入宮祈禳。可奈禱了數日，毫無靈驗。這豈祈禳所能免的？田玉恐緣此得罪，只說是藍道行下獄冤死，所以釀成厲鬼等語。同姓應該幫助，且為同業預防，田玉之計，可謂狡矣。世宗似信非信，不得不問大學士徐階。徐階奏道：「胡大順不畏法紀，乃敢冒名以寧，混入齋宮。藍田玉私引罪人，膽大尤甚，臣意請嚴行懲處，休信妄言！」世宗愕然道：「胡以寧便是大順么？怪不得朕召見時，裝出一種鬼鬼祟祟的模樣，朕亦粗憶面目，似曾見過，這等放肆小人，豈可輕恕？」至此才知，想世宗已死了半個。徐階道：「宮中黑眚，出現已久，亦豈因道行瘐死，致成鬼魅？況藍田玉系嚴氏黨羽，妄進白鉛，居心很是叵測。甚至偽傳密旨，外召大順，若非執付典刑，何以懲惡？」說得世宗勃然奮發，立飭錦衣衛拿問藍、胡兩人，交付法司嚴訊。待至供證確實，擬成大辟，並因獄詞牽連趙楹，一併問罪。不意世宗反悔懼起來，又欲把他寬宥，徐階忙入諫道：「聖旨一出，關係甚重，若聽詐傳，他日夜半發出片紙，有所指揮，勢將若何？」世宗乃命將藍田玉、胡大順、趙楹三人，一概處斬。但世宗雖誅此三惡，齋醮事依舊奉行。是時，前淳安知縣海瑞，因嚴、鄢伏罪，復起為戶部主事，見世宗始終不悟，獨與妻孥僮僕等，預為訣別，竟誓死上疏，當由世宗展閱。其詞云：
陛下即位初年，敬一箴心，冠履分辨，天下欣然。望治未久，而妄念牽之，謬謂長生可得，一意修玄，二十餘年，不視朝政，法紀弛矣；推廣事例，名器濫矣。二王不相見，人以為薄於父子；以猜疑誹謗戮辱臣下，人以為薄於君臣；樂西苑而不返，人以為薄於夫婦。吏貪官橫，民不聊生，水旱無時，盜賊滋熾，陛下試思今日天下為何如乎？古者人君有過，賴臣工匡弼，今乃修齋建醮，相率進香，仙桃天葯，同詞表賀，建宮築室，則將作竭力經營，購香市寶，則度支差求四齣。陛下誤舉之，而諸臣誤順之，無一人肯為陛下言者，諛之甚也。自古聖賢垂訓，未聞有所謂長生之說，陛下師事陶仲文，仲文則既死矣，彼不長生，而陛下何獨求之？誠一旦幡然悔悟，日御正朝，與諸臣講求天下利病，洗數十年之積誤，使諸臣亦得自洗數十年阿君之恥，天下何憂不治？萬事何憂不理？此在陛下一振作間而已。
世宗覽到此處，竟致怒氣直衝，將奏本擲至地上，顧語內侍道：「豎子妄言，快與朕拿住此人，不要放走了他！」太監黃錦，方在帝側，即還奏道：「聞此人上疏時，已預買棺木，與妻子訣別，僮僕等亦皆遣散，坐待斧鉞，決不遁走的。」當下傳旨，命將海瑞系獄。錦衣衛奉命去後，黃錦復將原疏檢起，仍置座右，世宗取疏重讀，不覺心有所觸，默念藍田玉、胡大順等，都是假藥為名，蒙蔽朕躬，海瑞所言，亦有足取。遂自言自語道：「這人可擬比干，但朕確非商紂呢。」相去無幾。自是世宗遂患痼疾，漸將批奏事擱起。自四十四年孟冬，心常煩懣，直到次年正月，服藥無效，病反加重。這是仙藥的靈效。意欲往幸承天，親謁顯陵，取葯服氣，遂召徐階入見，問明可否？階勸帝保重，不可輕出。世宗又道：「朕覺得自己煩躁，不願理事，因此欲閒遊散悶。倘恐朕出外後，京都震動，朕卻有一法在此。裕王年已及壯，不妨指日內禪，此後朕無所牽累，便好逍遙自在了。」階又奏稱：「龍體違和，但教保養得宜，自可告痊，內禪一事，暫從緩議為是。」世宗又道：「卿不聞海瑞詈朕么？朕不自謹惜，致此病困，若使朕得御便殿，坐決機宜，何至被他毀謗呢。」始終是惡聞直言。階復奏道：「海瑞語多愚戇，心尚可諒，還乞陛下格外恕他！」瑞之不死，賴有此言。世宗嘆道：「朕也不願多殺諫臣了。」階退出後，法司奏稱海瑞訕上，罪應論死，世宗略略一瞧，便即擱過一邊，並不加批，瑞因得緩死。
轉眼間已是暮春，徐階薦吏部尚書郭朴，及禮部尚書高拱，可任閣事。於是命朴兼武英殿大學士，拱兼文淵閣大學士，既而自夏入秋，世宗痼疾愈深，氣喘面赤，腹脹便閉。求仙結果，如是而已。乃自西苑還入大內。太醫等輪流診治，無可挽回，延至冬季，竟崩於乾清宮，享壽六十，當由徐階草就遺詔，頒示中外道：
朕奉宗廟四十五年，享國長久，累朝未有，一念惓惓，惟敬天勤民是務，只緣多病，過求長生，遂致奸人誑惑，自今建言得罪諸臣，存者召用，歿者恤錄，現在監者即釋復職，特此遺諭！
遺詔一下，朝野吏民，無不感激涕零，獨郭朴、高拱兩閣臣，以階不與共謀，未免怏怏。朴語拱道：「徐公手草遺詔，訕謗先帝，若照律例上定罪，不就要處斬么？」嗣是兩人與階有隙，免不得彼此齟齬，後文再表。
且說世宗既崩，承襲大統的嗣皇，當然輪著裕王載垕。王公大臣，遂奉載垕即位，大赦天下，以明年為隆慶元年，是謂穆宗。上皇考尊謚為肅皇帝，廟號世宗，追尊生母杜氏為孝恪皇太后，立繼妃陳氏為皇后。先是裕王元妃李氏，生一子翊釴，五歲即殤，李妃隨逝，以陳氏為繼妃，追謚李妃為孝懿皇后，翊釴為憲懷太子。凡先朝政令，未盡合宜，悉奉遺詔酌改，逮方士王金、陶倣、申世文、劉文彬、高守中、陶世恩下獄，一併處死，釋戶部主事海瑞於獄。瑞自下獄後，早拚一死，世宗崩逝的消息，絲毫不及聞知，只有提牢主事，已得風聞，並因宮中發出遺詔，有開釋言官等語，料知海瑞必然脫罪，且見重用，此人頗有特識。乃特設酒饌，攜入獄中，邀瑞共飲。瑞見提牢官如此厚待，自疑將赴西市，倒也並不恐懼，依舊