卻說燕王棣入京後，只魏國公徐輝祖，尚抵敵一陣，兵敗出走，此外文武百官，多迎謁馬前。燕王接見畢，馳視周、齊二王，相見時互相慰問，涕淚滿頤，隨即並轡歸營，召集官吏會議。兵部尚書茹瑺，先至燕王前叩頭勸進。可丑。燕王道：「少主何在？」茹瑺道：「大內被火，想少主已經晏駕了。」燕王蹙額道：「我無端被難，不得已以兵自救，誓除奸臣，期安宗社，意欲效法周公，垂名後世，不意少主不諒，輕自捐生，我已得罪天地祖宗，哪敢再登大位，請另選才德兼備的親王，纘承皇考大業呢。」得罪是真，辭位是假。茹瑺復頓首道：「大王應天順人，何謂得罪？」言未已，一班文武官僚，都俯伏在前，黑壓壓跪滿一地，齊聲道：「天下系太祖的天下，殿下系太祖的嫡嗣，以德以功，應正大位。」何功何德？燕王猶再三固辭，群臣固請不已。燕王道：「明日再議。」翌晨，群臣又叩營勸進。燕王乃命駕入城，編修楊榮迎謁道：「殿下今日先謁陵呢？先即位呢？」也是無聊之言。燕王聞言，即命移駕謁陵，一面令諸將守城，大索齊泰、黃子澄、方孝孺等，分別首從，懸賞通緝。至謁陵禮畢，復回京安撫軍民，並諭王大臣道：「諸王群臣，合詞勸進，我實不德，未能上承宗廟，怎奈固辭不獲，只得勉徇眾志。王大臣等各宜協力同心，匡予不逮！」王大臣等唯唯聽命。遂詣奉天殿即皇帝位，受王大臣朝賀。可謂如願以償。
先是建文中有道士遊行都市，信口作歌道：「莫逐燕，逐燕日高飛，高飛上帝畿。」都人不解所謂，已而道士杳然。至燕王即位，方驚稱道士為神，這也不必細表。單說燕王即位，下令清宮三日，諸宮人女官太監，多半殺死，惟前曾得罪建文，方得寬宥。燕王召宮人內侍，詢以建文所在。宮人等無從證實，把馬皇后殘骸，稱為帝屍。乃命就灰燼中撥出屍首，滿身焦爛，四肢殘缺，辨不出是男是女，只覺得慘不忍睹。燕王也不禁垂淚道：「痴兒痴兒？何為至此？」試問是誰致之？是時，侍讀王景在側，由燕王問他葬禮。王景謂當以天子禮斂葬。燕王點首，便令將馬後殘屍，斂葬如儀。貓拖老鼠假慈悲。忽有一人滿身縞素，趨至闕下，伏地大哭，聲震天地。燕王聞著，即喝令左右速拿，當由鎮撫伍雲，拿住入獻。燕王凝視道：「你就是方孝孺么？朕正要拿你，你卻自來送死。」孝孺抗聲道：「名教掃地，不死何為？」燕王道：「你願就死，朕偏待你不死，何如？」言訖，命左右帶孝孺下獄。原來燕王大舉南犯，留僧道衍輔佐世子，居守北平。道衍送燕王出郊，跪啟道：「臣有密事相托。」燕王問是何事？道衍道：「南朝有文學博士方孝孺，素有學行，倘殿下武成入京，萬不可殺此人。若殺了他，天下讀書種子，從此斷絕了。」雖是器重孝孺，未免言之太過。燕王首肯，記在心裡，所以大索罪人，雖列孝孺為首犯，意中恰很欲保全，迫他臣事。且召他門徒廖鏞、廖銘等，入獄相勸。孝孺怒叱道：「小子事我數年，難道尚不知大義么？」廖鏞等返報燕王，燕王也不以為意。
未幾，欲草即位詔，廷臣俱舉薦孝孺，乃復令出獄。孝孺仍衰絰登陛，悲慟不已。燕王恰降座慰諭道：「先生毋自苦！朕欲法周公輔成王呢。」孝孺答道：「成王何在？」燕王道：「他自焚死了。」孝孺復道：「何不立成王子？」燕王道：「國賴長君，不利沖人。」孝孺道：「何不立成王弟？」燕王語塞，無可置詞，勉強說道：「此朕家事，先生不必與聞。」遁辭知其所窮。孝孺方欲再言，燕王已顧令左右，遞與紙筆，且婉語道：「先生一代儒宗，今日即位頒詔，煩先生起草，幸勿再辭！」孝孺投筆於地，且哭且罵道：「要殺便殺，詔不可草。」燕王也不覺氣憤，便道：「你何能遽死？就使你不怕死，獨不顧九族么？」孝孺厲聲道：「便滅我十族，我也不怕。」說至此，復拾筆大書四字，擲付燕王道：「這便是你的草詔。」燕王不瞧猶可，瞧著紙上，乃是「燕賊篡位」四字，觸目驚心，然孝孺也未免過甚。不由的大怒道：「你敢呼我為賊么？」喝令左右用刀抉孝孺口，直至耳旁，再驅使系獄。詔收孝孺九族，並及朋友門生，作為十族。每收一人，輒示孝孺。孝孺毫不一顧，遂一律殺死。旋將孝孺牽出聚寶門外，加以極刑。孝孺慷慨就戮，賦絕命詞道：「天降亂離兮，孰知其由？奸臣得計兮，謀國用猶。忠臣發憤兮，血淚交流。以此殉君兮，抑又何求？嗚呼哀哉！庶不我尤。」孝孺弟孝友，亦被逮就戮，與孝孺同死聚寶門外。臨刑時，孝孺對他淚下，孝友口佔一詩道：「阿兄何必淚潸潸，取義成仁在此間。華表柱頭千載後，旅魂依舊到家山。」都人稱為難兄難弟。可惜愚忠。孝孺妻鄭氏，及二子中憲、中愈，皆自經。二女年未及笄，被逮過淮，俱投河溺死。宗族親友，及門下士連坐被誅，共八百七十三人，廖鏞、廖銘等俱坐死。滅人十族，不愧燕賊大名。
齊泰、黃子澄先後被執，由燕王親自鞫訊，兩人俱抗辯不屈，同時磔斃。還有兵部尚書鐵鉉，受逮至京，陛見時毅然背立，抗言不屈。燕王強令一顧，終不可得，乃命人將他耳鼻割下，爇肉令熟，納入鉉口，並問肉味甘否？自古無此刑法。鉉大聲道：「忠臣孝子的肉，有何不甘？」燕王益怒，喝令寸磔廷中。鉉至死猶罵不絕口，燕王復令人舁鑊至殿，熬油數斗，投入鉉屍，頃刻成炭。導使朝上，屍終反身向外。嗣命人用鐵棒十餘，夾住殘骸，令他北面，且笑道：「你今亦來朝我么？」一語未完，鑊中熱油沸起，飛濺丈余，燙傷左右手足。左右棄棒走開，屍身仍反立如前。不愧鐵鉉。燕王大驚，乃命安葬。戶部侍郎卓敬，右副都御史練子寧，禮部尚書陳迪，刑部尚書暴昭、侯泰，大理寺少卿胡閏，蘇州知府姚善，御史茅大芳等，皆列名罪案，陸續逮至，彼此不肯少屈，備受慘毒，不是擊齒，就是割舌，甚且截斷手足，到了殺死以後，還要滅他三族。他如太常少卿廖昇，修撰王艮、王叔英，都給事中龔泰，都指揮葉福，衡府紀善周是修，江西副使程本立，大理寺丞鄒瑾，御史魏冕，皆在燕王攻城時，見危自殺。又有禮部尚書陳迪，戶部侍郎郭任，禮部侍郎黃觀，左拾遺戴德彝，給事中陳繼之、韓永，御史高翔、謝昇，宗人府經歷宋徵，刑部主事徐子權，浙江按察使王良，漳州教授陳思賢等，先後死難。既而給事中黃鉞，赴水死；御史曾鳳韶，自經死；王度謫戍死；谷府長史劉璟，劉基次子。下獄死；大理寺丞劉端，被捶死；中書舍人何申，嘔血死。小子也述不勝述，但就死事較烈的官僚，錄寫數十人。最奇怪的是東湖樵夫，姓氏不傳，每日負柴入市，口不二價，一聞建文自焚，竟伏地大慟，棄柴投湖，這統叫作壬午殉難的忠臣義士。建文四年，歲次壬午，故稱壬午殉難。惟左僉都御史景清，平時倜儻尚大節，至燕王即位，聞他重名，令還舊任，他仍受命不辭，委蛇朝右。有人從旁竊笑，說他言不顧行，偷生怕死，他也毫不為意。遷延至兩月余，欽天監忽奏稱異星告變，光芒甚赤，直犯帝座。燕王頗為留意。八月望日，燕王臨朝，驀見景清衣緋而入，未免動疑。朝畢，景清忽奮躍上前，勢將犯駕，燕王立命左右將他拿下，搜索身旁，得一利刃，便叱問意欲何為？清慨然道：「欲為故主報仇，可惜不能成事。」燕王大怒，把他剝皮。清含血直噴御衣，謾罵至死，骨肉被磔，懸皮長安門。一日，燕王出巡，駕過門右，所懸的皮，自斷繩索，撲向燕王面前。燕王很是詫異，立命取皮付火。既而晝寢，夢清仗劍入宮，突然驚覺，憤憤道：「何物鬼魂，還敢作祟？」隨令夷滅九族，輾轉牽連，稱為瓜蔓抄，株累甚眾，村落為墟。淫刑以逞，何苦乃爾？自是建文舊臣，除歸附燕王外，死的死，逃的逃，只魏國公徐輝祖，與燕王為郎舅親，燕王不忍加誅，親自召問。輝祖垂淚，不發一言，似受教桃花夫人，不免太怯。遂命下法司審治，迫他引罪自供。輝祖不言如故，惟索筆為書，寫著父為開國功臣，子孫免死數字。難辭偷生之誚。燕王覽後，越加動怒，轉念他是元勛後裔，國舅至親，究應特別從寬，只削爵勒歸私第。追封徐增壽為武陽侯，進爵定國公，子孫世世襲爵。一來是憫他被殺，二來是令繼中山。徐達封中山王，曾見前文。燕王又想到駙馬梅殷，尚駐兵淮上，未免可慮，遂迫令寧國公主，嚙指流血，作書招殷。殷得書慟哭，並問建文帝下落。來使答言出亡。殷喟然道：「君存與存，我且忍死少待。」乃偕來使還京。燕王聞殷至，下殿迎勞道：「駙馬勞苦。」殷答道：「勞而無功，徒自汗顏。」燕王默然，心中很是不樂，只因一時不便加罪，且令歸私第，慢慢兒的設法，事見下文。直誅其隱。
且說燕王懷恨建文，始終未釋，乃下詔革去建文年號，凡建文中所改政令條格，一概廢去，仍復舊制。且追奪興宗孝康皇帝廟號，仍謚懿文太子，遷太后呂氏至懿文陵，廢興宗子允熥、允熞為庶人，禁錮鳳陽。只興宗少子允熙，令隨母居陵，改封甌寧王，奉太子祀。四年後邸中被火，允熙暴卒，或疑為燕王所使，未知是否。建文帝長子文奎，曾立為皇太子，至是年才七齡，燕王遍覓不得，大約是隨後馬氏，投入火中。少子文