卻說元順帝聞通州被陷，惶急異常，亟御清寧殿，集三宮后妃，及太子愛猷識理達臘，準備北行。左丞相失烈門，及知樞密院事黑廝，宦官伯顏不花進諫道：「陛下宜固守京都，臣等願募集兵民，出城拒戰。」順帝道：「孛羅、擴廓，屢次構亂，京中守備，空虛已久，如何可守？」伯顏不花大慟道：「天下是世祖的天下，陛下當以死守，奈何輕去？」順帝道：「今日豈可復作徽、欽？朕志已決，毋庸多言！」伯顏不花再三泣諫，順帝拂袖還宮。到了黃昏，召淮王帖木兒不花，及丞相慶童入內，囑令淮王監國，慶童為輔。兩人受命趨出，遂於夜半三鼓，開建德門，挈后妃太子北去。徐達率著明師，進薄齊化門，將士填濠登城而入，達亦上齊化門樓，擒住元淮王帖木兒不花，及左丞相慶童，平章迭兒必失朴賽不花，右丞相張康伯，御史中丞滿川等，勸令歸降，皆不從，一律處斬。宦官伯顏不花，先已自盡，元宣府鎮南威順諸王子六人，亦為明軍所擒。達遂封府庫圖籍寶物，用兵守故宮殿門，不準侵入。宮人妃主，令原有宦侍護視。號令士卒，秋毫無犯，人民安堵，市肆不移。於是遣將赴應天告捷，一面命薛顯、傅友德、曹良臣、顧時等，率兵分巡古北諸隘口，一面令華雲龍經理故元都，增築城垣，專待太祖巡幸。是段為元亡之結束。
太祖聞報，下詔褒獎北征軍，且以應天為南京，開封為北京，並訂定六部官制，各設尚書侍郎等官。先是明初官制，略仿元代，立中書省，總天下吏治。置大都督府，統天下兵政。設御史台，肅朝廷綱紀。至是改立六部，定為吏、戶、禮、兵、刑、工等名目。後來胡惟庸伏法，復罷中書省，廢丞相等官，以尚書任天下事，侍郎為副。復分大都督府，為五軍都督府，統屬兵部節制，權力遠不如前。並增設都察院，統轄台官，這是後話慢表。敘述明初官制，以便閱者考核。
且說太祖以元都既定，啟蹕北巡，留李善長與劉基居守，自率文武百官，渡江北行。雨師灑道，風伯清塵，遙望六龍，相率額手，沿途所經，蠲免逋賦。既至北京，御奉天門，召元室故臣，詢問元政得失。故臣中有一文吏，姓馬名昱，頓首道：「元得國以寬，失國亦以寬。」太祖道：「朕聞以寬得國，不聞以寬失國。元季君臣，日就淫佚，馴至淪亡，是所失在縱弛，並非由過寬所致。聖王行政，寬亦有制，不以廢事為寬；簡亦有節，不以慢易為簡。總教施行適當，自可無弊。」馬昱之言，不能無失，明祖之言，恐亦未能實踐。馬昱慚謝而退。太祖又令放元宮人，免致怨曠。此外一切布置，概如徐達所定。當下命徐達、常遇春出師取山西，副將軍馮勝，偏將軍湯和，平章楊璟，隨軍調遣，太祖自還南京。
達受命西征，分道並進。常遇春攻下保定、中山、真定等處，馮勝、湯和、楊璟等，下懷慶，越太行，取澤潞，將逼太原。元將擴廓帖木兒，遣麾下楊札兒，來攻澤州，與楊璟、張彬等相遇於韓家店。兩陣對圓，刀槍並舉。楊璟、張彬等藐視元軍，只道他沒甚能力，一鼓便可擊退，哪知楊札兒很是驍悍，部下又統經百戰，個個拚命爭先，戰了多時，非但擊不退元軍，反被他衝動陣勢，禁遏不住，只好一同敗下，一驕便敗。連忙稟報大將軍。大將軍徐達，調都督副使孫興祖，僉事華雲龍，出守北平，自率大軍趨太原。途次聞元順帝赦擴廓罪，還他原官，令出雁門關，由保安州經居庸關，來攻北平。當下集諸將會議，諸將或稟請回援，徐達道：「北平重地，有孫都督等扼守，定能抵敵得住，此次王保保全師遠出，太原必虛，我軍如乘他不備，直抵太原，傾他巢穴，他進無可戰，退無可依，在兵法上，所謂批亢搗虛的計策，就使他還救太原，已是不及，那時進退失利，必為我所擒了。」計議已定，遂引兵徑進。果然擴廓還兵自救，前鋒萬騎突至，差不多有排山倒海的聲勢。這邊傅友德、薛顯，兩騎並出，指麾健卒，與他酣斗一場，方才把他擊退。擴廓紮營城西，兵約數萬，郭英登高遙望，返報遇春道：「敵兵雖多，不甚整齊，立營雖大，不甚謹飭，請乘夜踹營，當可決勝。」遇春入語徐達，達亦以為然。正籌畫間，忽報擴廓營中，有密使齎書至此。當由達開緘覽畢，退入帳後，寫好復書；遣使去訖。隨即升帳調兵，陸續出發。是夜天氣陰晴，薄雲四布，將及三鼓，郭英率精騎三百人，躡至敵營附近，一聲炮響，四面縱火，紅光炎炎，不殊曉日。遇春也統著大隊，鼓噪前進。敵營裡面，也有一隊人馬，吶喊出來。兩邊相見，並不廝殺，反傳了一聲暗號，引著明軍，撲向主營而去。故作疑陣。擴廓帖木兒方燃燭坐帳中，使兩童子捧書侍立，正擬接書展閱，忽聞營外喊殺連天，料知內外有變，急忙推案而起，連靴子都不及穿齊，赤著一腳，跑出帳外，跨上一匹劣馬，舉鞭亂敲，覓路北遁，手下只有十八騎隨去。遇春等殺入營帳，營中已紛紛潰亂，經遇春下令，降者免死，於是相率棄械，跪降馬前。共得兵四萬人，馬四萬匹。看官聽著！這擴廓也是有名大將，難道強敵在前，全不防備？況他至三鼓以後，尚燃燭看書，明明不是個糊塗人物，為何明軍劫營，慌急到這般情形呢？原來擴廓部下，有一將名豁鼻馬，默睹元運已終，明祚方盛，早有率眾歸降的意思，且聞徐達虛心下士，不殺降人，越覺投誠心亟，因此背了擴廓，暗中遞書徐達，願為內應。達即復書相約，互通暗號，所以得手如此容易。敘明原因。擴廓既遁，太原自下，徐達又乘勢收大同，分遣馮勝等徇猗氏、平陽諸縣，擒元右丞賈成、李茂等，榆次、平遙、介休，以次攻克，山西悉平。
太祖接著捷報，心中愉快，自不消說。倏忽間已是洪武二年，太祖親定功臣位次，命在江寧西北雞籠山下，建立功臣廟，已死的功臣，設像崇祀，未死的虛著坐位，共得二十一人，以大將軍徐達為首。小子依史錄述如下：
徐達 常遇春 李文忠 鄧愈 湯和 沐英 胡大海 馮國用 趙德勝 耿再成 華高 丁德興 俞通海 張德勝 吳良 吳楨 曹良臣 康茂才 吳復 茅成 孫興祖
未幾，又以廖永安、俞通海、張德勝、桑世傑、耿再成、胡大海、趙德勝七人，配享太廟，並因徐達攻破元都，得元十三朝實錄，乃詔修元史，命李善長為監修，宋濂、王禕為總裁，並征隱士汪克寬、胡翰、陶凱、曾魯、高啟、趙汸等十六人為纂修，閱六月書成。惟順帝未有實錄，又遣使往訪遺事，於次年續修，不到幾月，也即告竣。後人謂史多簡率，不足徵信，這也不在話下。
且說徐達等既平山西，復奉命進圖關陝，關中諸將，已推李思齊為統帥，駐兵鳳翔。太祖嘗遣使諭降，思齊不報，至是因大軍將發，復貽書詔諭道：
前者遣使通問，至今未還，豈所使非人，忤足下而留之與？抑元使適至，不能隱而殺之？若然，亦事勢之常，大丈夫當磊磊落落，豈以小嫌介意哉？夫堅甲利兵，深溝高壘，必欲竭力抗我軍，不知竟欲何為？昔足下在秦中，兵眾地險，雖有張思道即張良弼。專尚詐力，孔興等自為保守，擴廓以兵出沒其間，然皆非勍敵。足下不以此時圖秦自王，已失其機，今中原全為我有，向與足下為犄角者，皆披靡竄伏，足下以孤軍相持，徒傷物命，終無所益，厚德者豈為是哉？朕知足下鳳翔不守，則必深入沙漠以圖後舉，然非我族類，其心必異。倘中原之眾，以塞地荒涼，一旦變生肘腋，妻孥不能相保矣。且足下本汝南之英，祖宗墳墓所在，深思遠慮，獨不及此乎？誠能以信相許，幡然來歸，當以漢竇融之禮相報，否則非朕所知也。
思齊得書，頗有降意，獨思齊養子趙琦，不願降明，勸思齊西入吐蕃，思齊乃遲疑未決。明大將軍徐達，遂統兵入關，直搗奉元。張良弼正與孔興、脫列伯等，分駐鹿台，為奉元援，忽聞明將郭興，卷甲而來，不禁大懼，立即遁去。奉元守將哈麻圖，棄城走盩厔，為民兵所殺。元西台御史桑哥失里，郎中王可，檢討阿失不花，三原尹朱春，俱抗節自盡。時關中苦飢，達奉太祖命，每戶賑米二三石，民心大悅。遇春遂進攻鳳翔，李思齊從趙琦言，徑奔臨洮。遇春遂入鳳翔，徐達亦至，復會議進兵事宜。眾將獻議道：「李思齊現走臨洮，本應乘勝追殺，但張良弼尚據慶陽，良弼才智，不如思齊，慶陽地勢，不如臨洮，且先將慶陽奪來，再攻臨洮未遲。」徐達道：「諸君但知其一，不知其二。慶陽城險兵悍，未易猝拔，臨洮西通番戎，北界河湟，倘被思齊久踞，聯外固內，將來根深蒂結，為患非淺。今乘他初往，蹙以重兵，思齊不西走，只束手就縛罷了。臨洮既克，旁郡自不勞而下。」此謂避實擊虛。於是眾將稱善，即留湯和守營壘，指揮金興旺等守鳳翔，自率兵度隴克秦州，下寧遠，入鞏昌。遣馮勝攻臨洮，顧時、戴德攻蘭州。蘭州一攻即下，惟馮勝至臨洮，李思齊尚欲固守，不意趙琦起了歹心，私竊寶貨婦女，逃匿山谷間，思齊長嘆數聲，沒奈何舉城乞降。思齊尚如此，良弼更不足道，可見關中四將，俱不足恃。馮勝將思齊送至達營，達又命人送至南京，太祖卻也優禮相待，並命為江西行省左丞。思齊不之官，留居京師。太