卻說桓玄退居江陵，仍稱楚帝，署置百官，用卞范之為尚書僕射，倚作心腹，自恐奔敗以後，威令不行，乃更加嚴刑罰，好殺示威。殷仲文勸玄從寬，玄發怒道：「今因諸將失律，天文不利，故還都舊楚。今群小紛紛，妄興異議，方當嚴刑懲治，奈何反說從寬呢？」仲文不便再勸，只好退出。玄兄子歆，賄結氐帥楊秋，進寇歷陽，為魏詠之諸葛長民劉敬宣等擊敗，追至練固，將秋殺斃。玄再使武衛將軍庾雅祖，江夏太守桓道恭，率數千人助何澹之，共守湓口。見前回。晉將何無忌、劉道規，引兵至桑落洲，與澹之等乘舟交戰。澹之平時的坐船，羽儀旗幟，很是輝煌，無忌語眾將道：「澹之必不居此，無非虛張聲勢，搖惑我軍，我當先奪此船。」眾將道：「澹之既不在此船，就使奪得，也屬無益。」無忌道：「彼眾我寡，勝負難料，澹之既不居此船，戰士必弱，我用勁兵往攻，定可奪取，奪取以後，彼衰我盛，乘勢迫擊，破賊無疑了。」以實攻虛，也是一策。道規也以為然，遂遣精兵往攻。船中果無健將，立被晉兵奪來。無忌即令軍士傳呼道：「我軍已擒得何澹之了。」是謂以虛欺實。澹之軍中，聞聲大驚，自相嘩擾。就是晉軍也道是已得澹之，勇氣百倍，當由無忌道規，麾軍進攻澹之等。澹之各軍，已經氣奪，怎禁得晉軍猛撲，奮勇殺來，頓時逃的逃，死的死，澹之等一齊遁去。無忌道規，得駛入湓口，進屯尋陽，取得晉宗廟主祐，奉還京師。
桓玄接得澹之等敗報，復大集荊州士卒，得眾二萬人，樓船數百艘，再挾安帝東下，親來督戰。使散騎常侍徐放先行，入說劉裕等道：「若能旋軍散甲，當共同更始，各授爵位，令不失職。」裕等當然不從，更撥青州刺史劉毅，及下邳太守孟懷玉，會師尋陽，與何無忌劉道規兩軍，西出拒玄。兩軍相遇崢嶸洲，毅軍尚不滿萬人，見玄軍軍容甚盛，各有懼色，意欲退還尋陽。獨劉道規挺身道：「行軍全在氣勢，不在多寡，今欲畏怯不進，必為所乘，就使得返尋陽，亦豈遂能固守？玄雖外示聲威，內實恇怯，並且前次已經奔敗，眾無固志，臨機決勝，在此一舉，怕他什麼！」說著，即麾眾前進，毅等乃鼓棹隨行。兩下方才交鋒，忽江面颳起一陣大風，吹向玄舟，道規大喜，即令軍士縱火，順風燒賊。毅等亦助薪揚威，煙焰迷濛，統望玄舟撲去。玄眾本無鬥志，再加大火衝來，船多被焚，哪裡還敢對敵，當下散舟大潰。玄坐舫邊備有小舸，慌忙挾帝換船，飛槳西走。時何王二後，亦被玄脅令從軍，避火亂奔，行至巴陵，殷仲文收集散卒，背叛桓玄，奉二後奔往夏口，旋即東入建康。惟桓玄挾住安帝，再返江陵，玄將馮該，請再整兵拒戰，無如人情離沮，號令不行。玄不得已乘夜出走，欲奔漢中，往依梁州刺史桓希。甫至城闉，忽暗中有數人閃出，持刀斫玄。玄手下尚有心腹百餘人，慌忙代玄格住，玄才得免傷。彼此互相刺擊，天又昏黑，不能細辨，但亂殺了一回，徒落得肝腦塗地，屍首塞途。玄單騎逃出，幸得下船，待了片刻，唯卞范之踉蹌奔來，尚有嬖人丁仙期萬蓋等，也隨後趨至，偕玄西行。好算是桓玄患難朋友。安帝才免挾去，由荊州別駕王康產，奉帝入南郡府舍。南郡太守王騰之，率領文武，為帝侍衛。琅琊正德文，始終隨著安帝，不離左右。安帝至此，才覺驚魂粗定，稍安寢食了。慢著。
益州刺史毛璩，前曾移檄討玄，因為桓希所阻，未曾東下。事見前回。有侄修之，為漢中屯騎校尉，與璩交通，他聞玄戰敗西奔，正好設法除奸，便親詣玄舟，詐言蜀地無恙，不妨前往。玄已如漏網魚，脫籠鳥，但教有路可奔，無不願行，再加子侄輩陸續奔集，船中也有數十人，樂得一同西往，權尋一個安身窠。日暮途窮，還想擇地安身么？適寧州刺史毛璠，在任病歿，璠系璩弟，由璩遣從孫毛祐之，及參軍費恬，督護馮遷等，護喪歸江陵，道出枚回洲，正與桓玄遇著。兩邊俱系舟行，祐之眼快，看見玄坐在舟中，便遙問道：「逆賊何往？」一聲喝著，舟中競起，統彎弓放箭，射向玄舟。玄驚慌得很，嬖人丁仙期萬蓋，挺身蔽玄，俱被射死。益州督護馮遷，索性督同壯士，躍過玄舟，持刀徑入。玄戰聲道：「汝，汝何人？敢殺天子？」遷應聲道：「我來殺天子的賊臣。」道聲未絕，刀光一閃，已將玄首劈下。玄子昇忙來救護，已是不及，反被馮遷等打倒，捆綁起來。毛祐之、費恬等，一齊到玄舟中，劈死桓石康、桓濬，惟卞范之鳧水逃去。毛修之持了玄首，毛祐之鎖住桓昇，同赴江陵，即遣人迎入安帝，暫借江陵為行宮，下詔大赦。惟桓氏不赦，命將桓昇牽出市曹，一刀斬訖。進毛修之為驍騎將軍，余亦封賞有差，一面傳送玄首，懸示大桁。
劉毅等聞乘輿反正，總道江陵已平，不必速進，且連日為逆風所阻，未便行舟，所以沿途逗留。哪知死灰復燃，餘孽再熾。玄從子桓振，自華容浦糾眾出來，掩襲江陵城。桓謙本避匿沮中，也聚黨應振，眾又逾千。江陵空虛，只有王康產王騰之守著，驀被桓振等陷入，慌忙抵敵，已是不及，兩人相繼戰死。桓振躍馬操戈，直入行宮，向安帝追索桓昇，張目奮須道：「臣門戶何負國家，乃屠滅至此？」安帝面如土色，連一句話都說不出來。還是琅琊王德文，從旁代答道：「這豈我兄弟本意么！」語亦可憐。振尚不肯斂手，奮戈指帝。可巧桓謙馳入，斥振無禮，苦加禁阻。振乃斂容下馬，再拜而出。越宿為玄發喪，偽謚武悼皇帝。又過一宵，桓謙等率領群臣，奉還璽綬，且上言道：「主上法堯禪舜，德媲唐虞，今楚祚不終，民心仍還向晉室，謹將璽綬奉繳，借副眾望。」琅琊王德文，接了璽綬，交與安帝，又不得不婉言羈縻，令他退候詔旨，謙等奉命退出。未幾，即有詔命頒發，授德文為徐州刺史，桓振為荊州刺史，都督八郡軍事，桓謙復為侍中衛將軍，加江、豫二州刺史。於是桓氏又得專政，侍御左右，皆振爪牙。振少時無賴，為玄所嫉，至是振嘆息道：「我叔父不早用我，遂致敗亡；若使叔父尚在，我為前鋒，天下已早定了。今局居此地，果將何歸？看來是不能久持呢。」頗有自知之明。謙勸振引兵東下，自守江陵。振方縱情酒色，肆行殺戮，欲安享幾日的威福，怎肯再行赴敵？謙只得招募徒眾，出堵馬頭，使桓蔚往戍龍泉。
劉毅、何無忌、劉道規等，接得江陵警耗，方鼓行西進，擊破桓謙，又分兵再破桓蔚，兵勢大振。無忌欲乘勝直趨江陵，道規諫阻道：「兵法屈伸有時，不可輕進。諸桓世居西楚，群小皆為竭力，振又勇冠三軍，難與交鋒，今且息兵養銳，佯為示弱，待他驕怠，不患不勝。」無忌不從，引軍直進。桓振果傾眾出戰。馮該、卞范之等，又先後趨集，與無忌交戰靈溪。無忌抵擋不住，前隊多死，沒奈何退保尋陽，與劉毅等上箋請罪。劉裕仍命毅節度諸軍，惟奪去青州刺史官職。毅整署兵甲，修繕船械，再圖西進。劉敬宣豫儲糧食，撥給各軍，所以無忌等雖然敗退，不致大挫。休養數日，復從尋陽出發，前往復口。桓振遣馮該守東岸，孟山圖據魯山城，桓仙客守偃月壘。共計萬人，水陸互援。劉毅攻孟山圖，道規攻偃月壘，無忌遏住中流，抵禦馮該，自辰至午，晉軍大勝，擒住山圖仙客，獨馮該走往石城。毅等進拔巴陵，軍令嚴整，不準侵掠，百姓安堵如常。
劉裕復命毅為兗州刺史，規復江陵。時益州刺史毛璩，從白帝城引兵出發，襲破漢中，得誅桓希。桓氏勢力日蹙，惟荊襄尚為所據。桓振令桓蔚駐守襄陽，勉強過了殘年。一交正月，南陽太守魯宗之，起兵討逆，掩入襄陽城。桓蔚走還江陵，劉毅並集各軍，再攻馬頭。桓振挾安帝出屯江津，遣使求割江、荊二州，然後送還天子。劉毅不許。振正欲拒戰，不防魯宗之殺入柞溪，擊破振將桓楷，進駐紀南。振不得不還防宗之，留桓謙、馮該、卞范之守住江陵，監視安帝兄弟。謙令馮該堵截豫章口，為劉毅等所擊敗，再奔石城。毅等直至江陵城下，縱火焚門，謙等棄城西遁。惟卞范之遲走一步，被晉軍攔住，拿下處斬。隨即撲滅余火，麾軍入城。卞范之到此才死，總算桓氏的異姓忠臣。桓振到了紀南，殺退魯宗之軍，返救江陵，途中望見火起，料知城已被陷，部眾潰散，振無路可歸，逃往涢川。安帝再得正位，改元義熙，復下赦詔，惟桓氏仍不得赦。前豐城公桓沖，有功王室，特赦免沖孫胤一人，徙居新安。進劉毅為冠軍將軍，所有行宮政令，悉歸毅主持。授魯宗之為雍州刺史，毛璩為征西將軍，都督益、梁、秦、涼、寧五州軍事。璩弟瑾為梁、秦二州刺史，瑗為寧州刺史，遣建威將軍劉懷肅，追剿桓氏餘黨，陣斬馮該。桓謙、桓蔚、桓楷、何澹之等，都西奔後秦。
會建康留台，備齊法駕，來迎安帝。何無忌奉帝東還，留劉毅、劉道規居守夏口，江陵歸荊州刺史司馬休之入守，不意桓振再收遺眾，又從涢川進襲江陵。司馬休之未曾豫備，倉皇出敵，吃了一個敗仗，奔往襄陽。振再入江陵，自稱荊州刺史。建威將軍劉懷肅，急引軍救江陵城，劉毅又遣廣武將軍唐興為助，夾攻桓振。振出戰沙橋，還靠著一把大刀，盤旋飛舞，亂劈晉軍。懷肅素知桓振厲害，早備著強