卻說孫恩溺死，尚有妹夫盧循，未曾從死，為眾所推，奉為頭目。循系晉從事中郎盧諶從孫，雙眸炯徹，眉宇清揚，少時工草隸書，並善弈棋。沙門惠遠，有相人術，嘗語循道：「君可謂風雅士，可惜志存不軌，終乏善果，奈何奈何！」盧循聽了此言，倒也不以為意。及長，娶孫恩妹為妻。恩糾眾作亂，與循通謀。循常勸恩撫綏士卒，故人樂為循用。恩死後即奉循為主，仍然蟠踞海島，不服晉命。晉廷還想命劉牢之等，出兵剿循，偏長江上游，突起了一場大亂，幾乎把東晉江山，席捲了去，於是不暇顧循，但期掃清長江亂事，好幾年才得就緒。
看官欲問亂首為誰？就是都督八州，兼領荊、江二州刺史的桓玄。應八十五回。玄先令兄偉為雍州刺史，晉廷不敢駁議，他遂得步進步，表移偉為江州刺史，鎮守夏口。司馬刁暢為輔國將軍，監督八郡軍事，鎮守襄陽。且遣部將桓振、皇甫敷、馮該等，並戍湓口。移沮漳蠻二千戶至江南，為立武寧郡，更招集流民萬人，為立綏安郡。兩郡俱增設郡丞。晉廷征廣州刺史刁逵，及豫章太守郭昶之入都，俱被玄留住不遣。玄自謂地廣兵強，勢壓朝廷，遂欲篡奪晉祚，屢上書報告禎祥，隱諷執政。更向會稽王道子上箋，再為王恭訟冤。會稽王父子，見了玄箋，當然惶懼。廬江太守張法順，進白元顯道：「玄始得荊州，人心未附，若使劉牢之為先鋒，再用大軍繼進，取玄不難了。」激成亂釁，斯為厲階。元顯本倚法順為謀主，聽了此言，自然心動。適武昌太守庾楷，密使人自結元顯，請為內應，反覆小人，最為可惡。元顯大喜，即遣法順至京口，轉告牢之，牢之頗有難色。法順還報元顯道：「牢之無意效命，看他詞色，將來必且叛我，不如召他入京，先斬此人，否則反多一敵，難免誤事。」元顯聽了，不以為然，竟不從法順所請。此議偏獨不從，也是該死。一面大治水軍，準備討玄。
元興元年元旦，竟由晉廷頒詔，數玄罪狀。即授元顯為驃騎大將軍，征討大都督，加黃鉞，節制十八郡軍馬。小船怎可重載。使劉牢之為前鋒，譙王尚之為後應，克日出發，前往討玄。加會稽王道子為太傅，居中秉政。元顯欲盡誅諸桓，驃騎長史王誕，為中護軍桓修舅，力向元顯解免，謂修等與玄，志趣不同，元顯乃止。法順又入請道：「桓謙兄弟，謙即修兄。每為上流耳目，應速即加誅，借杜奸謀，況兵事成敗，系諸前軍，牢之居前，一或有變，禍敗立至，最好令劉牢之殺謙兄弟，示無貳心，彼若不肯受命，隱情已露，我也好預先防備了。」元顯怫然道：「今非牢之不能敵玄，且三軍甫出，先誅大將，人情亦必不安，這事怎可行得？」法順再三固請，元顯只是不從，且因謙父桓沖，遺惠及荊，特授謙荊州刺史，都督荊、益、寧、涼四州軍事，冀撫荊人。不殺反賞，真是顛倒。
桓玄坐踞江陵，自思東土未靖，朝廷不暇西顧，可以蓄力觀釁。及聞元顯已統軍出討，也不禁意外驚心，因欲完城聚甲，為自固計。長史卞范之道：「明公聲威，傳聞遠近，元顯口尚乳臭，劉牢之大失物情，若進逼近畿，示以禍福，勢必瓦解。明公自可得志，怎可延敵入境，自取窮蹙呢？」玄依范之言，遂抗表傳檄，罪責元顯。留兄偉守江陵，自舉大兵東下。途次尚未免卻顧，及行過尋陽，並不見有官軍，才放大了膽，驅軍急進，部眾亦勇氣加倍。又探悉庾楷詭謀，分兵誘襲，把他拘住，於是江東大震。元顯甫出都門，接得桓玄來檄，已經心慌，再得庾楷被囚消息，免不得驚上加驚，勉強下船，終不敢發。晉廷上下，也不免著忙，特遣齊王柔之，原故南頓王宗之子，過繼齊王冏，承祀襲封。執著騶虞幡，出告荊、江二州，諭令罷兵。途中遇著桓玄前鋒，不服朝命，竟將柔之殺死。玄順流直至姑孰，使部將馮該等，往攻歷陽。襄城太守司馬休之，即譙王尚之弟。嬰城固守，玄軍堵截洞浦，縱火焚豫州軍艦。豫州刺史譙王尚之，率步卒九千，列陣浦上，又遣武都太守楊秋，屯兵橫江。秋竟降玄軍，反引玄軍攻尚之，尚之眾潰，自奔塗中，避匿數日，終被玄軍擒去。休之出戰敗績，棄城遁走。
劉牢之本來觀望，不附元顯，他想利用桓玄，除去元顯父子，再伺玄隙，把玄翦除，然後好職掌大權，唯所欲為，算盤太精明了。所以牢之雖為前驅，始終未肯效力。下邳太守劉裕，此時也奉調從軍，為牢之參謀，請牢之亟往擊玄。牢之搖首不答。可巧牢之的族舅何穆，陰受玄囑，進說牢之道：「從古以來，功高必危，試看越文種，秦白起，漢韓信，俱身事明主，盡忠戮力，功成以後，且不免誅夷，何況為暗主所任使呢？君如今日戰勝，亦必傾宗，戰敗當然夷族。勝敗俱不能自全，何若幡然改圖，尚得長保富貴。古人射鉤斬袪，還不害為輔佐，今君與桓玄，素元嫌隙，難道不好相親么？」牢之正有此意，便令何穆報玄，陰與相通。劉裕再諫不從，牢之甥何無忌，為東海中尉，也極諫牢之，終不見聽。裕又使牢之子敬宣入諫，以漢董卓比玄，請牢之急擊勿失。牢之反怒叱道：「我也知桓玄易取，但平玄以後，試問驃騎能容我否？」敬宣不好違父，只得唯唯聽受。牢之遂遣敬宣潛詣玄營，奉上降書。玄佯為優待，授任諮議參軍，乘勢進迫建康。
元顯將要出發，忽有急報傳到，謂玄已至新亭，嚇得魂不附體，棄船返奔，退屯國子學。越日，出陣宣陽門外，軍中自相驚擾，俄而玄軍前隊，鼓噪前來，大呼放仗。元顯拍馬急奔，還入東府，元顯討王恭時，曾以果銳見稱，此時竟如此頹靡，到已死得半截了。將佐統皆逃散，惟張法順一騎隨歸。元顯前曾錄尚書事，與乃父東西對居，道子所居稱東錄，元顯所居稱西錄，西府車騎輻輳，東府門可張羅，後來星孛天津，元顯解職，仍加尚書令。吏部尚書車胤，密白道子，請抑元顯。元顯聞悉，謂胤離間父子，意欲害胤，胤竟惶急自殺。自是公卿以下，無一敢與元顯抗禮。至元顯敗還，大都袖手旁觀，無人顧恤，只有道子是情關骨肉，狼狽相依，雖平時亦隱恨元顯，到此丟去前嫌，想替兒子設法。怎奈想了多時，不得一籌，惟有相對泣下。俄而從事中郎毛泰，導引玄軍，闖將進來，七手八腳，把元顯抓了出去，送往新亭，縛諸舫前，由玄曆數元顯罪惡。元顯也不多言，但自稱為王誕、張法順所誤，懊悔不休。玄復命將王誕、張法順拿住，與元顯同付廷尉，置諸獄中，一面整仗入京，矯詔解嚴，自為丞相，總掌百揆，都督中外諸軍，錄尚書事，領揚州牧。令桓偉為荊州刺史，桓謙為尚書左僕射，桓修為徐、兗二州刺史，桓石生為江州刺史，卞范之為丹陽尹，王謐為中書令。新安太守殷仲文，系玄姊夫，棄郡投玄，星夜入都，玄即授為諮議參軍。晉安帝本同木偶，未曉國事，內政一切，統由琅琊王德文代理，德文又無兵無權，如何能制服桓玄？玄得獨斷獨行，不過借著天子的名目，號令四方，當下將元顯等牽出獄外，先將元顯開了頭刀，次及譙王尚之，又次及庾楷、張法順。惟王誕本應同斬，桓修為舅乞憐，才得免死，流戍嶺南。再收捕元顯家屬，得元顯子六人，一併處死。只因道子為安帝叔父，不得不欺人耳目，先行奏聞，然後處置。奏中有「道子酣縱不孝，罪應棄市」等語。復詔援議親故例，貸道子死，徙居安成郡，使御史杜竹林，偕往管束。竹林密承玄旨，鴆死道子，父子代握政權，威嚇已極，至此相繼遇害，這叫做自作孽，不可活呢。法語之言。
劉牢之留次溧州，靜待好音，好幾日才見朝命，但授為會稽內史。牢之驚嘆道：「今日便奪我兵權，禍在目前了。」已而敬宣自建康馳至，乃是討差出來，佯稱替玄慰諭，暗中卻為父設謀，進襲桓玄。牢之遲疑未決，私召劉裕入商道：「我悔不用卿言，致為桓玄所賣。今欲北趨廣陵，聯結高雅之等，起兵討逆，卿可從我去否？」裕答道：「將軍率勁卒數萬，望風降玄，今玄已得志，威震天下，朝野人士，已失望將軍，將軍豈尚能再振么？裕只有棄官歸里，不敢再從將軍。」言畢即退，出外遇著何無忌。無忌密問道：「汝將何往？」裕與語道：「我觀劉公必不能免，卿不若隨我至京口。桓玄若守臣節，我與卿不妨事玄，否則與卿圖玄便了。」無忌依議，也不向牢之告辭，竟偕裕同往京口去了。牢之大集僚佐，擬據住江北，糾眾討玄。參軍劉襲進言道：「天下惟一反字，最悖情理，將軍前反王兗州，指王恭。近日反司馬郎君，指元顯。今又欲反桓玄，一人三反，如何自立？」這數句話說得牢之瞠目結舌，無言可答。襲亦退出，飄然自去。佐史亦多半散走。牢之驚懼，使敬宣至京口迎家眷。敬宣愆期不還，牢之還道是機謀已泄，為玄所殺，乃率部曲北走。到了新洲，部眾散盡，牢之悔恨已極，且恐玄軍追來，竟解帶懸林，自縊而死。真是死得不值。尚有左右數人，代為棺殮，草草了事。及敬宣奔至，驚悉牢之早死，無暇舉哀，匆匆渡江，逃往廣陵。桓玄聞報，命將牢之斫棺梟首，曝屍市中。牢之驍勇過人，當時推為健將，惟故太傅謝安在日，嘗說牢之器小，不可獨任，獨任必敗，至是果如安言。
桓玄又偽示謙恭，讓去丞相，改官太尉，兼領豫州