卻說王敦暈倒床上，不省人事，驚動帳下一班黨羽，都至床前省視，設法營救，才見王敦蘇醒轉來。敦長嘆數聲，張目四顧，見舅羊鑒及養子王應，俱在床側，便嗚咽道：「我已不望再活了。我死應便即位，先立朝廷百官，然後辦理喪事，方不負我一番經營。」還想做死皇帝么？鑒與應唯唯受命。越宿敦死，應秘不發喪，用席裹屍，外塗以蠟，暫埋廳中，自與諸葛瑤等，任情淫狎，不顧軍情。王含自江寧敗後，退駐數里，遙促沈充會師，再圖進攻。明帝也恐沈充前來，特遣廷臣沈楨，往說沈充，許為司空，勸令投誠。充搖首道：「三司重任，我何敢當。古人謂『幣重言甘，實是誘我』，今日正應此語。況丈夫共事，始終不移，若中道變心，便失信義，將來還有何人容我呢？」順逆不明，自尋死路。遂舉兵趨江寧。宗正卿虞潭，因病乞休，辭還會稽故里，至是獨起義餘姚，傳檄討充。明帝即授潭為會稽內史。前安東將軍劉超，宣城內史鍾雅，亦皆募兵舉義，與充為敵。義興人周蹇，殺死王敦所署太守劉芳，平西將軍祖約，亦逐敦所署淮南太守任台，彼此俱效命朝廷，交口討逆。沈充尚怙惡不悛，自率萬餘人，兼程北行，與王含合兵。司馬顧揚說充道：「今欲舉大事，偏被王師先扼咽喉，鋒摧氣沮，相持日久，必致禍敗。今不若決破柵塘，引湖中水，灌入京邑，一面乘著水勢，縱舟進攻，這便是不戰屈人的上計。此計不行，或借我軍初至的銳氣，併合東西各軍，十道並進，我眾彼寡，所向必摧，尚不失為中計。若欲轉禍為福，因敗為成，誘召錢鳳計事，設伏斬鳳，攜首出降，乃是今日的下計。」我謂下計，卻是上計。充遲疑半晌，終不作答。揚料充無成，遁歸吳興。
那兗州刺史劉遐，臨淮太守蘇峻，已各率精兵萬人，同來勤王。明帝連夜召見，慰勞有加，並出庫帛分賜將士，眾皆踴躍。沈充、錢鳳，欲因北軍初到，迎頭進擊，乃自竹格渚渡淮，直前攻撲。護軍將軍應詹，建威將軍趙胤等，拒戰失利，退至宣陽門。充與鳳乘勝進逼，拔柵將戰，不意劉遐、蘇峻，從東塘橫擊過來，把充、鳳兩軍沖斷，再加應詹、趙胤，也來助戰，殺得充鳳大敗虧輸，奪路飛奔，還逾淮水，人不及濟，後面追兵大至。叛眾紛紛投水，溺斃至三千人。劉遐尾追不舍，行至青溪，又奮擊沈充一陣，充狼狽走脫。
尋陽太守周光，系周撫弟，因王敦舉兵，也率數千人助敦。既至姑孰，與王應相見，便欲入省敦疾。應囁嚅道：「我父病中，不願見客，且待異日進見罷！」光退語道：「我遠道來赴，不得一見王公，想必是已死了。」遂急赴軍前，去探乃兄。撫聞光至，當然出見，光開口便語道：「王公已死，兄何故與錢鳳作賊？」大眾聞言，都不勝驚愕，連周撫亦有悔心，即夕遁還。王含勢孤失援，也毀營夜遁。
明帝本已出屯南皇堂，聞叛黨盡走，乃還宮大赦，惟敦黨不在赦例。申命庾亮督同蘇峻等軍，往追沈充。溫嶠督同劉遐等，往追王含、錢鳳。含奔回姑孰，擬挈王應同奔荊州。應謂不如投依江州。含皺眉道：「大將軍生前，與江州屢有齟齬，奈何往依？」應答道：「正為江州平日異趨，所以宜往。彼時大將軍兵馬強盛，江州尚不肯阿附，識見高出常人，今見我困阨，必然相憐，不致加害。若荊州守文拘謹，怎能意外行事呢？」王應雖少智過乃父，但天道惡淫，豈容豎子漏網？含不肯依言，竟與應載一扁舟，往奔荊州。荊州刺史王舒，遣兵出迎。俟含父子入城，立命拿下，縛住手足，投諸江中，眼見是葬身魚腹了。江州刺史王彬，卻密具舟楫，靜待王含父子，日久不至，料知竄死，卻引為己恨。王含為逆，何足深惜，彬亦未知大體。錢鳳走至闔廬洲，為周光所殺，函首詣闕，自贖前愆。沈充奔回吳興，聞故吳內史張茂妻陸氏，招茂舊部，在途中守候充至，將執充臠割，為夫復仇。茂為充所殺，見三十五回。充不敢竟歸，繞道奔竄，竟致失路，誤入故將周儒家。儒誘充入複壁中，因笑語充道：「我今日得三千戶侯了。」充始知為儒所賺，乃流涕與語道：「汝能顧義活我，我必厚報，若為利殺我，我死必令汝滅族，不要後悔。」儒竟殺充，傳首建康。充子勁，例當坐誅，為鄉人錢舉所匿，幸得免死。後來勁竟滅周氏，如充所言。充為叛賊，顧能作厲鬼耶？
晉廷因叛黨悉平，當然解嚴。有司發掘王敦屍首，焚去衣冠，扶屍跪著，梟去首級，與沈充首同懸高橋。郗鑒入奏明帝道：「前朝誅楊駿等人，皆先加官刑，後聽私殯。臣以為逆敦既伏王誅，不妨使全私義，可聽敦家收葬，借示皇恩。」明帝准如所請，乃將敦首取下，聽令葬埋。敦黨周撫、鄧岳，相偕出亡。撫弟光擬給兄路資，陰圖執岳，撫怒道：「我與鄧伯山同亡，如欲害鄧，寧先殺我。」伯山即岳表字，俄而岳至，撫即趨出，遙與岳語道：「快去！快去！我弟尚不相容，何論他人。」岳回身返走。撫亦取得資斧，追及鄧岳，同竄入西陽蠻中。後來再經大赦，才得東還。
明帝加封王導為始興公，溫嶠為建寧公，卞壺為建興公，庾亮為永昌公，劉遐為泉陵公，蘇峻為邵陵公，郗鑒為高平侯，應詹為觀陽侯，卞敦為益陽侯，趙胤為湘南侯，下此按功晉秩，不勝殫述。有司奏稱王彬等為敦親族，均應除名，復詔謂：「司徒導大義滅親，應宥及百世，況彬等皆司徒近支，毋庸再問。」大義滅親四字，恐導不足當此。惟王敦綱紀，悉令除籍，參佐並皆禁錮。溫嶠又上疏解免道：
王敦剛愎不仁，忍行殺戮，親任小人，疏遠君子，朝廷所不能制，骨肉所不能阻，處其朝者，恆懼危亡，故士人結舌，道路以目，誠賢人君子，道窮數盡，遵養時晦之辰也。且敦為大逆之日，拘錄人士，自免無路，原其私心，豈遑宴處？如陸玩、羊曼、劉胤、蔡謨、郭璞，常與臣言，備知之矣。必其贊導凶悖，自當正以典刑，如其枉陷奸黨，還宜施之以寬。臣以玩等之誠，聞於聖聽，當受同賊之責，苟默而不言，實負其心。陛下仁聖含弘，思求允中，臣階緣博納，於非其事，誠在愛才，不忘忠益，謹昧死上聞！
明帝覽疏，頗加感動，特下群臣議決。郗鑒謂：「君臣有義，義在死節，不應偷生。王敦佐吏，雖多被脅，但進不能諫止逆謀，退不能脫身遠引，有虧臣道，宜加義責。」此外或從嶠議，或如鑒言，論久未決。還是明帝有意行仁，終從嶠請，於是敦黨皆免連坐。張茂妻陸氏，詣闕上書，語多哀痛，表面上是為茂謝罪，說他不能克敵，自致陣亡，實際上是為茂請封，無非說是「略跡原心，應待恩恤」等語。明帝乃贈茂太僕，且撥庫帑，憮恤遺孥。陸氏始謝恩歸家。也算一個奇婦人。即而再敘前勛，命王導為太保，兼領司徒，西陽王羕領太尉，應詹為江州刺史，劉遐為徐州刺史，蘇峻為歷陽內史，庾亮加護軍將軍，溫嶠加前將軍，惟導固辭不受。江州本由王彬鎮守，驟遭易任，吏民未安。嗣經詹加意懷柔，才得翕服。
轉瞬又是一年，明帝追贈譙王承、甘卓、戴淵、周顗、虞望、郭璞、王澄等官，不及周札。札故吏為札訟冤，尚書卞壺，謂札居守石頭，開門延寇，不當追贈。偏王導出來申辯道：「往年札守石頭，王敦逆跡未彰，如臣等俱昧先幾，無怪一札。要想回護自己，不得不回護周札。後來瞧破逆情，札便舉身委國，橫被誅夷。札未嘗有義舉，怎得謂舉身許國？臣意宜與周戴同例，一併贈謚。」郗鑒聽著，心下很是不服。我亦不服。便從旁參議道：「周、戴死節，周札延寇，跡異賞同，何從勸善？如司徒議，謂往年王敦犯順，不妨延納，是譙王、周、戴等，俱當加責，何得贈謚？今三臣既予褒揚，札尚不應加貶么？」是極。導尚強辯道：「札與譙王、周、戴，雖所見不同，後來均至死節，奈何必吹毛索瘢呢？」鑒又道：「王敦謀逆，好似履霜堅冰，由來已久，必謂敦往年入犯，義等桓、文，難道先帝亦如幽、厲么？」說到此語，駁得王導俯首無詞。明帝終不忍違導，仍贈札官。
會因儲君未立，國本有關，乃立長子衍為皇太子。衍為皇后庾氏所出，年甫五齡，受冊禮畢，大酺三日，增文武官員各二級，賜鰥寡孤獨布帛，每人二匹。調荊州刺史王舒為安南將軍，都督廣州諸軍事，領廣州刺史，即遷陶侃為征西大將軍，都督荊、湘、雍、梁諸軍事，領荊州刺史。侃性極勤謹，終日斂膝危坐，軍府諸事，檢攝無遺。遠近文牘，隨到隨答，不使積滯，賓佐求見，無不接談。嘗語人道：「大禹聖人，尚惜寸陰，至如眾人，當惜分陰，怎得逸游荒醉？生無益於世，死無聞於後耶？」諸參佐或好飲好博，偶至廢事，侃隨時查察，搜得酒器摴蒱等具，悉令投江，將吏有犯，且加鞭撲，嚴詞儆戒道：「摴蒱系牧豬奴戲，汝等奈何出此？」摴蒱即博具。是時清談餘風，尚未盡改，侃輒忿恨道：「老莊浮華，並非先王法言，怎可遵行？君子當振衣冠，攝威儀，哪有蓬頭跣足，自詡宏達呢？」古今傳為格言，故備錄之。人民有所奉饋，必問所由來，若系力作所致，雖微必喜，慰賜三倍，否則擲還不受。一日出遊，見有一人，手持禾稈，結谷未熟，因問作何用？答稱禾遺路旁，所以拾取。侃大