卻說刁協走死，劉隗奔往後趙。王敦並非不聞，本來君側已清，理應入朝謝罪，收兵還鎮，但敦是個蜂目豺聲的忍人，既已起事，怎肯就此罷休？當下據住石頭，按兵不朝，明明是脅迫元帝，志在橫行。元帝無法抵制，只得令公卿百官，統往石頭，勸令罷兵。敦盛氣相見，不待百官開口，便先問戴淵道：「前日交戰，君尚有餘力否？」淵聽了此語，暗暗吃驚，勉強介面道：「怎敢有餘，但苦不足。」敦又問道：「我今為此事，天下以為何如？」淵答道：「但論形跡，未免指公為逆，若體誠心，應該諒公為忠。」模稜語恐不足欺奸。敦冷笑道：「卿也好算是能言了。」又顧周顗道：「伯仁！汝未免負我。」顗抗聲道：「公興兵犯順，下官親率六軍，不能盡職，終致王師挫敗，這原是有負公心呢。」敦被顗譏嘲，倒也無詞可答，但召入王導，屏人與語道：「老弟不用我言，險些兒滅族了。」導答道：「兄亦太覺孟浪，今日僥倖得志，還是祖宗的蔭庇，得休便休，幸勿太過。」敦掀髯道：「弟為何這般膽小？刁、劉餘黨，尚列朝廷，還須除去數人。且主子由我等推戴，怎得疑忌我家？就使主位不移，也當有一番改革，方免後憂。」導又道：「但教朝廷悔禍，不再加忌，我兄弟長得安全，也好趁此罷手了。」可見導當時心術。敦尚是搖首，導乃退出。原來元帝即位時，敦忌帝年長，意欲另立幼君，以便專政，獨導不肯依敦，所以敦有此云云。
導出與百官商議一番，還白元帝，百官承導意旨，當然不敢斥敦，但請元帝頒發赦書，並加王敦官爵，飭令退兵。元帝無可如何，只得下詔大赦，進王敦為丞相，都督中外諸軍，錄尚書事，封武昌郡公，領江州牧，使太常荀崧齎冊詣敦，敦語荀崧道：「我此來不望陞官，唯欲為國家除患，一切封爵，我不願受，煩卿繳還便了。」實是無君，非特偽讓而已。崧申勸數語，敦終不聽，乃辭歸復命。敦又召集百官，議廢太子，呼中庶子溫嶠至前，厲聲詰問道：「太子有何德望？卿侍東宮，理應深知。古人有言：『事父母幾諫。』主上有過，不聞太子諫阻，難道尚得稱孝么？」嶠從容答道：「鉤深致遠，非淺見所能窺，據嶠看來，太子實是賢孝，就是公來輦下，亦未聞東宮抗議，貽誤國家，怎見他不從中幾諫哩？」大眾亦隨聲附和，齊稱太子有道，說得敦無可辯駁，不得不自發自收，含糊過去。百官乃復還朝。
元帝召周顗入見，蹙然與語道：「近日大事，二宮無恙，諸人平安，大將軍果得副民望么？」顗答道：「二宮原如明諭，臣等生死，尚未可知。」元帝不禁長嘆。顗退至朝堂，護軍長史郝嘏等，與顗相遇，都勸顗暫避凶鋒。顗奮袂道：「我備位大臣，坐睹朝廷喪敗，已足增羞，豈尚可草間求活，外投胡越么？」郝嘏等乃不便再勸，各嘆息而去。果然不到數天，即致發作，首惡是王敦參軍呂猗，從惡是王敦堂弟王導。書法嚴刻。呂猗嘗為台郎，性好諂諛，為周顗、戴淵所嫉，此時出為敦助，竟乘隙白敦道：「顗與淵俱負重名，今日不除，必為公患。」敦本忌二人才望，一聞猗言，遂起殺心。適值王導復入，便顧問道：「周、戴望重南北，果應登列三司否？」導默然不答。敦又道：「若不應列三司，止可使為令仆么？」導又不答。敦復張目道：「既不應列三司，又不應為令仆，看來只好殺卻了。」導仍然不答。三問三不答，無非不滿周、戴。敦即遣部將鄧岳，率兵往捕周顗、戴淵。
敦復召謝鯤入問道：「近日都下人士，有無異議？」鯤應聲道：「物議悠悠，原不足計，但公嘗謂朝臣重望，莫如周、戴，誠使大用二人，群情自然帖服了。」敦動怒道：「君真粗疏，不達時事，二人怎可大用？我已遣人收捕了。」鯤不禁駭愕，再欲進言，旁有參軍王嶠，向敦諫阻道：「濟濟多士，文王以寧，想公定知此語，奈何捕戮名士？」敦怒上加怒，竟欲殺嶠。鯤亟進諫道：「公舉大事，不妄戮一人。嶠不過納言忤意，便欲把他釁鼓，也未免過甚了。」敦乃釋嶠不誅，惟黜嶠為領軍長史。周顗被收，道經太廟，向廟大呼道：「賊臣王敦，傾覆社稷，枉殺忠臣，神祇有靈，應速誅殛，毋使漏網。」說至此，被兵士用戟刺口，血流至踵，仍不改形。道旁行人，俱為流涕。至石頭城南門外，正值戴淵亦被綁前來，淵已面無人色，顗仍容止自若，引頸就刑。顗被害後，淵首亦相隨落地。同是一死，勇怯懸殊，泰山鴻毛，所以有別。
元帝又使王彬勞敦，慰勞他做甚？難道他能殺大臣么？彬素與顗善，先往哭顗，然後見敦。敦見他面目凄慘，尚有淚痕，便問為何事？彬直說道：「見伯仁屍首，不禁凄慘，所以下淚。」敦憤然道：「伯仁自尋死路，死何足惜！汝與他有甚麼情誼，反去哭他？」彬答道：「滿朝大臣，如伯仁忠直，實不多得。況朝廷新下赦詔，伯仁本無大罪，無故遭此酷刑，怎得不悲？怎得不哭？」敦又道：「汝莫非病瘋么？」彬不禁瞋目道：「如兄抗旌犯順，殺害忠良，謀為不軌，如此過去，恐禍及全家了。」說著，詞氣慷慨，聲淚俱下。敦攘臂起詬道：「汝這般無禮，狂悖已極，難道我不能殺汝么？」這數語聲達帳外。王導聞知，搶步趨入，忙為排解，且勸彬向敦拜謝。彬直答道：「腳痛不能拜。況彬並未嘗得罪，何必致謝。」敦獰視道：「腳痛比頸痛，究竟是何種利害？」彬仍無懼容，仍不肯拜。導恐他再起衝突，即扯彬同出，導有愧彬多矣。敦乃不復追究。後來導入檢中書故事，方見顗上表救己，執表流涕道：「我雖不殺伯仁，伯仁由我而殺，幽冥中負此良友了。」死骨已朽，追悔何益？
且說王敦既殺死周顗、戴淵，仍未罷兵。敦將沈充，陷入吳郡，吳國內史張茂被殺，此時鎮南大將軍甘卓，但出屯睹口，逗留不進。卓兄子卬，曾為敦參軍，敦先遣印歸卓，囑令傳語道：「君興師相抗，自守臣節，我也不敢怪君。但我為身家起見，不得不然，事平便當歸鎮，君亦可返旆襄陽，彼此再結舊好，往事不必重提了。」甘卓本來是沒甚主意，見卬得歸來，已喜出望外，且聞敦有意修好，樂得觀望徘徊，在途觀變。既而敦又遣台使齎騶虞幡，晉朝有白虎、騶虞二幡。白虎是催軍，騶虞是解斗。令卓退兵。卓問明台使，得周、戴二人死狀，乃流涕語卬道：「我正恐王敦得志，必害忠良，尚幸聖上元吉，太子無恙，我據敦上流，想敦未必敢遽危社稷，我若進奪武昌，敦無路可歸，必劫持天子，越加猖獗，今不如還守襄陽，再作後圖罷了。」便下令軍中，拔營退回。都尉秦康，邀同樂道融，道融見前回。相偕進諫道：「將軍奈何還兵？試想將軍仗義東行，無非為討逆起見，逆敦不除，有進無退，今正當分兵，堵截彭澤，使敦上下不得相救，眾自離散，敦勢既孤，一戰可擒。若就此中止，轉失人望。況將軍麾下，士卒多思除逆立功，博取富貴，乃索然退回，恐反將嫁禍將軍，將軍尚能安然西還么？」苦口危言，難救膏肓沈痼。卓不肯從。道融復連番泣諫，仍不見聽，竟致憂憤而歿。卓竟引兵退入襄陽去了。
王敦聞甘卓還軍，當然心慰，令西陽王羕為太宰，王導為尚書令，王廙為荊州刺史，擅易百官及各處鎮將，轉徙黜免，數以百計。乃擬率兵西還武昌，謝鯤進言道：「公入都以來，累日不朝，所以功業雖成，眾心未服。今若入朝天子，使君臣兩釋猜嫌，尚有何人不服呢？」敦沉吟道：「我若入朝，能保無他變嗎？」鯤答道：「鯤近日入覲，主上正側席待公，宮省穆然，必無他虞。若防有他變，鯤願侍從。」敦勃然道：「君等屢來饒舌，我若殺君等數百人，也沒有甚麼害處。」一味蠻橫。鯤見他聲色俱厲，料難再諫，因即告退，未幾病歿。敦始終不朝，自思布置已妥，便即啟行，徑還武昌。
南蠻校尉魏乂等，為敦所遣，圍攻湘州。見前回。譙王承嬰城拒守，已將匝月。宜都內史周級，曾密遣兄子該入長沙，向承投書，約為援應。該留住圍城，見承危急，自請出外求援。承乃縋該出城，復命從事周崎，與該俱出。冤家碰著對頭，竟被乂軍阻住，擒送乂營。乂升座語崎道：「汝尚望活否？」崎答道：「生死由公，要死就死。」乂又道：「汝若肯從我言，不但得活，並且加賞。」崎問為何語，乂說道：「今令汝至城下，傳語守卒，但言大將軍已克建康，甘卓退還襄陽，外援阻絕，不如出降為是。」崎即允諾，徑往城下，朗聲大呼道：「我不幸為賊所獲，恐城中未知消息，故來相報。各處援兵，便可到來，請諸君努力堅守便了。」乂聞崎易詞傳報，不禁大怒，立命軍士牽回，把崎殺死。一面嚴刑訊該，問他何故到此。該詭詞作答，甚至掠死，終不肯稍吐真情，乃父周級，才得免禍。是忠臣，是孝子。
乂等奮力攻城，連日不已。嗣又由王敦遞到台臣書疏，令乂射入城中，守兵知建康失守，莫不悵惋，但尚誓死守著，各無貳心。有時潛兵出擾，殺獲乂軍多名。相持至百餘日，糧食已盡，士卒多死。衡陽太守劉翼，又復陣亡，於是支持不住，為乂所陷。譙王承尚率領殘兵，巷戰多時，害得械儘力窮，相繼被執。長史虞悝，罵乂助逆不忠，乂先令斬首。悝子弟俱對悝號泣，悝慨然道：