偷襲珍珠港事件的總策劃者與總指揮者，是日本海軍大將山本五十六。他的偷襲計畫，雖然被池步洲發覺了，但是沒能及時阻止，讓他僥倖成功了。偷襲成功不久，他的天敵池步洲就把他送回地獄裡去（詳後），因此戰後既沒有他在戰犯法庭受審時的口供，也沒有他寫的回憶錄發表。
日本海軍偷襲珍珠港的空中作戰總指揮，是淵田美津雄海軍中佐。戰後，他大概是想「放下屠刀立地成佛」的意思吧，居然在美國華盛頓州西雅圖市當起基督教傳教士來了。一九五二年九月號的《美國海軍學會學報》上，發表了一篇他寫的回憶錄《我率隊攻擊了珍珠港》，詳細敘述了日本海軍偷襲珍珠港的經過。下面根據此文及有關資料，整理出概要如下：
一九四一年四月，聯合艦隊司令官山本五十六令第一航空艦隊參謀長草鹿龍之介具體制訂偷襲珍珠港的作戰計畫。
九月，淵田津美雄從第三航空艦隊航空參謀的任上調回「赤城號」航空母艦，出任第一航空艦隊各飛行大隊的總指揮官。具體掌握偷襲珍珠港戰鬥的指揮事宜。
對於山本五十六的偷襲珍珠港計畫，淵田不但十分贊成，而且比山本想得更遠：主張一旦偷襲成功，立即在珍珠港登陸並繼續東進。只要能在一年之內把美國打敗，東南亞不攻自破。
但是大本營的目標是向南擴展，佔領菲律賓、馬來亞、香港、關島，對於淵田的建議，沒有理睬。
由於珍珠港的水深只有十二至十八米，寬度不過五百米，按照作戰計畫，用魚雷機貼近水面飛行並施放魚雷，操作難度較大，因此淵田的首要任務是調集所有魚雷機的飛行員，在鹿兒島灣從嚴訓練。從九月到十一月中旬，訓練才告結束，各飛行大隊返回各自的航空母艦待命。
十一月上旬，聯合艦隊以集結在佐伯灣的戰列艦為假定目標，進行了三次進攻演習。
十一月十七日，各艦隊陸續開始向千島群島中擇捉島的單冠灣集中。
千島群島，位於日本北海道與蘇聯堪察加半島之間，是海底山脈露出海面而形成的一條鏈狀群島。早先，千島群島和庫頁島一樣，北部屬俄國，南部屬日本；一八七五年日俄簽訂領土互換條約，規定庫頁島全歸俄國，千島群島全歸日本。一九四五年第二次世界大戰結束以後，根據《雅爾塔協定》，千島群島又劃歸蘇聯版圖。從南往北數，千島群島的第一個島是國後島，第二個島就是擇捉島，這是千島群島中最大的一個島，單冠灣位於擇捉島中部的南岸。這裡地處北緯四十五度，與我國哈爾濱的緯度差不多，單冠山海拔1680米，每年一到十一月，到處是白茫茫一片積雪，銀裝素裹，朔風勁吹，荒涼得很。因此，這裡是一個秘密集結艦隊的理想港灣。
十一月二十一日，山本五十六接到了海軍部命令：
大本營海軍部第五號命令
昭和十六年十一月二十一日
奉敕 軍令部總長 永野修身
茲命令山本聯合艦隊司令長官：
（一）為遂行作戰，指令必要的部隊及時開赴待機海域。
（二）在戰備行動中，如遇美英荷軍挑釁，聯合艦隊司令長官有權以武力自衛。
（三）有關具體事項，由軍令部總長下達指示。
十一月二十二日，第一航空艦隊司令官南雲忠一海軍中將奉命將屬下所有艦船及飛行大隊在千島群島擇捉島單冠灣集結，以「空襲珍珠港機動部隊」的名義待命出發。
十一月二十五日，山本五十六在廣島灣的聯合艦隊旗艦「長門號」上向「空襲珍珠港機動部隊」指揮官南雲忠一下達命令：「機動部隊務必於十一月二十六日自單冠灣出發，竭力保持行動隱蔽。十二月三日傍晚，務必進入待機海域並迅速加油完畢。……一旦與美國談判成功，機動部隊應立即返回本土。」
命令中說的「待機海域」，指的是北緯42°，西經170°的海域，在白令海的南面、檀香山北面約一千海里的地方。
進攻日期x日，具體時間另行通知。命令中規定：在x日前兩天發現敵軍艦隊，必須返航；在x日前一天發現敵軍艦隊，是返航還是攻擊，由南雲決定。
十一月二十六日早晨六時，二十八艘艦船魚貫駛出單冠灣。其中計有：
航空母艦六艘：
（1）赤城號，總排水量36500噸，載機九十一架（偷襲時出動了魚雷機十二架、水平轟炸機十五架、俯衝轟炸機十八架、戰鬥機十八架）；
（2）加賀號，排水量38200噸，載機九十架（偷襲時出動了魚雷機十二架、水平轟炸機十五架、俯衝轟炸機十八架、戰鬥機十八架）；
（3）蒼龍號，排水量15900噸，載機七十一架（偷襲時出動了魚雷機八架、水平轟炸機十架、俯衝轟炸機十八架、戰鬥機十八架）；
（4）飛龍號，排水量17300噸，載機七十三架（偷襲時出動了魚雷機八架、水平轟炸機十架、俯衝轟炸機十八架、戰鬥機十五架）；
（5）翔鶴號、瑞鶴號，排水量都是25675噸，載機各八十四架（偷襲時各出動了水平轟炸機二十七架、俯衝轟炸機二十七架、戰鬥機六架）。
戰列艦兩艘：比睿號、霧島號。
重巡洋艦兩艘：利根號、築摩號。
輕巡洋艦一艘：阿武隈號。
另有驅逐艦九艘、潛水艇三艘、油船八艘。
珍珠港美軍的巡邏圈，據情報約為六百海里。為躲開美軍的巡邏機，「機動部隊」在阿留申群島與中途島之間航行。為避開外國的商船，由三艘潛水艇先行，一旦發現情況，立即向旗艦報告。
十二月一日，日本內閣的御前會議上分析了日美和談的前景並不美妙，決定與美國開戰。
十二月二日，山本向南雲發出密電：「攀登新高峰1208」，
意即通知「機動部隊」：x日的具體日期為十二月八日（檀香山當地時間為十二月七日，星期日）。——選定十二月八日的原因，一方面是星期日，珍珠港的官兵休假；另一方面是凌晨出擊，最好有比較明亮的月光；十二月一日也是星期日，是滿月的前三天，日子可用，但時間來不及了；十二月八日是滿月後的第四天，月光的亮度還是可以的。
關於珍珠港的常規活動，大本營提供的情報這樣介紹：
（一）美軍艦隊或星期二出海，星期五返航；或星期五齣海，下周末返航。在港內停留約一周左右。如出海兩周，通常在星期六返航。
（二）美國海軍艦隊在珍珠港東南海域訓練。根據截獲的美機電訊分析，訓練海域到珍珠港的飛行時間為四十至六十分鐘，估計在檀香山南面北緯19°附近。
（三）駐珍珠港的美國太平洋艦隊，訓練期間很難判定在海上還是在錨地。錨地可能在拉哈納或者馬拉瓦。
十二月三日，日本外務省電告各使領館日美即將開戰。——池步洲所破譯的，就是這一天外務省發給駐美大使的密電。
機動部隊在航行中，每天收到大本營轉發的有關珍珠港的軍事情報。這些情報，當然都是吉川猛夫提供的，但當時淵田等人並不知道來源。根據淵田保存的資料，這些密電的內容是：
（一）十一月二十八日上午八時珍珠港的情況：
出海艦艇：戰列艦兩艘（俄克拉荷馬號、內華達號）；航空母艦一艘（企業號）；重巡洋艦兩艘；驅逐艦十二艘。
返航艦艇：戰列艦五艘；重巡洋艦三艘；輕巡洋艦三艘；驅逐艦十二艘；油輪一艘。
返航的艦艇是十一月二十二日離港的。
十一月二十八日下午在港艦船估計有：
戰列艦六艘（馬里蘭級兩艘、加利福尼亞級兩艘、賓夕法尼亞級兩艘）；航空母艦一艘（列剋星敦號）；重巡洋艦九艘（舊金山級五艘、芝加哥級三艘、鹽湖城級一艘）；輕巡洋艦六艘（檀香山級五艘、奧馬哈級一艘）。
（二）十一月二十九日下午珍珠港在泊艦船有：
A區（海軍造船廠至福特島之間）
KT（海軍造船廠西北碼頭）：賓夕法尼亞號和亞利桑那號戰列艦。
FV（系留柱）：加利福尼亞號、田納西號、馬里蘭號和西弗吉尼亞號戰列艦。
KS（海軍造船廠修理碼頭）：波特號重巡洋艦。
入塢：重巡洋艦兩艘、驅逐艦一艘。
其他地點：潛水艇四艘、驅逐艦領艦一艘。
B區（福特島西北海區）
FA（系留柱）：列剋星敦號航空母艦。
其他地點：猶他號靶船、舊金山級重巡洋艦一搜、奧馬哈級輕巡洋艦兩艘、炮艇三艘。
C區（東港）：重巡洋艦三艘、檀香山級輕巡洋艦兩艘、驅逐艦十七艘、驅逐艦領艦兩艘。
D區（中港）：掃雷艇十二艘。
E區（西港）：無。
至十二