前面講過，軍委會「日帝陸軍密電研究組」，是由軍委會機要室密電股、交通部電政司密電檢譯所、中統局國際密電室和軍統局四方面的人員組成的。這四個單位中，只有軍統局原來沒有研究破譯密電的組織，因此軍統局派來的魏大銘在新組成的軍委會密電研究組中，只能掛一個顧問的名義，手底下也沒有他自己的人。魏大銘出身報務員，發報技術高超，是當年上海國際無線電台三個半發報高手中的一個。他很早就追隨戴笠，負責秘密電訊聯絡，從最早的五六個人發展到當時的五六千人，對軍統局來說，確實立下過汗馬功勞，是個大大的有功之臣。他的失誤之處，是一直沒有注意要研究並掌握密電的破譯。但他是個「有心人」，通過這件事情，認識到軍統早先沒有插手這一領域，是一大失著。於是來一個「亡羊補牢」，從軍統局內部派一些人到密電檢譯所等單位去學習破譯密電的技術，作為自己他日擴張勢力的資本。
軍委會「日帝陸軍密電研究組」成立將近一年來，由於溫毓慶的「拿一手」，他派來的人員「吃糧不當差」，沒有發揮主力軍的作用，遲遲出不來成果，連日軍的密電也沒偵收到一份。而池步洲的軍政部研譯室儘管人手不多，卻破譯了日本外務省的大批密電，效果顯著。此外，溫毓慶的密電檢譯所仍然存在，他們從武漢輾轉遷到桂林、衡陽、昆明，一九三九年下半年，又遷到重慶。這期間，他們偵收到日本海軍聯合艦隊在太平洋上各艦隻間的無線電通訊聯絡，初步破解了密碼結構，從中獲悉艦艇的位置及調動情況。不久，又掌握了日本空軍的密碼。特別是一九三八年汪精衛叛國前後，溫毓慶從日本密電中得到了他與日本秘密往來及派陳公博、曾仲鳴、周佛海、褚民誼與日方接觸的情況，上報蔣介石。為此，國民黨中央軍委會下不來台，這才決心把幾個密電研譯機構來一個徹底大合併，組成一個直屬於軍委會的新機構，取代「日帝陸軍密電研究組」，也為研究組的勞而無功遮一遮羞。
魏大銘身在軍統，自然比別人早知道這一消息。如果蔣介石果真有意合併所有研譯密電機構，軍統局沒有類似的組織，當然也就無所謂合併；他手下無人，自然也就抓不到實權。為此，他很快地就在軍統局內部秘密成立起一個密電研究組，自己兼任組長，陳祖舜兼任第一科科長，邱沈鈞任第二科科長，王震寰任第三科科長，以此與另外幾個密電研究機構相抗衡。這是一個架空的機構，看起來科室眾多，其實沒有幾個人，能做事情的人更少。
戴笠早就想把研究破譯日本密電碼的工作抓在自己的手裡。有了這個特殊的工具，他就可以為所欲為，就可以偽造敵方密電，任意傷害他所要除掉的人。因此處心積慮，必欲得之而後快。授意魏大銘成立密電研究組是其行動計畫的第一步，拉攏利用溫毓慶，則是第二步。
溫毓慶是在香港中國銀行總經理貝祖貽家裡與戴笠相識的。他到重慶以後，仍與戴笠過從甚密。重慶大轟炸期間，乾脆就住在曾家岩戴公館。
這就給戴笠拉攏溫毓慶造成了一個極好的機會。他借閑談的機會，向溫毓慶提出建議，以抗戰形勢發展需要為由，主張集中力量研究日本密電，將各個研究密電單位包括中統、軍統的密電研究機構在內合併組織一個新機構，名義上統一交溫毓慶領導，其實是由軍統局控制。
溫毓慶是個學者，長期受西方文化教育，不是個傻子，對於特務系統在全力上的明爭暗鬥，一向深痛惡絕，更明白自己只要一點頭，就等於主動申請接受特務系統控制，失去了密電檢譯所的獨立自主權，何況他有宋子文、宋美齡這兩個「堅強後盾」，也不怕戴笠，所以當即很明確地表示不贊同這個意見。
戴笠當然不肯放鬆，他先後退一步，要求溫毓慶派出兩名對破譯密電有研究的人到軍統局進行技術指導。溫毓慶一推二拖，到了實在無法再推的情況下，只得派楊肆和另一個人去虛應故事，並未傳授「真經」。魏大銘見楊肆等人並不賣力，又要求派人到密電檢譯所研究組「見習」，溫毓慶表面上雖然同意了，但密囑研究組「注意保密」，因此來見習的人只學到了一般的破譯技術，而一直無法掌握千變萬化的破譯技巧。
戴笠見溫毓慶只是虛與委蛇，不肯上自己的圈套，於是把一場暗鬥，發展為白熱化的明爭。
一九三九年底，魏大銘從軍委會蔣介石侍從室得到消息：密電研究部門大合併以後的機構，定名為「軍委會技術研究室」，而大合併的所有事宜，蔣介石已經授權他的內弟毛慶祥負責。為此，魏大銘立刻把他的密電研究組改組為「特種技術研究室」，依然是一個架空的機構，自任主任，陳祖舜兼任副主任，準備以此與毛慶祥一爭權力和地位。
國民黨的軍統局，本來就是一個權力很大的獨立王國，成立一個下屬機構，根本不必列入軍委會的編製，也用不著軍委會的委任狀和銓敘手續。
一九四零年四月，蔣介石正式下令：軍委會密電研究組、軍委會機要室密電股、交通部電政司密電檢譯所、軍統局特種技術研究室、軍政部研譯室五個機構，合併組成「軍委會技術研究室」，簡稱「軍技室」，溫毓慶任中將主任，毛慶祥任少將副主任兼主任秘書，魏大銘任少將副主任。
這樣安排，表面上既尊重溫毓慶，也不排斥軍統，但是一切人事、經濟實權，都落在副主任兼主任秘書毛慶祥的手裡，溫毓慶徒有中將主任的虛名，卻無真正權力，而原有的密電檢譯所卻讓人家「吃」掉了。對於這樣的安排，溫毓慶心中自然不滿；而魏大銘空掛一個副主任的虛銜，沒有任何權力，也很不甘心。
溫毓慶經過慎重考慮，決定通過夫人外交走上層路線。他把老婆施惠珍從香港調回重慶來，利用她和宋家的特殊關係，天天到宋美齡、宋子文、孔祥熙那裡去活動，終於迫使蔣介石收回了任命毛慶祥兼任主任秘書的成命，改任溫的親信王維鈞為主任秘書。這樣一來，溫毓慶就掌握了軍技室的實權了。
但是除了楊肆之外，誰都不知道王維鈞一方面是溫毓慶的親信，一方面又與共產黨有秘密聯繫。
軍技室下設六個組，溫毓慶既然掌握了實權，就任命他的親信擔任各組的正副組長：霍實子是他的老部下，被任命為第一組少將組長；楊貽清原是密電檢譯所的整理部主任，被任命為第二組少將組長；楊肆原是密電檢譯所的研究部主任，被任命為第三組少將組長；施家干原是密電檢譯所的總務部主任，而且是溫的內弟，被任命為第五組少將組長；黃季弼是溫的妹夫，被任命為第六組的少將組長；丁於正是溫的同學，被安插為第六組上校副組長。——只有第四組，因為一百多個收報人員中，有三分之二是魏大銘從軍統局帶來的，組長的人選，只能由魏大銘安排，這才安插了一個魏的親信、軍統局的方硯農。
這六個組的分工：第一、二、三組負責破譯日文密電碼，第四組負責收報，人數最多；第五組負責總務，第六組負責破譯中文密電碼。
李直峰去了一趟延安，面見了周恩來，拿回日本陸軍密電碼，立了一功，得到了霍實子的表彰，但卻弄巧成拙，受到了特務機關的懷疑與注意：你們倆人同時出發，你為什麼要把李裕扔在西安，自己一個人到延安去呢？難道有什麼活動怕被李裕知道不成？再聯繫他一九三六年西安事變期間曾經給楊虎城將軍當過機要秘書，更其懷疑他暗下早就與共產黨有勾結，即便不是共黨分子，也是個親共分子。因此，這次合併沒有得到重用，只讓他在第六組當第一科科長，專門從事中文密電的破譯。
李直峰吃一塹長一智，從此小心翼翼，多幹活兒少說話，不攬不相干的買賣。饒是這樣，也還是為軍統局所忌，魏大銘上台以後，頭一個就拿他開刀。後來還是毛慶祥信任他，把他調回來，升任第六組副組長。
池步洲單槍匹馬取得破譯日本外務省密電碼成功，在當時的「破譯密電界」名聲雀起，算是成績佼佼者；大合併以後，以成就而論，應該更倚重他才是。給他一個組長噹噹，也不為過。但是一者軍政部沒有「一統天下」的野心，也派不出職位較高的人到軍技室來爭權奪利；二者正因為池步洲的成就太大，相比之下，顯得其他破譯密電碼的人庸庸無能，特別是挫傷了溫毓慶「密碼權威」的赫赫名聲，在蔣介石面前說不了響話，放不成響屁，心裡窩火；三者這次大合併的根本原因，就是因為池步洲等人的成績太大，別的機構成績太小，蔣介石一看「龍多不治水」，才決心把所有的攤子都收歸軍委會交毛慶祥掌管也就是他自己掌握；四者溫毓慶總不相信池步洲這個大外行居然能夠單槍匹馬地在半個多月中破譯成功日本外務省的密電碼，因為在此之前，霍實子早就宣稱已經破譯成功了的，只是始終沒有拿出東西來對外公布，因此他總懷疑池步洲所破譯的，就是霍實子所破譯的，換句話說，就是霍實子把破譯的方法暗地裡告訴池步洲了；而最主要的原因，還在於大合併以後溫毓慶失去了他的獨立小王國：他的密電檢譯所，名義上是屬於交通部電